2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 1998. 2. 17. 경기 여주군 가남면 XX리 산 00 임야 36,298㎡(2009. 11. 5. 같은 리 000-00 임야 35,661㎡로 등록전환되었다, 이하 '이 사건 토지'라 한다)를 취득하여 보유하다가 2002. 11. 13. 처 이CC에게 증여하였고, 이CC은 2006. 6. 16. 주식회사 OO리조트(이하 '소외 회사'라 한다)에게 매매대금 1,894,030,000원에 양도 하였다

나. 이에 원고는 2006. 8. 31. 이 사건 토지가 투기지정지역 내의 부동산에 해당함을 이유로 취득가액과 양도가액을 실지거래가액으로 산정하여 2006년 귀속 양도소득세 460,544,337원을 예정신고・납부하였다[이CC에게 증여한 이 사건 토지의 양도소득에 대하여 원고가 양도소득세를 신고・납부한 것은 구 소득세법(2008. 12. 26. 법률 제9270호로 개정되기 전의 것) 제101조 제2항에 따른 것이다].

다. 그 후 원고는 2010. 5. 28. 피고에게 이 사건 토지가 구 조세특례제한법(2006 12. 30. 법률 제8146호로 폐지되기 전의 것, 이하 '구 조세특례제한법'이라 한다) 제85조에서 규정하고 있는 사업시행자에게 양도한 것이므로 양도가액과 취득가액을 기준시가에 의하여 산정할 수 있다는 이유로 408,037,443원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

라. 이에 피고는 2010. 7. 28. 원고에게 이 사건 토지의 양도 당시까지 양수인인 소외 회사가 공익사업시행자로 지정되지 아니하여 구 조세특례제한법 제85조의 적용대상이 아니라는 이유로 원고의 경정청구를 거부하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 이의신청을 거쳐 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2011. 6. 23. 기각되었다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 갑 제3, 4호증의 각 1 . 2, 갑 제5 내지 7호증, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

구 조세특례제한법 제85조가 사업시행자를 반드시 사업시행자로 지정되었거나 시행인가를 받은 사업자로 제한하고 있지 않은 점, 구 국토의 계획 및 이용에 관한 법률(2007. 1. 19. 법률 제8250호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 국토계획법'이라 한다) 제86조 제7항, 구 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 시행령(2008. 1. 8. 대통령령 제20535호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 국토계획법 시행령'이라 한다) 제96조 제3항에 의하면 국가, 지방 자치단체 그밖의 대통령령이 정하는 자 이외의 자가 도시계획시설사업의 시행자로 지정을 받고자 할 때에는 이마 도시계획시설사업의 대상토지 면적의 2/3 이상에 해당하는 토지를 소유하고 있어야 하므로 그 시행절차상 미리 토지를 취득할 수 밖에 없는 점, 구 국토계획법 제88조 제1, 2항에서 도시계획시설사업의 시행자는 사업에 관한 실시계획을 작성하여 국토해양부장관 등의 인가를 받아야 한다고 규정한 것은 사업시행 인가를 받기 전에도 사업시행자로 인정될 수 있음을 의미하는 점, 구 조세특례제한법 제85조의 입법취지에 비추어 사업시행자지정 및 실시계획인가 이전에 사업시행자에게 토지를 양도함으로써 사업시행자지정이 될 수 있도록 협조한 토지소유자가 사업시행자지정 이후에 토지를 양도한 토지소유자보다 과세상 불이익을 받을 이유가 없는 점 등을 고려하면, 소외 회사가 이 사건 토지를 양도받은 이후 실제 사업시행자지정 및 실시계획인가를 받은 이상 그 전에 소외 회사에게 이 사건 토지를 양도한 경우에도 구 조세특례제한법 제85조가 적용된다고 봄이 상당하므로, 이와 다른 전제에서 한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관련 법령

별지 관련법령 기재와 같다.

다. 인정사실

(1) 이 사건 토지가 속한 경기 여주군 일대의 토지는 2004. 5. 29. 구 소득세법 (2008. 2. 29. 법률 제8852호로 개정되기 전의 것) 제104조의2 제1항에 따라 투기지정 지역으로 지정되었다.

(2) 소외 회사는 이천시 장호원읍 AA리, BB리 일원 및 이 사건 토지를 포함한 여주군 가남면 XX리 일원에 골프장을 건설하기 위하여 2006. 4. 2. △△ 주식회사와 사이에 골프장 조성사업의 인・허가 업무와 관련한 용역계약을 체결하였고, 2006. 5. 4.부터 이천시장에게 이 사건 토지를 포함한 이천시 장호원읍 AA리, BB리 일대에 도시계획시설(체육시설-회원제 골프장)에 관한 주민제안서를 3차례에 걸쳐 제 출하였으며, 이천시장은 2007. 2. 8. 위 제안을 수용하고 소외 회사에게 도시관리계획 입안서를 제출하도록 요구하였다.

(3) 이후 경기도지사는 소외 회사의 주민제안을 수용하여 2007. 11. 19. 경기도 고시 제2007-410호로 이 사건 토지 일대를 체육시설(골프장) 조성을 위한 도시관리계획 지역(용도지역 변경, 도시계획시설 결정)으로 지정・고시하였다.

(4) 이천시장은 주민공람절차를 거쳐 2008. 4. 21. 사업시행자를 소외 회사로 하는 도시계획시설(체육시설: 골프장)사업 실시계획을 인가・고시하였다.

라. 판단

(1) 구 조세특례제한법 제85조 제5호, 구 조세특례제한법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19888호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 조세특례제한법 시행령'이라 한다) 제79조의2 제1항, [별표 7] 제2호는 거주자가 소득세법 제104조의2 제1항에 의한 지정지역 내 부동산을 국토계획법 제91조에 의하여 실시계획을 인가한 날 전에 취득하여 2006. 12. 31. 이전에 국토계획법에 의하여 당해 사업시행자에게 양도(수용되는 경우 포함)하는 경우에는 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있도록 규정하고 있다(이하 '이 사건 특례규정'이라 한다).

한편 구 국토계획법 제86조 제5항 제7항, 구 국토계획법 시행령 제96조 제3항은 토지소유자 등은 도시계획시설사업 대상토지의 소유면적 등의 요건을 갖추어 국토 해양부장관, 시・도지사, 시장 또는 군수로부터 사업시행자로 지정을 받아 도시계획시설 사업을 시행할 수 있다고, 구 국토계획법 제88조 제1, 2항은 사업시행자는 도시계획시설사업에 관한 실시계획을 작성하여 국토해양부장관, 시・도지사 또는 대도시 시장으로 부터 인가를 받아야 한다고, 제95조는 사업시행자는 도시계획시설사업에 필요한 토지・ 건축물 또는 토지정착물 등을 수용 또는 사용할 수 있다고 각 규정하고 있다. 그리고 구 국토계획법 제133조 제1항 제15호는 실시계획인가 등을 받지 아니하고 사업을 시행한 자에게 허가・인가 등 취소, 공사중지 등 필요한 처분이나 조치를 명할 수 있다고 규정하고 있다.

(2) 위 각 규정의 문언내용과 ① 이 사건 특례규정의 입법취지는 구 국토계획법상 사업시행자에게는 부동산에 대한 수용권한 등을 인정하고 있어 양도인이 부동산을 사업시행자에게 양도하더라도 그 양도가액에 관한 의사결정권한이 제한될 수밖에 없으므로 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있도록 하여 양도소득세 부담을 완화 하고 동시에 원활한 도시계획시설사업 시행을 도모하는 데 있는 점(대법원 2007. 12. 27. 선고 2006두16779 판결 참조), ② 구 국토계획법 제2조 제12호에서 '도시계획사업 시행자'는 이 법 등의 규정에 의하여 도시계획사업을 시행하는 자를 말한다고 정의하고 있는 점, ③ 토지소유자 등은 구 국토계획법 제86조 제5항에 의하여 국토해양부장관, 시・도지사, 시장 또는 군수로부터 사업시행자로 지정받아 도시계획시설사업을 시행할 수 있고, 수용 등 권한이 인정되는 점, ④ 만약 사업시행자지정을 받기 전 토지소유자 등에게 부동산을 양도한 경우에도 이 사건 특례규정을 적용하게 되면 그 기준시점이 불분명하여 감면요건 자체가 불명확해 질 수 있는 점, ⑤ 비록 토지소유자 등이 사업시행자가 되기 위하여 대상토지의 2/3 이상 소유가 필요하나 이는 도시계획시설사업의 난립방지를 위해 일정한 요건을 갖춘 자에게만 시행하도록 하기 위한 전제요건이라 할 것이어서 그 양도시기가 도시관리계획지역으로 지정되기도 전이라면 공익사업을 위한 양도로 보기 어려운 점(이 사건 특례규정이 다른 공익사업과 달리 구 국토계획법에 의한 사업과 관련하여 기준시가 과세기준일을 실시계획인가일로 규정하였다는 점에서 이러한 취지를 엿볼 수 있는데, 이 사건에서 이 사건 토지 일대는 그 양도일 이후인 2007. 11. 19.에 이르러 도시관리계획지역으로 지정받았다) 등을 고려하면, 지정지역 내에서 토지소유자 등이 시행하는 도시계획시설사업의 경우 그 사업시행자로 지정받은 자에게 부동산을 양도한 경우에만 이 사건 특례규정이 적용될 수 있고, 양도 당시 토지소유자 등이 사업시행자로 지정받지 아니한 경우라면 사후에 사업시행자로 지정되거나 실시계획인가를 받았다고 하더라도 이 사건 특례규정 적용대상이 될 수 없다고 할 것이다(대법원 2011. 5. 26. 선고 2009두14088 판결의 취지 참조).

(3) 결국 원고가 이 사건 토지를 소외 회사에 양도할 당시 이 사건 토지 일대가 도시관리계획지역으로 지정되지도 아니한 데다가 소외 회사는 사업시행자지정이나 실시계획인가를 받기 전이어서 이 사건 토지의 양도는 이 사건 특례규정의 적용대상이 아니라할 것이므로, 이와 같은 전제에서 한 피고의 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.