2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 2010. 12. 15. 주식회사○○모아에게 ○○시 ○○면 ○○리 1022-1 외 3필지 토지 2,397㎡와 지상 건물 1,090.02㎡(이하"이 사건 부동산"이라 한다)을 현물출자하고, 2010. 12. 30. 위 회사 앞으로 소유권이전등기를 마쳤다.

나. 원고는 2011. 2. 28. 양도소득세 과세표준을 신고하면서 구 조세특례제한법 제31조 제1항의 양도소득세 이월과세규정에 따라 양도소득세 73,433,400원의 이월과세적용신청을 하였다.

다. 이후 피고는 원고가 신고한 이 사건 부동산의 취득가액이 과다하게 계산된 사실을 발견하여 2013. 2. 6. 양도소득세 경정결의를 하고, 같은 날 원고에게 과세예고통지를 하였다.

라. 원고는 2013. 2. 21. 피고에게 이 사건 부동산의 취득가액을 다시 산정하여 양도소득세 과세표준 수정신고를 하면서, 추가 납부할 양도소득세 88,788,110원의 이월과세적용신청을 하였다.

마. 위 신청에 대하여 피고는, 법인전환에 따른 양도소득세 이월과세는 신고기한 내에 이월과세적용신청하는 세액에 대해서만 적용되고, 취득가액이 과다신고된 경우 추가납부할 세액에는 이월과세가 적용되지 않는다고 보아, 2013. 3. 11. 원고에게 2010년 과세연도 양도소득세 122,,776,600원(가산세 포함)을 경정・고지하였다(이하 "이 사건 처분"이라 한다)

바. 원고가 이 사건 처분에 불복하여 2013. 5. 30. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 2013. 8. 12. 기각되었다.

인정근거다툼없는 사실, 갑 제1호증, 갑 제2호증의 1, 2, 을 제1, 2, 3, 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 원고가 양도소득세 과세표준신고 시 이월과세적용신청을 함으로써 정당하게 부과되었어야 할 전체세엑에 대하여 이월과세를 신청하려는 의사는 확인된 것이므로, 이후 원고가 수정신고를 한 부분에 대해서까지 이월과세가 적용되어야 한다.

2) 원고는 피고가 세액을 경정하여 고지하기 전에 수정신고를 하여 오류를 수정하였으므로, 하자가 치유되었다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 구 조세특례제한법 제31조 제3항, 같은 법 시행령 제28조 제3항에 의하면 이월과세적용을 받으려는 사람은 통합일이 속하는 과세연도의 과세표준신고 시 이월과세적용신청서를 제출하여야 한다. 따라서 이월과세적용신청서의 제출이 이월과세의 적용 요건이므로, 단순한 계산착오로 세액을 과소하게 신고한 것이 아닌 이상 과세표준신고 시 납세자가 신청한 부분에 한하여 이월과세가 적용된다고 봄이 타당하다.

2) 또한 조세특례제한법 시행규칙 제15조는 이월과세를 적용함에 있어서 이월과세적용 대상자산의 취득가액은 당해자산 취득 당시의 실지거래가액으로 한다고 규정하고 있다.

이 사건의 경우, 앞서 든 증거들에을 제4호증의 기재를 더하여 보면, 원고가 2004. 3. 17. 이 사건 부동산을 임의경매에 의하여 취득하고, 양도소득세 과세표준신고 시 실지거래가액이 불분명하다고 보아 환산가액인 709,827,000원으로 신고한 사실, 피고의 과세예고통지 이후 취득가액을 383,359,000원으로 수정신고한 사실을 인정할 수 있다. 위와 같은 원고의 이 사건 부동산 취득 경위 및 수정신고 경위, 환산가액과 실지거래가액의 차이 등에 비추어 보면, 원고가 단순한 계산착오로 취득가액을 잘못 신고한 것이라 볼 수 없고, 원고가 당초 법인 통합일이 속하는 과세연도의 과세표준 신고기한 내에 이월과세적용신청을 하지 않은 이상 피고가 추가납부세액 부분에 대하여 이월과세를 인정하지 않은 것은 적법하다.

2) 원고는 과세표준 수정신고에 의하여 하자가 치유되었다고 주장하나, 국세기본법 제45조에 따르면 과세표준 수정신고는 과세관청이 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전까지 할 수 있도록 정하고 있고, 이 사건의 경우 원고는 피고의 과세예고통지를 받은 후 그 내용에 따라 취득가액을 정정하여 신고한 것으로서 이월과세를 적용받을 수 있는 수정신고로서의 효력을 가진다고 볼 수도 없다. 따라서 이월과세를 적용받을 수 있는 수정신고로서의 효력을 가진다고 볼 수도 없다. 따라서 그로써 하자가 치유되었다는 이 부분 원고의 주장도 이유 없다.

3. 결 론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

심급 사건

참조조문