가. 청구법인은 전기공사업을 영위하는 사업자로 2000년 제2기과세기간 중 주식회사 OOOOOO로부터 수취한 공급가액 180,000천원 상당의 매입세금계산서 5매(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)에 대하여매입세액을 공제하고 공급가액을 손금산입하여 2000년 제2기 부가가치세 및 2000사업연도 법인세를 신고하였다.

나. 2005년 12월 OO세무서장은 쟁점세금계산서를 교부한 주식회사OOOOOO를 자료상혐의자로 고발하고 처분청에 과세자료로 통보하였고, 이에 처분청은 쟁점세금계산서를 실물거래없는 가공매입계산서로 보아 동 세금계산서에 대하여 매입세액을 불공제하고 공급가액을손금불산입하여 2006.8.15. 청구법인에게 2000년 2기분 부가가치세 41,517,000원 및 2000사업연도분 법인세 109,248,700원을 경정고지하는 한편, 198,000,000원을 당시 대표자에 대한 2000년 귀속 소득금액으로 하여 청구법인에게 소득금액변동통지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2007.2.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 1986.1.16. 이OO가 OOOOO OO OOO OOOOO에서 주식회사 OOOO이라는 상호로 개업하여 전기공사업을 영위하였고 2002.3.7. 현 경영진이 이OO 외 2인으로부터 청구법인의주식을 전부 인수하고 대표이사, 이사 및 감사를 전원 교체하였고 본점소재지를 OOOOO OO OOO OOOOO로 이전함과 동시에 현재의 상호로 변경등기하여 법인의 실질적인 경영주체가 변경되었다.

국세기본법 제85조의 3 제2항에 의하면, 장부 및 증빙서류는 그 거래사실이 속하는 과세기간에 대한 국세의 법정신고기한이 경과한 날로부터 5년간 보존하여야 한다고 규정하고 있는 바, 이는 세법상 증빙 및 장부의 의무보존기간이 5년이경과하였을 경우 과세관청은납세자와 특정사실의 존부에 대하여 다투지 않겠다는 것을 법률적으로천명한 것으로 과세처분의 전제조건이 되는 사실판단의 입증공방에 따른입증책임의 배분에서 납세자의 입증책임을 소멸·면제시켜 주는 조항으로 해석되기 때문에 세법상 증빙 및 장부의 보존기간은 일반적 국세부과제척기간인 5년과 일치하고 있는 것이다.

청구법인은 쟁점세금계산서의 거래 이후 실질적인 경영주체가 변경되었고, 장부보관기간인 5년이 경과되어 동 거래의 사실관계를 입증하는 서류를 제시하지 못하였으나, 위의 규정과 같이 증빙보존 의무기간이 경과된 사안에 대하여 부실조사의 개연성이 많은 이 건 조사내용에 따라 부과제척기간을 10년으로 하여 과세한 처분은 근거과세의 원칙 및 입증책임의 법리를 위반한 것이므로 취소하여야 한다.

(2) 또한, 처분청은 쟁점세금계산서의 거래 이후 청구법인의 실질적인 경영주체가 변경되었음에도 가공거래에 의한 대표자 상여처분을 실지 귀속자인 당시 대표자 이OO에게 직접 소득금액변동통지 아니하고 소득세법 시행령 제192조 제1항 단서에 의해 청구법인이 원천징수하여 납부하도록 청구법인에게 소득금액변동통지하였다.

원천징수의 본질은 본원적 납세의무자가 아닌 원천징수의무자에게 경제, 시간, 노력의 희생과 협조에 의해 세입의 평준화, 세입의 조기확정 및 징세의 편의 등의 국고적 목적을 달성하기 위한 제도로서 국고적인 목적의 편익과 원천징수의무자의 희생을 교량하여 적정한 비례관계를 유지하여야 하는 바, 이와 같은 원천징수의무를 규정하는 조세법률 및 이에 대한 집행은 비례의 원칙이 준수되는 경우에 그 정당성이 인정되고 국민의 수인의무가 발생하는 것이다.

그러나 이 건의 경우는 청구법인과 이OO 사이에 계속적인 금전지급 관계가 단절된 상태에서 이OO가 부담하여야 할 9천여만원의 소득세를 청구법인에게 고지하고 무자산인 이OO에게 현실적으로 불가능한 구상권을 행사하여 충당하라는 논리는 원천징수의무제도의 본질 및 내재적 한계를 벗어난 것이므로 이 건 소득금액변동통지 처분을 대표자 이OO에게 하지 아니하고 청구법인에게 한 것은부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 국세기본법 제26조의 2의 부과제척기간과 같은 법 제85조의3의 장부 등의 비치 및 보존기간 규정은 별개이고 가공매입자료에 대한 실거래 사실은 이를 주장하는 자가 객관적인자료에 의하여 입증하여야 함에도 청구법인은 의무보존기간 경과를 이유로 쟁점세금계산서와 관련된 거래에 대하여 실제 거래사실이 입증되는 자료를 전혀 제시하지 못하고 있으므로 근거과세원칙 등에 반하는 부당한 처분이라는 주장은 이유없으며,

또한, 자료상으로부터 수취한 쟁점세금계산서에 대하여 그 매입세액을 공제받고 손금산입하여 법인세 소득금액을 계산한 것은 사기 기타 부정한 행위로서 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우에 해당되므로 쟁점세금계산서에 대한 국세부과제척기간을 10년으로 하여 과세한 당초 처분은 정당하다.

(2) 소득세법 제127조는 법인세법에 의하여 상여처분된 갑종근로소득을 거주자에게 지급하는 자는 그 거주자에 대한 소득세를 원천징수하여야 한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제192조는 법인세법에 의하여 세무서장이 법인소득금액을 결정 또는 경정함에 있어서 처분되는 배당ㆍ상여 및 기타소득은 법인소득금액을 결정 또는 경정하는 세무서장 또는 지방국세청장이 그 결정일 또는 경정일부터 15일내에 재정경제부령이 정하는 소득금액변동통지서에 의하여 당해 법인에게통지하도록 하고 있고, 예외적으로 법인의 소재지가 불분명하거나 국세징수법에 의한 결손처분 사유에 해당되는 경우에는 당해 상여소득의 처분을 받은 거주자에게 통지하도록 규정하고 있는 바, 청구법인은 그 소재지가 불분명하거나 국세징수법에 의한 결손처분의 사유에 해당되지 아니하므로 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

(1) 가공거래에 대한 국세부과제척기간을 10년으로 하여 과세한 처분의 당부

(2) 가공거래의 실지 소득귀속자가 법인을 양도하여 주주 및 경영진이 모두 교체된 경우에 당시 대표자가 아닌 청구법인에게 소득금액변동통지한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 국세기본법 제26조【납부의무의 소멸】 국세·가산금 또는 체납처분비를 납부할 의무는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 소멸한다.

2. 제26조의 2의 규정에 의하여 국세를 부과할 수 있는 기간 내에 국세가 부과되지 아니하고 그 기간이 만료된 때

제26조의 2 【국세부과의 제척기간】① 국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세방지를 위하여 체결한 조약(이하 “조세조약”이라 한다)의 규정에 의하여 상호합의절차가 진행중인 경우에는 국제조세조정에 관한 법률 제25조에서 정하는 바에 따른다.

1. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간

2. 납세자가 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

제85조의 3 【장부 등의 비치 및 보존】① 납세자는 각 세법이 규정하는 바에 따라 모든 거래에 관한 장부 및 증빙서류를 성실하게 작성하여 비치하여야 한다.

② 제1항의 규정에 의한 장부 및 증빙서류는 그 거래사실이 속하는 과세기간에 대한 당해 국세의 법정신고기한이 경과한 날부터 5년간 보존하여야 한다.

(2) 국세기본법 시행령 제12조의 3 【국세부과 제척기간의 기산일】① 법 제26조의 2 제3항의 규정에 의한 국세를 부과할 수 있는 날은 다음 각호의 날로 한다.

1. 과세표준과 세액을 신고하는 국세에 있어서는 당해 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한(이하 과세표준 신고기한 이라 한다)의 다음 날. 이 경우 중간예납·예정신고·예정결정기간에 대한 신고 및 수정신고기한은 과세표준 신고기한에 포함되지 아니한다.

(3) 법인세법 제67조 【소득처분】 제60조의 규정에 의하여 각사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여ㆍ배당ㆍ기타 사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

(4) 법인세법 시행령 제106조【소득처분】① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(괄호안 생략)에게 귀속된 것으로 본다.

가. 귀속자가 주주 등(임원 또는 사용인인 주주 등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당

나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

라. 귀속자가 가목 내지 다목외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득

(5) 소득세법 제127조 【원천징수의무】① 국내에서 거주자나 비거주자에게 다음 각 호의 1의 소득금액 또는 수입금액을 지급하는 자는 이 절의 규정에 의하여 그 거주자나 비거주자에 대한 소득세를 원천징수하여야 한다.

4. 갑종에 속하는 근로소득금액

② 제1항의 규정에 의한 원천징수를 하여야 할 자를 대리하거나 그 위임을 받은 자의 행위는 수권 또는 위임의 범위안에서 본인 또는 위임인의 행위로 보아 제1항의 규정을 적용한다.

⑤ 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 원천징수를 하여야 할 자를 “원천징수의무자”라 한다.

(6) 소득세법 시행령제192조 【소득처분에 의한 배당ㆍ상여 및 기타소득의 지급시기 의제】① 법인세법에 의하여 세무서장이 법인소득금액을 결정 또는 경정함에 있어서 처분되는 배당ㆍ상여 및 기타소득은 법인소득금액을 결정 또는 경정하는 세무서장 또는 지방국세청장이 그 결정일 또는 경정일부터 15일내에 재정경제부령이 정하는 소득금액변동통지서에 의하여 당해 법인에게 통지하여야 한다. 다만, 당해 법인의 소재지가분명하지 아니하거나 그 통지서를 송달할 수 없는 경우 또는 당해 법인이 국세징수법 제86조 제1항 제1호ㆍ제2호 및제4호의 규정에해당하는 경우에는 당해 주주 및 당해 상여나 기타소득의 처분을 받은거주자에게 통지하여야 한다.

(7) 국세징수법 제86조 【결손처분】① 세무서장은 납세자에게다음 각호의 1에 해당하는 사유가 있는 때에는 결손처분을 할 수 있다.

1. 체납처분이 종결되고 체납액에 충당된 배분금액이 그 체납액에 부족한 때

4. 대통령령이 정하는 바에 의하여 징수할 가망이 없다고 인정되는 때

② 세무서장은 제1항의 규정에 의하여 결손처분을 한 후 압류할 수 있는 다른 재산을 발견한 때에는 지체없이 그 처분을 취소하고 체납처분을 하여야 한다.

(8) 국세징수법 시행령 제83조【결손처분】① 법 제86조 제1항 제4호의 규정에 의한 결손처분은 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한한다.

1. 체납자의 행방이 불명하거나 재산이 없다는 것이 판명된 때

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점1에 대하여 본다.

(가) 청구법인은 과세관청이 쟁점세금계산서를 발행한 주식회사 OOOOOO에 대한 자료상조사를 방치하다가 거래일로부터 장부·증빙 보존기간 및 일반적인 국세부과제척기간인 5년이 경과되는 시점에 조사적출하여 자료파생한 후 국세부과제척기간을 10년으로 하여 과세한 것은 세법에 정한 근거과세의 원칙 및 입증책임의 법리 등에 반하는 부당한 처분이라고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다.

1)처분청이 과세근거자료로 제시한 주식회사 OOOOOO에 대한 OO세무서장의 자료상조사종결복명서를 보면, 동 업체는 조세범칙행위자로 고발된 주식회사OOO 대표이사 조OO의 명의로1996.10.1. 사업자등록하여 알루미나 제조업을 영위하다 2000.9.6.사업부진을 이유로 자진신고·폐업한 것으로 되어 있으나, 1997년말 파산하여 기계 등 제조설비를 철수하여 사실상 폐업한 것으로 조사·확인하고 있고, 2000년 1기 및 2기 과세기간 중 주식회사OOO 등으로부터 실물거래없는 가공매입세금계산서를 수취하여 매입자료와 무관한 거래처에 가공매출세금계산서를 발행하여 해당 과세기간 중의 매입액·매출액의 100%를 가공거래한 자료상혐의로 관할 경찰서에 고발된 것으로 되어 있다.

2) 국세기본법제26조 제2호는 납세자가 국세·가산금 또는 체납처분비를 납부할 의무는 같은 법 제26조의 2의 규정에 의한 국세를 부과할 수 있는 기간 내에 국세가 부과되지 아니하고 그 기간이 만료된 때 소멸되는 것으로 규정하고 있고, 같은 법 제26조의 2는국세부과제척기간에 대하여 규정하고 있으며, 같은 법 제85조의 3은 장부 등의비치 및 보존에 관하여 규정하고 있는 바, 장부 등의 비치 및 보존에 관한 규정은 근거과세를 위한 규정으로 법질서의 조속한 안정을 위한 부과제척기간에 관한 규정과는 별개라고 할 것이다.

3) 한편, 조세범칙행위자로 고발된 자로부터 수취한 가공매입거래 혐의자료에 대한 실거래 사실은이를 주장하는 자가 객관적인자료에 의하여 입증하여야 하는 것이나(국심 2005서3377, 2006.6.16. 같은뜻임), 청구법인은 장부 및 입증자료 등의 의무보관 기간경과를 이유로 쟁점세금계산서와 관련된 거래에 관하여 실지 거래 사실이 입증되는 자료를 제시하지 못하고 있으므로이 건 처분이 근거과세의 원칙 및 입증책임의 법리등에 반하는 부당한 처분이라는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다.

(나) 다음으로, 처분청이 쟁점세금계산서가 조세범범칙행위자로부터 수취한 가공매입 자료에 해당된다 하여 국세기본법상 국세부과 제척기간을 10년으로 보아 과세한 처분의 당부에 대하여 본다.

OO세무서장의 조사결과에 의하면, 쟁점세금계산서를 발행한 주식회사 OOOOOO는 전부 자료상인 것으로 나타나고 청구법인은쟁점세금계산서와 관련하여 실지 거래한 사실이 입증되는 자료를 제시하지 못하고 있어, 동 세금계산서는 실물거래없는 가공매입세금계산서로 보여지는 바,청구법인은 2000년 1기·2기 부가가치세 및 2000사업연도법인세 신고시 동 세금계산서에 대하여 매입세액을 공제하고 공급가액을손금산입하여신고·납부하였으므로 청구법인은부가가치세 및 법인세를 부당하게 감소시킨 행위를 한 것이 되고,

이는 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우에 해당된다 할 것이어서 쟁점세금계산서의 거래에 대하여 처분청이국세부과의 제척기간을 10년으로 보아 과세한 당초 처분은잘못이 없는 것으로 판단된다(국심 2003중2839, 2003.12.19. 외 다수 같은 뜻임).

(2) 쟁점2에 대하여 본다.

(가) 소득세법 제127조 제1항 제4호는 국내에서 거주자나 비거주자에게갑종에 속하는 근로소득금액을 지급하는 자는 그 거주자나비거주자에 대한 소득세를 원천징수하여야 한다고 규정하고 있고, 같은법 시행령 제192조 제1항은 법인세법에 의하여 세무서장이 법인소득금액을 경정함에 있어서 처분되는 배당·상여 및 기타소득은 법인소득금액을 경정하는 세무서장 또는 지방국세청장이 그 경정일로부터 15일내에 당해 법인에게 통지하여야 한다고 규정하고있으며, 동 항단서는 당해 법인의 소재지가 분명하지 아니하거나 그 통지서를 송달할 수 없는 경우 또는 당해 법인이 국세징수법 제86조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호에 정한 결손처분사유에 해당하는 경우에는 당해 상여소득의 처분을 받은 거주자에게 통지하도록 규정하고 있다.

(나) 청구법인의 2005사업연도 및 2006사업연도법인세 신고서 등에 의하면, 청구법인은 그 소재지가 OOOOO OOOOO OOOOO OOOOO OOOO인 계속사업자로 확인되고, 2006사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 각각 229,217천원 및 33,050천원으로 하여 법인세를 신고한 사실이 확인된다.

(다) 그렇다면, 청구법인은 계속사업자로서 이 건 소득금액변동통지일 현재 그 소재지가 불분명하거나 국세징수법에 의한 결손처분사유에 해당되지 아니하여 청구법인의 2000사업연도 소득금액을 경정함에 있어 당시 대표자에게 상여로 처분한 소득금액은 청구법인에게 통지하여야 하는 것이므로 이 건 소득금액변동통지를 청구법인이 아니라 당시 대표자인 이OO에게 하여야 한다는 청구법인의 주장 또한 받아들이기 어렵다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유없으므로 국세 기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.