2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 2004. 3. 3. ○○시 ○○동 1003 답 1,395㎡ 중 1/2 지분(이하 '이 사건 농지'라고 한다)을 취득하였다가 2008. 2. 15. 한국토지공사에 이를 양도한 다음, 2009. 2. 4. ○○시 △△면 △△리 115 전 955㎡(이하 '이 사건 대토농지'라고 한다)를 취득하였다.

나. 원고는 2009. 6. 1. 피고에게 양도소득세 확정신고를 하면서 이 사건 농지의 양도소득금액은 농지의 대토로 인하여 발생한 소득이라는 이유로 구 조세특례제한법 (2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제70조에 따른 양도소득 세 감면신청을 하였으나, 피고는 2009. 12. 11. 원고에게, 원고가 이 사건 농지의 양도일로부터 소급하여 3년 이상 직접 경작하지 아니하여 농지대토로 인한 감면규정이 적용되지 않는다는 이유로 2008년 귀속 양도소득세 52,423,630원의 부과처분을 하였다.

다. 이에 원고는 2010. 2. 10. 피고에게 이의신청을 하였고, 피고가 2010. 2. 17. 이 사건 농지의 취득가액을 수정한 결과 위 양도소득세 부과처분 중 양도소득세 15,714,840원을 직권경정하자 원고는 2010. 2. 18. 이의신청을 취하하였다. 피고는 2010. 3. 5. 원고에게 양도소득세를 36.708.790원으로 재결정 고지(이하 '이 사건 처분' 이라고 한다)하였다.

라. 이에 원고는 2010. 3. 18. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2010. 5. 25. 원고의 심판청구를 기각하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2, 3호증, 을 제1, 2, 4 내지 6호증(가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재 및 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 이 사건 농지에서 배추를 주로 경작하였는데, 배추는 파종시 잠깐 일손이 필요할 뿐이고 원고는 배추를 시장에 출하하여 돈을 벌기 위해서가 아니라 원고와 지인들이 나누어 소비하려고 하였기 때문에 배추에 농약 등을 살포하지 않아 원고가 이 사건 농지에서 배추를 경작하는 데 비용과 일손이 거의 들지 않았고, 원고가 경작한 면적은 210평 정도로 소규모로서 농기계를 보유할 필요가 없어 조AA을 고용하여 원고가 직접 하기 어려운 작업을 하도록 하는 등 원고는 이 사건 농지에서 3년 이상 자경하였으므로, 이 사건 농지의 양도로 인한 소득은 구 조세특례제한법 제70조의 자경농지 대토로 인한 양도소득세의 감면대상임에도 이와 다른 전제에서 한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지와 같다.

다. 판단

(1) 구 조세특례제한법 제70조 제1항, 구 조세특례제한법 시행령(2008. 2. 22. 대통령령 제20620호로 개정되기 전의 것) 제67조 제1항, 제2항, 제3항 제1호에 의하면, "3년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 직접 경작한 자가 종전 농지의 양도일부터 1년 내에 다른 농지를 취득하여 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우로서, 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적의 2분의 1 이상이거나 그 가액이 양도하는 농지의 가액의 3분의 1 이상인 경우"에는 농지의 대토로 인하여 발생하는 양도소득에 대하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고 있다.

(2) 구 조세특례제한법상 농지의 대토에 대하여 양도소득세를 감면하는 규정의 취지는 농지의 자유로운 대체를 보장함으로써 자경농민을 보호하고 농업을 장려함에 있는 것이어서, 그 감면의 대상은 자경 농가가 취득하여 경작하던 농지를 경작상의 필요에 의하여 대토하기 위한 경우로 제한하여 해석하여야 할 것이므로, 농지의 대토로 인한 양도소득세 감면요건은,① 종전 토지 및 새로 취득하는 토지가 농지여야 하고, ② 3년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 직접 경작하고 이에 더하여 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 직접 경작하여야 하며,③ 종전 토지의 양도일로부터 1년 이내에 그 거주와 경작을 시작하여야 하고,④ 종전 토지의 양도일과 새로 취득하는 토지의 취득일 사이의 기간이 1년 이내이어야 하며,⑤ 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적의 1/2 이상이거나 그 가액이 양도하는 농지의 가액의 1/3 이상이어야 한다. 이때, 농지를 '직접 경작'한다고 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성 식물의 재배에 상시 종사(농업인과 농지의 장소적, 시간적 근접) 하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력(농업인 자신의 직접적인 노동력 투입) 에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 뜻하고, 농지의 양도인이 경작상의 필요에 의하여 농지의 대토로 인하여 발생하는 소득에 대한 양도소득세를 감면받기 위해서는 그 주장의 위 ②의 요건 사실을 모두 증명하여야 한다(대법원 1993. 7. 13. 선고 92누11893 판결 등 참조).

(3) 이 사건에 관하여 보건대, 갑 제4, 5호증, 을 제8 내지 10호증의 각 기재 및 증인 민BB의 증언만으로는 원고가 3년 이상 이 사건 농지소재지에서 거주하면서 직접 경작한 사실을 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다. 오히려, 을 제7, 8호증의 기재에 의하면, 원고는 이 사건 농지 취득시부터 양도시까지 사이에, 2004년 166일, 2005년 262일, 2006년 211일, 2007년 309일, 2008년 34일 각 일본에서 체류하였을 뿐만 아니라, 이 사건 대토농지의 취득 이후에도 연중 대부분을 일본에서 체류하고 있는 사실, 원고에게 경작사실확인서를 작성해 준 김CC는 이후 위 경작사실확인서를 착오로 작성한 것이라고 확인한 사실이 인정될 뿐이다.

(4) 따라서 원고는 구 조세특례제한법상 양도소득세 감면규정의 적용요건을 구비 하지 못하였다고 할 것이므로, 원고의 주장은 이유 없고 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한 다.