가. 원고는 2005. 7. 11. 건설교통부고시 제2005-204호로 구 국가균형발전 특별법(2009. 4. 22. 법률 제9629호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘균형발전법’이라 한다) 제18조 제1항이 정한 이전대상공공기관으로 선정되었고, 2007. 2. 12.부터 공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법(이하 ‘혁신도시법’이라 한다) 제2조 제2호가 정한 이전공공기관에 해당하게 되었다.

나. 원고는 피고에게, 2012. 7. 27., 2013. 2. 27. 및 2013. 5. 21. 각 자본금 증가로 인한 법인등기 관련 등록면허세 및 지방교육세 신고를 하였고, 2012. 7. 31. 등록면허세 540,000,000원 및 지방교육세 108,000,000원, 2013. 3. 15. 등록면허세 480,000,000원 및 지방교육세 96,000,000원, 2013. 6. 11. 등록면허세 400,000,000원 및 지방교육세 80,000,000원을 각 납부하였다.

다. 그런데 원고는 2015. 10. 15. 피고에게, 구 지방세특례제한법(2015. 12. 29. 법률 제13637호로 개정되기 전의 것, 2013. 1. 1. 법률 제11618호로 개정되기 전의 것) 제81조 제2항(이하 개정법을 통틀어 ‘이 사건 조항’이라 한다)에는 이전공공기관의 법인등기에 대하여 등록면허세를 면제하도록 규정하고 있다고 주장하면서 위와 같이 신고납부한 세액에 대한 경정을 청구하였으나, 피고는 원고의 경정청구를 거부(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

[인정근거] 다툼이 없음, 갑 제1 내지 3호증(가지번호 포함) 및 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법여부

가. 원고의 주장 요지 이 사건 조항은 문언상 이전공공기관의 법인등기에 대하여 그 사유를 불문하고 등록면허세를 면제하도록 규정하고 있을 뿐만 아니라, 균형발전법, 혁신도시법의 입법목적이 단순히 공공기관의 지방이전을 촉진하는 데에 있는 것이 아니라...

참조조문