2. 피고의 나머지 항소를 기각한다.

3. 소송총비용 중 5/6는 원고가 부담하고, 나머지는 피고가 부담한다.

피고는 2012. 2. 14. 원고에 대하여 한 별지 1 목록 기재 제1, 6, 7, 8 부동산에 관한 취득세, 농어촌특별세, 등록세, 지방교육세의 각 부과 처분 및 제2 부동산에 관한 취득세, 농어촌특별세의 부과 처분, 제3, 4, 5 각 부동산에 관한 취득세, 등록세, 지방교육세의 각 부과처분을 취소한다.

2. 항소취지

주문 제1항 및 제1심 판결 중 별지 1 목록 기재 제3, 4, 5 각 부동산에 관한 취득세, 등록세, 지방교육세의 각 부과처분의 취소 청구 부분을 취소하고, 위 취소 부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다.

원고는 제1심에서 피고에 대하여, 별지 1 목록 기재 제1 내지 8 각 부동산에 관한 과세 처분의 취소를 구하였는데, 제1심 법원은 그 중 별지 1 목록 기재 제1, 6, 7, 8 각 부동산에 관한 과세처분의 취소 청구를 기각하고, 제2 내지 5 각 부동산에 관한 과세처분의 취소 청구를 인용하였다. 이에 대하여 피고만이 불복하여 항소하였으므로, 이 법원의 심판대상은 별지 1 목록 기재 제2 내지 5 각 부동산에 관한 과세처분 취소 청구 부분에 한정된다.

2. 처분의 경위

가. 원고는 2006. 10. 26.경 전남 고흥군 (주소 1 생략) 임야 11,692㎡(별지 1 목록 기재 제2 부동산), 같은 리 (주소 3 생략) 임야 2,106㎡(이후 같은 리 (주소 4 생략) 대 2,062㎡로 변경되었다)를 각 취득하고, 2007. 2. 23.경 같은 리 (주소 5 생략) 임야 2,581㎡(당초에는 등기부에 그 면적이 2,939㎡로 표시되었으나 이후 2,581㎡로 정정되었다), 같은 리 (주소 6 생략) 임야 217㎡를 각 취득하였는데, 의료법인으로서 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하였음을 전제로 구 지방세법(2007. 12. 31. 법률 제8835호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방세법’이라고 한다) 제287조 제2항 본문에 따라 피고로부터 위 각 토지의 취득세 등을 면제받았다.

나. 원고는 2007. 3. 18. 위와 같이 취득한 전남 고흥군 (주소 1 생략) 임야 11,692㎡ 중 7,665㎡, 같은 리 (주소 5 생략) 임야 2,581㎡ 중 219㎡, 같은 리 (주소 3 생략) 임야 2,106㎡에 대해 장례식장 및 휴게시설 조성을 목적으로 하여 피고로부터 산지전용허가를 받아 대지로 조성하고, 2008. 4.경 해당 부분에 대하여 토지분할 및 지목변경 절차를 마쳤다((주소 1 생략) 임야 11,692㎡의 일부가 (주소 2 생략) 대 7506㎡로, (주소 3 생략) 임야 2,106㎡는 (주소 4 생략) 대 2,062㎡로, (주소 5 생략) 임야 2,581㎡의 일부가 같은 리 (주소 7 생략) 대 219㎡로 분할되거나, 지목, 지번이 변경되었다).

다. 원고는 2007년경 전남 고흥군 (주소 2 생략) 대 지상에 기존 병원의 부속건물로서 별지 1 목록 기재 건물을 신축하는 한편, 2009. 10. 30. 전남 고흥군 (주소 7 생략) 등 대 지상에 철근콘크리트조 슬래브지붕 3층 노인요양시설(이하 ‘이 사건 노인요양시설’이라 한다)의 신축 공사에 착공하여 2010. 10. 7. 완공한 후 노인요양시설을 운영하고 있다.

라. 원고는 2008. 2. 28. 별지 1 목록 기재 제5 부동산을, 2008. 3. 6. 별지 목록 제4 부동산을, 2010. 9. 2. 별지 1 목록 기재 제3 부동산을 각 취득하였다.

마. 피고는 2008. 4. 21. 원고에게 별지 1 목록 기재 제1 건물에 관하여 취득세 등으로 합계 18,842,440원을 납부하였다.

바. 피고는 2012. 2. 14. 원고에게 아래와 같이 세금을 부과·고지하였다(이하 순번에 따라 ‘이 사건 제1 내지 8 처분’이라 한다).

① 별지 1 목록 기재 제1 건물에 대하여 취득세 7,347,360원(가산세 890,750원, 납부불성실가산세 2,002,850원 포함), 농특세 734,720원(가산세 및 납부불성실가산세 289,350원 포함), 등록세 2,815,630원(가산세 341,350원, 납부불성실가산세 767,520원 포함), 지방교육세 528,980원 등 합계 11,426,690원

② 별지 1 목록 기재 제2 부동산의 지목변경에 대하여 그 총 공사비 1,517,721,290원 중 시설공사 도급 변경 계약서에 의하여 확인된 토목공사비 573,932,000원과 계정별 원장에 의하여 확인된 토목공사비용 187,000,000원, 장례식장 토목공사비 17,000,000원의 합계 777,932,000원을 지목 변경에 소요된 금액으로 인정하여 이를 과세표준으로 삼아 취득세 25,671,740원, 농특세 2,567,160원 등 합계 28,238,900원

③ 별지 1 목록 기재 제3 부동산에 대하여 취득세 1,421,600원, 등록세 1,421,600원, 지방교육세 263,220원 등 합계 3,106,420원

④ 별지 1 목록 기재 제4 부동산에 대하여 취득세 1,492,880원, 등록세 1,492,880원, 지방교육세 280,170원 등 합계 3,265,930원

⑤ 별지 1 목록 기재 제5 부동산에 대하여 취득세 617,080원, 등록세 617,080원, 지방교육세 115,810원 등 합계 1,349,970원

⑥ 별지 1 목록 기재 제6 부동산에 대하여 취득세 280,370원, 농특세 28,020원, 등록세 280,370원, 지방교육세 52,680원 등 합계 641,440원

⑦ 별지 1 목록 기재 제7 부동산에 대하여 취득세 2,097,820원, 농특세 209,770원, 등록세 2,097,820원, 지방교육세 393,730원 등 합계 4,799,140원

⑧ 전남 고흥군 도양읍 (주소 2 생략) 대 4,421㎡, 같은 리 (주소 4 생략) 대 1,793㎡, 같은 리 (주소 8 생략) 대 142㎡, 같은 리 (주소 9 생략) 대 183㎡에 대하여 취득세 452,070원, 농특세 45,180원, 등록세 452,070원, 지방교육세 84,910원 등 합계 1,034,230원

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제1, 6호증의 각 기재(각 가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

3. 제2 내지 5 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 다음과 같은 이유로 이 사건 제2 내지 5 처분이 위법하다고 주장한다.

1) 이 사건 제2 처분 : 별지 1 목록 기재 제2 부동산 중 일부만이 지목 변경되었음에도 그 전부에 관하여 취득세 등을 부과한 것은 위법하고, 원고가 위 부동산을 취득한 직후 피고에게 노인복지시설 사업승인을 신청하였다가 관련 부지 미확보를 이유로 반려되었고, 이에 추가로 토지를 취득하고 토목공사를 실시하여 지목변경까지 마친 다음 사업승인을 받고 보조금을 교부받아 착공에 이르게 되었던바, 이러한 과정 자체로 위 부동산을 의료업에 직접 사용한 것으로 볼 수 있고, 그렇지 않더라도 이는 원고가 노인복지시설의 착공에 이르기까지 반드시 거쳐야 하는 절차로서 위 부동산의 취득일로부터 1년 내에 의료업에 직접 사용하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우라고 보아야 한다.

2) 이 사건 제3 내지 5 처분 : 별지 1 목록 기재 제3 내지 5 부동산은 원고가 소속 의사, 간호사 등 종사자들의 숙소로 사용하기 위해 취득한 것이고 현재도 종사자들이 거주하는 숙소로 사용되고 있는바, 이는 의료업에 직접 사용하는 경우에 해당한다.

나. 관계 법령

별지 2 기재와 같다.

다. 제2 처분의 적법 여부에 관한 판단

1) 을 제6호증의 1~4의 각 기재에 의하면, 원고가 전남 고흥군 (주소 1 생략) 임야 11,692㎡의 일부에 대하여 대지 조성 공사를 하여 같은 리 (주소 2 생략) 대 7506㎡로 분할, 지목 변경한 것에 대하여 피고가 이를 취득으로 보고 구 지방세법 제111조 제5항 제3호 , 구 지방세법 시행령(2010. 9. 20. 대통령령 제22395호로 개정되기 전의 것) 제82조의3 제1항 제2호 에 의하여 대지 조성 공사의 토목공사비 합계 777,932,000원을 과세표준으로 하여 취득세 등을 산출한 사실을 인정할 수 있는바, 피고는 위 (주소 1 생략) 임야 중 대지로 지목이 변경된 같은 리 (주소 2 생략) 부분에 한하여만 취득세 등을 부과하였다고 할 것이므로, 지목이 변경되지 아니한 나머지 부분에 대하여도 취득세를 부과하였다는 원고의 주장은 이유 없다.

2) 구 지방세법 제287조 제2항 은 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여 취득세를 면제하는바, 원고가 별지 1 목록 기재 제2 부동산에 노인요양시설을 신축하고, 이를 운영하고 있는 사실은 다툼이 없으나, 의료법은 제3조 에서 ‘의료업’을 의료인이 공중 또는 특정 다수인을 위하여 하는 의료·조산의 업이라고 정의하고 있고, ‘의료기관’으로 의원, 치과의원, 한의원, 조산원, 병원, 치과병원, 한방병원, 요양병원, 종합병원을 열거하고 있을 뿐인 점, 노인요양시설은 노인복지법 제34조 의 노인의료복지시설의 하나로서 노인복지법에 의하여 규율되는 것이고, 의료법은 제49조 제1항 제3호 에서 노인의료복지시설의 설치·운영을 ‘의료업무 외에 부대사업’으로 운영할 수 있다고 정하고 있는 점, 2011. 1. 1. 시행된 지방세특례제한법(2010. 3. 31. 법률 제10220호로 제정)은 의료법인 등에 대한 과세특례( 제38조 )와 별도로 제20조 에서 노인복지시설에 사용하기 위하여 취득한 부동산에 대하여 취득세를 면제 또는 경감하도록 정하고 있는 점 등에 비추어 보면, 노인요양시설의 운영을 의료업이라고 볼 수 없다고 할 것이니, 원고가 그 지상에 노인요양시설을 건립하여 운영하고 있는 별지 1 목록 기재 제2 부동산이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산이라는 원고의 주장은 이유 없다.

3) 설령 노인요양시설의 운영이 의료업에 해당한다고 하더라도, 구 지방세법 제287조 제2항 은 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여 취득세를 면제하되, 취득일부터 1년 안에 정당한 사유 없이 의료업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 그 해당 부분에 대하여 면제된 취득세를 추징하도록 규정하고 있으므로, 원고가 2006. 10. 26. 별지 1 목록 기재 제2 부동산을 취득한 후 2009. 10. 30. 노인요양시설의 신축 공사를 착공하여 2010. 10. 7. 완공한 후에야 이를 운영한 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 피고가 면제된 취득세 등을 추징한 것은 적법하다(원고는 노인요양시설 사업승인 신청 등의 과정 자체를 의료업에 직접 사용한 것으로 보아야 한다고 주장하나, 이를 인정할 아무런 근거가 없다).

이에 대하여 원고는 취득일로부터 1년 안에 의료업에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 주장하므로 살피건대, 여기서 정당한 사유란, 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 부동산의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 부동산을 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 하고( 대법원 1996. 1. 26. 선고 95누13104 판결 , 대법원 2000. 5. 12. 선고 2000두1300 판결 등 참조), 토지를 취득하여 고유업무에 직접 사용하기 위한 건축 등의 공사를 하였다면 그 토지를 고유업무에 직접 사용하지 못한데 정당한 사유가 있는 것으로 보아야 하나( 대법원 2009. 3. 12. 선고 2006두11781 판결 참조), 토지를 취득할 당시 그 사업 내지 고유업무에 사용할 수 없는 법령상의 장애사유가 있음을 알았거나, 설사 몰랐다고 하더라도 조금만 주의를 기울였더라면 그러한 장애사유의 존재를 쉽게 알 수 있었던 상황 하에서 토지를 취득하였고, 취득 후 일정 기간 내에 당해 토지를 그 사업 내지 고유업무에 직접 사용하지 못한 것이 동일한 사유 때문이라면, 취득 전에 존재한 법령상의 장애사유가 충분히 해소될 가능성이 있었고 실제 그 해소를 위하여 노력하여 이를 해소하였는데도 예측하지 못한 전혀 다른 사유로 그 사업에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 그 법령상의 장애사유는 당해 토지를 그 업무에 직접 사용하지 못한 데 대한 정당한 사유가 될 수 없는바( 대법원 2002. 9. 4. 선고 2001두229 판결 ), 갑 제4호증의 2~11, 13, 14, 갑 제10호증의 1, 2, 3, 갑 제11호증의 1~4의 각 기재에 의하면, 원고가 2007. 3. 18. 산지전용허가를 받고 그 무렵 대지로 조성한 후 2008. 4.경 토지분할 및 지목변경을 마친 사실, 원고가 2008. 4. 16. 피고에게 재차 노인요양시설 설치·운영 사업을 신청하여 2009. 4. 17. 피고로부터 노인전문요양시설 신축사업 확정통보를 받고, 2009. 9. 14. 건축허가를 받은 후, 2009. 10. 30.경 이 사건 노인요양시설 신축 공사에 착공한 사실을 인정할 수 있으나, 토지 취득일로부터 위 산지전용허가 및 대지조성 공사, 지목변경 절차, 노인요양시설 설치·운용 사업 신청 절차 등을 거쳤다는 위와 같은 사정만으로는 원고가 진지한 노력을 다 하였음에도 취득일로부터 약 2년 11개월이 지나서야 신축 공사에 착공할 수밖에 없었음을 인정하기에 부족하고, 산지를 전용하여야 하는 법령상의 장애사유는 정당한 사유라고 보기 어려우며, 달리 원고가 취득일인 2006. 10. 26.로부터 1년 안에 공사에 착공하지 아니한 데에 정당한 사유가 있다고 인정할 증거가 없으므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

4) 따라서 피고가 원고에게 별지 1 목록 기재 제2 부동산에 관하여 취득세 등을 부과한 이 사건 제2 처분은 적법하고, 이에 반하는 원고의 주장은 이유 없다.

라. 제3, 4, 5 처분의 적법 여부에 관한 판단

1) 지방세법 제107조 제1호 와 제127조 제1항 제1호 는 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득 및 그 등기에 대하여는 취득세와 등록세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있는바, 위 각 규정에서 비영리사업자가 당해 부동산을 ‘그 사업에 사용’한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 비영리사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, ‘그 사업에 사용’의 범위는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다( 대법원 2002. 4. 26. 선고 2000두3238 판결 , 대법원 2012. 5. 24. 선고 2011두15183 판결 등).

2) 원고가 ○○○○병원이라는 의료기관에서 의료업을 운영하고 있는 사실은 당사자 사이에 다툼이 없고, 갑 제8호증, 갑 제13호증의 1, 2, 3, 갑 제14호증, 갑 제15호증의 1~10의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하면, 별지 1 목록 기재 제3 부동산에는 2010. 6.경부터 2011. 6.경까지는 위 병원 정형외과 의사인 소외 1이, 그 후부터 2013. 6.경까지는 위 병원의 병원장인 소외 2가 사용하고 있고, 제4 부동산에는 2008. 6.경부터 2013. 6.경까지 위 병원 일반외과 의사인 소외 3이 사용하고 있으며, 제5 부동산에는 2008. 3.경부터 2010. 12.경까지는 위 병원의 마취통증과 의사인 소외 4가, 그 후부터 2011. 12.경까지는 위 병원 전산실 실장인 소외 5가, 그 후부터 2012. 12.경까지는 위 병원 내과 의사인 소외 6이 각 사용한 사실을 인정할 수 있는바, 소외 1과 소외 2, 3, 4 등은 위 병원에서 근무하는 의사 또는 직원으로서 필요불가결한 존재이고, ○○○○병원은 35개의 입원실을 갖추고 있고, 대도시와 멀리 떨어진 곳에 위치하고 있어 입원환자나 응급환자의 야간 등 진료를 위하여 의사들이 대기할 수 있도록 병원 인근에 그러한 목적에 상응하는 시설, 면적을 갖춘 사택을 제공하는 것이 위 병원 운영과 의료진 확보를 위하여 반드시 필요하다고 보이므로, 별지 1 목록 기재 제3, 4, 5 각 부동산은 의료업에 직접 사용되는 부동산이라고 할 것이니(원고가 병원 건물에 기숙사로 사용할 수 있는 공간을 보유하고 있다고 하여 달리 볼 것은 아니다), 위 각 부동산에 관하여 취득세 등을 부과한 피고의 제3, 4, 5 각 처분은 위법하다.

4. 결 론

그렇다면 원고의 청구 중 이 사건 제3, 4, 5 각 처분의 취소 청구 부분은 이유 있으므로 이를 인용하고, 이 사건 제2 처분의 취소 청구 부분은 이유 없으므로 이를 기각할 것인바, 제1심 판결 중 이 사건 제2 처분의 취소 청구 부분은 이와 결론을 달리 하여 부당하므로 이를 취소하고, 그 부분에 해당하는 원고의 청구를 기각하며, 이 사건 제3, 4, 5각 처분의 취소 청구 부분은 이와 결론을 같이 하여 정당하므로 피고의 나머지 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

[별지 생략]