2. 나머지 청구는 기각한다.

청구인은 청구외 OOO, OOO, OOO 등과 함께 공동으로 서울특별시 성동구 OO동 OOOOO 소재 대지 462.8㎡를 89.5.15 취득하여 지상에 근린생활시설(지상5층, 지하1층, 연면적 1,556.5㎡)를 89.12.29 건축하여 부동산임대업을 영위하다가 90.7.19 대지와 건물(이하에서 “쟁점부동산”이라 한다)을 청구외 OOO에게 양도한 후 90.8.20 강동세무서장에게 자산양도차익예정신고를 하고 90년 귀속 양도소득세 839,060원과 동방위세 83,900원을 납부하였다.

중부지방국세청장은 청구인에 대한 부동산취득자금출처에 대한 조사에서 쟁점부동산 양도가 부동산매매업에 해당한다고 보고, 거래상대방으로부터 확인한 실지양도가액 1,430,000,000원(토지·건물)을 총수입금액으로 하고, 토지등매매차익 353,210,000원을 소득표준율에 의하여 추계조사결정하여 청구인지분(1/4)에 상당하는 88,302,500원에 대하여 종합소득세를 과세하도록 처분청에 통보하였다. 처분청은 이에 따라 95.1.16 청구인에게 90년 귀속 종합소득세 64,066,510원과 동 방위세 12,813,300원을 결정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 95.3.10 심사청구, 95.6.20 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

(1) 사업장관할 동부세무서장이 부동산매매업에 해당하지 않는다고 92.12.16 조사종결한 사실이 있음에도 이를 번복하여 부동산매매업으로 과세한 처분은 부당하다. 청구인은 임대업을 영위하기 위하여 쟁점부동산을 취득, 임대업을 영위하던 중 동업자간의 불화로 부득이 임대업을 포괄양도한 것이지 매매를 목적으로 취득하여 양도한 것이 아니고 1과세 기간에 1회이상 취득, 2회이상 양도한 사실이 없으므로 부동산매매업에 해당하지 아니한다.

(2) 처분청은 토지등매매차익을 추계조사결정하였으나 장부를 비치기장하여 이를 근거로 소득금액을 계산할 수 있을 때에는 실지조사결정하여야 하고 이를 근거로 계산할 수 없는 명백한 사유가 있을 때에 한하여 추계결정하는 것인데 청구인은 임대업을 폐업하면서 동부세무서장에게 실지조사신청을 하여 동부세무서장이 임대소득금액 3,043,097원에 대하여 종합소득세 101,154원을 실지조사결정한 사실이 있어 관련장부에 의거 토지등매매차익을 계산할 수 있으므로 추계조사결정한 처분은 부당하다.

(3) 처분청은 거래상대방으로부터 확인한 실지양도금액 1,430,000,000원을 부동산매매업의 총수입금액으로 하였으나 건물분부가가치세 99,318,809원을 경정결정하였으므로 양도가액에서 이 금액을 차감한 1,330,681,191원을 부동산매매업 총수입금액으로 하여야 한다.

(4) 청구인이 쟁점부동산 양도후 자진납부한 양도소득세 839,060원, 방위세 83,900원과 임대사업에 대한 종합소득세 101,150원, 방위세 10,110원을 기납부세액으로 공제하여야 한다.

나. 국세청장 의견

(1) 공동사업자 4인 중 OOO를 제외한 3인이 쟁점부동산 양도 후 그 자금으로 91.6.26 송파구 OO동 OOOOOO외 3필지 1,333㎡를 취득 아파트를 신축한 사실이 확인됨을 볼 때 청구인은 사업목적으로 부동산을 계속하여 취득·양도한 것이므로 부동산매매업에 해당한다.

(2) 청구인에 대하여 장부를 제시하도록 요구하였으나 청구인이 이를 제시하지 아니하였고 장부를 비치하지 아니하고 있음을 확인하였으므로 토지등매매차익의 추계조사결정 사유에 해당한다.

(3) 쟁점부동산 양도가액에서 건물분 부가가치세매출세액 99,318,809원을 차감한 1,330,681,191원을 부동산매매업총수입금액으로 함이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 쟁점부동산양도가 부동산매매업에 해당하는지 여부,

(2) 소득금액을 추계결정한 처분의 당부,

(3) 양도가액에서 건물분 부가가치세 상당액을 공제하여 총수입금액을 계산 하는지 여부,

(4) 청구인이 신고·납부한 양도소득세 및 종합소득세를 총결정세액에서 공제하여야 하는지 여부를 가리는데 있다.

나. 사실관계

청구인은 OOO 등 3인과 함께 대지를 취득하여 근린생활시설을 건축한 사실, 89.8.21 부동산임대업으로 동부세무서에 사업자등록을 하고 임대업을 하던 중 90.8.28 폐업신고하면서 종합소득세 41,800원, 방위세 4,180원을 납부한 사실, 쟁점부동산을 양도한 후 자산양도차익예정신고를 하고 양도소득세 839,060원 방위세 83,900원을 납부한 사실, 동부세무서장은 부동산임대업에 대한 실지조사 결과 장부를 비치기장하고 있음을 확인하였고 부동산임대업수입금액 누락분 46,232,691원, 소득금액 12,172,390원을 결정하여 청구인에게 90년 귀속 종합소득세 59,350원, 방위세 5,930원을 고지하였고 청구인은 이 금액을 91.1.29 납부한 사실, 당시 재무제표 중 대차대조표의 고정자산은 토지 536,406,500원, 건물 705,342,963원, 기계장치 27,000,000원, 집기비품 5,756,400원 등 합계 1,274,505,868원인 사실, 쟁점부동산 양도대금 중 775,000,000원이 주식회사 OO주택의 계좌에 입금된 사실, 쟁점부동산 양도 후 91.6.28 서울특별시 송파구 OO동 OOOOOO 외 2필지 대지를 취득(청구외 OOO 등 11명 공동)하여 지상에 아파트를 건축한 사실, 처분청은 부동산매매업으로 과세함에 있어 총수입금액을 양도가액 1,430,000,000원으로 하고 매매차익은 추계조사결정한 사실, 동부세무서장은 쟁점부동산의 건물분부가가치세 매출세액을 99,318,809원으로 하여 청구인 등 공동소유자 4인에게 부가가치세를 경정고지한 사실 등이 토지 및 건물등기부등본, 동부세무서장의 임대업에 대한 종합소득세 조사서 및 결정결의서, 종합소득세일인별징수부, 중부지방국세청장의 증여세 조사서 및 결정결의서, 자산양도차익예정신고서, 국세청자료, 부가가치세경정결의서 등에서 확인된다.

한편 처분청은 국세청장의 심사결정주문에 따라 건물분부가가치세 99,318,809원을 양도가액에서 차감하여 총수입금액 1,330,681,191원, 토지등매매차익 82,169,563원, 종합소득세 59,650,800원, 방위세 11,930,160원으로 각각 감액 경정한 사실이 종합소득세결정결의서에서 확인된다.

다. 쟁점 (1)에 대하여 본다.

소득세법 제20조 제1항 제8호 및 같은법시행령 제36조 제3호는 부동산매매업에서 발생하는 소득을 사업소득으로 규정하고, 소득세법기본통칙 2-4-8...20 제1항 제1호는 “부동산의 매매(건물을 신축하여 판매하는 경우를 포함한다)또는 중개를 사업목적으로 나타내어 부동산을 판매하거나 사업상의 목적으로 부가가치세법상 1과세기간내에 1회이상 부동산을 취득하고 2회 이상 판매하는 경우”에 부동산매매업의 범위에 포함된다고 규정하고 있다.

부동산매매로 인한 소득을 사업소득으로 볼 것인지 여부는 그 매매가 수익을 목적으로 하는 것인지를 매매부동산의 규모, 매매양태 등을 종합하여 사회통념에 따라 판단하여야 할 것인데(국심94구459, 94.4.7 동지), 청구인이 근린생활시설 준공 후 단기간(7개월) 임대한 후 양도한 점, 양도대금을 재차 주택건설업을 영위하는 법인에 입금한 점, 쟁점부동산 이외에도 서울특별시 송파구 OO동 OOOOOO 등 대지를 취득하여 아파트를 건축한 사실 등을 종합해 볼 때 청구인은 사업목적으로 취득·양도한 것으로 판단된다. 청구인은 임대업을 영위하기 위하여 쟁점부동산을 취득하였다가 동업자간의 불화 때문에 부득이 양도하였다고 주장하나 이유없다.

한편 청구인은 동부세무서장이 92.12.16 공평과세위원회의 심의를 거쳐 부동산매매업에 해당하지 아니한다고 의결하였으므로 재차 부동산매매업으로 과세한 것은 신의성실원칙에 어긋나는 것이라 주장하나 쟁점부동산양도에 대하여 부동산매매업으로 과세하지 않는다는 확약을 한 바 없고 이 건은 앞에서 본 바와 같이 부동산매매업으로 봄이 정당하므로 청구주장은 인정할 수 없다(대법92누12919, 93.2.23 같은 뜻임). 따라서 부동산매매업으로 보아 종합소득세 과세한 처분은 정당하다.

라. 쟁점 (2)에 대하여 본다.

관련법령을 본다. 소득세법 제120조 제1항은 “정부는 대통령령이 정하는 명백한 객관적 사유로 인하여 제117조 내지 제119조 규정에 의하여 결정을 할 수 없는 때에 한하여 과세표준과 세액을 업종별소득표준율에 의하여 조사결정한다”고 규정하고, 같은법시행령 제169조 제1항은 “법 제120조 제1항에서 대통령령이 정하는 명백한 객관적 사유라 함은 다음 각호에 게기하는 것을 말한다”고 규정하고, 제1호는 “과세표준을 계산함에 있어 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 때”를 규정하고 있다.

종합소득세 과세표준 및 세액의 계산은 실지조사결정함이 원칙이고 추계조사결정은 실지조사결정이 불가능한 명백한 사유가 있는 경우에 한하여 예외적으로 인정되는 것인데 청구인 등 4명이 쟁점부동산을 취득하여 부동산임대업을 영위하다가 이를 폐업하면서 동부세무서장에 종합소득세신고한 사실이 있고 동부세무서장은 임대업수입금액에 대한 실지조사에서 장부를 비치·기장하고 있음을 확인하고 소득금액을 실지조사결정한 사실이 있음을 볼 때 이 건 부동산매매차익은 거래상대방으로부터 확인한 양도가액과 동부세무서장이 확인한 재무제표상 토지·건물·기계장치·집기비품의 장부가액에 의하여 계산이 가능할 것임에도 처분청이 이에 대한 조사를 소홀히 하여 이 건과 같이 추계조사결정한 처분은 앞의 소득세법령의 추계조사요건에 해당하지 아니하는 것으로 부당하다. 따라서 소득금액을 장부에 의하여 실지조사결정함이 타당하다.(쟁점부동산 공동소유자 중 OOO에 대한 심사청구결정(서울 95-610, 95.5.25) 같은 뜻임).

마. 쟁점 (3)에 대하여는 이미 국세청장의 심사결정 주문에 따라 처분청이 양도가액에서 부가가치세를 차감한 금액을 총수입금액으로 경정하였으므로 심리의 실익이 없어 이를 생략한다.

바. 쟁점 (4)에 대하여 본다.

소득세법 제131조 제1항은 “정부는 제117조 내지 제120조의 규정에 의하여 당해년도의 과세표준과 세액을 결정한 경우에 제16조 제4호의 규정에 의한 종합소득총결정세액, 퇴직소득총결정세액, 양도소득총결정세액과 산림소득총결정세액의 합계액이 다음 각호의 금액의 합계액을 초과하는 때에는 그 초과하는 세액을 과세표준확정신고일이 속하는 연도의 8월17일부터 8월31일까지 징수한다”고 규정하고, 제3호는 “자산양도차익예정신고납부세액”을, 제4호는 “수시부과세액”을, 제8호는 “확정신고자진납부세액”을 규정하고 있다.

청구인은 쟁점부동산양도 후 강동세무서장에 자산양도차익예정신고에 따른 양도소득세 839,060원, 방위세 83,900원을 납부하였고, 쟁점부동산임대사업에 대한 90년 귀속 종합소득세 101,150원과 동방위세 10,110원을 납부한 사실이 확인되고 있다. 한편 처분청은 이 건 종합소득세를 경정결정함에 있어 청구인의 쟁점부동산 임대에 따른 소득금액 3,043,097원(동부세무서장이 실지조사결정한 금액임)을 청구인의 91년도 종합소득에 산입하였음이 결정소득금액계산명세에서 확인되고 있다. 따라서 청구인이 납부한 위 양도소득세 및 임대사업에 대한 종합소득세는 종합소득세총결정세액에서 공제함이 위 법령의 규정에 비추어 타당하다.

사. 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호와 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.