가. 청구법인은 2003.12.5. OOO교육감으로부터 허가를 받아 장학금 지급을 목적으로 설립된 공익법인으로, 장학금 재원마련을 위해 설립 당시 특수관계에 있는 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다)의 발행주식 380주를 출연받은 후 현재까지 보유하고 있다.

나. 처분청은 청구법인이 2014～2016사업연도에 「상속세 및 증여세법 시행령」제13조 제5항에 따른 성실공익법인의 확인을 받지 아니하여 가산세 부과에서 제외되는 성실공익법인에 해당하지 아니한 것으로 보아 「상속세 및 증여세법」(이하 “상증법”이라 한다) 제48조 제9항 및 제78조 제7항에 따라 2019.1.10. 청구법인에게 증여세 2014.12.31. 증여분 OOO원, 2015.12.31. 증여분 OOO원, 2016.12.31. 증여분 OOO원 합계 OOO원(주식초과보유가산세)을 각 결정․고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.4.4. 이의신청을 거쳐 2019.8.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인의 성실공익법인 해당여부를 판단함에 있어 2008년 상증법령 개정으로 추가된 요건을 적용하는 것은 부당하다.

(가) 2013년 개정 상증법령 부칙에는 2008년 개정 상증법령 부칙을 명시적으로 개정하거나 삭제하는 규정이 없고, ‘개정규정은’이라는 표현은 단일규정 전체를 의미하는 것이 아니라 실제 개정이 이루어진 부분만을 의미하는 것으로 보아야 하는 점, 2013년 상증법령 개정 당시 2008년 개정 상증법령 부칙 규정을 삭제하거나 대체하는 내용이 없고, 개정이유에도 포함되지 않은 점, 2013년 개정 상증법령이 성실공익법인의 요건에 관한 기존 법체계를 근본적으로 변경하려는 취지가 아닌 점 등을 종합적으로 고려하면, 2008년 개정 상증법령의 부칙 규정의 효력이 상실된 것으로 볼 수 없다.

(나) 따라서 청구법인에 대해서는 2008년 개정 상증법령 부칙 규정이 여전히 적용되고 있으므로 2008.1.1. 이전에 출연한 청구법인에게 ‘2008년 추가 요건’(출연자 또는 그 특수관계인이 이사 현원의 5분의 1을 초과하지 않을 것, 외부감사 이행, 전용계좌 개설하여 사용, 결산서류 등의 공시)은 적용되지 않고, 2013년 개정 상증법령의 부칙 규정에 따라 ‘2013년 추가 요건 등’(장부의 작성·비치, 자기내부거래 금지, 특수관계에 있는 내국법인 광고․홍보 금지, 성실공익법인 확인)만 적용된다고 보아야 한다. 그렇다면, 청구법인의 성실공익법인 해당여부 및 가산세 부과 제외여부를 판단함에 있어서는 운용소득의 100분의 90 이상을 직접 공익목적사업에 사용, 제51조에 따른 장부의 작성·비치, 법 제48조 제3항에 따른 자기내부거래를 하지 아니할 것, 법 제48조 제10항 전단에 따른 광고·홍보를 하지 아니할 것, 성실공익법인의 요건을 충족하였는지 여부를 확인받았을 것만을 기준으로 판단하여야 한다.

(2) 위 성실공익법인 ‘확인’의 의미 및 실질과세원칙에 비추어 볼 때, 성실공익법인의 확인서류가 사후 제출되었음을 이유로 성실공익법인의 요건을 충족하지 않은 것으로 보아 가산세를 부과한 처분은 부당하다.

(가) 상증법령의 내용 및 개정취지 등에 비추어 보면, 기획재정부장관 또는 지방국세청장이 주무관청으로부터 자료를 제출받아 성실공익법인의 요건 충족여부를 확인하여 다시 주무관청 등에게 통보하기는 하지만, 위 확인은 성실공익법인의 공익성과 투명성을 확보하기 위하여 성실공익법인의 요건 충족여부에 대한 감독을 강화하겠다는 취지가 있는 것으로 볼 수 있을 뿐, 성실공익법인의 요건을 추가하여 창설하겠다는 취지는 아니라고 보아야 하고, 국세청 또한 이 건 확인 규정을 성실공익법인의 요건으로 포함시키지 않고 있다.

(나) 따라서 주무관청의 확인은 청구법인이 성실공익법인에 해당하였다는 과거의 역사적 사실을 확인하여주는 것일 뿐, 주무관청의 확인이 청구법인의 성실공익법인 효력발생요건은 아니므로 주무관청은 상증법 시행규칙 제4조 제1항 각 호의 2014～2016년 해당 서류를 검토하여 청구법인이 성실공익법인에 해당하는지를 확인하여 주면 된다.

(3) 청구법인이 성실공익법인 확인과 관련한 서류 등을 제때 제출하지 못한 것에는 「국세기본법」제48조 제1항의 정당한 사유가 있는 것으로 보아야 한다.

청구법인은 10년 이상의 기간 동안 처분청 및 주무기관에게 공익법인 출연재산 보고 및 출연재산 관련 자료의 공시를 통해 계열기업 주식보유를 신고하여 왔음에도 불구하고 처분청으로부터 가산세 부과에 관하여 어떠한 안내를 받은 사실도 없었던 점, 청구법인이 제대로 성실공익법인의 요건을 갖추고 확인절차를 진행하지 못하였던 것은 단순한 법률의 부지 또는 착오를 일으킨 것에서 비롯된 것이 아니라 오랜 기간동안 관련 법령이 여러 차례 개정되면서 경과규정에 따른 구법의 적용이 혼재됨에 따라 비전문가인 청구법인의 입장에서 변경된 법령의 내용을 철저히 주지하는 것이 불가능하였던 점, 처분청조차도 청구법인에 대해 계열기업 주식보유 한도초과로 인한 가산세 부과대상에 해당함을 알지 못하고 있던 중 2017년 8월경에 이르러서야 비로소 문제삼기 시작하였던 점, 처분청도 경과규정에 따른 관련 규정의 적용에 관하여 혼동하고 있는 등 청구법인의 계열기업 주식보유가 가산세 부과대상인지 여부를 제대로 판단할 수 없었던 것으로 보이는 점, 청구법인에 대한 성실공익법인의 요건에 관한 규정의 적용과 성실공익법인의 사후 확인 가부 등에 대하여 처분청과 달리 해석할 수 있는 여지가 있는 점, 청구법인은 성실공익법인 확인을 받는 것 외에 성실공익법인의 요건을 모두 갖추고 있고, 확인을 위한 서류의 제출이 늦어진 것에 불과한 점 등을 종합적으로 고려하면, 청구법인으로서는 성실공익법인에 해당하기 위한 추가 의무를 알지 못한 것에 무리가 없다 할 것이어서, 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 보아야 한다.

(4) 이 건 부과처분은 신의성실의 원칙 및 비례원칙에 위배된다.

(가) 청구법인은 2008.1.1.이후 새로운 주식 등의 출연 또는 취득사실이 없고, 운용소득의 90% 이상을 공익목적에 사용해 왔으므로 청구법인은 상증법령의 경과규정에 따라 성실공익법인으로서의 요건을 모두 갖추고 있다. 또한, 청구법인은 처분청에 매년 공익법인 출연재산 보고서를 제출하였고, 2009년부터는 공익법인 결산서류 공시대상으로서 국세청의 공익법인 결산서류 공시시스템에 공익법인 결산서류, 주식 등 출연 및 처분명세서, 출연받은 재산의 공익목적사용 현황명세서 등을 공시하고 있으며, 청구법인은 이런 보고, 공시절차를 통해 처분청에 계열기업 주식의 보유에 관한 내용을 신고해 왔다.

(나) 그럼에도 불구하고, 청구법인은 10여년간 처분청으로부터 계열회사 주식보유 한도초과와 관련하여 가산세의 부과가 문제된다거나 성실공익법인의 요건의 변경으로 인한 추가 의무부담과 관련하여 어떠한 안내나 통지를 받은 적이 없었으며, 청구법인이 처분청으로부터 해명을 요청받고 즉시 자료준비에 착수하여 성실공익법인 확인을 받은 점에 비추어 보면, 처분청의 의지에 따라 가산세의 부과금액이 달라졌을 가능성이 높다.

(다) 한편, 가산세는 의무위반에 대한 제재로서 부과되는 것이므로 의무위반의 정도와 부과되는 제재 사이에 있어서 적정한 비례관계가 유지되어야 한다. 계열기업 주식보유의 한도를 정하고, 그 한도를 넘는 보유주식에 대해 가산세를 부과하는 것은 공익법인을 통한 변칙 기업상속에 대한 규제를 강화하기 위한 취지로, 성실공익법인에 해당하는 경우 가산세 부과대상에서 제외하는 것은 운용수익의 대부분을 공익사업에 활용하게 되면, 위와 같은 탈법의 우려가 없기 때문인데 성실공익법인 확인제도는 청구법인이 성실공익법인의 요건을 갖추었는지, 특히 운용수입의 공익사업 활용 여부를 지속적으로 확인하고자 하는 절차에 불과함에도 처분청이 확인절차를 거치지 않은 청구법인에 대해 운용소득을 공익목적사업에 사용하지 않는 등 실체적 요건을 충족시키지 못한 형식상의 공익법인과 동일한 수준의 가산세를 부과하는 것은 의무위반의 정도에 상응하는 제재방법으로 볼 수 없다.

나. 처분청 의견

(1) 상증법 시행령 제13조 제5항에서 “성실공익법인등은 해당요건을 충족하였는지 여부를 주무관청을 통하여 기획재정부장관에게 확인받아야 한다”고 명확히 규정되어 있고, 그 부칙 ＜제24358호, 2013.2.15＞ 제3조에 “제13조 제5항 등의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 연도에 최초로 개시하는 과세기간 또는 사업연도분 부터 적용”한다고 명시되어 있으므로, 성실공익법인으로 확인받으려는 서류가 반드시 당해 연도의 서류에 한정된다고 볼 수 없다는 청구법인의 주장은 합리적 이유 없이 해당 법령을 확장 해석한 것이다.

(2) 청구법인은 성실공익법인 요건충족 여부를 5년마다 재확인받으려는 경우 지난 5년간의 서류를 제출하여 다시 확인(재확인)받을 수 있어, 경과된 과세기간에 대한 성실공익법인 확인을 추후 받을 수 있다는 취지로 주장하나, 상증법 시행령 제13조 제5항에서는 “성실공익법인등은 해당요건을 충족하였는지 여부를 주무관청을 통하여 기획재정부장관에게 확인받아야 하고, 이후 5년마다 재확인받아야 한다”고 규정되어 있어, 최초 성실공익법인 확인 이후 매년 성실공익법인 확인을 받아야 하는 납세자의 불편을 해소하기 위해 5년의 시한을 준 것이지 소급해서 성실공익법인을 확인받을 수 있다는 규정은 아니다.

그리고, 상증법 시행규칙 제4조 제1항 제1호를 제외한 제2호 내지 제9호의 성실공익법인 확인 서류는 상증법 제48조 제5항 및 같은 법 시행령 제41조 제1항에 “사업연도 종료일부터 3개월 이내에 납세지관할세무서에 제출하여야 한다”고 규정하고 있다. 따라서 성실공익법인 확인 서류는 제출기한이 없어 소급하여 확인을 받을 수 있다는 청구법인의 주장은 받아들일 수 없다.

(3) 국세청이 2019년 2월 청구법인에게 발송한 “성실공익법인 확인결과 통보”에 의해 청구법인은 2017사업연도 성실공익법인으로 확인되었으며, 그 이전에는 청구법인이 성실공익법인으로 확인받은 이력은 없다.

(4) 청구법인은 성실공익법인의 요건을 충족하였으나 단지 “확인”을 받지 않았다고 주장하나, 기존에 제출된 청구법인의 2014～2016사업연도 결산서류 등의 공시내역을 검토한바 성실공익법인의 요건을 충족하지 못한 것으로 확인된다.

성실공익법인의 요건 중 외부감사 보고서는 상증법 시행령 제43조 제7항에 따라 사업연도 종료일부터 3개월 이내에 관할세무서에 제출하여야 하나, 청구법인은 제출기한 내에 외부감사 보고서를 제출하지 않고 이 건 이의신청 시 2017년 12월에 작성된 외부감사 보고서를 제출하였으며, 공익법인의 전용계좌의 변경․추가의 경우 상증법 시행령 제43조의2 제10항에 따라 사유발생일부터 1개월 이내에 관할세무서에 신고하여야 하나 청구법인은 2017.12.4.에 전용계좌를 신고하였고 그 외 대부분의 성실공익법인 서류도 기한내에 제출되지 않았다.

(5) 성실공익법인의 요건이 규정되어 있는 상증법 제16조 제2항에는 “외부감사 이행, 전용계좌 개설 및 사용, 결산서류 등 공시이행, 장부의 작성 및 비치”가 명확하게 규정되어 있고, 그 부칙 ＜제11609호, 2013.1.1＞ 제3조에 “제16조 제2항의 개정규정은 이 법 시행 후 개시하는 과세기간 또는 사업연도분부터 적용한다”고 명시되어 있다.

또한, 상증법 시행령 제13조 제3항 및 제5항에는 “① 운용소득의 100분의 80이상을 직접 공익목적에 사용, ② 출연자 및 그 특수관계인이 이사 현원의 5분의1을 초과하지 않을 것, ⑦ 상증법 제48조 제3항에 따른 자기내부거래를 하지 않을 것, ⑧ 상증법 제48조 제10항에 따른 광고 및 홍보를 하지 않을 것, ⑨ 성실공익법인의 요건을 충족하였는지 여부를 (재)확인받을 것”이 명확하게 규정되어 있고, 그 부칙 ＜제24358호, 2013.2.15＞ 제3조에 “제13조 제5항 등의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 연도에 최초로 개시하는 과세기간 또는 사업연도분 부터 적용한다”고 명시되어 있다. 따라서 청구법인이 성실공익법인 확인절차를 이행하지 아니한 채 성실공익법인 요건 중 일부만 충족하면 된다고 주장하는 것은 법령을 자의적으로 해석한 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 상증법 시행령 제13조 제5항에 따른 성실공익법인의 확인을 받지 아니한 2014～2016사업연도에는 청구법인이 성실공익법인에 해당하지 아니한 것으로 보아 증여세를 부과한 처분의 당부

② 가산세 면제의 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 상증법령상 성실공익법인의 요건, 즉 상증법 제16조 제2항[①외부감사 이행, ②전용계좌의 개설 및 사용, ③결산서류 등 공시, ④장부의 작성․비치] 및 같은 법 시행령 제13조 제3항[⑤운용소득의 100분의 80 이상을 직접 공익목적사업에 사용(2010.2.18.이 속하는 사업연도 이전 발생분은 90%), ⑥출연자 및 그 특수관계인이 이사 현원의 5분의 1 초과 금지, ⑦ 상증법 제48조 제3항에 따른 자기내부거래 금지, ⑧ 상증법 제48조 제10항에 따른 광고 및 홍보 금지]의 요건을 충족하였다는 점에 대하여는 청구법인과 처분청 사이에 다툼이 없다.

(2) 청구법인은 2003.12.5. 장학금 지급을 목적으로 설립된 재단법인으로, 재단설립시 특수관계법인인 OOO 발행주식 380주를 출연받아 현재까지 보유하고 있으며, 처분청은 동 특수관계 법인의 주식가액이 청구법인의 총재산가액의 30%를 초과하고, 가산세 부과에서 제외되는 성실공익법인에 해당하지 아니한 것으로 보아 청구법인에게 증여세 2014.12.31. 증여분 OOO원, 2015.12.31. 증여분 OOO원, 2016.12.31. 증여분 OOO원(주식초과보유가산세)을 각 결정․고지하였다

OOO

(3) 성실공익법인 확인 규정인 상증법 시행령 제13조 제5항은 2013.2.15. 개정으로 최초로 도입되었는바, 그 개정이유 및 기획재정부의 ‘2012 간추린 개정세법’의 주요내용은 다음과 같다.

(가) (개정이유) 상증법 시행령 제13조 제5항은 2013.2.15. 대통령령 제24358호로 신설되었고, 성실공익법인은 일반 공익법인에 비해 추가적인 세제혜택을 받으므로 이에 상응하는 공익성과 투명성이 필요하여 자격요건을 강화함과 동시에 요건 충족여부를 확인받도록 의무화한 것이다.

(나) (개정세법 해설) 성실공익법인 요건 위반 시 즉시 그 자격을 상실하고 증여세 등을 추징하기 위해 요건 충족여부 확인을 의무화한 것이다.

OOO

(다) 상증법 시행령 부칙 제3조 경과규정에 따르면, 성실공익법인 요건 충족여부 확인 의무화 규정(제13조 제5항)은 “2013년부터 적용하되, 종전 규정에 따른 성실공익법인의 경우 2013사업연도(과세기간) 종료 시까지 성실공익법인으로 본다”고 규정하고 있다.

(4) 국세청장이 2019.2.22. 청구법인에게 보낸 ‘성실공익법인 확인결과 통보’공문에는, “ 상증법 시행령 제13조 제5항 및 동법 시행규칙 제4조 제3항에 따라 관할 지방국세청에서 귀 법인의 성실공익법인 여부를 확인한 결과, 2017사업연도에 성실공익법인으로 확인되었음을 알려드립니다”고 기재되어 있다.

(5) 한편, 처분청은 2017.8.23. 청구법인에게 ‘공익법인 신고관련 해명자료 제출안내’ 자료를 송부하였고, 2017.12.19. 청구법인이 제출한 해명자료를 검토한 결과(성실공익법인 확인이 없어 가산세 부과대상)를 청구법인에게 통보한 것으로 나타나며, 처분청의 이의신청결정서(의정부 2019-6호, 2019.5.16.)에 따르면 청구법인은 2019.4.4. 이의신청시 2014～2016사업연도 성실공익법인의 요건 충족여부 확인과 관련하여 상증법 시행규칙 제4조 제1항 제1호～제9호에서 정한 서류를 모두 제출(제출기한은 대부분 미준수)한 것으로 나타난다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 2013년 개정 상증법 시행령 제13조 제5항 및 부칙 제3조에 따라 2014사업연도부터 성실공익법인의 요건 충족여부에 대하여 기획재정부장관으로부터 확인(최초 확인 후 매 5년 단위)을 받도록 규정하고 있는바, 청구법인은 2017사업연도에 성실공익법인으로 최초로 확인받았으므로 2014～2016사업연도에는 성실공익법인에 해당하지 아니한다는 의견이나,

상증법 시행령 제13조 제5항에 의한 성실공익법인 확인규정은 성실공익법인의 공익성과 투명성을 확보하기 위하여 성실공익법인의 요건 충족여부에 대한 관리감독을 강화하려는데 그 취지가 있을 뿐, 성실공익법인의 요건을 추가로 창설하는 규정이 아닌 행정절차 규정에 해당할 뿐만 아니라, 사실상 성실공익법인의 확인 미이행에 따른 별도의 제재규정도 없으므로 이를 상증법 제78조의 가산세 부과에서 제외되는 성실공익법인의 성립요건이라거나 효력발생요건이라고 보기는 어려운 점,

2013년 개정된 상증법 제16조 제2항에서는 성실공익법인의 요건, 즉 제50조 제3항에 따른 외부감사, 제50조의2에 따른 전용계좌의 개설 및 사용, 제50조의3에 따른 결산서류등의 공시, 제51조에 따른 장부의 작성·비치 및 그 밖에 ‘대통령령으로 정하는 요건을 모두 갖춘 공익법인’을 성실공익법인이라고 규정하면서, 그 위임을 받은 상증법 시행령 제13조 제3항에서는 운용소득의 80% 이상을 직접 공익목적사업에 사용할 것(제1호), 출연자 또는 그 특수관계인이 이사현원의 5분의 1을 초과하지 아니할 것(제2호), 법 제48조 제3항에 따른 자기내부거래 금지(제3호), 법 제48조 제10항 전단에 따른 광고․홍보 금지(제4호) 등의 요건을 규정하고 있는바, 신설된 성실공익법인의 확인 규정은 상증법 시행령 제13조 제5항에 규정하고 있어서 상증법 제16조의 위임이 없는 점,

상증법 시행령 제13조 제5항에 따라 ‘법 제16조 제2항 각 호 외의 부분 본문에 따른 성실공익법인’에 해당하는지 여부를 확인받으려는 공익법인등은 상증법 시행규칙 제4조 제1항 각 호의 서류를 주무관청에 제출하여야 하고, 주무관청은 해당 서류를 매 반기 종료일 30일 이내에 기획재정부장관에게 송부하여야 하며, 기획재정부장관은 확인결과를 매 반기 종료일부터 60일 이내에 해당 공익법인등에게 통보하도록 규정하고 있는바, 이는 제출받은 서류의 송부 및 확인결과 통보기한만 규정되어 있을 뿐 성실공익법인으로 확인받으려는 서류의 사업연도를 구체적으로 제한하고 있지 아니하므로, 확인서류의 제출기한 미준수를 이유로 성실공익법인 요건을 충족하지 아니하였다는 처분청의 과세논리는 실질과세원칙이나 조세법률주의에 부합한다고 보기 어려운 점 등에 비추어

처분청이 청구법인의 경우 2014～2016사업연도에 상증법 시행령 제13조 제5항에 따른 성실공익법인의 확인을 받지 아니하였으므로 가산세 부과에서 제외되는 성실공익법인에 해당하지 아니한 것으로 보아 증여세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(7) 다음으로 쟁점②는 쟁점①이 받아들여졌으므로 심리의 실익이 없어 이를 생략한다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령 등

(1) 국세기본법

제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

제15조(신의·성실) 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다.

제18조(세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지) ① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

(2) 상속세 및 증여세법

(가) 2013.1.1. 법률 제11609호로 개정된 것

제16조(공익법인 등의 출연재산에 대한 상속세 과세가액 불산입) ② 제1항을 적용할 때 내국법인의 의결권 있는 주식 또는 출자지분(이하 이 조와 제48조, 제49조 및 제78조 제4항·제7항에서 "주식등"이라 한다)을 출연하는 경우로서 출연하는 주식등과 다음 각 호의 어느 하나의 주식등을 합한 것이 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수 또는 출자총액(이하 이 조와 제48조, 제49조 및 제63조 제3항에서 "발행주식총수등"이라 한다)의 100분의 5[제50조 제3항에 따른 외부감사, 제50조의2에 따른 전용계좌의 개설 및 사용, 제50조의3에 따른 결산서류등의 공시, 제51조에 따른 장부의 작성·비치, 그 밖에 대통령령으로 정하는 요건을 모두 갖춘 공익법인등(이하 "성실공익법인등"이라 한다)에 출연하는 경우에는 100분의 10]를 초과하는 경우에는 그 초과하는 가액을 상속세 과세가액에 산입한다. 다만, 제49조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 공익법인등으로서 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」제9조에 따른 상호출자제한기업집단(이하 "상호출자제한기업집단"이라 한다)과 특수관계에 있지 아니한 공익법인등에 그 공익법인등의 출연자와 특수관계에 있지 아니한 내국법인의 주식등을 출연하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우와 상호출자제한기업집단과 특수관계에 있지 아니한 성실공익법인등(공익법인등이 설립된 날부터 3개월 이내에 주식등을 출연받고, 설립된 사업연도가 끝난 날부터 2년 이내에 성실공익법인등이 되는 경우를 포함한다)이 발행주식총수등의 100분의 10을 초과하여 출연받은 경우로서 초과보유일부터 3년 이내에 초과하여 출연받은 부분을 매각[주식등의 출연자 또는 그의 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 이 조에서 "특수관계인"이라 한다)에게 매각하는 경우는 제외한다]하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 출연자가 출연할 당시 해당 공익법인등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식등

2. 출연자 및 그의 특수관계인이 해당 공익법인등 외의 다른 공익법인등에 출연한 동일한 내국법인의 주식등

제48조(공익법인등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입등) ⑨ 공익법인등(국가나 지방자치단체가 설립한 공익법인등 및 이에 준하는 것으로서 대통령령으로 정하는 공익법인등과 성실공익법인등은 제외한다)이 대통령령으로 정하는 특수관계에 있는 내국법인의 주식등을 보유하는 경우로서 그 내국법인의 주식등의 가액이 총 재산가액의 100분의 30(제50조 제3항에 따른 외부감사, 제50조의2에 따른 전용계좌의 개설 및 사용과 제50조의3에 따른 결산서류등의 공시를 이행하는 공익법인등에 해당하는 경우에는 100분의 50)을 초과하는 경우에는 제78조제7항에 따른 가산세를 부과한다. 이 경우 그 초과하는 내국법인의 주식등의 가액 산정에 관하여는 대통령령으로 정한다.

제78조(가산세 등) ⑦ 세무서장등은 공익법인등이 제48조 제9항에 따른 내국법인의 주식등의 보유기준을 초과하여 주식등을 보유하는 경우에는 매 사업연도 말 현재 그 초과하여 보유하는 주식등의 시가의 100분의 5에 상당하는 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 공익법인등이 납부할 세액에 가산하여 부과한다.

부칙 ＜제11609호, 2013. 1. 1.＞

제3조(공익법인등의 출연재산에 대한 상속세 및 증여세 과세가액 불산입과 관련한 성실공익법인등의 요건에 관한 적용례 등) 제16조 제2항의 개정규정은 이 법 시행 후 개시하는 소득세 과세기간 또는 법인세 사업연도 분부터 적용하되, 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따른 성실공익법인등에 해당하는 경우 이 법 시행 후 최초로 개시한 소득세 과세기간 또는 법인세 사업연도가 종료될 때까지 성실공익법인등으로 보아 이 법을 적용한다.

(나) 2007.12.31. 법률 제8828호로 개정된 것

제16조(공익법인등의 출연재산에 대한 상속세과세가액 불산입) ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 내국법인의 의결권있는 주식 또는 출자지분(이하 이 조와 제48조, 제49조 및 제78조 제4항·제7항에서 "주식등"이라 한다)을 출연하는 경우로서 출연하는 주식등과 다음 각 호의 어느 하나의 주식등을 합한 것이 당해 내국법인의 의결권있는 발행주식총수 또는 출자총액(이하 이 조와 제48조·제49조 및 제63조 제3항에서 "발행주식총수등"이라 한다)의 100분의 5[대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 공익법인등으로서 제50조 제3항에 따른 외부감사, 제50조의2에 따른 전용계좌의 개설 및 사용과 제50조의3에 따른 결산서류등의 공시를 이행하는 공익법인등(이하 "성실공익법인등"이라 한다)에 출연하는 경우에는 100분의 10]를 초과하는 경우에는 그 초과하는 가액을 상속세과세가액에 산입한다. (이하 생략)

부칙 ＜제8828호, 2007. 12. 31.＞

제3조 (공익법인등의 주식등의 출연·취득에 관한 적용례) 제16조 제2항 각 호 외의 부분 본문과 제48조 제1항 각 호 외의 부분 단서, 같은 조 제2항 제2호 및 같은 조 제11항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 공익법인등에 주식등을 출연하거나 공익법인등이 주식등을 취득하는 분부터 적용한다.

(3) 상속세 및 증여세법 시행령

(가) 2013.2.15. 대통령령 제24358호로 개정된 것

제13조(공익법인 출연재산에 대한 출연방법등) ③ 법 제16조 제2항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 요건을 모두 갖춘 공익법인등"이란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 공익법인등을 말한다.

1. 해당 공익법인등의 운용소득(제38조 제5항에 따른 운용소득을 말한다)의 100분의 80 이상을 직접 공익목적사업에 사용할 것

2. 출연자(재산출연일 현재 해당 공익법인등의 총출연재산가액의 100분의 1에 상당하는 금액과 2천만원 중 적은 금액을 출연한 자는 제외한다) 또는 그의 특수관계인이 공익법인등의 이사 현원(이사 현원이 5명에 미달하는 경우에는 5명으로 본다)의 5분의 1을 초과하지 아니할 것

3. 법 제48조 제3항에 따른 자기내부거래를 하지 아니할 것

4. 법 제48조 제10항 전단에 따른 광고·홍보를 하지 아니할 것

⑤ 법 제16조 제2항 각 호 외의 부분 본문에 따른 성실공익법인등(이하 "성실공익법인등"이라 한다)은 해당 요건을 모두 충족하였는지 여부를 주무관청을 통하여 기획재정부장관에게 확인받아야 하고, 이후 5년마다 재확인받아야 한다. 이 경우 기획재정부장관은 관련 사실을 확인하여 성실공익법인등에 해당하는지 여부를 해당 공익법인등과 주무관청에 통보하여야 한다.

부칙 ＜제24358호, 2013. 2. 15.＞

제3조(공익법인출연재산에 대한 출연방법 등과 관련한 성실공익법인등의 요건 등에 관한 적용례 등) 제13조 제3항 제3호ㆍ제4호, 제5항 및 제14항의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 연도에 최초로 개시하는 과세기간 또는 사업연도분부터 적용하되, 이 영 시행 당시 종전의 규정에 따른 성실공익법인등에 해당하는 경우 이 영 시행일이 속하는 연도에 최초로 개시한 과세기간 또는 사업연도가 종료될 때까지 성실공익법인등으로 보아 이 영을 적용한다.

(나) 2008.2.22. 대통령령 제20618호로 개정된 것

제13조(공익법인 출연재산에 대한 출연방법등) ③ 법 제16조 제2항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 공익법인등"이란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 공익법인등을 말한다.

1. 해당 공익법인등의 운용소득(제38조 제5항에 따른 운용소득을 말한다)의 100분의 90 이상을 직접 공익목적사업에 사용한 공익법인등

2. 출연자(재산출연일 현재 해당 공익법인등의 총출연재산가액의 100분의 1에 상당하는 금액과 2천만원 중 적은 금액을 출연한 자는 제외한다) 또는 그와 특수관계에 있는 자(제19조 제2항 각 호의 어느 하나의 관계에 있는 자를 말한다. 이 경우 "주주등 1인"은 "출연자"로 본다)가 공익법인등의 이사 현원(이사 현원이 5명에 미달하는 경우에는 5명으로 본다)의 5분의 1을 초과하지 아니하는 공익법인등

⑤ 법 제16조 제2항 각 호 외의 부분 본문에 따른 성실공익법인등(이하 "성실공익법인등"이라 한다)은 주식등의 출연일 또는 취득일 현재를 기준으로 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 공익법인등을 말한다. 1. 법 제50조 제3항에 따라 외부감사를 이행한 공익법인등

2. 법 제50조의2에 따라 전용계좌를 개설하여 사용하고 있는 공익법인등

3. 법 제50조의3에 따라 결산서류등의 공시를 이행한 공익법인등

4. 제3항에 해당하는 공익법인등

부칙 ＜제20621호, 2008. 2. 22.＞

제3조(공익법인등의 주식등의 출연ㆍ취득에 관한 적용례) ① 제13조 제3항ㆍ제5항 및 제7항 제2호, 제37조 제6항 및 제7항, 제40조 및 제42조의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 공익법인등에 주식등을 출연하거나 공익법인등이 주식등을 취득하는 분부터 적용한다.

(4) 상속세 및 증여세법 시행규칙(2013.2.23. 기획재정부령 제327호로 개정된 것)

제4조(성실공익법인등의 요건 충족여부 확인방법 등) ① 영 제13조 제5항에 따라 법 제16조 제2항 각 호 외의 부분 본문에 따른 성실공익법인등(이하 이 조에서 "성실공익법인등"이라 한다)에 해당하는지 여부를 확인받으려는 공익법인등은 다음 각 호의 서류를 해당 주무관청(이하 이 조에서 "주무관청"이라 한다)에 제출하여야 한다.

1. 해당 공익법인등의 설립허가서, 등기사항증명서 및 정관

2. 영 제43조 제7항에 따른 감사보고서

3. 별지 제25호의4서식에 따른 운용소득 사용명세서

4. 별지 제26호의2서식에 따른 이사 등 선임명세서

5. 별지 제26호의3서식에 따른 특정기업광고 등 명세서

6. 별지 제30호서식에 따른 전용계좌개설(변경·추가)신고서

7. 별지 제31호서식에 따른 공익법인 결산서류 등의 공시

8. 별지 제32호서식 부표 2에 따른 출연자 등 특수관계인 사용수익명세서

9. 별지 제32호서식 부표 5에 따른 장부의 작성·비치 의무 불이행 등 명세서

② 제1항 각 호의 서류를 제출받은 주무관청은 해당 서류를 매 반기 종료일 30일 이내에 기획재정부장관에게 송부하여야 한다.

③ 기획재정부장관은 성실공익법인등 요건의 충족여부를 확인하여 그 결과를 매 반기 종료일부터 60일 이내에 주무관청 및 해당 공익법인등에게 통보하고, 요건을 충족하지 못한 것으로 확인되는 경우에는 그 결과를 국세청장에게 통보하여야 한다.

④ 기획재정부장관은 요건 충족여부 확인을 위하여 주무관청·국세청장 또는 해당 공익법인등에게 추가 자료제출을 요구할 수 있다.

⑤ 성실공익법인등이 영 제13조 제5항에 따라 요건을 모두 충족하였는지 여부를 5년마다 재확인 받으려는 경우에는 5년간의 제1항 각 호의 서류를 모두 제출하여야 한다.