원심판결의 이유에 의하면, 원심은 임대주택법 제2조 에 따른 공공건설임대아파트인 이 사건 아파트의 정당한 분양전환가격을 정하기 위하여 구 임대주택법 시행규칙(2003. 6. 27. 건설교통부령 제360호로 개정되기 전의 것) 제3조의3 제1항 [별표 1] 제2항 (가)목에 따라 건설원가 및 거기에 포함시킬 자기자금이자를 계산하면서 ‘최초 입주자모집 당시의 주택가격’에서 공제할 ‘임대보증금’을 ‘분양전환 당시의 표준임대보증금’으로 보았다.

그러나 위 조항에서 건설원가에 자기자금이자를 포함시킨 것은 임대아파트의 건설과정에서 임대사업자가 투여한 자기자금의 기여를 인정하여 그에 대하여 임대기간 동안 발생한 이자를 분양전환가격에 반영할 수 있도록 한 취지라고 할 것이므로, 임대기간 중 임대사업자가 수령한 표준임대보증금이 변경되어 임대사업자가 투여한 자기자금이 변동된 경우에는 그와 같이 변경된 표준임대보증금을 주택가격에서 공제하여 각 기간별로 자기자금이자를 계산함이 상당하다 .

그런데 원심은 이 사건 아파트의 표준임대보증금이 임대기간 동안 변경되었음에도 ‘분양전환 당시의 표준임대보증금’을 전 임대기간에 적용하여 자기자금이자를 산정하였으니, 이러한 원심의 판단에는 자기자금이자 산정에 적용할 임대보증금에 관한 법리를 오해하여 판결 결과에 영향을 미친 잘못이 있다고 할 것이고, 이 점을 지적하는 상고이유 주장에는 정당한 이유가 있다.

아울러 원심은 이 사건 아파트의 분양전환가격 산정과 관련하여 2000. 8. 3. 건설교통부령 제253호로 개정된 구 임대주택법 시행규칙 제3조의3 제1항 [별표 1]을 적용하였으나, 임대주택의 분양전환에 관한 법률관계에 관하여는 최초 입주자모집이나 임대 개시 당시가 아닌 분양전환 당시의 법령이 적용되어야 함이 원칙이고( 대법원 2011. 4. 21. 선고 2009다97079 전원합의체 판결 참조), 원심이 적용한 위 구 임대주택법 시행규칙은 이 사건 아파트의 분양전환이 이루어지기 전에 이미 개정되어 위 분양전환 당시에는 2008. 6. 20. 국토해양부령 제19호로 전부 개정된 임대주택법 시행규칙이 시행되고 있었으므로 이 사건에서는 위와 같이 개정된 임대주택법 시행규칙에 따라 정당한 분양전환가격이 산정되어야 함을 지적하여 둔다.

그러므로 나머지 상고이유에 대한 판단을 생략한 채 원심판결 중 피고 패소 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리·판단하도록 원심법원에 환송하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.