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가. 원고는 2002. 10. 25. 성남시 분당구 B 대 260㎡(이하 ‘이 사건 토지’라고 한다) 및 그 지상 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라고 한다)을 취득하고, 2015. 6. 12. C 등에게 이 사건 토지 및 건물을 2,175,000,000원에 양도하였다.

나. 한편 소득세법 제89조 제1항 제3호 가목, 소득세법 시행령 제154조 제3항에 따르면, 부동산 양도소득을 계산할 때 1세대 1주택 여부를 판단함에 있어, 하나의 건물이 주택과 주택 외의 부분으로 구성되어 있는 경우 주택의 연면적이 주택 외의 부분의 연면적보다 크다면 그 건물 전체를 1주택으로 보도록 규정하고 있다.

다. 원고는 이 사건 건물 2층 129.92㎡ 및 3층 129.92㎡ 합계 259.84㎡를 주택으로 보고, 지층 중 76.86㎡(이하 ‘이 사건 계쟁부분’이라고 한다) 및 1층 129.45㎡ 합계 206.31㎡를 주택 외의 부분으로 보아, 주택의 면적이 주택 외의 부분의 면적보다 크므로(이 사건 건물 지층 중 52.59㎡ 대피소는 공용부분으로서 위 면적 산정에 있어 주택과 주택 외의 부분의 면적비율에 따라 안분되므로 고려하지 않기로 한다, 대법원 1987. 9. 8. 선고 87누471 판결 등 참조), 이 사건 건물 전체를 주택으로 보고, 이 사건 토지 및 건물의 양도에 따른 양도소득세를 41,101,959원으로 신고납부하였다. 라.

그런데 중부지방국세청장은 2016. 10.경 피고에 대한 감사를 실시한 결과, 이 사건 건물 중 주택으로 사용되는 부분은 3층 129.92㎡뿐이고, 나머지 12층 및 이 사건 계쟁부분 면적 합계 336.23㎡는 주택 외의 부분에 해당하므로, 주택의 면적이 주택 외의 부분의 면적보다 작아 소득세법 시행령 제154조 제3항에 따라 이 사건 건물 전체를 주택으로 볼 수 없다고 결정하였다.

마. 이에 피고는 2017. 1. 25. 원고에게 위 조사결과에 따라 이...

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