가. 청구인은 1993.3.1. OOO이라는 상호로 OOO을 개업하여 운영하다가 1997.12.1. OOO로 상호를 변경하였고, 1999.9.1. OOO으로부터 학점인정기관 인가를 받아 현재까지 OOO을 운영해 오고 있으며, 동 학원과 별개로 2001.8.30. 주식회사 OOO을 설립하여 2003.12.30. 연관법인 산하에 OOO을 설치하고, 2006.3.1. OOO으로부터 학습과정평가 인정을 받았으며, 2007.2.16. OOO의 사업장과 동일한 서울특별시 OOO로 사업장소재지를 이전하고, 2010.12.21. 법인명을 OOO 주식회사로 변경하였다.

나.처분청은 2012.1.9.～2012.2.17. 기간 동안 청구인과 연관법인에 대한 세무조사를 실시하여 OOO의 대표자겸 연관법인의 실대표자인 청구인이 아래 <표1>과 같이 수강생들로부터 법인계좌가 아닌 청구인 개인 명의의 계좌로 수강료를 받아 연관법인의 수입금액을 신고누락한 것으로 보았고, 수강인원 축소 및 교재비와 오리엔테이션비 등을 직원들 명의의 차명계좌로 받아 이 중 일부만 신고하여 수입금액 누락하였으며, 아래 <표2>와 같이 인건비와 광고선전비 및지급수수료 등 과다계상 및 실물거래 없이 세금계산서를 발급받는 등의방법으로 경비를 과다계상한 것으로 보아 2012.3.5. 연관법인에게 법인세 2009사업연도분OOO원을 각 경정‧고지하는 한편, OOO을 청구인에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지 하였다.

다. 연관법인은 이에 불복하여 2012.3.20. 심판청구를 제기하였고, 우리 원에서 2013.12.13. 2008년부터 2010년까지 학생들이 등록하여 청구인의 계좌 등으로 입금한 금액 전부 또는 위 평생교육시설에서 개설한 과목수에 상당하는 금원의 소유권이OOO라는 취지로 청구법인에게 부과처분한 법인세 및 소득금액변동통지를 취소하는 것으로 결정(조심2012서1789)하였으며, 처분청은 이에 따라 당초 연관법인의 귀속 소득을 청구인의 소득으로 하여 수강료 수입금액 누락액을 아래 <표3>·<표4>와 같이 재산정하여 2014.7.8. 청구인에게종합소득세2009년귀속분OOO원을 각 경정·고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2014.9.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 처분청이 추정한 적정 수강료 수입금액은 다음과 같은 사유로 타당하지 아니하다.

(가) 2009년 및 2010년의 수강료 수입금액 누락액 산정은 청구인에 대한 별도의 실지조사를 통한 것이 아니라 단순히 서울중앙지방검찰청의 고발요청 내용에 근거하여 이루어진 것으로서 처분청이 청구인의 수입금액 누락액을 별도로 확인하지 아니한 점, 서울중앙지방검찰청의 고발요청 자료에는 학사관리시스템 DB자료상 2009년의 수강료수입금액이 OOO원인 것으로 기재되어 있으나 그 구체적 내역의 기재는 없고, 서울중앙지방검찰청 금융조세조사 3부의 요청에 따라 OOO의 학사정보시스템 데이터베이스에 저장되어 있는 학생현황 및 수업료 납입내역”을 분석한 대검찰청 디지털수사담당관실은 학사관리시스템 DB자료상 ‘2009년도의 수업료(수강료) 납입금액은OOO원으로 확인된 것’으로 회신하고 있는 점, 설령, 학사관리시스템 DB자료상 2009년의 수강료수입금액이 OOO원으로 확인된다 하더라도 서울중앙지방검찰청의 고발요청과 관련한 수사과정에서 고발내용을 뒷받침하는 유력한 진술인인 OOO은 ‘학사관리시스템 DB자료상 수강료 수입금액에는 당해 연도의 수강료 수입금액에서 제외되어야 하는 군입대 등의 사정으로 휴학한 학생들의 수강료 금액이 포함되어 있으므로 이를 진정한 수강료 수입금액으로 보기 어렵다’는 취지로 진술하는 등 학사관리시스템 DB자료상 수강료 수입금액을 OOO의 수입금액으로 볼 수는 없고, OOO에 수강 중인 학생들이 학점을 이수하기 위해서는 반드시 학기초에 OOO에 등록생 인적사항 및 수강과목, 등록금 납부내역 등을 제출하여야 하므로 학기별로 OOO에 제출된 내역이 실제 수강생 등록현황과 일치한다”는 취지의 OOO의 진술에 의하면 OOO 신고자료상 수강료 수입금액이 아래 <표5>와 같이 학사관리시스템 DB자료상 금액보다 2009년의 경우는OOO원이 적어 처분청이 산정한 수입금액은 같은 금액만큼 과다산정되었다.

(나) 처분청은 <표4>와 같이 3가지 유형으로 분류하여 수강료 수입을 재산정하였는바, 유형1에 대해서는 청구인도 이견이 없으나, 유형2의 경우 처분청은 OOO에 제출된 학점신청인원 모두에 대해 2009년과 2010년 일정 동일한 수강료를 적용하여 수입금액을 산정하였으나, OOO의 경우는 입학연도에 따라 수강료금액이 모두 상이한바, 예를 들어 2005년에 수강료를 납부하였다가 수강 연기 후 실제 2007년에 강의를 이수하더라도 해당 수강생에 대한 수강료 수입은 2007년도분 수강료가 되므로 2009년 및 2010년 수강인원 모두에 대해 신입생에 적용되는 수강료를 적용하여 정당 수강료를 산정하는 것은 타당하지 아니하고, 유형3의 경우 처분청은 학기별 수강인원의 구체적인 근거의 제시가 없으며, 유형2의 경우와 같이 수강인원 모두에 대해 신입생의 수강료를 적용하여 수강료를 산정한 것은 타당하지 않다.

(2) 청구인의 2009년 및 2010년 귀속 종합소득세 신고시 OOO의 수입금액, 필요경비, 소득금액과 처분청 과세처분시 필요경비 부인금액, 수입금액 신고누락 금액은 다음 <표6>과 같은바, 필요경비 허위기장률이 2009년 43.1%, 2010년 51.7%에 이르고 경정소득률 또한 2009년 63.1%, 2010년 69.8%로서 기준경비율(2009년 22.9%, 2010년 21.8%)로 산출한 소득율의 약 3배에 달하는 등 추계조사방법에 의한 경정이 이루어져야 할 것이고, 처분청이 이 건 과세처분의 근거로 제시하고 있는 OOO는 ‘청구인이 제출하거나 보관하고 있는 장부에 있어서 경비에 관한 부분은 대부분이 허위’라고 진술하고 있어 이는 「소득세법 시행령」 제143조 제1항 제1호에 규정하고 있는 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우에 해당되므로 추계조사 결정방법에 의한 경정이 이루어져야 한다.

(3) 청구인이 정상적으로 보관·관리하고 있는 학사관리시스템DB자료를 근거로 수강료 수입금액을 산정하였는바, 이는 「국세기본법」 제27조 제2항의 규정에 따른 부당한 방법으로 신고누락한 것으로 볼 수 없으므로 부당과소신고 가산세율이 아닌 일반과소신고 가산세율을 적용하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 처분청이 경정시 산정한 수강료 수입금액이 타당하지 않다는 청구주장은 다음과 같은 사유로 받아들이기 어렵다.

(가) 처분청은 서울중앙지방검찰청에서 실지조사하여 통보한 내용을 토대로 세무조사 과세자료로서 검토‧활용한 것이어서 단지 처분청이 실지조사 하지 아니하였다는 사유만으로 부과처분의 근거가 없다는 청구인 주장은 타당하지 아니한 점, 학사관리시스템DB자료상의 수강료 납입금액이 대검찰청 디지털수사담당관실에서 분석한 자료와 상이하다는 청구주장의 경우 학사관리시스템DB자료에 일부 학생들의 수강료 납입내역이 공란으로 기재되어 있고, 이는 실제로 수강료를 납부하지 않은 것이 아니라 신입생들의 경우 첫 학기에는 수강료가 서버에 입력되어 있지 않은 것으로 디지털수사담당관실에서는 이 부분에 대한 반영 없이 단순계산한 결과 차이가 발생한 점, 이 건 수입금액 누락액의 산정은 청구인의 사업장 회계담당자의 자택을 압수수색하여 확보한 ‘자금 입출금 내역이 기재된 노트, 세무사 사무실을 압수수색하여 확보한 회계장부 및 청구인의 사업장 직원 등 관련인 수십 명의 진술조서 등을 종합한 검찰청 수사내용에 부합하는 점, 청구인이 제시한 서울중앙지방검찰청의 ‘청구인 탈세혐의 검토 보고서’에서도 학사관리시스템DB자료는 군입대 등 사정으로 휴학한 학생들이 포함되어 있으므로 정확한 수강 인원이 아니고, 수강 중인 학생들의 학점을 이수하기 위해서는 반드시 OOO에 등록생의 인적사항 등을 제출하여야 하므로 OOO에 등록된 수강인원(학기말 성적자료를 기초로 한 인원)을 실제 수강생 인원으로 보아 산정한 것이어서 처분청이 경정시 적용한 수강인원은 학기 초 등록 이후 휴학한 학생들이 제외된 수강인원인 점, 이 건 경정시 수입금액 산정과정에서 실제 납부내역을 반영하는 학사관리시스템DB자료를 활용하고, 정확한 수강인원을 파악하기 위해서는 실제 수강인원을 반영한 OOO 자료를 활용한 점 등에 비추어 처분청이 경정시 산정한 수입금액은 타당하다.

(나) 위와 같이 학사관리시스템DB자료는 군입대 등의 사정으로 휴학한 학생들이 포함되어 있으므로 정확한 수강 인원이 아니고, 수강 중인 학생들의 학점을 이수하기 위해서는 반드시 OOO에 등록생의 인적사항 등을 제출하여야 하므로 OOO에 등록된수강인원(학기말 성적자료를 기초로 한 인원)을 실제 수강생 인원으로보아 산정한 것이어서 처분청이 경정시 적용한 수강인원은 타당하고, OOO의 진술에 의하면 신입생 서버를 별도로 구분·관리하였는바, 학사관리시스템DB상 수강료가 삭제되어 있는 부분은 신입생들인 것으로 판단되므로 처분청이 적용한 수강료는 해당 연도의 신입생들에 대한 최소한의 수강료로서 수강인원 및 수강료를 잘못 적용하여 수강료 수입금액을 과다하게 산정하였다는 청구주장은 타당하지 아니하다.

(2) 청구인이 제시한 허위기장률의 경우 필요경비 허위기장율로서, 이 건 부과처분과 관련된 수입금액 허위기장률(누락된 수입금액/경정된 수입금액)은 2009년 18.1%, 2010년 17.4%로 나타나고, 청구인이 제시한 선결정례(조심 2012중4186, 2012.12.31., 국심 2007서410, 2007.7.12.)의 경우 이 건과 사실관계가 달라 이 건에 대해 추계 경정이 타당한 근거로 볼 수는 없으며, 기준경비율은 수입금액 중 일반경비가 차지하는 추정비율을 나타내는 것으로서 수입금액 중 소득금액이 차지하는 비율인 경정소득률과 직접적인 비교대상으로 볼 수 없고, 기준경비율은 통상 장부가 없는 소규모 사업자에 대하여 적용되는 것이나, 복식부기대상인 청구인의 사업에 그대로 적용할 수 없으며, 청구인이 영위한 학원의 경우 강사료와 인건비 등 고정비 비중이 커 수강생이 크게 증가할 경우 소득률이 급격히 증가하게 되는 구조인 점, OOO 직원으로서 2002년 6월경부터 2011년 1월경까지 청구인의 지시에 따라서 수입·지출 등 회계업무를 혼자서 담당한 직원으로서 청구인의 지시로 ‘자금일지’를 본인의 자택에 보관하며 입출금내역을 상세히 기록‧관리하고 있으므로 실제 경비지출과 가공의 경비계상의 구분이 가능한 것으로 보이고, 실제 학원의 경우 필요경비로 들어가는 부분이 한정적이나 학원생들이 크게 늘어나면서 많은 세금을 납부하는 것을 피하기 위하여 실제 지출한 경비는 정확히 세금계산서 등 적격증빙을 수취하였으나, 거액의 가공경비(2009년 귀속분 OOO원)를 계상한 것인 점 등에 비추어 이 건은 「소득세법 시행령」 제143조 제1항 제1호에 규정하고 있는 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우에 해당되지 아니하여 추계조사결정대상이 아니다.

(3) 청구인의 수입금액 누락방법을 보면 교재비, 오리엔테이션 경비, 전형료 등을 학생들로부터 받으면서 차명계좌인 OOO 등 명의로 개설된 계좌로 입금을 받아 일부만 신고하는 방법으로 수입금액을 누락한 점, 수강료의 경우 실제 장학금을 받지 않은 인원에 대해서도 일부 장학금을 받은 것으로 조작하였고, OOO의 진술에 의하면 “청구인이 차명계좌로 수강료를 받는 경우가 많을 때에는 전체 수강생의 3분의 1이 될 때도 있었는데, 세무조사 시에는 학원생을 모집하기 위해서는 신입생들에게 첫 해는 모두 장학생으로 처리한다고 거짓말을 하는 등으로 소명하여 모두 받아들여졌다”는 취지의 진술을 한 점, OOO의 자택을 압수수색하여 확보한 ‘자금일지’(청구인의 지시에 의하여 사업장에 두지 않고 있음) 등에 의하여 실제 매출 및 지출내역이 관리되고 있었고, 이를 과세관청이 포착하여 과세하기 어려운 점을 이용하여 학사관리시스템상의 DB자료 및 실거래 자료를 세무사사무실에 제공하지 않아 세무대리인이 사실과 달리 허위의 장부를 기장하도록 하고, 수익을 조작하는 등의 부당한 방법으로 과세표준 또는 세액의 신고의무를 위반하여 종합소득세 과세표준을 과소신고한 점 등에 비추어 청구인은 조세포탈 의도를 갖고 현금 매출액을 고의적으로 누락한 것이므로 청구인 수입금액 과소신고가 「국세기본법 시행령」 제27조 제2항에 규정한 부당한 방법에 해당하지 않는다는 청구주장은 이를 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

①청구인이 운영하는 학원의 수강료 수입금액 산정의 적정 여부

② 청구인의 사업소득금액을 추계조사결정방법에 의해 결정할 수 있는지 여부

③ 부당과소신고가산세를 적용하여 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법

제80조【결정과 경정】② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제70조·제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고를 한 자(제2호 및 제3호의 경우에는 제73조에 따라 과세표준확정신고를 하지 아니한 자를 포함한다)가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우

③ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 소득금액을 추계조사결정할 수 있다.

④ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 경우에는 즉시 그 과세표준과 세액을 다시 경정한다.

제160조【장부의 비치·기록】① 사업자는 소득금액을 계산할 수 있도록 증명서류 등을 갖춰 놓고 그 사업에 관한 모든 거래 사실이 객관적으로 파악될 수 있도록 복식부기에 따라 장부에 기록·관리하여야 한다.

(2) 소득세법 시행령

제142조【과세표준과 세액의 결정 및 경정】 ① 법 제80조의 규정에 의한 과세표준과 세액의 결정 또는 경정은 과세표준확정신고서 및 그 첨부서류에 의하거나 실지조사에 의함을 원칙으로 한다.

제143조【추계결정 및 경정】① 법 제80조 제3항 단서에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우

제208조【장부의 비치·기록】① 법 제160조 제1항의 장부는 사업의 재산상태와 그 손익거래내용의 변동을 빠짐없이 이중으로 기록하여 계산하는 부기형식의 장부를 말한다.

② 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 제1항의 장부를 비치·기장한 것으로 본다.

1. 이중으로 대차평균하게 기표된 전표와 이에 대한 증빙서류가 완비되어 사업의 재산상태와 손익거래내용의 변동을 빠짐없이 기록한 때

2. 제1항의 장부 또는 제1호의 전표와 이에 대한 증빙서류를 전산처리된 테이프 또는 디스크 등으로 보관한 때

(3) 국세기본법

제47조의2【무신고가산세】② 제1항에도 불구하고 부당한 방법(납세자가 국세의 과세표준 또는 세액 계산의 기초가 되는 사실의 전부 또는 일부를 은폐하거나 가장한 것에 기초하여 국세의 과세표준 또는 세액 신고의무를 위반하는 것으로서 대통령령으로 정하는 방법을 말한다. 이하 이 절에서 같다)으로 무신고한 과세표준(부가가치세의 경우에는 「부가가치세법」제17조 및 제26조 제2항에 따른 납부세액을 말한다. 이하 이 절에서 “과세표준”이라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다.

1. 부당한 방법으로 무신고한 과세표준에 대한 가산세액 : 과세표준 중 부당한 방법으로 무신고한 과세표준에 상당하는 금액(이하 이 항에서 "부당무신고과세표준"이라 한다)이 과세표준에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 40에 상당하는 금액(이하 이 항에서 "부당무신고가산세액"이라 한다). 다만, 복식부기의무자 또는 법인이 소득세 과세표준신고서 또는 법인세 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 부당무신고가산세액과 부당한 방법으로 무신고한 과세표준과 관련된 수입금액(이하 이 조에서 "부당무신고수입금액"이라 한다)에 1만분의 14를 곱하여 계산한 금액 중 큰 금액으로 한다.

제47조의3【과소신고가산세】① 납세자( 「부가가치세법」 제29조에 따라납부의무가 면제된 자는 제외한다)가 법정신고기한까지 세법에 따른 과세표준신고서를 제출한 경우로서 신고한 과세표준이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준에 미치지 못하는 경우에는 과소신고한 과세표준 상당액이 과세표준에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 다만, 같은 법 제17조의2 제3항 단서에 따라 관할 세무서장이 경정하는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

② 제1항에도 불구하고 부당한 방법으로 과소신고한 과세표준이 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다.

1. 부당한 방법으로 과소신고한 과세표준에 대한 가산세액 : 과세표준 중 부당한 방법으로 과소신고한 과세표준에 상당하는 금액(이하 이 항에서 “부당과소신고과세표준”이라 한다)이 과세표준에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 40에 상당하는 금액(이하 이 항에서 “부당과소신고가산세액”이라 한다). 다만, 복식부기의무자 또는 법인이 신고한 소득세 과세표준 또는 법인세 과세표준이 세법에 따라 신고하여야 할 소득세 과세표준 또는 법인세 과세표준에 미치지 못하는 경우에는 부당과소신고가산세액과 부당한 방법으로 과소신고한 과세표준과 관련된 수입금액(이하 이 조에서 “부당과소신고수입금액”이라 한다)에 1만분의 14를 곱하여 계산한 금액 중 큰 금액으로 한다.

2. 제1호 외의 부분에 대한 가산세액 : 과소신고한 과세표준 상당액 중 부당과소신고과세표준을 뺀 과세표준이 과세표준에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 10에 상당하는 금액

④ 부당과소신고수입금액의 계산 등 과소신고가산세의 부과와 관련하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(4) 국세기본법 시행령 제27조【무신고가산세】① 법 제47조의2 제1항단서에서 “대통령령으로 정하는 복식부기의무자”란 사업소득이 있는거주자로서 「소득세법」 제160조 제3항에 따른 복식부기의무자를 말한다.

② 법 제47조의2 제2항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 방법”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법을 말한다.

1. 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기록

2. 거짓 증명 또는 거짓 문서(이하 이 조에서 “거짓증명등”이라 한다)의 작성

3. 거짓증명등의 수취(거짓임을 알고 수취한 경에만 해당한다)

4. 장부와 기록의 파기

5. 재산의 은닉이나 소득·수익·행위·거래의 조작 또는 은폐

6. 그 밖에 국세를 포탈하거나 환급·공제받기 위한 사기, 그 밖의 부정한 행위

다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가)처분청이 청구인에게 종합소득세2007년 및 2008년 귀속분을 과세한데 대해 청구인이 수강료 산정금액이 부당하다며 제기한심판청구에 대해 2014.11.11. 우리 원에서 재조사결정(조심 2012서3582)을하였고, 이에 따라 처분청이 2014.11.24.부터 2014.12.11.까지 기간 동안재조사한 결과인 ‘재조사 종결보고’의 주요내용은 다음과 같다.

1) 수강료 수입금액에 대한 조사

① OOO에 제출한 수강인원에 대한 검토 결과 OOO에 수강 중인 학생들이 학점을 이수하기 위해서는 반드시 학기 초에 OOO에 수강생 인적사항, 수강과목 및 등록금 납부내역 등을 제출하도록 되어 있고, 학기가 종료되면 수강생들의 학점이수 여부를 결정하기 위한 성적자료를 제출하도록 되어 있는 것으로 확인되는바, 학기말에 제출하는 성적자료는 해당 학기의 모든 과정을 수료하고 평가시험에 응시한 학생들의 성적을 통보한 자료이므로 학기 중 수강료 환불 또는 휴학으로 인해 다음 학기로 수강료를 이월한 학생 등의 경우에는 제외되는 최소한의 학생수로서 처분청이 OOO의 실제 성적을 받은 수강인원에 대한 조사결과 당초 경정시 산정한 수강인원과 동일한 사실을 확인한 것으로 되어 있다.

② OOO에 제출한 수강료에 대한 검토 결과 학기초에 짧은 기간에 관련 자료를 정리하여 제출하여야 하므로 실제 수강료 납부액이 아닌 편의상 모든 수강생들에게 동일한 액수의 수강료를 적용하여 제출하고 있는 사실을 확인한 것으로 되어 있고,

당초 경정시 OOO의 홈페이지 서버 관리업체로부터 검찰청에서 입수한 학사관리시스템 DB자료의 수강료 수입금액을 적용한 사실이 확인되었는바,

유형2의 경우 해당 인원수가 OOO으로서 OOO는 “청구인은 현금수령하거나 차명계좌 등으로 은닉한 수강료가 많을 때에는 전체 수강생의 3분의 1까지 될 때도 있었는데, 이에 대해 학원생을 모집하기 위해서는 신입생들에게 첫 해에 모두 장학생으로 처리한다고 거짓말로 세무조사 시에 소명하여 모두 받아들여졌다”는 취지로 진술한바 있어 향후 세무조사 등에 대비해 고의적으로 수강료 금액란을 삭제한 것으로 판단되고, 청구인 등이 고발된 형사사건에 대한 서울중앙지방법원 재판(2012고합82) 과정에서 피고인 청구인측에서 OOO에 검찰의 조사내용에 대한 실사요청에 따른 실사보고서상 학사관리시스템 서버자료는 실제 신입생 서버인 44번 서버와 재학생 서버인 14번 서버로 구분·관리하고 있는 것으로 확인된바 있으나 14번 서버는 검찰의 압수수색 당시에도 확보하지 못하였던 자료로서 OOO는 “학사관리시스템 DB자료상 수강료 납부금액이 공란으로 되어 있는 부분은 모두 신입생들인 것으로 판단되고, 학사관리시스템에 자료입력시 신입생들에게는 별도의 접근경로를 통해 입력하였던 것으로 기억하며, 청구인의 지시에 따라 신입생들은 별도로 관리하였다”는 취지로 진술한바 있어 처분청이 해당 연도 신입생 수강료를 적용한 것은 타당한 것으로 조사되어 있고,

유형3의 경우 해당 인원수가 485명(총인원의 9.9%)으로서 OOO에 제출된 성적인원이 학사관리시스템 DB에 인적사항이 포함되지 않는 경우로서 세무조사에 대비하여 고의적으로 삭제한 것으로 판단된다고 되어 있다.

2) 청구인과 연관법인에 대한 범죄혐의가 법원에서 상당 부분 인정되지 아니하였다는 청구주장에 대한 조사결과 전체 판결내용을 보면 청구인의 2007년～2010년 귀속 종합소득세 신고 내용에 대한 소득금액의 다툼이나 판단은 없고, 해당 수입금액을 연관법인의 소득으로 판단한 처분청의 주장에 대해 청구인의 소득으로 보아야 하므로 법인소득의 횡령 및 법인세 포탈은 성립하지 않는다는 취지여서 이 건 쟁점인 수입금액 산정의 적정성과 직접적인 관련이 없는 것으로 판단된다고 되어 있다.

3) 수강료 수입금액 재조사 종합의견에 의하면 OOO에 통보한 성적자료를 근거로 수강생 인원을 확정하고, 확인된 수강생 인원에 대한 학사관리시스템 DB자료금액의 각 수강료 수입금액을 대입하여 전체 수강료 수입금액을 경정한 당초 처분은 정당한 것으로 판단되고, 학사관리시스템 DB자료금액의 수강생 및 수강료를 의도적으로 삭제한 것으로 판단되는 부분에 대해서는 모든 과정을 수료하고 평가시험에 응시하여 성적을 받은 최종 인원에 대해서만 합리적인 방법으로 추정하여 수입금액을 산정하였으므로 정당한 것으로 판단된다고 되어 있다.

(나) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청이 산정한 2009년 및 2010년 귀속 OOO의 누락 수강인원의 경우 OOO에 수강 중인 학생들이 학점을 이수하기 위해서는 반드시 학기 초에 OOO에 수강생 인적사항, 수강과목 및 등록금 납부내역 등을 제출하도록 되어 있고, 학기가 종료되면 수강생들의 학점이수 여부를 결정하기 위한 성적자료를 제출하도록 되어 있는 점 등을 고려하여 해당 학기의 모든 과정을 수료하고 평가시험에 응시하여 학기말에 성적자료를 제출한 학생들을 기준으로 산정한 것으로 학기 중 수강료 환불 또는 휴학으로 인해 다음 학기로 수강료를 이월한 학생 등의 경우에는 제외되는 최소한의 학생 수로 보이는 점, OOO의 진술 등에 의하면 신입생 서버만을 별도로 구분·관리하면서 OOO의 학사관리시스템 DB상 수강료가 삭제되어 있는 부분은 신입생들인 것으로 보여 처분청이 적용한 수강료는 해당 연도의 신입생들에 대한 최소한의 수강료로 보이는 점, 학사관리시스템 DB자료상의 수강료 납입금액과 대검찰청 디지털수사담당관실에서 분석한 자료가 상이한 사유는 학사관리시스템 DB자료에 수강료 납입내역이 공란으로 기재되어 있는 부분에 대한 반영 없이 단순계산하였기 때문으로 공란으로 기재되어 있는 부분은 신입생들의 수강료로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 경정시 산정한 수입금액은 타당한 것으로 판단된다.

(2) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 세법상 과세표준과 세액은 납세자가 스스로 작성하여 신고한 장부에 의하여 결정하는 것이 원칙이고, 추계과세는 납세자의 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위로 기재되어 달리 과세관청이 그 소득의 실액을 밝힐 수 있는 방법이 없는 경우에 한하여 사용하는 예외적인 방법이라고 할 것인 바, 청구인의 2009년 귀속분의 사업관련 필요경비 허위기장률이 43.1%로 나타나므로 이러한 사실만으로는 청구인이 운영한 사업장에 비치·기장한 장부의 중요부분이 미비 및 허위라고 보기는 어려우나 2010년 귀속분의 경우 필요경비 허위기장률이 51.7%에 이르는 등 높게 나타나는 점, 처분청의 경정소득률이 2010년 귀속분의 경우 69.8%로 나타나 정상적인 소득률로 보기 어려워 보이는 점 등에 비추어 청구인이 당초 종합소득세 과세표준을 장부에 의하여 신고하였다 하더라도 그 장부의 내용이 사실에 부합한 것으로 보기는 어렵다고 하겠다.

따라서, 청구인의 2010년 귀속 종합소득세 과세표준 계산을 위한 사업소득금액을 산정함에 있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없거나그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우에 해당한다 할 것이므로 「 소득세법」 제80조 및 같은 법 시행령 제143조 제1항 및 제3항에 따른 추계조사결정방법으로 청구인의 사업소득금액을 산정하여 과세하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

(3) 마지막으로, 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구인의 수강료 수입금액 누락방법을 보면 실제 장학금을 받지 않은 인원에 대해서도 일부 장학금을 받은 것으로 조작하거나 OOO의 자택을 압수수색하여 확보한 ‘자금일지’(청구인의 지시에 의하여 사업장에 두지 않고 있음) 등에서 실제 매출 및 지출내역을 별도로 관리하면서 학사관리시스템상의 신입생 수강인원 관련 DB자료를 삭제한 점 등에 비추어 청구인이 수강료 수입금액을 과소신고한 행위는 「국세기본법 시행령」 제27조 제2항 제6호의 규정에 따른 국세를 포탈하거나 환급·공제받기 위한 부정한 행위에 해당되는 것으로 보이므로 처분청이 부당과소신고가산세를 적용하여 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.