신고는 구 시행령 제14조 제4항에 반하여 그 하자가 중대・명백하여 당연무효이

다. 따라서 피고는 원고들이 이미 납부한 부가가치세를 환급할 의무가 있다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 구 시행령 제14조 제1항은 '법 제6조 제1항에 규정하는 재화의 공급은 다음

각 호에 규정하는 것으로 한다'고 규정하면서, 제4호로 '경매・수용・현물출자 기타 계

약상 또는 법률상의 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것'을 들고 있다. 또한,

구 시행령 제14조 제4항은 '제1항 제4호에도 불구하고 도시 및 주거환경정비법, 공익

사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률(이하 '토지보상법'이라 한다) 등에

따른 수용절차에 있어서 수용대상인 재화의 소유자가 해당 재화를 철거하는 조건으로

그 재화에 대한 대가를 받는 경우에는 재화의 공급으로 보지 아니한다'고 규정하고 있

다.

한편, 토지보상법 제75조 제1항은 건축물에 대하여는 이전에 필요한 비용(이전

비)으로 보상하되, 제1호(건축물을 이전하기 어렵거나 그 이전으로 인하여 건축물 등을

종래의 목적대로 사용할 수 없게 된 경우), 제2호(건축물 등의 이전비가 그 물건의 가

격을 넘는 경우)에 해당하는 경우에는 해당 건축물의 가격으로 보상하도록 하고, 제75

조 제5항은 사업시행자는 사업예정지에 있는 건축물 등이 제1항 제1호, 제2호에 해당

하는 경우에는 관할 토지수용위원회에 그 물건의 수용 재결을 신청할 수 있다고 규정

하고 있다.

(2) 과세처분이 당연무효라고 하기 위해서는 그 처분에 위법사유가 있다는 것만으

로는 부족하고, 그 하자가 중요한 법규에 위반한 것이고, 객관적으로 명백한 것이어야

하며, 하자가 중대하고도 명백한 것인가의 여부를 판별하는 데에는 그 과세처분의 근

거가 되는 법규의 목적, 의미, 기능 등을 목적론적으로 고찰함과 동시에 구체적 사안

자체의 특수성에 관하여도 합리적으로 고찰할 필요가 있다(대법원 2009. 4. 23. 선고

2006다81257 판결 등 참조).

한편, 토지보상법 제16조 등에 의한 협의절차에 따라 건물이 매도되고 사업시

행자 앞으로 소유권이전등기를 경료된 이상, 이는 부가가치세법상 재화의 공급에 해당

하며 사업시행자가 당해 공익사업을 위하여 건물을 철거하였다 하더라도 달리 볼 수

없고, 토지보상법 등에 따른 수용절차에 있어서 수용대상인 재화의 소유자가 이를 철

거하는 조건으로 대가를 받는 경우에는 재화의 공급으로 보지 아니한다는 내용의 구

시행령 제14조 제4항은 조세법규에 관한 엄격해석의 원칙상 공익사업의 시행자가 수용

절차 이전에 협의취득한 재화를 철거한 경우에까지 확대적용할 수 없다(대법원 2011.

12. 22. 선고 2010두2647 판결 참조)

(3) 살피건대, 위 법리들에 비추어 아래 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 신고가

시행령 제14조 제4항에 반하고, 또한 그 하자가 중대・명백하다고 보이지 않는다.

① 구 시행령 제14조 제4항은 토지보상법에 따른 수용절차에 있어서 수용대상

인 재화의 소유자가 해당 재화를 철거하는 조건으로 그 재화에 대한 대가를 받은 경우

에 한정하여 그러한 경우에는 재화의 공급으로 보지 아니한다고 규정하고 있을 뿐, 수

용이 일어나는 모든 경우를 재화의 공급에서 제외시키고 있지는 않다. 즉, 피수용자가

해당 재화를 철거하는 조건으로 그 재화의 대가를 받는 경우는 부가가치세의 성격상

재화의 공급에 해당하지 않는다고 볼 측면이 있으므로 이러한 경우를 재화의 공급에서

제외시키는 것이 구 시행령 제14조 제4항의 취지라고 보인다. 반면 수용에 의하여 당

해 건물의 소유권이 공익사업의 시행자에게 법률상 이전되어 인도 또는 양도가 이루어

진다면 이는 구 시행령 제14조 제1항 제4호에 해당하여 응당 재화의 공급에 해당한다.

② 건물이 수용된 부가가치세 사업자의 경우 당해 건물을 구입할 당시 매입세

액을 공제받았을 것임에도 당해 건물에 관하여 수용절차가 진행되어 공익사업의 시행

자에게 당해 건물이 법률상 이전되어 인도 또는 양도까지 이루어진 경우 그 수용대금

에 대하여 매출세액을 부담하지 않는다고 보는 것은 부가가치세의 성격에 맞지 않는

다. 당해 건물이 양도되거나 경매된 경우와 비교하여 당해 건물이 수용된 경우만 재화

의 공급으로 보지 않을 특별한 이유가 있어 보이지 않는다. 단순히 토지보상법에 의하

여 수용되어 철거될 것이 예정되어 있다는 이유만으로 사업시행자가 수용에 의하여 소

유권을 이전받는 경우까지 부가가치세에서의 재화의 공급이 아니라고 볼 수는 없다.

③ 부가가치세법 시행령이 2013. 2. 15. 대통령령 제24359호로 개정되면서 당

해 조항이 '재화의 소유자가가 수용된 재화에 대한 대가를 받는 경우에는 재화의 공급

으로 보지 아니한다'고 변경되었지만, 이러한 개정이 위 개정 시행령 이전에도 당연한

것을 확인하는 취지라고 볼 근거가 없다. 설령 위 개정 시행령을 확인적 조항이라고

본다고 하더라도 이 사건 신고에는 구 시행령 제14조 제4항이 적용되고, 그 문언이 '재

화의 소유자가 해당 재화를 철거하는 조건으로 그 재화에 대한 대가를 받는 경우에는

재화의 공급으로 보지 아니한다'고 규정하고 있는 이상, 이 사건 신고에 존재하는 하자

가 명백하다고는 볼 수 없다.

④ 제1심 판결이 인용하고 있는 대법원 1989. 1. 17. 선고 88누4713 판결은 도

시재개발사업지역으로 지정고시된 지역내에 있는 토지와 건물을 그 소유자가 사업시행

자에게 매도하면서, 그 매도가격을 토지평당가격으로 정하여 매도하고서 소유자가 사

업시행자와의 약정에 따라 위 건물을 철거하여 자기 명의로 건물멸실신고를 마치고 건

물에 관하여서는 매수인인 사업시행자에게 명도나 등기이전을 하여 주지 아니한 것으

로 수용되어 사업시행자인 소외 조합에 소유권이전등기까지 경료된 이 사건과는 사안

이 같지 않고 오히려 구 시행령 제14조 제4항이 적용될 만한 사안에 가깝다.

4. 결론

그렇다면, 원고들의 청구는 모두 이유 없어 이를 기각할 것인바, 이와 결론을 달리한

제1심 판결은 부당하므로, 이를 취소하고 원고들의 청구를 기각하기로 하여 주문과 같

이 판결한다.

2. 원고들의 청구를 기각한다.

3. 소송총비용은 원고들이 부담한다.

2014. 7. 17.까지는 연 5%의, 그 다음날부터 다 갚는 날까지는 연 20%의 각 비율로 계

산한 돈을 지급하라(원고들은 2012년 2기분 부가가치세로 0000원을 납부하여 청

구취지 '각 0000원'은 '각 0000원'의 오기로 보인다).

2. 항소취지 : 주문과 같다.

가. 원고들은 ○○ ○○구 ○○동 0000-0 대 000㎡ 및 0000-00 대 000㎡(이하 '이 사건 토지'라 한다)과 그 지상 건물(이하 '이 사건 건물'이라 한다)에 관하여 서울남부지방법원 2005. 6. 30. 접수 제45686호로 각 2분의 1지분씩 소유권이전등기를 마쳤다. 원고들은 사업자등록을 마친 후 이 사건 건물에서 부동산임대업을 하고 있다.

나. 신정제4구역주택재개발정비사업조합(이하 '소외 조합'이라 한다)은 신정제4주택재 개발정비사업(이하 '이 사건 사업'이라 한다)을 위한 사업시행인가를 받고, 원고들로부터 사업구역 내에 위치한 이 사건 토지 및 건물을 매수하려고 협의하였으나 협의가 되지 않자 서울특별시지방토지수용위원회(이하 '위원회'라 한다)에 재결을 신청하였다. 위원회는 2012. 8. 17. '사업시행자는 이 사건 사업을 위하여 이 사건 토지를 수용하고 이 사건 건물은 이전하게 하며 손실보상금은 원고들 각 0,000,000,000원(= 토지보상금 0,000,000,000원 + 건물 보상금 000,000,000원)으로 한다. 수용의 개시일은 2012. 10. 5.로 한다.'라고 수용재결을 하였다.

다. 사업시행자인 소외 조합은 이 사건 토지 및 건물에 관하여 ○○○○지방법원 2012. 10. 5. 접수 제00000호로 같은 날짜 수용을 원인으로 하여 소유권이전등기를 마쳤다.

라. 원고들은 수용재결에 따라 공탁된 수용보상금을 이의를 유보하고 수령하였다. 원고들은 2012. 11. 25. ○○세무서장에게 수용일인 2012. 10. 5.을 폐업일자로 이 사건 건물에 대한 손실보상금과 관련하여, 과세표준 000,000,000원, 매출세액 00,000,000원으로 2012년 2기 부가가치세 확정신고(이하 '이 사건 신고'라 한다)를 하였고, 2012. 12. 25. 2012년 2기 부가가치세 00,000,000원(가산세 276,590원 포함)을 납부하였다. [인정 근거] 갑 제1 내지 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 본안 전 항변에 대한 판단

가. 피고의 주장

원고들은 신고한 과세표준이나 세액이 과다한 경우 국세기본법 제45조의2 제1항 의 경정청구를 하고, 만일 관할세무서장이 이를 거부하는 경우 심사청구 또는 심판청구를 거쳐 경정거부처분 취소소송을 제기하여야 하므로, 이 사건 신고가 당연무효임을 전제로 납부한 세금의 반환을 구하는 이 사건 소는 부적법하다.

또한, 대법원 2013. 3. 21. 선고 2011다95564 전원합의체 판결은, 부가가치세 환급세액 지급청구는 민사소송이 아니라 행정소송법 제3조 제2항에 규정된 당사자소송 절차에 따라야 한다고 판시하였으나, 위 판결에 따라 당사자소송을 제기할 수 있는 경우는 부가가치세 환급세액이 이미 확정되어 있는 경우에 한정되므로 이 사건과 같이 부가가치세 납세의무의 성립 여부 및 그 세액 등에 다툼이 있는 경우까지 확대하여 당사자소송을 제기할 수 있다는 취지는 아니다.

나. 판단

이 사건 소는, 원고들의 이 사건 신고가 중대・명백한 하자가 있어 당연무효라는 이유로 납부한 세금의 반환을 구하는 것이다.

살피건대, ① 조세채권을 확정시키는 신고행위가 무효인 경우 그 신고행위는 외형상 존재할 뿐 법률상 아무런 효력이 없어 신고행위가 무효임을 이유로 한 과오납금 반환청구는 실질적으로 부당이득반환청구인 점, ② 국세기본법 제45조의2 제1항의 경정청구권은 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자에게, 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 제한적으로 인정되는 제도로서 조세채권이유효하게 확정되었음을 전제로 하는 점, ③ 경정청구제도가 신고행위가 무효임을 전제로 한 과오납금 반환청구를 막거나 부가가치세법에서 규정된 환급세액 지급청구를 막는 것은 아닌 점 등을 고려하면, 원고는 경정청구와 별도로 신고행위가 당연무효임을 이유로 과세관청을 상대로 과오납금 반환청구를 할 수 있다(대법원 2013. 4. 26. 선고 2010두23019 판결 참조). 한편, 대법원 2013. 3. 21. 선고 2011다95564 전원합의체 판결의 취지는, 부가가치세법 제17조 제1항 단서의 환급세액(매출세액을 초과하는 매입세액)의 경우 납세의무

자에 대하여 국가가 부담하는 위 환급세액 지급의무는 그 납세의무자로부터 어느 과세기간에 과다하게 거래징수된 세액 상당을 국가가 실제로 납부받았는지 여부와 관계없이 부가가치세법령의 규정에 의하여 직접 발생하는 것으로서, 그 법적 성질은 정의와 공평의 관념에서 수익자와 손실자 사이의 재산상태 조정을 위해 인정되는 부당이득 반환의무가 아니라 부가가치세법령에 의하여 그 존부나 범위가 구체적으로 확정되고 조세 정책적 관점에서 특별히 인정되는 공법상 의무라고 봄이 타당하므로, 행정소송법 제3조 제2호에 규정된 당사자소송의 절차에 따라야 한다는 것이다. 따라서 위 판결을 근거로 이 사건 소가 행정소송법 제3조 제2호에 규정된 당사자소송이라고 볼 수는 없다(다만, 이 사건과 같이 부가가치세 신고가 당연무효임을 전제로 이미 납부한 세금의 반환을 구하는 소는 여전히 부당이득반환청구의 소로서 민사소송에 해당하므로 이 사건에 관하여 이 법원에 관할권이 있는지 직권으로 보건대, 민사소송법 제411조는 '당사 자는 항소심에서 제1심 법원의 관할위반을 주장하지 못한다. 다만, 전속관할에 대하여는 그러하지 아니하다'고 규정하고 있고, 민사소송은 행정소송이나 가사소송과 달리 임의관할이므로 설령 이 사건 제1심 법원인 서울행정법원에 관할권이 없었다 하더라도 항소심인 이 법원에는 관할권이 있다고 보아야 한다).

3. 본안에 대한 판단

가. 원고들의 주장

원고들이 수용보상금을 지급받은 것은 구 부가가치세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24359호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 시행령'이라 한다) 제14조 제4항에 따라

재화의 공급이 아님에도 원고들은 이 사건 신고를 하고, 부가가치세를 납부하였다. 이