청구인은 2005.8.19. OOO(43.24㎡, 이하 ‘쟁점주택’이라 한다)를 양도하고 2006.5.31. 1세대1주택 비과세를 적용하여 양도소득세를 확정신고하였다. 처분청은 청구인을 1세대4주택 보유자로 보아 중과세율(60%)을 적용하여 2006.9.15. 청구인에게 2005년 귀속 양도소득세 35,661,380원을 경정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 2006.12.7. 이의신청을 거쳐 2007.3.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

쟁점주택 외 청구인이 보유한 OOO(이하 ‘OOO’라 한다)는 조세특례제한법 제97조의2에 의한 감면대상임대주택이며, OOO(이하 ‘OOO’라 한다)는 조세특례제한법 제98조에 의한 미분양주택인데, 이들 주택 모두 1세대1주택 비과세대상 판정시 보유주택에 포함되지 않는 주택들이다.

또한 쟁점주택이 과세된다고 하더라도 OOO와 OOO는 청구인이 5년 이상 장기임대하였으므로 쟁점주택은 중과세율 적용대상이 아니다.

나. 처분청 의견

OOO는 청구인의 분양계약 체결일이 조세특례제한법 제97조의2의 요건에 배치되어 감면대상임대주택이 아니며, OOO는 OOO 소재주택으로서 조세특례제한법 제98조에 의한 과세특례 대상주택이 아니다.

OOO와 OOO가 장기임대주택에 해당되기 위해선 2004.6.30.까지 소득세법에 의한 사업자등록을 하였어야 하나 청구인은 2005.10.11. 사업자등록을 하였으므로 쟁점주택에 대한 중과세율 적용은 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

1세대1주택 비과세 해당 및 중과세율 적용 여부

나. 관련법령

(1) 소득세법

제89조 【비과세양도소득】다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 양도소득세라 한다)를 과세하지 아니한다. (1999. 12. 28 개정)

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득

제104조 【양도소득세의 세율】① 거주자의 양도소득세는 당해 연도의 양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 양도소득산출세액이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각호의 규정에 의한 세율 중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다. (2003. 12. 30. 후단신설)

2의 3. 대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다) (2003. 12. 30. 신설)

양도소득과세표준의 100분의 60

제168조 【사업자등록 및 고유번호의 부여】 ① 새로이 사업을 개시하는 사업자는 사업장소재지 관할세무서장에게 등록하여야 한다. (1999. 12. 28. 개정)

(2) 소득세법시행령

제167조의 3 【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】① 법 제104조 제1항 제2호의 3의 규정에서 대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택이라 함은 국내에 주택(제1호에 해당하는 주택을 제외한다)을 3개 이상 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각호의 1에 해당하지 아니하는 주택을 말한다. (2003. 12. 30. 신설)

2. 법 제168조에 의한 사업자등록과 「임대주택법」 제6조에 의한 임대사업자 등록(이하 이 조에서 "사업자등록 등" 이라 한다)을 한 거주자가 임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 장기임대주택이라 한다). 다만, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 기존사업자기준일이라 한다) 현재 「임대주택법」 제6조의 규정에 의한 임대사업자등록을 하였으나 법 제168조에 의한 사업자등록을 하지 아니한 거주자가 2004년 6월 30일까지 동조 동항의 규정에 의한 사업자등록을 한 때에는 「임대주택법」 제6조의 규정에 의한 임대사업자등록일에 법 제168조의 규정에 의한 사업자등록을 한 것으로 본다. (2005. 5. 31. 개정)

나. 기존사업자기준일 이전에 사업자등록 등을 하고 2호 이상의 국민주택을 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택(기존사업자기준일 이전에 임대주택으로 등록하여 임대하는 것에 한한다)으로서 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 당해 주택 또는 제10호의 규정에 의한 일반주택의 양도당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택 (2003. 12. 30. 신설)

10. 1세대가 제1호 내지 제8호에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 당해 주택(이하 이 조에서 "일반주택" 이라 한다) (2003. 12. 30. 신설)

(3) 조세특례제한법

제97조의 2 【신축임대주택에 대한 양도소득세의 감면 특례】① 대통령령이 정하는 거주자가 다음 각호의 1에 해당하는 국민주택(이에 부수되는 당해 건물연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다)을 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 당해 주택(이하 이 조에서 신축임대주택이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세를 면제한다. (2001. 12. 29. 개정)

1. 다음 각목의 1에 해당하는 임대주택법에 의한 건설임대주택 (1999. 12. 28. 신설)

나. 1999년 8월 19일 이전에 신축된 공동주택으로서 1999년 8월 20일 현재 입주된 사실이 없는 주택 (1999. 12. 28. 신설)

2. 다음 각목의 1에 해당하는 임대주택법에 의한 매입임대주택 중 1999년 8월 20일 이후 취득(1999년 8월 20일부터 2001년 12월 31일까지의 기간 중에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우에 한한다) 및 임대를 개시한 임대주택(취득 당시 입주된 사실이 없는 주택에 한한다) (1999. 12. 28. 신설)

가. 1999년 8월 20일 이후 신축된 주택 (1999. 12. 28. 신설)

나. 제1호 나목에 해당하는 주택 (1999. 12. 28. 신설)

② 제97조 제2항 내지 제4항의 규정은 신축임대주택에 관하여 이를 준용한다. (1999. 12. 28. 신설)

※제97조 ② 소득세법 제89조 제3호의 규정을 적용함에 있어서 임대주택은 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

제98조 【미분양주택에 대한 과세특례】① 거주자가 대통령령이 정하는 미분양 국민주택(이하 이 조에서 미분양주택이라 한다)을 1995년 11월 1일부터 1997년 12월 31일까지의 기간 중에 취득(1997년 12월 31일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 경우를 포함한다)하여 5년 이상 보유임대한 후에 양도하는 경우 당해 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 다음 각호의 방법 중 하나를 선택하여 적용받을 수 있다. (1998. 12. 28. 개정)

(4) 조세특례제한법시행령

제98조 【미분양 주택에 대한 과세특례】① 법 제98조 제1항 본문에서 대통령령이 정하는 미분양 국민주택이라 함은 다음 각호의 요건을 모두 갖춘 국민주택규모 이하의 주택으로서 서울특별시외의 지역에 소재하는 것을 말한다. (1998. 12. 31. 개정)

② 1995년 11월 1일부터 1997년 12월 31일까지의 기간 중에 취득(1997년 12월 31일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 경우를 포함한다)한 제1항 각호의 미분양주택외의 다른 주택을 소유하고 있는 거주자가 다른 주택을 양도함에 있어서는 당해 미분양주택외의 다른 주택만을 기준으로 하여 소득세법 제89조 제3호의 1세대 1주택에 관한 규정을 적용한다.

(5) 임대주택법

제6조 (임대사업자의 등록) ①대통령령이 정하는 호수 이상의 주택을 임대하고자 하는 자는 시장·군수 또는 구청장(자치구의 구청장을 말한다. 이하 같다)에게 등록을 신청할 수 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 청구인 소유 임대주택이 조세특례제한법상 과세특례대상 등의 주택이므로 쟁점주택의 양도에 1세대1주택 비과세가 적용되어야 한다고 주장하고 있어 관련규정을 살펴보면, 조세특례제한법 제97조의2 제2항에 의하면 동조가 규정한 신축임대주택은 1세대1주택 비과세규정의 적용에 있어 소유자의 주택수 계산에서 제외된다고 규정하고 있고 조세특례제한법 제97조의2 제1항 제2호는 1999년 8월 20일부터 2001년 12월 31일까지의 기간 중에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우여야 동조가 규정한 신축임대주택에 해당된다고 규정하고 있다. 이 건 심리자료에 의하면, 청구인의 OOO는 분양계약 체결일이 1997.5.1.로 확인되어 조세특례제한법 제97조의2가 규정하는 신축임대주택으로 보기는 어렵다고 판단된다.

(2) 또한, 조세특례제한법시행령 제98조 제2항에 의하면 조세특례제한법 제98조의 미분양주택은 1세대1주택 비과세규정의 적용에 있어 소유자의 주택수 계산에서 제외된다고 규정하고 있으며 조세특례제한법시행령 제98조 제1항은 동법이 규정한 미분양주택에 해당되기 위해선 OOO 외의 지역에 소재하는 것이어야 한다고 규정하고 있다. 그러나 청구인의 OOO는 심리자료에 의하면 OOO에 소재하는 것으로 확인되고 있어 청구인의 OOO를 조세특례제한법 제98조가 규정하는 미분양주택으로 보기는 어렵다고 판단된다.

(3) 소득세법 제104조 제1항 제2호의3은 1세대3주택 이상에 해당하는 주택의 양도소득세율은 60%라 규정하고 있고, 소득세법시행령 제167조의3 제1항 제2호는 임대주택의 소유자가 소득세법 제168조에 의한 사업자등록과 임대주택법 제6조에 의한 임대사업자 등록을 한 경우 일정한 요건을 갖춘 장기임대주택은 1세대3주택 중과세의 주택수 계산에서 제외됨을 규정하고 있다. 청구인은 OOO에 대해선 2001.6.21, OOO에 대해선 1999.11.30. 임대사업자등록을 하였으나 소득세법에 의한 사업자등록은 소득세법시행령 제167조의3 제1항 제2호 단서에서 유예기간으로 허용된 2004.6.30.을 지난 2005.10.11. 한 것으로 심리자료에 의해 확인된다. 따라서 OOO와 OOO는 소득세법시행령 제167조의3 제1항 제2호의 장기임대주택에 해당된다고 보기는 어렵다고 보인다.

(4) 위 내용을 종합하면, 처분청이 청구인을 1세대4주택 보유자로 보아 쟁점주택의 양도에 대해 60%의 세율을 적용하여 과세한데 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 사건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.