1. 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라 한다) 제17조 제1항 은 ‘사업자가 납부하여야 할 부가가치세액은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(매출세액)에서 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급 및 재화의 수입에 대한 세액(매입세액)을 공제한 금액으로 한다.’고 규정하고, 제2항 제2호 는 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액의 하나로 ‘사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액’을 규정하고 있다.

2. 원심은 제1심판결 이유를 인용하여, ① 원고와 동부청과 주식회사(이하 ‘동부청과’라 한다)는 2006. 12. 29. 재래시장인 서울 동대문구 (이하 생략) 일대의 동부청과시장 부지를 사업구역으로 하는 이 사건 시장정비사업을 공동으로 시행하는 내용의 공동사업약정을 체결하면서, 사업부지에 대한 매매계약의 체결·사업 관련 인허가업무·사업승인신청 전 제반 업무·자금조달 등은 원고가 담당하고, 자금 및 수익금 관리는 공동으로 하며, 사업 지분율은 사업승인을 얻은 후 투자비율에 따라 정하기로 약정한 사실, ② 원고는 그 무렵인 2006. 12. 28.경 이 사건 시장정비사업의 수행에 필요한 자금조달 및 금융에 관한 자문 등의 용역제공에 대한 대가로 부국증권 주식회사(이하 ‘부국증권’이라 한다)에 6억 원, 한누리투자증권 주식회사(이하 ‘한누리투자증권’이라 한다)에 12억 원 합계 18억 원을 지급하고(이하 ‘이 사건 제1거래’라 한다), 동부청과 주식의 인수를 위한 실사 등의 용역제공에 대한 대가로 세원합동회계사무소 외 4개 업체에 합계 36,363,637원을 지급한 사실(이하 ‘이 사건 제2거래’라 한다), ③ 그 후 원고와 동부청과는 이 사건 시장정비구역 내 토지면적 중 약 75%를 소유하고 있는 동부청과를 사업시행자로 한 시장정비사업추진계획을 신청하여 2009. 2. 19. 서울특별시장으로부터 승인을 받은 사실, ④ 이 사건 제1거래로 인한 용역제공의 범위에는 이 사건 시장정비사업의 수행을 위한 자금조달과 금융 관련 자문 외에도 재무 관련 자문, 사업일정의 계획 및 조정 등도 포함되어 있었으나, 그 대가는 조달된 자금의 액수만을 기준으로 그에 대한 일정 비율로 정해진 사실, ⑤ 원고는 이 사건 제1거래의 당사자인 부국증권 및 한누리투자증권으로부터 1,200억 원을 대출받아 그 중 145억여 원을 토지 취득 및 관련 비용으로, 830억여 원을 동부청과 주식의 인수 및 관련 비용으로, 나머지를 기타 용역비·금융비·사무실운영비 등으로 지출하였거나 지출할 예정인 사실, ⑥ 위와 같은 주식의 인수로 인하여 원고는 동부청과의 주식을 2006. 12. 31. 기준으로 89.55%, 2007. 12. 31. 기준으로 95.52%를 소유하게 된 사실 등을 인정하였다.

원심은 이러한 사실관계에 기초하여, 이 사건 제1거래의 주된 목적은 1,200억 원의 자금조달을 위한 것으로 그 대부분이 동부청과 주식의 인수 및 토지 취득 관련 비용으로 지출되었는데, 원고가 이 사건 시장정비사업을 수행하는 데 있어 동부청과 주식의 인수가 불가피하였다고 할 수 없고, 이 사건 제2거래 또한 원고가 동부청과의 주식을 인수하기 위하여 사전에 동부청과의 자산·부채를 실사하는 용역계약의 대가로서 지급한 수수료에 불과하여 이 사건 시장정비사업과 직접 관련이 없는 점 등에 비추어, 이 사건 제1, 2거래에 대한 매입세액은 모두 이 사건 시장정비사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 것으로서 법 제17조 제2항 제2호 에서 규정한 불공제대상 매입세액에 해당한다고 판단하였다.

3. 그러나 원심의 판단은 아래와 같은 이유로 수긍하기 어렵다.

가. 현행 부가가치세의 과세방법은 원칙적으로 사업자의 자기생산 부가가치에 대해서만 과세가 이루어지도록 하기 위하여 납부세액 산출방식에 있어 자기생산 부가가치와 매입 부가가치를 합한 금액을 공급가액으로 하고, 이에 대하여 징수할 매출세액에서 매입 부가가치에 대하여 지출된 매입세액을 공제하도록 하는 기본적 구조를 채택하고 있다. 이러한 구조 하에서 법 제17조 는 매출세액에서 공제하는 매입세액에 관하여 제1항 에서 ‘자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될’ 재화 또는 용역의 공급 또는 수입에 대한 세액에 해당하는 이상 그 전부를 공제하도록 규정함으로써 그 기준을 사업 관련성에 두는 한편, 제2항 제2호 에서 공제하지 아니하는 매입세액의 하나로 ‘사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액’을 들고 있는데, 이는 부가가치세의 원리상 당연히 매출세액에서 공제될 수 없는 경우를 규정하고 있는 것으로 이해된다 ( 대법원 1995. 12. 21. 선고 94누1449 전원합의체 판결 등 참조).

따라서 사업 관련성이 없는 지출에 대한 매입세액은 법 제17조 제1항 , 제2항 제2호 에 의하여 매출세액에서 공제될 수 없으나, 여기에서 말하는 사업 관련성의 유무는 지출의 목적과 경위, 사업의 내용 등에 비추어 그 지출이 사업의 수행에 필요한 것이었는지를 살펴 개별적으로 판단하여야 한다.

나. 원심판결 이유 및 원심이 적법하게 채택한 증거 등에 의하면, ① 동부청과는 이 사건 시장정비구역 내 토지면적의 약 75%를 소유하고 있어 이 사건 시장정비사업의 시행을 위해서는 동부청과의 동의가 필수적이었던 사실, ② 그런데 동부청과는 약 60여명의 주주들이 거의 균등한 비율로 주식을 보유하는 한편, 그 주주들이 동부청과로부터 점포를 임차하여 운영하거나 이를 제3자에게 전대하는 등 이해관계가 복잡하게 얽혀 있었던 사실, ③ 동부청과의 주주들은 2003년경부터 자체적인 시장개발계획을 추진하였으나, 개발비용조달 및 시장 휴장 등의 문제에 관하여 주주들 및 입점 상인들의 의견이 일치하지 아니하여 2005년경 이를 중단하는 대신 주식을 매각하여 새로운 주주들로 하여금 시장개발을 하도록 하는 방침을 세웠고, 이에 따라 시장정비사업을 추진하려는 개발사업시행업체들이 동부청과 주식의 인수를 위한 경쟁을 벌이게 되었던 사실, ④ 이에 원고도 동부청과의 주식을 인수하여 이 사건 시장정비사업을 추진하기로 계획을 세우고 2006. 8. 7. 주식회사 씨썬이엔씨와 주식인수를 위한 컨설팅계약을, 2006. 12.경 세원합동회계사무소 외 4개 업체와 주식인수를 위한 실사 등의 용역계약(제2거래 관련)을, 2006. 12. 28.경 부국증권 및 한누리투자증권과 주식인수 및 시장정비사업의 수행에 필요한 자금조달 및 금융 등에 관한 자문계약(제1거래 관련)을 각 체결한 사실, ⑤ 이와 같은 과정을 거쳐 원고는 2006. 12. 28.경 동부청과의 주식 대부분을 인수하게 되자, 그 다음 날인 2006. 12. 29. 동부청과와 이 사건 시장정비사업을 공동으로 시행하는 내용의 공동사업약정을 체결한 사실, ⑥ 원고는 동부청과의 주주들로부터 주식을 인수하면서 주주들과 동부청과 사이의 임대차계약에 따른 주주들의 임차인 지위 및 주주들과 입점 상인들 사이의 전대차계약에 따른 주주들의 전대인 지위도 아울러 인수한 사실 등을 알 수 있다.

이러한 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 원고가 이 사건 시장정비사업을 추진하기 위해서는 이 사건 시장정비구역 내 토지면적의 대부분을 소유하고 있던 동부청과의 주식을 인수할 필요가 있었던 것으로 보이므로, 그 주식인수를 위한 실사와 자금조달 및 금융에 관한 자문 등의 용역을 제공받은 이 사건 제1, 2거래는 이 사건 시장정비사업의 수행에 필요한 것으로서 사업 관련성이 있어 그에 대한 매입세액은 법 제17조 제1항 , 제2항 제2호 에서 규정한 불공제대상 매입세액에 해당하지 않는다고 봄이 상당하다.

그럼에도 원심은, 이 사건 제1, 2거래에 대한 매입세액은 이 사건 시장정비사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 것으로서 법 제17조 제2항 제2호 에서 규정한 불공제대상 매입세액에 해당한다고 판단하였으니, 이러한 원심의 판단에는 법 제17조 제1항 , 제2항 제2호 에서 규정한 불공제대상 매입세액에 관한 법리를 오해한 위법이 있고, 이를 지적하는 상고이유는 이유 있다.

4. 그러므로 나머지 상고이유에 관한 판단을 생략한 채 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.