2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 60%는 원고가 부담하고， 나머지 40%는 피고가 부담한다.

가. 원고는 1986. 4. 18. 취득한 OO OO구 OO동 44 OOO 14동 2102호 (이하 '이 사건 아파트'라고 한다)를 2008. 5. OOOO원에 양도계약을 체결하고 같은 해 6. 30. 잔금을 지급받은 후 2008. 7. 31. 이 사건 아파트가 1세대 1주택에 해당한다며 고가양도 기준 금액과의 차액부분에 대하여 양도소득세 OOOO원을 자진 신고，납부하였다

나. 이에 대하여 피고는， 원고가 이 사건 아파트를 양도하기 전인 2008. 5. 4. OO OO구 OO동 118-7 다세대 주택 1동(12세대)를 취득하여， 이 사건 아파트 양도 당시에는 1세대 3주택 이상 소유자에 해당한다고 보아 장기보유특별공제를 배제하고， 양도 소득세율 60%를 적용하여 2009. 3. 2. 2008년 귀속 양도소득세 OOOO원을 부과 하는 처분(이하 '이 사건 종전 처분'이라고 한다)을 하였다.

다. 이에 대하여 원고는 2009. 12. 10. 피고에게 고충민원을 제기하여 피고의 납세자 보호위원회에서 이 사건 종전 처분을 취소하라는 결정을 하였으며， 피고는 2010. 1. 6. 이 사건 종전 처분을 취소하였다

라. 그런데 국세청 감사결과 위와 같은 납세자보호위원회의 취소결정이 명백히 법률 에 위배된다고 지적되어， 피고는 2011. 7. 1. 2008년 귀속 양도소득세 OOOO원 (확정신고 ・ 납부기한의 다음날인 2009. 6. 2.부터 납세고지일인 2011. 7. 1.까지의 납부 불성설가산세 OOOO원 포함)을 부과하는 이 사건 처분을 하였다.

마. 원고는 이 사건 처분에 대하여 2011. 7. 12. 조세심판원에 심판청구를 하였고， 조세심판원은 2012. 8. 6. 원고가 1세대 3주택 이상 소유한 것은 부동산투기 목적이 있었다고 볼 수 없으므로 소득세법 제104조 제1항 제1호의 세율 36%를 적용하는 것이 타당하고， 또한 원고가 이 사건 종전처분에 따라 2009. 9. 29. 납부한 OOOO원에 대하여는 확정신고기한 다음날부터 당초처분 고지일까지에 대하여만 납부불성실가산세를 적용하는 것이 타당하다고 결정함에 따라， 피고는 이 사건 처분 중 양도세율을 60%에서 36%로 변경， 적용하고 가산세를 조정하여 이 사건 처분에 따른 양도소득세액 중 OOOO원을 감액하여 OOOO원(원고가 납부한 총 OOOO원을 제외한 세액에 대한 납부불성설가산세 OOOO원 포함)을 재고지 하였다(이하 2011. 7. 1.자 양도소득세 부과처분 중 감액되고 남은 부분을 이 사건 처분이라고 한다).

인정근거 다툼없는 사실， 갑3， 4호증의 각 기재， 변론 전체의 취지

2. 당사자들의 주장

가. 원고는 이 사건 아파트를 취득하여 22년 이상 1세대 1주택자로 살아오다가 OO동 다세대 주택을 취득하였는데， 이 사건 아파트를 양도한 후에 위 다세대 주택을 취득하였더라면 1세대 1주택으로 양도소득세를 면제 받았을 것을， 다세대 주택과 다가구 주택을 혼동하여 새로운 주택을 취득한 후 1년 이내에 종전 주택을 양도하면 비과세가 되는 것으로 오인하는 바람에 원고로서는 도저히 감당할 수 없는 고액의 세금이 부과 되었던 것으로， 납세자보호위원회는 이러한 고충을 이해하고 이 사건 종전 처분의 취소를 의결하였으므로 이러한 납세자보호위원회의 의결내용을 통보받은 피고는 그 의결 을 존중하여야 하고， 다만 법령해석 등에 있어 명백한 잘못이 있는 경우， 사실관계 등 을 판단함에 있어 중대한 오류가 있는 경우 등에는 재심을 요청할 수 있을 뿐이다.

그럼에도 피고가 국세청의 감사 지적이라는 이유만으로 이 사건 종전 처분 취소 결정을 다시 번복하여 이 사건 처분을 한 것은 납세자보호사무처리규정 자체를 무력화시 키고， 납세자에 대한 신의성실， 신뢰보호 원칙에도 반하여 위법하다.

나. 피고가 이 사건 종전 처분을 취소하였고 원고가 이를 신뢰한 이상， 종전 처분이 취소된 날부터 이 사건 처분이 있은 날까지의 납부불성설가산세는 취소되어야 한다.

다. 장기보유특별공제가 적용되어야 한다.

3. 처분의 적법 여부

가. 관련 법령

별지와 같다.

나. 신뢰보호원칙 위반 주장에 대하여

살피건대， 고충민원처리제도는 특별한 사정 등으로 이의신청 등 불복청구의 기회를 놓쳤거나 불복청구를 할 처지에 있지 아니한 특정한 납세자의 고충을 고려하여 예외적으로 심리한 후 당초 처분의 시정 등을 권고하는 제도로서， 국세청 훈령(제1799호， 2009. 10. 23.)인 납세자보호사무처리규정에 따르면 국세기본법， 감사원법， 행정소송법 등에 의한 불복절차가 진행 중이거나 결정이 완료되어 확정된 사항， 국세기본법에 의한 과세전적부심사가 진행 중이거나 결정이 완료된 사항， 감사원장， 국세청장， 지방국세청장의 감사결과에 따른 시정지시에 의하여 처분하였거나 처분할 사항은 고충민원 대상에서 제외되고， 납세자보호위원회의 심의결과 인용 의결을 통보받은 세무서장 또는 지방국세청장은 그 의결을 존중하되， 법령 해석 등에 있어 명백한 잘못이 있는 경우나 사실관계 등을 판단함에 있어 중대한 오류가 있는 경우 등엔 재심을 요청할 수 있으며， 고충민원에 대한 처리결과는 국세기본법 제55조에 규정하는 불복의 대상이 되는 처분에 해당하지 아니하도록 규정되어 있는바， 이러한 고충민원 처리제도의 취지와 내용， 그리고 이 사건 처분이 "납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 때에는 즉시 이를 다시 경정한다."고 규정한 소득세법 제80조 제4항에 근거한 것인 점을 고려할 때， 원고의 고충민원 신청이 인용되었다가 다시 이 사건 처분을 한 것이 납세자인 원고에 대한 신의성설 원칙， 신뢰보호 원칙에 반한다고 할 수 없다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

다. 가산세 주장에 대하여

1) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고・납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서， 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행 을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있는 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 부과될 수 없다.

2) 이 사건에 관하여 보건대， 앞서 본 사실에 의하면， 원고는 2009. 1. 21. 이 사건 종전처분이 있기 전 과세전적부심사를 청구하였다가 2009. 2. 12. 이를 취하한 사실， 2009. 9. 29. OOOO원을 납부하였다가 2009. 12. 10. 피고에게 고충민원을 신청하였고， 피고는 납세자보호위원회 심의결과 원고의 고충민원을 받아들여 2010. 1. 6. 이 사건 종전처분을 취소한 사실， 이후 피고는 국세청장으로부터 납세자보호위원회의 인용결정은 법률에 명백히 위반된다는 감사 지적에 따라 2011. 7. 6. 이 사건 처분을 한 사실 등을 알 수 있는바, 비록 앞서 본 바와 같이 이 사건 아파트가 1세대 1주택에 해당된다는 원고의 주장이 잘못된 것이라 하더라도， 고충민원은 행정처분에 대한 행정심판으로서의 기속력이 있다고는 할 수 없지만， 불복기간이 도과되어 더 이상 다툴 수 없는 행정처분에 대하여 특별히 구제할 수 있는 예외적인 수단으로 인정되고 있고 피고가 원고의 고충민원을 받아들여 이 사건 종전처분을 취소한 적이 있는 만큼 이 경우 원고가 이 사건 종전 처분이 취소된 후 이 사건 처분이 있기까지 양도소득세의 납부를 기대하는 것은 불가능한 일인 점에 비추어 보면， 원고에게 이 사건 종전처분이 취소된 때부터 이 사건 처분일까지 이 사건 아파트에 대한 양도소득세 납부의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 봄이 상당하다.

따라서, 이 사건 처분 중 종전처분이 취소된 2010. 1. 6.부터 이 사건 처분일인 2011. 7. 1.까지 542일간 발생 한 납부불성실 가산세 OOOO원{= 미납세액 OOOO원(=이 사건 처분의 결정세액 OOOO원 - 자진신고 납부액 OOOO 원 - 기납부액 OOOO원) x 0.0003 x 542일(2010. 1. 6. ~ 2011. 7. 1.)} 부분은 위법하다 할 것이므로， 이 사건 처분 중 OOOO원(= OOOO원-OOOO원)을 초과하는 부분은 취소되어야 한다. 원고의 이 부분 주장은 이유가 있다.

라. 장기보유특별공제 주장에 관하여

피고는 이 사건 처분을 하면서 장기보유특별공제를 이미 적용하였으므로， 원고의 이 부분 주장은 이유없다.

4. 결론

그러므로 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유있어 인용하고， 나머지 청구는 이유 없어 기각한다.