원심판결서울고등법원 2008. 7. 11. 선고 2007누21633 판결

1. 원심은 채용 증거에 의하여, ① 주식회사 △△(이하 '△△'이라고 한다)은 2000. 12. 18. 특수관계자인 □□산업 주식회사(이하 '□□산업'이라고 한다)에게 이 사건 주식 150,040주 중 117,040주를 3년 이내에 환매한다는 조건으로 2,106,720,000원에 매각하고(이하 '이 사건 환매거래'라고 한다), 위 매각가액과 장부가액의 차액인 1,724,827,001원을 투자유가증권처분손실로 손금에 산입하여 2000 사업연도 법인세를 신고한 사실, ② 원고는 2001. 7. 1. △△을 흡수합병하고(이하 '이 사건 합병'이라고 한다), 2001. 10. 31. □□산업으로부터 위 주식 117,040주를 △△이 당초 매도한 가격인 2,106,720,000원에 환매한 사실, ③ 그 후 2003. 7. 1. 이 사건 주식 150,040주 중 131,040주가 유상으로 소각되면서 그 대가로 원고가 7,784,431,200원을 받은 사실, ④ 그런데 △△의 관할세무서장이었던 천안세무서장이 2004. 11.경 이 사건 환매거래를 '매매를 가장한 실질적인 자금융통행위'로 보고, 위 투자유가증권처분손실 1,724,827,001원에 대하여 손금불산입・유보처분한 사실, ⑤ 이에 원고는 위 유보금액 1,724,827,001원 중 이 사건 주식의 소각비율에 상당하는 금액은 손익의 귀속 사업연도가 도래하지 아니하여 피합병법인인 △△의 손금에 산입하지 아니한 금액으로서, 구 법인세법 시행령(2010. 6. 8. 대통령령 제22184호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제85조 제1항 제2호의 규정에 따라 합병법인인 원고에게 승계되었으므로 이 사건 주식 150,040주 중 131,040주가 유상으로 소각된 사업연도(2003. 7. 1. ~ 2004. 6. 30.)의 손금으로 산입되어야 한다고 주장하며 법인세 경정청구를 하였으나, 피고는 2004. 12. 23. 위 유보금액은 피합병법인인 △△의 청산소득금액 계산시 반영되어야 할 금액이라는 이유로 원고의 법인세 경정청구를 거부하는 이 사건 경정거부처분을 한 사실 등을 인정한 다음, 원고가 손금에 산입한 위 투자유가증권처분손실 1,724,827,001원은 비록 천안세무서장이 손금불산입 하였으나 종국에는 손금에 산입될 수 있는 것이고, 이 사건 환매거래를 자금융통행위라고 본다면 위 1,724,827,001원은 유가증권의 처분으로 인한 손실이 아니라 유가증권의 평가로 인한 손실로서 이 사건 합병 당시에는 손금의 귀속 사업연도가 도래하지 아니하여 피합병법인인 △△의 손금에 산입되지 아니한 금액이므로, 구 법인세법 시행령 제85조 제1항 제2호의 규정에 따라 합병으로 인하여 원고에게 승계되어 이 사건 주식 150,040주 중 131,040주가 유상으로 소각된 사업연도의 손금에 산입되어야 한다는 이유로, 피고가 이와 다른 전제에서 한 이 사건 경정거부처분은 위법하다고 판단하였다.

2. 그러나 원심의 위와 같은 판단은 다음과 같은 이유로 수긍하기 어렵다.

구 법인세법(2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 것) 제40조 제1항은 "내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속 사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다."라고 규정하고 있고, 제49조는 "내국법인이 합병 또는 분할하는 경우 이 법 또는 다른 법률에 다른 규정이 있는 경우를 제외하고는 피합병법인・분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인(이하 '피합병법인 등'이라 한다)의 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준의 계산에 있어서 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액 등의 처리 및 그 금액 기타 자산・부채의 합병법인 등에의 승계 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다."라고 규정하고 있다.그리고 구 법인세법 시행령 제85조 제1항은 "내국법인이 합병하는 경우에 법 또는 다른 법률에 다른 규정이 있는 경우를 제외하고는 피합병법인의 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준의 계산에 있어서 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액은 다음 각 호에 의한다."라고 규정하면서 그 제2호(이하 '이 사건 승계조항'이라고 한다)에서 "법 제40조의 규정에 의한 손익의 귀속 사업연도가 도래하지 아니하여 피합병법인의 익금 또는 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속 사업연도에 따라 합병법인에게 승계되는 것으로 한다."라고 규정하고 있고, 제122조 제3항은 "법 제80조 및 법 제81조의 규정에 의하여 법인의 합병・분할에 의한 청산소득금액을 계산함에 있어 자기자본의 총액에 포함되는 잉여금은 합병・분할시 합병법인 등에게 승계되는 세무조정사항 중 손금불산입금액을 차감하고 동 세무조정사항 중 익금불산입액을 가산하여 계산한다."라고 규정하고 있는바, 위 각 규정의 문언내용 및 취지 등에 비추어 이 사건 승계조항 소정의 '법 제40조의 규정에 의한 손익의 귀속 사업연도가 도래하지 아니하여 피합병법인의 익금 또는 손금에 산입하지 아니한 금액'은 손익의 귀속 사업연도에 관한 세무회계와 기업회계의 차이로 인하여 피합병법인의 익금 또는 손금에 산입하지 아니한 금액을 의미한다고 해석함이 상당하다.

그런데 천안세무서장이 손금불산입・유보처분한 위 투자유가증권처분손실 1,724,827,001원은 △△이 가공의 손금을 계상하였다는 이유로 손금에 산입되지 아니한 금액일 뿐 손익의 귀속 사업연도에 관한 세무회계와 기업회계의 차이로 인하여 손금에 산입하지 아니한 금액에 해당한다고 볼 수는 없으므로, 이 사건 승계조항에 의하여 합병법인인 원고에게 승계된다고 할 수는 없고, 다만 △△의 합병으로 인한 청산소득을 산정함에 있어 반영될 수 있을 뿐이다.

그럼에도, 원심은 위 투자유가증권처분손실 1,724,827,001원이 이 사건 승계조항 소정의 '법 제40조의 규정에 의한 손익의 귀속 사업연도가 도래하지 아니하여 피합병법인의 익금 또는 손금에 산입하지 아니한 금액'에 해당하여 합병으로 인하여 원고에게 승계된다고 판단하고 말았으니, 이러한 원심의 판단에는 합병으로 인하여 승계되는 세무조정금액의 범위에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있고, 이 점을 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.

3. 그러므로 나머지 상고이유에 대한 판단을 생략한 채 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리・판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.