2. 항소비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 2008. 9. 10. 서울 AA구 AA동 844 AA타운 7단지 704동 1005호 (이하 '이 사건 아파트'라 한다)를 OO공사로부터 376,780,000원에 취득하였고, 같은 해 11. 7. 이 사건 아파트를 양AA에게 446,780,000원에 양도하였다.

나. 원고는 2008. 12.경 양도소득세 자진신고를 하면서, 이 사건 아파트의 취득가액 을 원프리미엄 90,000,000원을 합산한 473,658,598원으로 신고하였는데, 피고는 2009. 6. 1. 90,000,000원의 프리미엄을 이 사건 부동산의 취득가액으로 인정하지 않고, 2008 년 귀속 양도소득세 45,310,700원을 부과, 고지하는 이 사건 처분을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제5 내지 7호증, 갑 제8호증의 1, 2의 각 기재

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자들의 주장

(1) 원고의 주장

원고는 2005. 6. 1. 서울 BB구 BB동 915-4 소재 BB연립 302호(이하 '이 사건 연립주택'이라 한다)를 매수하여 2005. 6. 7. 소유권이전등기를 마쳤는데, 당시 양천구청에서는 위 연립주택 부지를 공영주차장건설 부지에 편입시킬 목적으로 위 연립주택을 매수하고 그 소유자에게 서울시에서 건립하는 아파트의 특별분양권을 준다는 계획이 확정되어 있었다.

원고는 오로지 아파트 특별분양권을 취득하기 위하여 이 사건 연립주택의 미등기 전매자인 정BB으로부터 특별분양권만을 95,000,000원에 매수하였고, 차후 보상금은 매도자가 권리를 가지도록 약정하였으며, 실제로 보상금은 매도인에게 그대로 지급하였다.

따라서, 국세기본법 제14조가 천명하고 있는 실질과세 원칙에 비추어 원고는 실질적으로 이 사건 연립주택을 취득한 것이 아니라 이 사건 아파트의 특별분양권만을 취득한 것이라 할 것이고, 그에 소요된 비용 95,000,000원은 이 사건 연립주택이 아닌 이 사건 아파트의 필요경비에 포함되어야 할 것이고, 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 피고의 주장

원고가 이 사건 아파트의 특별분양권만을 취득하였다는 원고의 주장은 원고가 이 사건 아파트의 특별분양권을 취득하기 위하여 형식적으로 이 사건 연립주택의 소유자가 되었다는 원고의 주장과 모순될 뿐만 아니라, 원고는 이 사건 연립주택에 관하여 2005. 6. 7. 소유권이전등기를 마치고, 2006. 8. 30. 이 사건 연립주택을 서울특별시 양천구에 양도할 때까지 1년 이상 이 사건 연립주택을 소유하고 있었던 점, 원고는 2006. 10. 31. 이 사건 연립주택의 매도에 따른 양도소득세를 공시가격으로 취득 ・ 양도 가액을 산출하여 양도소득세를 신고하였던 점 등 제반 사정에 비추어 인정될 수 없다.

설령 원고의 주장이 인정된다고 하더라도, 원고가 이 사건 연립주택의 취득과 매도 등 일체의 소유권의 행사와 이에 기인한 분양권의 발생, 양도소득세의 신고의무 이행을 하였음에도, 원고는 이 사건 아파트의 양도소득세의 부과를 회피하고자 객관적으로 모순되는 주장을 하는 것으로, 원고의 이러한 주장은 신의성실의 원칙에 위배된다.

나. 관계법령

다. 인정사실

(1) 양천구청장은 2005. 2.경 관할 동사무소장들에게 도시계획시설(주차장) 설치 대상부지 추천을 의뢰하였고, 이 사건 연립주택 소재지 관할 동사무소장은 2005. 5. 18. 이 사건 연립주택 소재지를 대상부지로 추천하였다.

(2) 부동산 중개업자인 박CC는 이 사건 연립주택이 주차장 부지로 수용되면 이 사건 연립주택의 소유자들이 분양권을 받게 된다는 사실을 마리 알고서 원고가 매수한 이 사건 연립주택 뿐만 아니라 이 사건 연립주택의 다른 호수인 206호, 208호, 209호, 306호, 307호, 308호 특별분양권(입주권) 거래를 중개하였다.

(3) 원고는 OO지구에 거주하던 이모인 장DD의 소개로 부동산 중개업자인 정BB을 소개받았고, 정BB이 이 사건 연립주택을 구입하면 OO지구 아파트 입주권을 취득할 수 있다고 하여 원고는 장DD에게 9,500만 원을 입금하여 정BB에게 건네주었다.

(4) 원고는 2005. 6. 1. 정BB과 사이에 이 사건 연립주택에 대한 매매계약을 체결하였는데, 그 매매계약서에는 매도인 '정BB', 부동산 소재지 '서울 양천구(33평형 입주권)', 매매대금 '구천 오백만원'으로 기재되어 있고, 특약사항으로 '1. 본 계약은 △△공사 특별분양아파트 입주권 매매이며, 차후 발생되는 보상금(토지 및 건물)은 매도자가 권리가 있고, 입주권은 매수자가 권리를 갖는다. 2. 세입자의 보증금 및 관리는 매도자 가 책임진다.'라고 기재되어 있다.

(5) 원고는 2005. 6. 7. 이 사건 연립주택에 관하여 김EE으로부터 2005. 6. 2.자 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤는데, 원고가 이 사건 연립주택의 소유 명의자인 김EE을 직접 만난 사실은 없고, 실제로는 정BB과 박CC가 위와 같은 소유권이전등기절차를 이행하였다.

(6) 양천구청장은 2005. 10. 7. 이 사건 연립주택 소재지에 대한 도시계획시설(주차 장) 계획을 수립하였고, 2006. 1. 26. 위 계획에 대한 인가결정을 하였으며, 2006. 8. 25. 원고와 양천구청장 사이에 이 사건 연립주택에 관하여 매매대금 105,666,660원으로 한 매매계약이 체결되었고, 2006. 8. 30. 서울특별시 양천구 명의의 소유권이전등기 가 마쳐졌다.

(7) 원고는 2006. 9. 7. 양천구청장으로부터 이 사건 연립주택에 대한 보상금 105,666,600원을 원고가 개설한 우리은행 통장(계화번호 1002-432-XXXXXX, 우리은행 양천구청지점, 계좌개설일 2006. 8. 24,)으로 지급받아 위 통장을 정BB에게 건네주었고, 위 금원은 2006. 9. 8. 출금되었다.

(8) 원고는 이 사건 연립주택의 양도와 관련하여 양도가액 및 취득가액을 각 36,000,000원으로 하여 2006년 귀속 양도소득세를 신고하였으며, 2008. 7. 8. 이 사건 아파트에 관하여 OO공사와 사이에 분양계약을 체결하였다.

(9) 원고는 서울남부지방검찰청 2007형제52195호 부동산실권리자명의등기에관한법률위반 사건에서 '혐의없음' 처분을 받았는데 위 결정에서는 『원고를 포함한 피의자들은 박CC를 통하여 이 사건 연립주택을 취득하였으나 명의수탁한 사실이 없다고 주장한다. 박CC가 위 BB연립 부지가 주차장부지로 수용되고 그렇게 되면 보상과 분양권을 받는다는 사실을 알고 소유자와 피의자들 중간에서 매매하도록 하고, 그 대가로 보상금을 취득하기로 하였고, 피의자들이 분양권 취득을 목적으로 위 BB연립을 매수하였다고 하여 박CC가 매수인이라고 볼 수는 없으므로 박CC가 피의자들에게 명의신탁을 한 사실이 인정되지 않는다.』 는 취지로 기재되어 있다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7호증, 갑 제9 내지 13호증, 을 제1, 2호증 의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 쟁점의 정리

위 인정사실에 의하면, 원고는 부동산 중개업자인 정BB의 소개로 이 사건 연립 주택을 구입하면 OO지구에 위치한 이 사건 아파트의 특별분양권을 취득할 수 있다고 하여 이 사건 연립주택을 취득한 점, 원고는 이 사건 연립주택 소유자의 자격으로 이 사건 아파트의 특별분양권을 취득하여 이 사건 아파트에 관하여 OO공사와 사이에 분양계약을 체결한 점, 원고는 양천구청장으로부터 교부받은 이 사건 연립주택에 대한 보상금 105,666,600원을 모두 정BB에게 지급한 점은 인정된다.

그러나 앞서 본 바와 같이, 원고는 이 사건 연립주택에 관하여 소유권이전등기를 마쳤고, 1년 넘게 이를 보유하였으며, 양천구청장으로부터의 보상금도 원고 명의로 지급받았고, 원고 명의로 이 사건 연립주택에 관한 양도소득세 신고까지 마친 점에 비추어 보면, 결국 원고의 주장은 납세자가 실질과세 원칙을 주장하면서 스스로 택한 법적 형식인 이 사건 연립주택의 소유권 취득의 법적 형식을 부인하고 자신이 실질이라고 생각하는 이 사건 아파트의 특별분양권만을 취득하였다는 주장으로 "실질과세 원칙에 따른 법적 재구성"을 허용하여 달라는 주장에 해당한다.

(2) 관련 법리

(가) 법인 또는 개인이 다른 법인 소유의 부동산을 취득하고자 하는 경우 이를 위한 거래의 법적 형식은, 당해 부동산을 매매에 의하여 직접 취득하는 방식과 그 부동산을 소유하는 법인 자체에 대한 지배권을 취득할 수 있는 주식을 양수하는 방식으로 나눌 수 있는바, 법인이 부동산을 취득하기 위하여 어느 방식을 취할 것인가의 문제는, 그 목적 달성의 효율성, 조세 등 관련비용의 부담 정도 등을 고려하여 스스로 선택할 사항이라고 할 것이며, 법인이 어느 한가지 방식을 선택하여 부동산 취득을 위한 법률관계를 형성하였다면, 그로 인한 조세의 내용이나 범위는 그 법률관계에 맞추어 개별적으로 결정된다 할 것이고 서로 다른 거래의 궁극적 목적이 부동산의 취득에 있다 하여 그 법적 형식의 차이에도 불구하고 그 실질이 같다고 하거나 조세법상 동일한 취급을 받는 것이라고 할 수는 없는바, 법인이 자본금을 증자한 후 타 회사 보유 부동산 취득에 관하여 매매계약 대신에 타 회사 주식을 인수하는 방식이 자신에게 유리한 것으로 판단하여 타 회사와 경영권양도 ・ 양수계약을 체결하여 타 회사 주식을 취득하였다면, 이러한 경우에는 그 거래의 법적 형식은 물론 그 실질 또한 타 회사 주식의 취득이라고 할 것이어서 증자소득공제 배제요건인 구 법인세법(1990. 12. 31. 법률 제 4282호로 삭제되기 전의 것) 제10조의3 제2항 제2호 소정의 '주식을 취득하기 위하여 지출한 금액'에 해당된다(대법원 1998. 5. 26. 선고 97누1723 판결 참조).

(나) 갑이 자신의 명의로 발행한 사채 자금을 특수관계에 있는 을에게 대여한 것을 이유로 과세관청이 갑을 사채의 실질적인 채무자로 보아 그 지급이자를 손금불산입하고 인정이자 상당액을 익금산업하였으나 실제로 사채발행으로 인한 자금의 사용자는 을이고 을이 사채발행 과정의 전면에 나서서 사채발행을 실질적으로 주도한 경우, 주식회사의 사채 모집에는 이사회의 결의를 요하고(상법 제469조), 채권의 발행이 전제되어 있고(같은 법 제478조), 사채권자집회는 사채를 발행한 회사가 소집하도록 되어 있는(같은 법 제491조) 등 사채의 발행에는 단순한 금전채무 부담의 의사표시 외에도 일정한 절차적 요건이 요구되고, 사채발행회사는 금전채무의 채무자 이상의 일정한 회사 법상 지위를 차지하게 되며, 사채는 채권의 형태로 거래계에 유통될 것이 예정되어 있으므로, 갑과 을의 관계를 명의신탁이나 내적 조합의 경우의 법률관계와 유사하게 파악하여 을을 실질적인 사채발행회사 또는 사채의 채무자의 지위에 있다고 보기는 어렵 다 할 것이고, 실질과세 원칙을 규정하고 있는 국세기본법 제14조, 구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문 개정되기 전의 것) 제3조 제2항의 각 규정에 의한 조세법의 적용에 있어서도 갑에 의하여 이루어진 사채발행행위의 사법상의 효과를 무시하고 을을 사채의 실질적 채무자로 볼 수는 없다 할 것이다(대법원 2000. 9. 29. 선고 97누18462 판결 참조).

(3) 판단

위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 비록 원고가 주장하는 바와 같이 이 사건 연립주택을 취득한 목적이 이 사건 아파트의 특별분양권을 취득하기 위하여라고 하더라도, 원고는 이 사건 연립주택에 관하여 소유권이전등기를 마쳤고, 1년 넘게 이를 보유하였으며, 원고 명의로 이 사건 연립주택의 양도소득세 신고까지 마친 이 사건 연립주택 취득이라는 법적 형식을 부인하고, 실질과세 원칙에 의하여 이 사건 연립 주택 취득을 이 사건 아파트의 특별분양권 취득으로 법적 재구성을 할 수는 없다.

즉, 이 사건에서 원고가 주장하는 실질과세의 원칙은 "납세자가 실질과세 원칙의 적용을 주장하면서 스스로 택한 법적 형식과 다른 내용의 거래를 전제로 하여 과세해달라는 경우"에 해당하는바 원고가 실질과세 원칙을 주장하면서 스스로 택한 법적 형식인 이 사건 연립주택의 소유권 취득의 법적 형식을 부인하고, 이 사건 아파트의 특별분양권을 취득한 것으로 법적 재구성을 하여 달라는 주장은, 법적 실질을 완전히 무시하고 원고가 의도한 경제적 실질만을 인정하여 달라는 것에 해당하여 받아들일 수 없다.

따라서 원고가 이 사건 연립주택의 취득 당시 지급한 돈은 이 사건 연립주택의 필요경비가 됨은 별론으로 하고, 그와 별개의 부동산인 이 사건 아파트의 필요경비에 산입할 수는 없다고 판단된다.

(4) 소결론

그러므로 이 사건 연립주택의 취득에 소요된 비용을 이 사건 아파트의 필요경비에 산입하지 않은 이 사건 처분은 적법하다. 원고의 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.