2. 소송비용은 원고가 부담한다.

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제1호증 내지 갑 제6호증, 을 제1호증의 1, 2부터 을 제4호증의 1 내지 4까지의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면 이를 인정할 수 있다.

가. 원고는 서울 용산구 원효로4가 (지번 생략) 대 415.9㎡와 위 지상 4층 근린생활시설 건물 673.44㎡를 취득하여 1986. 9. 10.경 사업자등록을 마치고 위 건물에서 부동산 임대업을 영위하다가 2000. 10. 30. 소외인에게 위 토지와 건물(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 904,666,280원에 매도한 다음 같은 해 11. 30. 폐업신고를 하였고, 소외인은 2000. 12. 6. 이 사건 부동산에 관하여 자신의 명의로 소유권이전등기를 마치는 한편, 같은 달 28.경 개업일을 ‘2000. 12. 6.’로, 사업의 종류와 종목을 ‘부동산 임대업’으로 하여 간이과세자로 사업자등록을 한 후 2001. 7. 1.에 일반과세자로 과세유형이 전환되었다.

나. 원고는 위와 같은 이 사건 부동산 양도를 구 부가가치세법(2000. 12. 29. 법률 제6305호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라 한다) 제6조 제6항 제2호 에서 정한 비과세대상 사업양도에 해당하는 것으로 알고 따로 부가가치세 신고를 하지 아니하였으나 피고는 현지확인조사를 거친 다음 이 사건 부동산 양수인인 소외인은 당시 간이과세자였으므로 구 부가가치세법시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17041호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘시행령’이라 한다) 제17조 제2항 에 따라 일반사업자가 간이과세자에게 사업을 양도하는 경우에는 비과세대상에 해당하지 않는다고 보아 매매대금 904,666,280원 중 과세시가표준액으로 안분계산한 건물가액 140,091,804원을 과세표준으로 하여 2004. 3. 2. 원고에게 2000년 제2기분 부가가치세 24,796,250원(신고납부 불성실 가산세 등이 포함된 금액이다)을 부과, 고지하는 이 사건 부과처분을 하였다(원고는 국세청장에 대한 심사청구 결과 결정문을 2004. 8. 16. 송달받았다).

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

다음과 같은 이유로 이 사건 부과처분은 위법하다고 주장한다.

⑴ 시행령 제17조 제2항 의 괄호에서 ‘일반과세자가 간이과세자에게 사업을 양도하는 경우를 제외한다’고 규정하고 있는바, 통상 부동산 양도, 양수 시점에서 양수인이 일반과세자인지 간이과세자인지 여부가 결정될 수 없음에도 위 규정을 있는 그대로 해석한다면 양도인이나 양수인에게 불필요한 조세의무를 부담시키는 결과를 초래하게 되므로, 비과세대상이 되는 사업의 양도로 보지 않는 것은 양도대금을 모두 지급한 날 이전에 이미 간이과세자로 사업자등록을 마친 양수인에게 양도하는 경우에 한정하여 적용하여야 한다.

⑵ 원고는 소외인이 일반사업자로 등록한다는 말을 믿고 이 사건 부동산을 양도한 것인데 소외인이 간이과세자로 등록하였고, 또한 피고도 일반과세자로 과세유형을 전환권고할 사안이라면 처음부터 간이과세자가 아닌 일반과세자로 사업자등록을 하여 주었어야 할 터인데 그리하지 아니하여 국세기본법 제15조 에서 정한 신의성실의 원칙을 위반한 잘못이 있다.

나. 관련 법령

별지 ‘관련 법령’ 기재와 같다.

다. 판단

⑴ 원고의 첫 번째 주장에 대한 판단

법 제6조 제1항 은 사업자가 계약상 또는 법률상 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 경우에는 모두 재화의 공급으로서 부가가치세 과세대상에 해당하는 것으로 규정하고 있으므로, 부가가치세를 면제하거나 부과하지 아니한다는 특별한 규정이 없는 한 사업자가 사업상 독립적으로 재화를 공급하기만 하면 부가가치세의 요건이 충족되는 것이고, 그 재화의 공급이 일정한 범위에서 포괄적으로 이루어진다 하여 달리 볼 것은 아니지만, 법 제6조 제6항 제2호 , 시행령 제17조 제2항 에서 사업의 포괄양도를 예외적으로 재화의 공급으로 보지 아니하여 이를 비과세대상으로 하는 이유는, 사업의 양도는 전사업자의 지위를 양수자에게 그대로 승계시키고 사업 자체의 전체적인 가액을 정하여 그에 대한 대가를 지급하기 때문에 특정재화의 개별적 공급을 과세요건으로 하는 부가가치세의 성격에 맞지 않고 또한 그 거래금액과 부가가치세액이 커서 그 양수자는 거의 예외 없이 매입세액을 공제받을 것이 예상되어 과세관청으로는 과세실익이 없는 반면, 실질적인 세부담자인 사업양수자는 일단 세부담을 한 후 다시 환급받아야 하기 때문에 불필요한 자금 압박을 받게 되어 이를 피하여야 한다는 조세 내지 경제정책상의 배려에 연유한 것이다( 대법원 1983. 6. 28. 선고 82누86 판결 참조).

따라서, 일반과세자가 사업의 양도를 일반과세자에게 하는 경우에는 양수인은 매입세액을 공제받게 되어 과세실익이 없고, 양수인은 부가가치세를 부담한 후 이를 환급받기 때문에 자금압박 등의 부담이 늘어나는 것을 방지하고자 하는 제도의 취지에 부합하나, 거래 상대방이 간이과세자인 경우에는 일반과세자의 공제 매입세액(공급가액 × 10%)에 간이과세자가 발생시키는 매출세액(공급대가 × 업종별 부가가치율 × 10%)이 미치지 못하므로 과세관청으로서는 과세실익이 없다고 할 수 없어 이러한 경우에는 사업의 포괄양도를 비과세대상으로 삼은 입법취지를 충족하지 못하고 있음에 비추어 볼 때, 법 제6조 제6항 제2호 및 시행령 제17조 제2항 에 의하여 비과세대상이 되는 사업의 양도는 사업의 양도ㆍ양수자 모두 과세유형이 동일할 것을 전제하고 있다 할 것이고, 시행령 제17조 제2항 의 괄호안에서는 ‘일반과세자가 간이과세자에게 사업을 양도한 경우를 제외한다’고 하여 이러한 법리를 명문화한 것인바, 과세기간 종료일을 기준으로 양수인이 간이과세자에 해당하는 한 위 규정은 적용되고 사업의 양도·양수 당시 양수인의 과세유형이 미정인 상태라 하여 달리 볼 수 없다 할 것이다.

그러므로 이 사건 부동산의 양수인인 소외인이 양수 후 간이과세자로 사업자등록을 함에 따라 이 사건 부동산의 양도가 비과세대상 사업양도에 해당하지 않는 것으로 보고 원고에게 부가가치세를 부과한 것은 적법하다 할 것이다.

⑵ 원고의 두 번째 주장에 대한 판단

원고 주장대로 소외인이 일반사업자로 등록하겠다는 말을 원고에게 하였다고 하더라도 그러한 사정이 이 사건 부과처분의 적법여부에 영향을 미칠 수는 없고, 또한 법 제25조 제1항 , 시행령 제74조 제2항 제6호 , 구 부가가치세법시행규칙(2000. 12. 30. 재정경제부령 제175호로 개정되기 전의 것), 국세청장고시(2000. 7. 1. 시행 제2000-32호)에 의하면, 부동산임대업에 관하여 서울의 경우 공시지가가 100만원 이상 200만원 미만인 토지상의 건물기준면적이 759㎡ 이상인 경우에는 간이과세에서 배제된다고 규정하고 있는데, 이러한 관련 규정을 앞서 본 사실관계에 비추어 보면, 이 사건 건물의 면적은 위 기준 미만인 673.44㎡에 불과한데다가 소외인이 신규등록자에 해당하여 피고가 일단 소외인의 간이과세자로서의 사업자등록을 받아 준 점 및 그런데 그 후 소외인의 부가가치세 신고과정에서 나타난 환산 수입금액이 부가가치세법 제25조 제1항 에서 간이과세자 요건으로 요구하는 금액을 초과하자 일반사업자로 유형전환이 이루진 점을 알 수 있으므로, 사정이 이러하다면 이 사건 처분이 원고가 주장하는 바와 같이 신의성실의 원칙을 위반하였다고 보기는 어렵다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

판사 백춘기(재판장) 손병준 기우종

심급 사건

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