가. 등록세 952,536,240원, 지방교육세 177,130,260원, 농어촌특별세 189,303,300원의 각 부과처분 중 등록세 39,600,990원, 지방교육세 7,364,340원, 농어촌특별세 7,870,170원을 초과하는 부분,

나. 취득세 64,107,870원 및 농어촌특별세 19,232,250원의 각 부과처분,

다. 취득세 86,725,770원 및 농어촌특별세 8,672,520원의 각 부과처분

을 각 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 원고는 법인등기부상 본점 소재지를 용인시 수지구 (주소 생략)에 두고 노인주거 및 의료복지 시설사업 등을 영위하는 법인으로, 토지거래허가구역 내에 있는 성남시 분당구 (주소 2 생략) 임야 122,266㎡ 및 그 주변 토지(이하 ‘(주소 2 생략) 토지 등’이라 한다)에서 노인복지시설을 설치·운영하는 사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)을 추진하기 위하여 (주소 2 생략) 토지 등 가운데 향후 도시계획시설부지로 결정될 부분만 사업부지로 취득할 필요가 있었는데, (주소 2 생략) 토지 등의 소유자들은 매매협상과정에서 향후 도시계획시설부지로 결정될 토지뿐만 아니라 그 외의 나머지 토지도 동일한 조건으로 일괄하여 매수하지 않으면 매매에 응하지 않을 의사를 보였다.

그런데 도시계획시설부지로 결정되지 아니한 토지에 관하여는 원고가 토지거래계약허가를 받을 수 없어 그 소유권을 취득하는 것이 불가능하였기 때문에, 원고는 소외인(원고의 대주주인 서우 주식회사의 대주주이다)과 공동으로 2006년 말경부터 2007년 말경까지 사이에 (주소 2 생략) 토지 등의 소유자들로부터 각 그 해당 소유 부분을 매수하는 내용의 매매계약을 체결하면서, 그 특약으로 매매목적물 중 향후 도시계획시설부지로 결정된 토지는 원고가, 그 외의 나머지 토지는 소외인이 그 소유권을 취득하고, 원고가 매도인에게 지급할 매매대금은 매매계약서에 기재된 매매대금 총액에서 소외인이 취득하게 될 토지에 대한 매매대금을 뺀 금액으로 한다고 약정하였다(이하 ‘이 사건 매매계약’이라 한다).

다. 이후 2007. 8. 6. 성남시 고시 제2007-83호 및 2007. 10. 15. 성남시 고시 제207-102호로 이 사건 사업에 관한 도시관리계획이 결정되어 (주소 2 생략) 토지 122,266㎡ 중 도시계획시설부지로 결정된 66,678㎡ 부분이 성남시 분당구 (주소 3 생략) 토지(그 뒤 같은 동 (주소 4 생략) 외 2필지가 되었다)로, 그 외의 나머지 55,588㎡ 부분이 같은 동 (주소 5 생략) 토지로 분필되었다.

이에 따라 원고는 이 사건 매매계약의 목적물 중 도시계획시설부지에 해당하게 된 위 308-4 토지를 비롯한 별지 1 내역표 기재 각 토지(이하 ‘이 사건 사업부지’라 한다)에 관하여 해당 매도인들에게 매매대금을 모두 지급하고 그 명의로 토지거래계약허가를 받아 소유권이전등기를 마친 뒤, 피고에게 그 토지거래계약 허가일로부터 30일 내에 해당 토지에 관한 취득세 및 농어촌특별세를 신고·납부하였다. 그리고 이 사건 매매계약의 목적물 중 도시계획시설부지에 해당하지 아니한 위 (주소 5 생략) 토지를 비롯한 별지 2 내역표 기재 각 토지(이하 ‘이 사건 사업외부지’라 한다)에 관하여는 소외인이 그 명의로 토지거래계약허가를 받아 소유권이전등기를 마쳤다.

라. 이어 원고는 이 사건 사업부지 지상에 노인복지법에 따른 주거복지시설인 “더 헤리티지”(이하 ‘이 사건 주거시설’이라 한다)와 그 입주자들의 취미·오락 및 편의를 위한 은행, 편의점, 식당, 세탁소, 미용실, 체육시설, 목욕탕, 도서관, 라운지 및 대강당 등이 구비된 커뮤니티시설(이하 ‘이 사건 커뮤니티시설’이라 한다) 및 노인복지법에 따른 노인요양시설인 “너싱홈”(이하 ‘이 사건 요양시설’이라 하고, 이 사건 주거시설 및 커뮤니티시설과 통틀어 ‘이 사건 사업시설’이라 한다)을 건축하여 2009. 9. 18. 사용승인을 받고 2009. 10. 6. 이 사건 사업시설에 대한 소유권보존등기를 마쳤으며, 피고에게 이 사건 사업시설에 관하여 일반세율에 따른 취득세 및 등록세 등을 신고·납부하였다.

마. 한편 이 사건 주거시설은 원고와 분양계약을 체결한 자들에게 양도되어 그 입주를 마쳤고, 그 입주노인들에게 생활의 편의를 제공하는 시설인 이 사건 커뮤니티시설 및 요양을 필요로 하여 입소한 노인들에게 요양 및 생활의 편의를 제공하는 시설인 이 사건 요양시설은 원고가 이를 계속 소유하면서 운영하여 오고 있다.

바. 피고는 2010. 11. 17. 원고에 대하여 세무조사를 실시한 결과, 원고가 이 사건 사업시설을 취득하여 그 중 이 사건 커뮤니티시설 내 108호, 112호, 114호, 117호, 211호와 이 사건 요양시설 내 21.92㎡(이하 통틀어 ‘이 사건 사무실’이라 한다)를 본점 사무소로 사용하는 것을 확인한 뒤, 2011. 2. 10. 원고에게 이 사건 사업시설 중 이 사건 사무실 부분의 취득에 관하여 그 부분의 과세표준인 취득가액 2,490,402,429원(= 건물분 1,807,333,526원 + 토지분 683,068,903원)에 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조 제3항 의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 취득세 40,009,380원 및 농어촌특별세 12,002,300원을 부과하였다.

나아가 피고는 2011. 2. 10. 원고에게, ① 이 사건 커뮤니티시설 및 요양시설에 관한 원고 명의의 등기가 구 지방세법 시행령(2010. 9. 20. 대통령령 제22395호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제102조 제2항 에서 정한 ‘대도시 내로의 법인의 본점 전입 이전에 법인의 본점 용도로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산등기’에 해당한다고 보아, 위 등기에 관하여 그 과세표준인 이 사건 커뮤니티시설 및 요양시설의 취득가액 60,173,995,661원(= 건물분 43,890,156,923원 + 토지분 16,283,838,738원)에 구 지방세법 제138조 제1항 의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 등록세 952,536,240원(= 건물분 462,457,850원 + 토지분 490,078,390원), 지방교육세 177,130,260원(= 건물분 85,628,130원 + 토지분 91,502,130원) 및 농어촌특별세 189,303,300원(= 건물분 91,873,850원 + 토지분 97,429,450원)을 각 부과하였고(이하 위 각 부과처분을 ‘이 사건 제1처분’이라 한다), ② 이 사건 사업부지에 대한 취득세 부과에 있어 그 취득일을 잔금지급일로 보아, 원고가 그 잔금지급일로부터 법정신고기한인 30일을 경과한 후에 취득세 등을 신고·납부하였다는 이유로 별지 1 내역표 기재와 같이 이 사건 사업부지에 대한 취득세 신고·납부불성실가산세 64,107,870원 및 농어촌특별세 신고·납부불성실가산세 19,232,250원을 각 부과하였으며(이하 위 각 부과처분을 ‘이 사건 제2처분’이라 한다), ③ 원고가 이 사건 사업의 원활한 진행을 위하여 소외인 명의로 이 사건 사업외부지를 사실상 취득하였다고 보아, 별지 2 내역표 기재와 같이 이 사건 사업외부지에 대한 취득세 86,725,770원 및 농어촌특별세 8,672,520원을 각 부과하였다(이하 위 각 부과처분을 ‘이 사건 제3처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7, 9 내지 11, 13, 19호증, 을 제1호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

가. 이 사건 제1처분에 관하여

구 지방세법 제138조 제1항 제3호 전단, 구 지방세법 시행령 제102조 제2항 은 법인이 본점의 용도로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산등기에만 등록세 중과세율을 적용하도록 규정하고 있으므로, 이 사건 사업시설 중 본점 사무소의 용도로 직접 사용하기 위하여 취득한 이 사건 사무실에 관한 부동산등기에만 등록세 중과세율을 적용하여야 하고 이 사건 커뮤니티시설 및 요양시설 전체에 관한 부동산등기에 대하여 등록세 중과세율을 적용하여서는 안 되므로, 이 사건 제1처분에서 이 사건 사무실에 관한 부동산등기에 대하여 등록세 중과세율을 적용하여 산출한 세액을 넘어서는 부분은 위법하다.

나. 이 사건 제2처분에 관하여

토지거래허가구역 내 토지의 취득시기는 잔금지급일이 아닌 토지거래허가일로 보아야 하므로 토지거래허가일로부터 30일 이내에 취득세를 신고·납부하였으면 그 의무를 해태하였다고 할 수 없어 가산세를 부과할 수 없음도 불구하고 그 취득시기를 잔금지급일로 보아 가산세를 부과한 이 사건 제2처분은 위법하다.

설령 이 사건 사업부지의 취득시기를 잔금지급일로 보더라도 토지거래허가구역 내 토지의 매매계약에 관한 유동적 무효의 법리와 그에 따른 취득에 관하여 토지거래허가일을 기준으로 과세하여 온 과세관청의 실무 내지 관행 등에 비추어 보면 원고가 토지거래허가일을 기준으로 취득세를 신고·납부하게 된 데에는 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 할 것이어서 가산세를 부과할 수 없으므로, 이와 다른 전제에서 한 이 사건 제2처분은 위법하다.

다. 이 사건 제3처분에 관하여

이 사건 사업외부지는 도시계획시설부지로 결정되지 아니함으로써 이 사건 매매계약에서 정한 특약에 따라 원고가 아닌 소외인이 취득하였으므로, 원고가 소외인의 명의로 이 사건 사업외부지를 사실상 취득하였음을 전제로 취득세 등을 부과한 이 사건 제3처분은 위법하다.

3. 관계법령

별지 3 관계법령 기재와 같다.

4. 판단

가. 이 사건 제1처분의 적법 여부

1) 구 지방세법 제138조 제1항 제3호 에서 규정하고 있는 ‘대도시에서 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기’에 관하여, 구 지방세법 시행령(2009. 5. 21. 대통령령 제21498호로 개정되기 전의 것) 제102조 제2항 은 ‘당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입 이전에 취득하는 일체의 부동산등기를 말한다’고 규정하고 있었으나, 2009. 5. 21. 개정된 구 지방세법 시행령 제102조 제2항 은 ‘당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입 이전에 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 용도로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산등기를 말한다’고 하여 ‘직접 사용’이라는 요건을 추가로 규정하고 있다.

이와 같이 위 시행령 조항이 개정된 이유는 대도시 내 법인의 사무소로 직접 사용되지 않는 부동산에 대해서까지 등록세가 중과되어 그 중과의 범위가 지나치게 확대되는 문제를 해소하기 위한 것으로 되어 있는 점, 법인이 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 용도로 사용하기 위하여 취득하는 부동산을 당해 법인이 ‘직접’ 사용한다고 하는 것은 당연한 것이므로, 위 개정조항에 추가된 ‘직접 사용’이라는 요건은 법인이 그 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 ‘직접적’ 용도에 사용한다는 의미로 해석되는 점 등에 비추어, 위 개정조항은 대도시 내에 법인이 설립되거나 그 지점·분사무소가 설치되는 경우 또는 대도시 내로 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소가 전입 이전하는 경우 그에 따라 당해 법인이 취득하는 부동산 중 그 본점·주사무소·지점 또는 분사무소로 직접 사용하기 위한 부분에 한정하여 그 부분의 등기에 대하여만 등록세를 중과세하려는 취지의 규정이라고 보아야 한다.

2) 이러한 해석에 따라 보건대, 원고가 이 사건 사업시설을 취득하면서 그 본점을 법인등기부상 소재지인 용인시 수지구 (주소 생략)에서 성남시 내에 있는 이 사건 커뮤니티시설 및 요양시설 가운데 일부인 이 사건 사무실로 사실상 이전하여 그곳에서 본점 업무를 수행하여 오고 있는 사실은 당사자 사이에 다툼이 없으므로, 이와 같이 원고가 대도시에 속하는 성남시 내로 본점을 전입 이전하면서 본점의 직접적 용도인 그 사무소로 사용하기 위하여 취득한 이 사건 사무실 부분에 관한 등기는 구 지방세법 제138조 제1항 제3호 , 구 지방세법 시행령 제102조 제2항 에 따른 등록세 중과세대상으로 보는 것이 타당하나, 이 사건 커뮤니티시설 및 요양시설 중 이 사건 사무실 부분을 제외한 나머지 부분은 앞서 본 바와 같이 원고가 노인복지법에 따라 설치·운영하는 노인복지시설로서 본점의 직접적 용도인 사무소와는 구분되는 별도의 영업용 부동산에 해당하므로 그에 관한 등기는 위 법령의 규정에 따른 등록세 중과세대상이라고 할 수 없다.

3) 따라서 이 사건 사무실에 관한 등기에 한하여 등록세 등의 중과세액을 산정하면 그 금액은 아래와 같이 등록세 39,600,990원, 지방교육세 7,364,340원 및 농어촌특별세 7,870,170원이 된다.

주1) 정당한 세액(원)

나. 이 사건 제2처분의 적법 여부

1) 구 지방세법 제105조 제2항 은 ‘부동산은 관계법령의 규정에 의한 등기·등록 등을 이행하지 아니한 경우라도 사실상으로 취득한 때에는 이를 취득한 것으로 본다’고 규정하고 있다. 이는 취득세가 본래 재화의 이전이라는 사실 자체를 포착하여 거기에 담세력을 인정하고 부과하는 유통세의 일종으로 취득자가 재화를 사용·수익·처분함으로써 얻을 수 있는 이익을 포착하여 부과하는 것이 아니어서 취득자가 실질적으로 완전한 내용의 소유권을 취득하는가의 여부에 관계없이 사실상의 취득행위 자체를 과세객체로 한다는 것이다( 대법원 1995. 1. 24. 선고 94누10627 판결 참조).

그리고 여기서 ‘취득’이란 권리 이전의 원인행위가 유효하게 이루어졌으나 권리의 이전을 위한 법률상의 성립요건으로서 등기·등록 등만을 갖추지 못하고 있을 때를 의미한다고 보는 것이 타당하고, 원인행위인 계약이 처음부터 무효이거나 나중에 취소되는 등으로 효력이 없는 때에는 취득세의 과세대상인 취득이 있다고 볼 수 없다.

2) 국토계획법상의 토지거래허가구역 안에 있는 토지에 관하여 장차 그 허가를 받을 것을 전제로 매매계약이 체결된 경우, 그 계약은 토지거래허가를 받기 전까지는 물권적 효력은 물론 채권적 효력도 발생하지 아니하여 무효이므로, 매수인이 대금을 전액 지급하였다 하더라도 토지거래허가를 받지 아니한 상태에서는 토지를 취득했다고 할 수 없으나( 대법원 1997. 11. 11. 선고 97다8427 판결 등 참조), 위와 같은 대금지급 후에 토지거래허가를 받거나 토지거래허가구역에서 해제되면 그 계약은 소급하여 유효하게 되므로, 이로써 유효한 원인행위에 따른 사실상의 취득, 즉 취득세의 과세대상이 있게 된다.

반면, 매수인이 대금을 전액 지급한 상태에서 토지거래허가에 관하여 관할관청으로부터 불허가처분이 있거나 당사자 쌍방이 허가신청협력의무의 이행거절의사를 명백히 표시한 경우 또는 매매계약상 일방의 채무가 이행불능임이 명백하고 나아가 그 상대방이 매매계약의 존속을 더 이상 바라지 않고 있는 경우에는 그 계약이 확정적으로 무효가 되므로( 대법원 2010. 8. 19. 선고 2010다31860 판결 등 참조), 취득의 원인행위가 효력이 없는 때에 해당하여 취득세의 과세대상인 취득이 있다고 볼 여지는 없게 된다.

나아가 앞서 본 바와 같은 과세대상의 존재를 전제로 취득세를 부과함에 있어서는, 구 지방세법 시행령 제73조 제1항 이 유상승계취득의 경우 사실상 또는 계약상의 잔금지급일을 취득시기로 보도록 규정하고 있으므로, 그 취득시기는 위 규정에 따라 사실상 또는 계약상의 잔금지급일로 보아야 한다.

3) 한편 위와 같은 매매계약이 토지거래허가를 받지 아니하여 무효인 상태에 있다면 그 대금 전액이 먼저 지급되었다 하더라도 아직은 취득세의 과세대상인 취득이 존재하지 않으므로 매수인에게 취득세의 신고·납부의무가 발생하였다고 할 수 없고, 토지거래허가를 받은 이후에야 취득세의 과세대상인 취득이 인정되어 취득세의 부과가 가능하므로, 이 경우 구 지방세법 제120조 제1항 에서 취득세 신고·납부의무의 발생일로 정한 ‘취득한 날’은 구 지방세법 시행령 제73조 제1항 에서 정한 취득시기와 같이 볼 것이 아니라 그 계약이 확정적으로 유효하게 된 토지거래허가일로 보는 것이 타당하다.

4) 이상에서 본 바와 같이 토지거래허가구역 안에 있는 토지의 매매계약에 관하여 그 대금 전액이 지급된 후 토지거래허가를 받은 경우에는 그 허가로써 매매계약이 확정적으로 유효가 된 날부터 그 취득에 따른 취득세 등의 신고·납부의무가 발생하게 되므로, 토지거래허가일을 기준으로 30일 이내에 취득세 등을 신고·납부하게 되면 그 신고·납부불성실가산세를 부과할 수 없다.

그런데 원고가 이 사건 사업부지에 대하여 토지거래허가를 받은 날로부터 30일 이내에 그에 대한 취득세 등을 신고·납부한 사실은 앞서 본 바와 같으므로 원고는 그 신고·납부의무를 해태하였다고 볼 수 없다. 따라서 이와 다른 전제에서 신고·납부불성실가산세를 부과한 이 사건 제2처분은 위법하다.

다. 이 사건 제3처분의 적법 여부

1) 먼저 이 사건 사업외부지에 대한 소유권이전등기가 명의신탁에 기한 것인지 살펴본다.

부동산에 관하여 그 소유자로 등기되어 있는 자는 적법한 절차와 원인에 의하여 소유권을 취득한 것으로 추정되므로 그 등기가 명의신탁에 기한 것이라는 사실은 이를 주장하는 자에게 입증책임이 있다고 할 것이다( 대법원 2008. 4. 24. 선고 2007다90883 판결 등 참조).

그런데, 원고가 이 사건 사업을 추진하기 위하여 (주소 2 생략) 토지 등의 소유자들과 매매협상을 하는 과정에서 그 소유자들이 향후 도시계획시설부지로 결정될 토지 외의 나머지 부분도 동일한 조건으로 일괄하여 매수하지 않으면 매매에 응하지 않을 의사를 보이자 원고는 소외인과 공동으로 (주소 2 생략) 토지 등을 매수하기로 하면서 향후 도시계획시설부지로 결정되는 토지는 원고가, 나머지 토지는 소외인이 취득하기로 하는 내용의 매매계약을 체결한 사실, 이후 이 사건 사업과 관련한 도시관리계획이 고시되어 도시계획시설부지가 확정되자 원고는 도시계획시설부지로 결정된 이 사건 사업부지에 관하여, 소외인은 그 나머지인 이 사건 사업외부지에 관하여 각자의 명의로 토지거래계약허가를 받아 소유권이전등기를 마친 사실은 앞서 본 바와 같고, 갑 제8, 14 내지 18호증(각 가지번호 포함)의 각 기재와 변론 전체의 취지에 의하면, 원고는 위와 같은 토지매매과정에서 (주소 2 생략) 토지 등의 소유자들에 대한 매매대금을 우선 자신의 자금으로 모두 지급하였다가 위와 같이 도시관리계획의 고시로 원고와 소외인이 각자 취득하는 토지가 확정되자 원고는 소외인으로부터 그가 취득하는 토지에 관한 매매대금 상당액을 지급받아 정산하기로 합의하고 그러한 내용을 원고의 재무제표에 반영한 사실, 소외인은 이 사건 사업외부지를 취득한 뒤 그에 관한 취득세, 등록세, 재산세 등을 자신의 비용으로 납입하여 온 사실이 인정된다. 이러한 사실관계에 비추어 보면 이 사건 사업외부지의 취득에 관하여 소외인이 단순히 원고에게 명의만 빌려준 것이라고 보기는 어렵고, 달리 이 사건 사업외부지에 관한 명의신탁 사실을 인정할 만한 증거가 없다.

2) 가사 이 사건 사업외부지에 관한 명의신탁이 인정된다 하더라도 이는 이른바 계약명의신탁에 해당하는데, 이 경우 ① 매도인이 명의신탁 사실을 알지 못하였다면, 명의신탁약정은 무효이지만 매도인으로부터 명의수탁자에게 이전된 등기는 매도인뿐만 아니라 명의신탁자에 대해서도 유효하여 명의수탁자가 그 부동산의 소유권을 취득하게 되므로 명의신탁자는 이를 취득하였다고 할 수 없어, 결국 명의신탁자에게는 취득세 납세의무가 성립하지 않고, ② 이와 달리 매도인이 명의신탁 사실을 알았다 하더라도, 명의신탁약정과 그에 기한 명의수탁자 명의의 등기가 모두 무효로 되는 결과 그 부동산의 소유권은 여전히 매도인에게 있게 되므로 명의신탁자가 이를 취득하였다고 할 수 없어, 이때에도 명의신탁자에게는 취득세 납세의무가 성립하지 않는다.

3) 따라서 원고가 이 사건 사업외부지를 사실상 취득하였음을 전제로 한 이 사건 제3처분은 어느 모로 보나 위법하다.

라. 소결

따라서 피고의 이 사건 제1처분 중 등록세 39,600,990원, 지방교육세 7,364,340원, 농어촌특별세 7,870,170원을 초과하는 부분 및 이 사건 제2, 3처분은 모두 위법하다.

5. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 모두 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

[별지 생략]

판사 장준현(재판장) 이영남 위지현

주1) 정당한 세액은 이 사건 제1처분의 세액에 ‘피고가 취득세 중과세율 적용과 관련하여 인정한 과세표준(이 사건 사무실과 그 대지부분)을 등록세 과세표준과 관련하여 인정한 과세표준(이 사건 커뮤니티시설 및 요양시설 전체와 그 대지부분)으로 나눈 비율’을 곱하여 산정하였다.

심급 사건

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