2.소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고(2002년 당시 원고의 상호는 ´주식회사 ○○○○○´이었으나 2003.10.27.현재와 같이 상호가 변경되었다)는 전문건설업 및 의장공사업 등을 영위하는 사업자로서, 2002년 2기 부가가치세 과세기간 동안 주식회사 ○○중기(이하 ´○○중기´라고만 한다)로부터 중기 대여에 관한 공급가액 합계 5,000만원 상당의 아래와 같은 세금계산서 3장(이하 ´이 사건 세금계산서´라 한다)을 교부받아, 2002년2기 부가가치세를 신고하면서 이 사건 세금계산서상의 부가가치세액을 매입세액으로 매출세액에서 공제받았으며, 2002 사업연도 법인세 과세표준 확정신고시 위 공급가액을 손금에 산입하였다.

순번

거래일자

품목

공급가액(원)

세액(원)

합계(원)

1

2002.10.30

장비사용료

19,500,000

1,950,000

21,450,000

2

2002.11.30.

장비사용료

18,700,000

1,870,000

20,570,000

3

2002.12.31.

장비사용료

11,800,000

1,180,000

12,980,000

계

-

-

50,000,000

5,000,000

55,000,000

나. 그런데 피고는 ○○중기의 사업장을 관할하는 ○○세무서장으로부터 ○○중기가 자료상으로 고발되었다는 과세자료를 통보받았고, 이에 따라 이 사건 세금계산서에 관한 원고의 2002년 2기 부가가치세 관련 매입세액 공제를 부인하는 한편, 2002 사업연도 법인세 관련 손금산입을 부인하여 과세표준을 경정하고, 2007.2.1. 원고에 대하여 2002년2기 부가가치세 10,186,150원, 2002사업연도 법인세 12,156,740원을 추가로 부과· 고지하였다(이하 ´이 사건 부과처분´이라 한다).

인정 근거다툼 없는 사실, 갑 제2호증의 2, 갑 제6호증의 1 내지3, 을 제1,2, 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2.처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 이 사건 세금계산서에 기재된 바와 같이 ○○중기로부터 건설공사에 필요한 중기를 대여받아 김 ○○ 외 1인이 시행하는 공사현장 등에 건설용역을 제공하였고, 실제로 ○○중기에게 2002.11.12. 2,145만 원, 2003.1.24. 3,000만 원, 2003.3.17. 355만 원을 중기 대여료로 지급하였으므로 이 사건 세금계산서는 정상거래에 의한 것임이 명백하고, 따라서 실물 거래 없이 가공거래에 의하여 이 사건 세금계산서를 수취하였음을 전제로 하는 피고의 이 사건 부과처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 인정사실

(1)○○중기는 2001.11.14. 개업하여 2003.12. 폐업한 지입회사로서 ○○세무서에서는 2006.4.경 ○○중기를 자료상 혐의로 조사한 결과, 다음과 같이 ○○중기의 2001년 1기부터 2002년 2기까지의 부가가치세 신고내역 중 총 939,161,000원의 가공 매입세금계산서를 수취하는 한편, 1,088,467,000원의 가공매출세금계산서를 발행한 것으로 인정되었다.

기분

매출

매입

공급가액

자료상인정금액(천원)

부실자료비율(%)

공급가액

자료상인정금액(천원)

부실자료비율(%)

2001년2기

32,677

11,300

34.5

30

-

32.0

2002년1기

83,360

67,360

80.8

77,528

77,528

100.0

2002년2기

972,430

736,580

75.7

861,634

861,634

100.0

합계

1,088,467

815,240

74.9

939,192

939,162

-

(2) ○○세무서장은 ○○중기가 2001.7.1.부터 2002.12.31.까지 원고를 비롯한 총 10개의 업체에 대하여 공급가액 1,088,467,000원 상당의 가공매출세금계산서를 발행, 교부하여 당해 매출처로 하여금 108,846,000원의 매입세액을 부당공제받게 하는 한편, 다른 12개의 자료상 업체로부터 공급가액 총 939,162,000원 상당의 가공매입세금계산서를 교부받았다는 이유로 ○○중기 및 그 대표이사인 윤○○을 조세범처벌법위반죄로 ○○경찰서에 고발하였는데, 그에 따른 수사결과 ○○중기가 원고에게 이 사건 세금계산서를 실물 거래 없이 매출하였다는 혐의에 대하여는 ˝매입, 매출처 등에 대하여 경찰 수사단계에서부터 현재까지 계속적으로 세금계산서의 확보 등을 통한 조사를 위하여 연락하였으나, 현재까지 연락이 되는 업체가 없으며 일부 기업체 등은 자료상 혐의로 고발된 업체이어서 앞으로도 세금계산서를 확보할 가능성이 희박하고, 달리 이 사건 세금계산서의 공급받은 품목, 단가와 수량, 인도연월일, 공급가액 등을 특정할 수 있는 증거자료가 없다˝는 이유로 불기소처분이 내려졌다.

(3) 원고가 2002년 1기부터 2002년 2까지의 기간 동안에 신고· 제출한 세금계산서합계표의 내역은 다음과 같다.

<2002년 1기 확정 매출>

순번

상호

공급가액(천원)

세액(천원)

1

주식회사 ○○○개발

20,136

2,013

2

○○○○(주)

1,220

1,220

3

○○○○(주)○○

3,300

3,300

4

○○물산

1,070

1,070

합계

25,726

2,572

<2002년 1기 확정 매입>

순번

상호

주 업종

공급가액(천원)

세액(천원)

1

○○종합장식

실내장식

10,730

1,073

2

세무○○사무소

-

725

72

3

주식회사 ○○

바닥재 도소매

9,100

910

합계

20,555

2,055

<2002년 2기 확정 매출>

순번

상호

공급가액(천원)

세액(천원)

1

주식회사○○

10,909

1,090

2

김○○외1인

30,000

3,000

3

주식회사 ○○

62,727

6,272

4

주식회사○○

13,915

1,391

합계

117,551

11,753

<2002년 2기 확정 매입>

순번

상호

주 업종

공급가액(천원)

세액(천원)

1

세무사○○사무소

-

450

45

2

○○중기

-

50,000

5,000

3

정○○법무사무소

-

194

19

4

○○내건

칸막이, 조립식주택

37,000

3,700

5

○○산건(주)

-

5,010

501

합계

92,654

9,265

(4)원고는 2006.12.29. 이 사건 부과처분과 관련하여 피고에게 과세전적부심사 를 청구 하였는바,당시 이 사건 세금계산서와 관련하여 과세전적부심사청구서에 첨부된 월별 세부거래명세(을 제11호증)의 내용은 다음과 같다.

2002.10.30.거래분

1.크레인(8톤) 1일 40만원X12일=480만원

2.지게차 1일 35만원X12일=420만원

3.미니 포크레인 1일 35만원X10일=350만원

4.바부켓 1일 35만원X10일=350만원

5.폐기물 운반차 1일 30만원X11일=330만원

6.기타 잡비 =20만원

합계 1,950만 원

2002.11.30.거래분

1.크레인(8톤) 1일 40만원X11일=440만원

2.지게차 1일 35만원X12일=420만원

3.미니 포크레인 1일 35만원X10일=350만원

4.바부켓 1일 35만원X10일=350만원

5.폐기물 운반차 1일 30만원X10일=300만원

6.기타 잡비 =10만원

합계 1,870만 원

2002.12.31.거래분

1.크레인(8톤) 1일 40만원X8일=320만원

2.지게차 1일 35만원X7일=245만원

3.미니 포크레인 1일 35만원X6일=210만원

4.바부켓 1일 35만원X6일=210만원

5.폐기물운반차 1일 30만원X6일=1800만원

6.기타 잡비 =15만원

합계 1,180만원

※상기 금액에는 인건비, 유류대, 장비대가 포함됨.

(5)원고가 2002년 2기 부가가치세 과세기간에 매출한 공사내역 중 김○○외 1인 에 대한 부분은 건물보수공사였고, 주식회사 ○○개발 및 주식회사 ○○에 대한 부분은 내부인테리어 공사였는바, 이 중 원고가 주식회사 ○○개발로부터 ○○시 ○○동 소재 ○○ ○○지점의 인테리어공사를 도급받아 시행한 공사내역은 다음과 같다.

①공사범위: 1,2층 약 500㎡

②공사내용: 바닥깔기(p-tile),벽체취부(패브릭, 벽지), 천정공사 등 일부 실내내장공사

③공사기간: 20일

④투입장비: 작업에 필요한 소규모 장비 외 자재 운송 시 사다리차 및 지게차 투입

⑤공사금액: 6,300만원

(6) 원고는 2002.부터 2003.까지의 기간 동안 이 사건 세금계산서 외에는 중기 대여와 관련하여 세금계산서를 교부받은 적이 없고, 원고의 통장사분(갑 제4호증)에 의하면 원고가 2003.1.24. ○○중기 명의의 계좌로 3,000만 원을 입금한 내역이 확인된다.

인정 근거 다툼없는 사실, 갑 제1호증의 1, 갑 제2호증의 2, 갑 제4,5호증, 을 제2 내지 6호증, 을 제8호증의 1 내지 4,9 내지 12,17,18,을 제10호증의 1,2,9, 을 제11호증 내지 을 제13호증의 12의 각 기재, 증인 유○○의 일부 증언, 이 법원의 주식회사 ○○개발에 대한 사실조회결과 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 세금계산서가 사실과 다른 허위의 것이라는 점에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청인 피고에게 있는 것이므로 피고로서는 이에 관하여 직접 증거 또는 제반 정황을 토대로 그 세금계산서가 실물거래를 동반하지 아니한 것이라는 등의 허위성에 관한 입증을 하여야 할 것인데, 피고가 합리적으로 수긍할 수 있을 정도로 이점에 관한 상당한 입증을 한 경우라면, 그 세금계산서가 허위가 아니라고 주장하면서 피고 처분의 위법성을 다투는 납세의무자인 원고로서도 관련된 증빙과 자료를 제시하기가 용이한 지위에 있음을 감안해 볼 때 자신의 주장에 부합하는 입증의 필요하 있다고 할 것이다(대법원 1997.9.26. 선고 96누8192 판결 등 참조).

(2) 이 사건에 관하여 보건대, 위에서 본 바와 같이 ○○중기는 과세관청에 의해 실제로 실물을 거래하지 않은 자료상으로 인정되어 조세범처벌법위반죄로 고발되었던 점 등에 비추어 보면, 이 사건 세금계산서가 실물거래를 동반하지 아니한 가공의 것이라는 점에 대하여는 어느 정도 입증이 되었다고 보여지고, 따라서 원고가 이 사건 세금계산서상의 기재에 부합하는 실제 거래가 있었다는 점을 입증하여야 할 것인데, 일반적으로 자료상과 가공거래를 하는 경우에도 가공 매입·매출 세금계산서의 발행을 실물거래로 가장하기 위해 매출처로부터 대금이 입금된 사실을 증거로 남기고 별도의 수단을 통해 입금된 대금을 회수하는 수법을 취하고 있기 때문에 거래대금에 상당하는 금원을 계좌이체 하였다는 사실만으로는 실물거래라고 단정할 수 없는 점, 또한 이 사건 세금계산서의 전체 공급가액 중 2,000만 원에 대하여는 ○○중기에 대하여 중기대여료가 실제 지급되었음을 인정할 만한 객관적인 자료가 없을 뿐 아니라, 위 세금계산서에 나타난 거래내역 역시 원고가 중기 대여료를 실제 지급하였다고 주장하는 금액 및 지급일자와도 서로 불일치하는 점, 원고는 이 사건 세금계산서를 수취한 2002.10.부터 같은 해 12.까지의 기간 동안 건물보수공사(김 ○○ 외1인)와 내부인테리어공사(주식회사 ○○개발, 주식회사 ○○)를 수행하였던 것인데, 원고의 주장에 의하더라도 2002.10.부터 2002.12.까지의 기간 동안 ○○중기 명의로 등록된 건설기계는 굴삭기 2대뿐이라는 것이고, 이들 공사의 내용 및 그 규모 등에 비추어 원고가 ○○중기로부터 대여 받았다는 중기가 위 각 공사에 실제로 투입되었다고는 보이지 아니하는 점, 더욱이 원고는 2002.10.부터 2002.12.까지의 기간 동안 ○○중기로부터 5,000만 원에 중기를 대여받아 공급가액이 총 117,551,000원에 이르는 공사를 매출하였다는 것인데, 이 경우 위 매출금액에서 증기 대여료가 차지하는 비율은 무려 약 42.5%(≒5,000만 원÷117,551,000원)에 이르게 되는 점 등에 비추어 원고의 주장에 부합하는 증인 유○○의 일부 증언 및 갑 제1호증의 1, 갑 제3, 10호증의 각 기재는 이를 믿지 아니하며, 원고가 2003.1.24. ○○중기의 계좌로 3,000만 원을 입금한 내역이 확인된다는 사정이나 그 밖에 원고가 제출한 갑 제7호증의 1내지 갑 제9호증의 각 기재만으로는 이 사건 세금계산서상의 거래가 실물거래에 해당한다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.

(3) 따라서 결국 이 사건 세금계산서가 가공의 세금계산서라는 전제 하에 원고의 2002년 2기 부가가치세 관련 매입세액 공제를 부인하는 한편, 2002 사업연도 법인세관련 손금산입을 부인한 이 사건 부과처분은 적법하고, 이를 다투는 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

관계법령

○ 구 부가가치세법 제17조 납부세액(2003.5.29. 법률 제6905호로 개정되기 전의 것)

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1의2. 제16조제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조제1항제1호부터 제4호까지의 규정에 의한 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

○구 부가가치세법 제21조경 정

① 사업장 관할세무서장·사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

○구 법인세법 제19조 손금의 범위(2002.12.30. 법률 제6852호로 개정되기 전의 것)

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 구 법인세법 제66조 결정 및 경정

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

○ 구 법인세법 제116조 지출증빙서류의 수취 및 보관

② 제1항의 경우에 법인이 대통령령이 정하는 사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받고 그 대가를 지급하는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 증빙서류를 수취하여 이를 보관하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

2. 「부가가치세법」 제16조의 규정에 의한 세금계산서.

○ 구 법인세법 시행령 제19조 손비의 범위(2002.12.30. 대통령령 제 17826호로 개정되기 전의 것)

법 제19조 제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액[기업회계기준(제79조 각호의 어느 하나에 해당하는 회계기준을 말한다. 이하 같다)에 따른 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다]과 그 부대비용. 끝.