2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 대표이사로 재직 중이던 비상장법인인 주식회사 XX(이하 'XX'라 한다)의 주식 90,000주(이하 '이 사건 주식'이라 한다)를 소유하고 있었다.

나. 코스닥 상장법인인 주식회사 OO(현재 상호는 주식회사 YY, 이하 'OO'라 한다)는 2006. 5. 26. XX와 사이에 주식을 포괄적으로 교환하여 OO를 완전모회사, XX를 완전자회사로 하는 내용의 주식의 포괄적 교환 계약을 체결하였다. 위 교환계약을 체결함에 있어 OO와 XX는 AA회계법인(이하 '이 사건 회계법인'이라 한다)에 의뢰하여 XX 발행 주식을 1주당 000원으로 평가하고, 코스닥시장의 거래가액을 기초로 OO 발행 주식 1주당 가치를 000원으로 산정한 다음, XX 주식 1주당 OO 주식 11.57013주의 비율로 교환하는 것으로 약정하였다.

다. 위 주식교환계약에 따라 2006. 8. 18. OO는 XX의 완전모회사가 되었고, XX는 OO의 완전자회사가 되었으며, 그 과정에서 원고 소유의 이 사건 주식은 OO에게 이전되었고, 원고는 OO 발행의 주식 1,041,312주(이 하 '이 사건 OO 주식'이라 한다)를 취득하였으나, 양도소득세 및 증권거래세 신고 를 하지 아니하였다.

라. 피고는, 외부평가기관이 임의 평가한 이 사건 주식의 교환가액은 객관적인 교환 가치를 반영한 가액으로 볼 수 없다고 보고, 상속세 및 증여세법(2006. 12. 30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것) 제63조 제1호 다목 소정의 보충적 평가방법에 따라, 이 사건 주식가액을 1주당 000원으로 산정하여, 원고에 대하여 2010. 2. 16. 양도소득세 000원 및 2010. 2. 23. 증권거래세 000원을 각 부과(이하 총칭하여 '이 사건 각 부과처분'이라 한다)하였다.

마. 원고는 이에 불복하여 2010. 8. 2. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 위 청구가 2011. 10. 10. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1호증의 1, 2, 을 제2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 다음과 같은 사유로 피고의 이 사건 각 처분이 위법하므로, 취소되어야 한다고주장한다.

(1) 소득세법상 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액을 원칙으로 하는바, 원고는 외부평가기관인 이 사건 회계법인의 주식평가를 통하여 주식가치를 적정하게 평가받아 주식교환을 하였으므로, 이는 객관적 교환가치가 반영된 정상적인 거래가격으로 시가에 해당하고, 이에 따라 같은 가치를 가진 이 사건 OO 주식을 교환한 원고는 결국 이 사건 주식교환으로 인해 재산적 이익을 취한 사실이 없다. 그럼에도 불구하고, 피고는 이와 달리 보충적 평가방법을 적용하여 이 사건 각 처분을 하였다.

(2) 원고는 이 사건 주식과 교환한 이 사건 OO 주식을 보호예수기간 2년간을 거친 이후에야 실질적으로 취득하였으므로, 이 사건 주식의 양도시기는 보호예수기간이 만료되는 시점 이후로 보아야 함에도, 피고는 이 사건 주식교환일을 양도일로 보아 이 사건 각 처분을 하였다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령의 기재와 같다.

다. 판단

(1) 원고의 첫 번째 주장에 관하여

소득세법(2006. 3. 3. 법률 제7873호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제94조 제1항 제3호 다목, 제96조 제2항의 규정에 의하면 거래소에 상장되지 아니한 주식의 양도로 인하여 발생하는 양도소득세를 산정함에 있어 그 양도가액은 양도 당시의 실지거래가액에 의하도록 되어 있고, 소득세법 제114조 제5항, 소득세법시행령(2006. 9. 22. 대통령령 제19687호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제176조의2 제1항 제1호, 제3항의 각 규정에 의하면 양도가액을 실지거래가액에 의하여 정하는 경우라 하더라도 양도 당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부 ・ 매매계약서 ・ 영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비되어 양도당시 또는 취득당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 매매사례가액, 감정가액, 환산가액 또는 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

이 사건에 관하여 보건대, 앞서 거시한 증거 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 이 사건 회계법인의 이 사건 주식가치평가는 객관적인 교환가치를 반영한 가액으로 볼 수 없고, 이를 이유로 피고가 보충적 평가방법에 따라, 이 사건 주식가액을 1주당 000원으로 평가하여 이 사건 양도소득세 및 증권거래세를 산정한 것에 어떠한 위법사유는 보이지 아니한다. 따라서 이와 다른 전제의 원고의 위 주장은 이유 없다.

(가) 이 사건 회계법인은 이 사건 주식가치평가를 하면서, XX가 임의로 제시한 추정 재무자료와 XX 담당자와 면담한 결과만을 근거로 단기간에 평가되었으며, 그 제출된 자료 등에 대한 진위 여부의 검토를 수행한 사실은 달리 발견되지 아니한다.

(나) 이 사건 회계법인의 이 사건 주식가치평가 전인 2006년 1월부터 3월까지 XX의 매출은 000원으로 월평균 000원에 불과하였으나, 이 사건 회계법인은 이 사건 주식가치평가시 XX의 2006년 전체 매출액을 000원(월평균 000원)으로 약 8배에 상당하는 것으로 추정하여 매출액 및 총이익을 과대계상하였다.

(다) 이 사건 회계법인은 이 사건 주식가치평가시 XX에 대한 추정 이익은 2006년 000원, 2007년 000원으로 보았으나, 실제 XX는 2006년 XX원의 손실, 2007년 XX원의 손실을 입었다.

(라) 이 사건 회계법인은 이 사건 주식가치평가시 1주당 자산가치 000원, 수익가치 000원을 가중산술 평균하여 000원으로 산정하였음에도, 별다른 객관적인 근거 없이 9%를 할인하여 000원을 기준으로 교환비율을 산정하였다.

(2) 원고의 두 번째 주장에 관하여

살피건대, 보호예수란 투자자의 피해를 방지하기 위하여 대주주 지분 등을 일정 기간 매각하지 못하게 하려는 취지에서 마련된 제도로서, 주식을 취득한 후에 양도를 일정 기간 금지한 것에 불과하다. 따라서 이 사건 주식의 양도시기는 이 사건 주식과 이 사건 OO 주식의 교환일인 2006. 8. 18일 뿐, 이 사건 OO 주식의 보호 예수기간과는 아무런 관련이 없다(원고가 주식교환계약으로 취득한 이 사건 OO의 주식이 보호예수로 거래가 불가능하였다는 사정은 이 사건 주식의 양도소득 산정에 아무런 영향을 미치지 못한다). 따라서 이와 다른 전제에서 한 원고의 위 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.