2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2013. 5. 16. 원고의 국세환급금신청에 대하여 한 환급거부결정을 취소한다.

가. 원고는 코스닥 등록업체인 주식회사 □□□(원고의 동생인 BBB가 대표이사이고, 2010. 6. 23. 주식회사 ★★★에서 주식회사 □□□로 상호를 변경하였다. 이하 '□□□'라 한다)의 대주주로서 1987. 7. 29. 및 1997. 9. 29. 취득한 □□□의 주식 중 일부인 OOO주(이하 '이 사건 주식'이라 한다)를 양도하고 아래와 같이 양도소득세를 신고.납부하였다.

나. 원고는 이 사건 주식이 1987. 7. 29.에 취득한 것이 아니라 상속(상속개시일 2005. 12. 10.)으로 취득한 것이므로 취득가액을 상속평가액으로 경정하여 아래 표와 같이 OOO원을 환급해 달라는 취지로, 2012. 2. 17. 피고에게 경정청구를 하였고, 피고는 위 경정청구가 국세기본법 제45조의2 제1항에 따라 경정청구 기간인 3년을 도과하였다는 이유로 2012. 5. 4. 원고에게 경정청구 거부통지를 하였으며, 원고가 이에 불복하여 2012. 6. 25. 이의신청을 하였으나, 피고는 2012. 7. 24. 같은 이유로 각하결정을 하였다. 이에 원고가 계속하여 민원을 제기하자, 피고는 고충처리 차원에서 양도소득세 취득가액 단순 착오신고로 보아 2006년 귀속분에 대한 청구는 국세부과 제척 기간의 경과로 경정권이 소멸되어 경정하지 못하였으나, 2012. 10. 5. 아래 표와 같이 2007년 귀속분 중 OOO원을 환급하였다(이하에서는 원고가 이 사건에서 추가환급을 구하는 2006년 귀속 및 2007년 귀속 주식양도소득세 잔액 OOO원을 '이 사건 양도소득세'라 한다)

다. 한편, 원고는 2005. 12. 10. 아버지 CCC의 사망으로 서울 OOO구 OOO동 102-2 소재 주택에 관한 110분의 24지분을 취득하여 보유하고 있다가, 2010. 11. 15. ■■■ 주식회사에게 위 지분을 양도하고 원고를 비거주자로, 위 주택을 일반주택으로 하여 양도소득세를 신고・납부하였다. 그 후 원고는 2011. 10.경 위 주택 양도 당시 소득세법상 거주자에 해당하고 피상속인과 동일 세대원인 관계로 1세대 1주택에 해당한다는 이유로 피고에게 양도소득세를 환급해 달라는 경정청구를 하였으나, 피고는 2011. 12. 5. 원고를 거주자로 보기 어렵고 피상속인과 동일 세대원으로 볼 수 없다는 이유로 원고의 양도소득세 경정청구를 거부하였다. 이에 원고는 피고를 상대로 서울행정법원 2012구단21751호로 양도소득세경정청구거부처분 취소소송을 제기하였는데, 서울행정법원은 2013. 2. 6. 원고가 소득세법상 거주자로 볼 수 없고, 상속개시 당시 피상속인과 동일 세대를 이루고 있었다고 볼 수 없다는 이유로 원고의 청구를 기각하는 판결(이하 '이 사건 양도소득세 판결'이라 한다)을 선고하였고, 위 판결은 그 무렵 확정되었다.

라. 원고는 2013. 2. 15. 피고에게 이 사건 양도소득세 판결에서 원고는 비거주자로 확정되었고, 피고는 한미 조세조약에서 따라 미국 국적 비거주자의 주식양도소득에 대하여 과세권이 없다는 이유로 이 사건 양도소득세, 즉 2006년 귀속분 OOO원과 2007년 귀속분 OOO원을 환급해 달라는 경정청구를 하였고, 피고는 2013. 5. 16. 원고의 이 사건 양도소득세에 대한 경정청구가 국세기본법 제45조의2 제1항에 따라 경정청구 기간이 경과하였고, 이 사건 양도소득세 판결이 후발적 경정청구 사유에도 해당하지 않는다는 이유로 원고의 경정청구를 거부하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

마. 피고가 이에 불복하여 2013. 6. 11. 이의신청을 하였으나, 피고는 2013. 7. 15. 원고의 이의신청을 기각하였다. 이에 원고가 2013. 7. 17. 조세심판을 청구하였으나, 조세심판원은 2014. 4. 15. 원고의 심판청구를 기각하였다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 양도소득세 판결은 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 및 제2호에서 정한 후발적 경정청구 사유에 해당하므로, 이 사건 양도소득세는 환급되어야 함에도 불구하고 원고의 경정청구를 거부한 피고의 이 사건 청구는 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 국세기본법 제45조의2 제1항 제1호는 '과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다.'고 규정하고 있는바, 위 인정사실에 의하면, 이 사건 양도소득세에 대한 신고는 2007. 4. 18.부터 2008. 2. 29.까지 이루어졌고, 원고의 이 사건 경정청구는 그 법정신고기한으로부터 3년이 경과한 2013. 2. 15. 이루어졌으므로, 원고의 이 사건 경정청구는 국세기본법 제45조의2 제1항에서 정한 경정청구 기간을 도과하여 이루어진 것으로서, 통상의 경정청구로서 받아들여질 수 없다.

(2) 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 및 제2호는 '과세표준신고서를 법정신고기

한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 최초의 신고.결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때(제1호) 및 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때(제2호)에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.'고 규정하고 있다. 국세기본법 제45조의2 제2항에서 후발적 경정청구제도를 둔 취지는 납세의무 성립 후 일정한 후발적 사유 발생으로 말미암아 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는 데 있는데, 여기서 말하는 후발적 경정청구사유 중 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호에서 정한 '거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 때'란 최초 신고.결정 또는 경정이 이루어진 후 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등에 관한 분쟁이 발생하여 그에 관한 소송에서 판결에 의하여 거래 또는 행위 등의 존부나 법률효과 등이 다른 것으로 확정됨으로써 최초 신고 등이 정당하게 유지될 수 없게 된 경우를 의미한다(대법원 2011. 7. 28. 선고 2009두22379 판결 참조). 위 인정사실에 의하면, 이 사건 양도소득세 판결은 원고의 이 사건 주택 지분의 양도에 관한 것이지 이 사건 주식의 양도에 관한 것이 아니므로, 이 사건 주식의 양도소득에 관한 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등에 관한 분쟁이 발생하여 그에 관한 소송에서 판결에 의하여 거래 또는 행위 등의 존부나 법률효과 등이 다른 것으로 확정됨으로써 최초 신고 등이 정당하게 유지될 수 없게 된 경우에 해당한다고 볼 수 없고, 이 사건 양도소득세 판결로 인하여 소득을 제3자에게 변경시키게 되었다고 볼 수도 없으므로, 이 사건 양도소득세 판결은 국세기본법 제45조 제2항 제1호 및 제2호에서 정한 후발적 경정청구 사유에 해당되지 않는다.

(3) 따라서 이 사건 양도소득세에 관한 원고의 경정청구를 거부한 피고의 이 사건 처분은 적법하다{또한 원고의 이 사건 청구를 국세기본법 제51조에 규정된 국세환급금결정을 구하는 신청에 대한 환급거부결정의 취소를 구하는 취지라고 보더라도, 국세기본법 제51조 제1항, 제52조 등의 규정은 이미 납세의무자의 환급청구권이 확정된 국세환급금 및 가산금에 대하여 내부적 사무처리절차로서 과세관청의 환급절차를 규정한 것에 지나지 않고 그 규정에 의한 국세환급금(가산금 포함)결정에 의하여 비로소 환급청구권이 확정되는 것은 아니므로, 국세환급금결정이나 이 결정을 구하는 신청에 대한 환급거부결정 등은 납세의무자가 갖는 환급청구권의 존부나 범위에 구체적이고 직접적인 영향을 미치는 처분이 아니어서 항고소송의 대상이 되는 처분이라고 볼 수 없다. 또한 원고가 자신을 거주자라고 잘못 생각하여 이 사건 양도소득세를 신고・납부하였다고 하더라도 원고의 이와 같은 신고행위의 하자가 중대하고 명백하여 원고의 신고행위가 당연무효에 해당된다고 볼 수도 없을 뿐만 아니라, 설령 원고의 신고행위가 당연무효에 해당한다고 하더라도 원고는 이 사건 양도소득세에 대한 신고를 2007.4. 18.부터 2008. 2. 29.까지 하였고, 그로부터 국세환급금의 소멸시효 기간인 5년이 경과한 이후인 2014. 5. 15. 이 사건 양도소득세의 반환을 구하는 이 사건 소(청구취지 변경 전)를 제기하였으므로, 원고의 국세환급금 채권은 시효로 소멸하였다고 봄이 타당하다}.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.