가. 청구인은 OOO(이하 “OOO”라 약칭한다) 366-2 대지 620㎡ 및 지상 주택 240.3㎡(이하 “쟁점주택”이라 한다)와 366-3 도로 39㎡ 및 367-10 도로 56㎡를 합계 OOO원에, OOO 366-4 창고용지 1,035㎡ 및 지상 창고건물 494.4㎡(이하 “쟁점창고”라 하며, 쟁점주택과 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)과 OOO 366-5 도로 55㎡를 합계 OOO원에 2016.3.16. 각각 양도한 후, 양도소득세 신고시 쟁점주택은 매매계약서상 구분기장한 금액을 양도가액으로 하면서 1세대 1주택 비과세(고가주택)로 하고, 쟁점창고는 양도가액 OOO원을 기준시가로 안분계산한 금액을 양도가액으로 하여 2016년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.

나. OOO장(이하 “조사청”이라 한다)은 2016.10.27.～2017.1.20. 기간 동안 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 청구인이 쟁점부동산을 함께 양도하였고 토지와 건물의 양도가액 구분이 불분명한 것으로 보아 「소득세법」제100조 제2항 및 제3항에 따라 쟁점부동산의 전체 양도가액OOO을 기준시가로 안분계산한 금액으로 양도물건별 양도가액을 산정하여 처분청에 과세자료를 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2017.9.20. 청구인에게 2016년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2017.12.14. 이의신청을 거쳐 2018.6.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

<주위적 청구 >

토지와 건물 등을 양도할 때 당사자 간에 작성한 매매계약서상 양도가액이 있다 하더라도 함께 양도하였다고 보아 그 가액 구분이 불분명한지 여부를 판단하는 OOO 기준이 적용되는 ‘토지와 건물 등’의 범위는 시간적·물리적·공간적으로 함께 양도할 수밖에 없는 자산 단위별로 판단하여야 하는바, 별도로 독립하여 사용하고 별도로 양도가 가능한 여러 필지의 토지 및 지상건물로서 양도가액을 명백히 구분기장한 경우에는 OOO 기준을 적용하여 안분계산할 수 없다.

청구인이 양도한 자산은 각각 별도 필지의 쟁점주택, 쟁점창고 및 사도(私道)로서, 쟁점주택은 청구인이 실제 거주하였고 쟁점창고는 사업자등록하여 임대하였으며 사도는 누구나 통행이 가능한 토지인바, 이 건은 모두 공인중개사의 중개를 통하여 쟁점창고는 2016.1.20. OOO원에, 쟁점주택은 2016.2.3. OOO원에 각각 매매계약을 체결하고 양도한 자산으로 「소득세법」제100조 제3항을 적용할 수 없다. 따라서 각각의 매매계약서에 의거 명확하게 쟁점주택과 쟁점창고를 별도 양도하였음에도 처분청은 명확한 증거도 없이 쟁점주택과 쟁점창고를 함께 양도하였다고 추정하여 과세한 이 건 처분은 부당하다.

(1) 양도차익을 산정함에 있어 당사자 간에 양도가액이 분명하게 있다 하더라도 「소득세법」제100조 제3항을 적용하는 ‘토지와 건물 등’은 시간적·물리적·공간적으로 함께 양도할 수밖에 없는 자산이어야 한다.

(가) 양도차익을 산정함에 있어 매매계약서의 양도금액이 별도로 존재함에도 「소득세법」제100조 제3항을 적용하여 양도가액을 강제로 안분하는 대상은 함께 취득하거나 양도하는 토지와 건물 등인바, 여기서 “함께”라는 것은 대지권이 설정된 건물은 너무나 당연하며, 토지 및 그 지상건물 또는 여러 필지라도 하나의 용도로 사용하는 공장 및 그 부속토지와 같은 경우에는 자산의 결합 및 사용되는 행태로 보아 시간적·물리적·공간적으로 함께 양도할 수밖에 없는 자산인 것이다.

(나) 2016.2.16. 신설한 「소득세법 시행령」제166조 제6항에 대한 부칙<제26982호, 2016.2.17.> 제25조의 경과조치를 보면 “이 영 시행 전에 토지 및 건물과 함께 선박 등 기계장치를 양도한 경우 제166조 제6항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다”고 되어 있으며, 「소득세법」제100조 제3항에서 “～함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등～”에서 ‘토지와 건물 등’이란 토지 및 건물과 기계장치 등이 한 단위를 구성하는 경우를 의미한다고 보아야 한다.

(다) 여러 필지의 토지와 토지 및 그 지상건물 등을 함께 양도함에 있어 각 물건별 양도가액이 불분명한 경우라면 당연히 「소득세법」제100조 제2항에 따라 계산하여야 하고, 설령 양도물건별로 각각 계약서가 별도로 작성되었다 하더라도 대지권이 설정된 토지 및 건물이나 하나의 용도인 공장건물 및 부속토지와 기계장치는 함께 양도할 수밖에 없는 자산이므로 「소득세법」제100조 제3항에 따라 함께 양도하였다고 보아 OOO 기준으로 양도가액 구분이 불분명한지 여부를 판단하여야 한다.

(라) 따라서 「소득세법」제100조 제3항에 따라 가액 구분 불분명 여부를 판단하는 OOO 기준의 적용대상 자산은 자산의 위치나 용도로 보아 시간적·물리적·공간적으로 반드시 함께 양도할 수밖에 없는 자산 단위별로 판단하여야 한다. 즉, 단순하게 같은 날 동일한 양수인에게 자산을 양도하였다고 하여 이를 무조건 ‘함께’ 양도하였다고 볼 수는 없다.

(마) 이 건의 경우, 쟁점부동산은 각 물건별 구분이 명확하고 사용용도도 서로 다른 별개의 부동산으로서 ‘함께 양도’하였다고 볼 자산이 아니다. OOO 366-2 및 366-4는 비록 연접되어 있지만 OOO 366-2(쟁점주택)는 주택 및 대지로서 청구인이 취득시부터 양도시까지 거주하였던 주택이며, OOO 366-4(쟁점창고)는 주택의 부속건물이 아닌 별도로 독립한 창고 및 창고용지로서 청구인이 계속하여 임대용으로 사용하였다. 따라서 쟁점주택과 쟁점창고는 별도 필지 위의 지상건물이고 실제 사용용도도 구분된 별개의 부동산이다.

1) 쟁점주택 입구의 OOO 367-10 도로는 타인과 청구인이 공유로 소유한 것이며, 전체가 비록 사도이지만 「사도법」제9조에 의거 통행상의 위험이 있는 등 특수한 경우가 아니면 일반인의 통행을 제한하거나 금지할 수 없는 것으로, 청구인이 양도한 3필지 도로는 2002년 창고 건축허가시 「건축법」에 의하여 확보한 보행과 자동차통행이 가능한 너비 4m인 도로로 국유지인 OOO 1188과 합하여 구성되어 있다. 국가소유인 OOO OOO는 OOO 367-10 위쪽으로 연접하고 OOO 366-3 및 366-5 도로의 아래를 끼고 연접된 도로로서(OOO OOO의 일부이고, 일부는 청구인의 주택 및 창고 앞을 지나 OOO 설립이전에 학교부지인 OOO 1184-1로 관통하던 국가소유 도로임), 청구인이 양도한 사도 및 그와 연접한 국가소유 도로는 청구인이 임의적·배타적으로 사용하거나 타인의 통행을 금지할 수 있는 도로가 아니다.

2) 특히, 쟁점창고는 임차인이 어린이체육관으로 사용하다가 이후 양도 전까지 소위 ‘땡처리’하는 의류 소매업자가 임차하여 사용하였던 건물로서, 주택 앞의 도로를 이용하여 임차인의 고객들이 수시로 출입할 수 있는 곳이었다. 이는 지방도로(57번)와 접한 출입구에 세워진 빈티지 광고 및 창고사진과 그 이전 연도별 항공사진을 보면 출입하였던 임차인 및 고객들의 차량이 주차된 것으로도 확인이 가능하다.

3) 따라서 청구인이 양도한 쟁점주택과 쟁점창고는 서로 독립한 토지와 그 지상 건물들이며, 도로는 누구나 통행할 수 있고 통행을 금지하거나 배타적으로 사용할 수 없는 도로로서 명확하게 구분된 매매계약서상 금액대로 각각 별개의 부동산을 양도하였다고 보아야 하므로 함께 양도하였다고 볼 자산이 아니다.

(2) 청구인은 2016.1.20. 쟁점창고 및 OOO 366-5 도로를 OOO원에 매매계약을 체결하였는바, 동 계약서의 특약사항에 OOO 366-4 토지(창고용지)는 OOO원, OOO 366-4 지상건물(창고)은 OOO원, OOO 366-5 도로는 OOO원을 각 매매대금으로 하였으며, 이후 2016.2.3. 인접한 쟁점주택 및 OOO 366-3·367-10 도로를 OOO원에 매매계약을 체결하였는바, 동 계약서의 특약사항으로 OOO 366-2 토지(대지)는 OOO원, 지상건물(주택)은 OOO원, OOO 367-10 및 366-3 도로는 OOO원으로 계약을 하였다. 이는 당사자 간에 임의로 작성한 계약서가 아니라 공인중개사의 중개로 시가가 반영된 가격에 계약한 것이며, 잔금지급일은 2건 모두 2016.2.9.이나 매수인의 사정으로 지체되어 2016.3.16. 잔금을 지급받고 소유권이전등기를 하였다.

쟁점주택보다 먼저 쟁점창고 등을 2016.1.20. 매매계약을 체결하였고 쟁점주택은 2016.2.3. 매매계약을 체결하여 매매계약서도 별도로 작성하였는바, 지적도상 쟁점창고에 가려면 57번 지방도로(OOO 384-2와 367-2의 중간쯤)에서 쟁점주택 앞의 입구인 OOO 367-10 도로로 들어서서 쟁점주택 앞 OOO 366-3 도로를 거쳐야 한다. 공시지가는 창고인 OOO 366-4가 높을지라도 접근성은 주택인 OOO 366-2가 더 좋은 상태이므로 교통이 편리한 주택 가격이 더 높을 수밖에 없어 이익을 추구하는 합리적인 경제인으로서 더 높은 가격으로 양도하는 것은 지극히 당연하다. 안쪽의 OOO 366-4의 쟁점창고를 먼저 계약하고 청구인은 시세보다 저렴하게 계약하였다고 생각하여 이후 입구의 OOO 366-2(쟁점주택) 계약시에는 청구인이 소위 ‘알박기’식으로 고집을 부려 가격이 형성된 측면도 있으나 이 또한 공인중개사의 중개 하에 당사자가 상호 합의한 금액으로 거래한 것인바, 이러한 거래가 부당하다고 하여 당사자 간의 정상거래를 무시하고 함께 양도하였다고 보아 OOO 기준 초과여부를 판정할 것은 아니다.

(3) 처분청은 쟁점부동산 양도에 대하여 ① 청구인이 임의 안분한 가액으로 양도가액을 신고하였고 ② 하나의 울타리와 하나의 등기부에 기재되어 있으며, ③ 양도 이후 주택신축판매업자가 주택을 신축하여 분양하고 있으므로 양수인이 쟁점주택과 쟁점창고를 별도로 매입할 이유가 없다는 의견이나, 여기서 ① 처분청은 “임의”라는 기준이 어느 것인지 계약자유의 원칙상 어떤 기준에서 제한을 받고 계약을 해야 하는지 또는 실지 양도가액을 안분하였다는 것인지에 대한 구체적인 증빙 없이 막연히 “임의”로 안분하였다고 주장하고 있고, ② 이 건 양도 물건은 하나의 울타리 안에 있지도 아니하고, 하나의 등기부에 기재되어 있으나 얼마든지 분리가 가능하므로 이는 함께 양도하였다는 증거가 될 수 없으며, ③ 양도 이후의 상황은 양도소득세 과세시 고려할 사항이 아니고 양수인이 주택신축판매업자인 경우 반드시 함께 매입하여야 하는 규정도 없다.

<예비적 청구 >

(4) 설령 쟁점주택과 쟁점창고를 함께 양도하였다고 보더라도 각 자산별로 양도차익을 산정하여 양도소득세를 산출하므로 「소득세법」제100조 제3항에 의거 ‘OOO 이상인 경우’라 함은 안분계산한 모든 자산이 OOO 이상 차이가 발생하여야 한다.

「소득세법」제100조 제3항에서 “토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 OOO 이상 차이가 있는 경우”라고 규정하고 있는바, OOO 이상을 판단함에 있어서 “토지와 건물 등”의 안분 대상자산 전체가 OOO 이상이어야 한다. 소득세법령에서 OOO 이상이라 하여 OOO 이상의 차이가 어느 하나의 자산만 발생하여도 전체를 안분하여야 하는지 아니면 어느 하나라도 OOO 미만 차이가 있는 경우에는 안분할 수가 없는지 등에 대한 명문 규정이 없다. 이러한 경우 법률은 엄격히 문리해석을 하여야 하는바, 안분한 자산 중 어느 하나라도 OOO 미만의 자산이 있는 경우에는 안분하여 양도차익을 계산할 수가 없으므로 「소득세법」제100조 제2항 및 제3항을 적용할 수가 없다.

쟁점부동산의 매매계약서상 금액과 처분청이 기준시가로 안분계산한 양도가액의 차액을 보면 아래 <표1>과 같은바, OOO 366-4 쟁점창고용지는 OOO 이상에 해당하지 아니하므로 쟁점부동산은 안분대상이 아니며, 매매계약서상 금액대로 인정하여야 한다.

<표1> 자산별로 구분기장한 가액과 안분계산한 가액과 차이

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 쟁점부동산을 동일인에게 양도하면서 쟁점창고(부수토지 포함)는 2016.1.20.에, 쟁점주택(부수토지 포함)은 2016.2.3.에 각각 매매계약을 체결하고, 잔금은 동일하게 2016.3.16. 모두 지급받았으며, 청구인은 양수자가 쟁점주택과 쟁점창고를 따로 양수할 이유가 있다고 주장하나 양수자 OOO은 주택신축판매업자로 쟁점부동산을 취득한 후 쟁점주택 및 쟁점창고를 철거하고 빌라를 신축한 후 분양하였다. 즉, 양수자의 입장에서는 쟁점주택 없이 주택신축판매업을 할 수 없는 맹지에 불과한 쟁점창고를 먼저 구입하고 쟁점주택을 그 이후에 고가로 매입할 사유가 없다. 따라서 쟁점창고와 쟁점주택의 매매계약서상 계약일자만 각각 기재되었을 뿐 일괄 양도된 하나의 거래이다.

(2) 「소득세법」제100조 제2항에서 토지와 건물 등을 함께 양도한 경우 가액 구분이 불분명할 때에는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 안분하고, 같은 조 제3항에서는 그 토지와 건물 등을 구분기장한 가액이 기준시가 등을 고려하여 안분계산한 가액과 OOO 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 것으로 보도록 규정하고 있는바, 청구인은 ‘한 울타리 내에 있고 하나의 등기부등본에 등재된 쟁점부동산’을 같은 날에 동일인에게 양도하면서 쟁점주택 및 쟁점창고의 양도가액을 아무런 기준 없이 임의로 구분하였고, 기준시가로 안분한 금액과 OOO 이상의 차이가 발생하는 것으로 나타난다.

(3) 또한, 예비적 주장으로 청구인은 설령 쟁점부동산을 함께 양도하였다고 보더라도 ‘모든 자산’이 OOO 이상 차이가 발생하여야 한다고 주장하나, 「소득세법」제100조 제3항에는 ‘모든 자산’이란 내용은 없으며, 이 건에서 ‘자산’은 필지 단위가 아닌 부가가치세 과세여부가 결정되는 쟁점주택과 쟁점창고로 보아야 할 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① (주위적 청구) 쟁점부동산을 함께 양도하면서 토지와 건물의 양도가액 구분이 불분명한 것으로 보아 전체 양도가액을 기준시가로 안분한 금액으로 양도물건별 양도가액을 산정하여 과세한 처분의 당부

② (예비적 청구) 쟁점부동산 중 구분기장한 양도가액이 기준시가로 안분계산한 가액과의 차이가 OOO 미만인 자산이 있으므로 「소득세법」제100조 제2항 및 제3항을 적용할 수 없다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법(2016.1.19. 법률 제13796호로 개정되기 전의 것)

제100조(양도차익의 산정) ① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

③ 제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다.

(2) 소득세법 시행령(2016.3.31. 대통령령 제27074호로 개정되기 전의 것)

제166조(양도차익의 산정 등) ⑥법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 「부가가치세법 시행령」제64조에 따라 안분계산 하며, 이를 적용함에 있어 「상속세 및 증여세법」제62조 제1항에 따른 선박 등 그 밖의 유형재산에 대하여 「부가가치세법 시행령」제64조 제2호 단서에 해당하는 장부가액이 없는 경우에는 「상속세 및 증여세법」제62조 제1항에 따라 평가한 가액을 기준으로 한다.

(3) 부가가치세법 시행령(2016.8.2. 대통령령 제27433호로 개정되기 전의 것)

제64조(토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산) 법 제29조 제9항 단서에 따라 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.

1. 토지와 건물등에 대한 「소득세법」 제99조에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우 : 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. (단서 생략)

2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우 : 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다.

3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우 : 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구인은 쟁점주택과 쟁점창고를 별도 구분하여 양도한 것으로 보아 쟁점주택은 매매계약서상 실지거래가액을, 쟁점창고는 기준시가로 안분계산한 금액을 각각 양도가액으로 하여 양도소득세를 신고하였으나, 처분청은 청구인이 쟁점부동산을 함께 양도하였고 쟁점주택과 쟁점창고의 양도가액 구분이 불분명한 것으로 보아 양도물건별로 기준시가로 안분계산한 금액을 양도가액으로 하여 청구인에게 2016년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다(<표2>～<표4> 참조).

<표2> 양도소득세 신고 및 경정내역

<표3> 청구인과 처분청의 양도물건별 안분가액

<표4> 기준시가에 따른 안분계산 세부내역(처분청)

(나) 쟁점주택과 쟁점창고의 각 매매계약서의 주요내용은 다음과 같다.

1) 쟁점주택 매매계약서(계약일 2016.2.3., 매도인 : 청구인, 매수인 : OOO)

2) 쟁점창고 매매계약서(계약일 2016.1.20., 매도인 : 청구인, 매수인 : OOO)

(다) 쟁점주택 및 쟁점창고의 각 등기부등본과 건축물/토지대장 등에는 다음과 같은 내용이 기재되어 있다.

1) 쟁점부동산 중 건물 등기부등본(2018.8.8. 발행)

2) 쟁점부동산의 건축물대장(2011.1.10. 발행)

3) 쟁점부동산 중 토지 등기부등본(2018.8.8. 발행)

(라) 쟁점부동산의 ㎡당 매매가액과 개별공시지가 및 건물기준시가는 아래 <표5>와 같다.

<표5> 쟁점부동산의 ㎡당 매매가액과 기준시가

(마) 국세통합전산망 조회자료에 의하면, 쟁점창고에 대한 사업자등록현황은 아래 <표6>과 같고, 임대차계약서상 임차인(OOO)의 사업자등록내역은 확인되지 아니하며, 매수인(OOO)은 2011년부터 주택신축판매업으로 다수의 사업자등록을 한 이력이 나타나는바, 2016.1.12. 쟁점주택을 사업장소재지로 하여 주택신축판매업으로 사업자등록하였고, 주민등록표상 청구인은 1998.1.14.부터 2016.1.18.까지 쟁점주택에서 거주한 것으로 나타난다.

<표6> 쟁점창고에 대한 사업자등록현황

(바) 청구인은 쟁점창고가 임차목적에 따라 사용되었다고 주장하면서, 쟁점주택 및 쟁점창고의 내·외부사진(촬영일 : 미상), 쟁점창고 임대차계약서(임차인 : OOO, 계약금액 : 보증금 OOO원, 월세 OOO원, 계약기간 : 2012.3.20.～2014.3.20.) 등을 제출하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여,

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점주택과 쟁점창고를 함께 양도한 것이 아니므로 쟁점부동산 전체 양도가액을 기준시가로 안분계산한 금액으로 양도물건별 양도가액을 산정할 수 없다고 주장하나,

「소득세법」제100조 제2항 및 제3항을 적용함에 있어 문언상 ‘토지와 건물’이 함께 양도되는 경우뿐만 아니라 ‘토지와 토지’가 일괄 양도되는 경우에도 그 적용이 있음을 전제로 하고 있는 것으로 보이므로 토지와 토지 사이의 가액 구분이 불분명한 경우도 포함하는바(대법원 2011.2.24. 선고 2010두23651 판결, 같은 뜻임), 이 건과 같이 다수의 토지와 건물을 함께 양도하는 경우에도 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때에는 기준시가에 따라 안분계산하여 양도가액을 산정하는 것이 타당한 점, 쟁점부동산 양수 후 매수인이 쟁점창고용지를 3필지의 대지와 2필지의 도로로 분할 및 지목 변경하여 쟁점주택 부수토지를 포함한 총 4필지 위에 다세대주택을 신축하였고 쟁점창고 진입도로가 쟁점주택 부수토지와 연접하고 있는 등 그 형상과 활용도 등으로 보아 매수인이 쟁점주택과 쟁점창고를 구분하여 별도 매입할 이유가 없어 보이는 점, 쟁점주택과 쟁점창고별로 따로 매매대금을 지급한 내역이 확인되지 아니하고, 같은 날에 소유권이전등기가 경료된 점, 청구인이 당초 쟁점부동산 매매대금의 객관적·구체적 산정기준이나 근거를 제시하지 못하는 점, 각 토지와 건물의 1㎡당 기준시가와 매매가액에 큰 차이가 있어 쟁점부동산의 매매계약서상 구분기장된 양도가액이 합리적이라고 보기 어려운 점 등에 비추어 청구인의 주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점부동산 중 구분기장한 양도가액이 기준시가로 안분계산한 가액과의 차이가 OOO 미만인 자산이 있으므로 전체 쟁점부동산에 대하여 「소득세법」제100조 제2항 및 제3항을 적용할 수 없다고 주장하나, 쟁점부동산의 각 토지와 건물을 함께 양도한 이상 전체 자산(토지와 건물)이 아닌 특정자산(토지)에 대하여만 안분기준을 적용하는 것은 법리상 타당하지 아니하므로 청구인의 주장을 그대로 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.