2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 1998. 3. 30.부터 양주시 OO동 00000에서 'BB에너지'라는 상호로 차량 용 LPG 충전소를 운영하는 자인바， 2006년 제1기 부가가치세 과세기간 중 CC산업 주식회사로부터 공급가액 000원， CC산업 주식회사 서울지점으로부터 공급 가액 000원， 합계 000원의 세금계산서를 교부받아 이를 매입세액에 포함하여 부가가치세 신고를 하였다.

나. 피고는， 원고가 위 세금계산서 중 공급가액 000원(= CC산업 주식회사 공급가액 000원 + CC산업 주식회사 서울지점 000원)을 매입처별 세금계산서 합계표에 중복하여 기재한 것으로 보고 이에 대한 매입세액을 불공제하여，2011. 7. 1. 원고에 대하여 2006년 제1기 부가가치세 000원을 경정 ・ 고지(이하 '이 사건 처분'이라 한다)하였다.

다. 원고는 이에 불복하여 2011. 11. 15. 국세청장에 심사청구를 제기하였으나， 2011. 12. 30. 위 청구가 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실， 갑 제1호증， 을 제1호증의 각 기재， 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 쟁점 세금계산서상 공급가액이 매입처별 세금계산서 합계표에 중복하여 기재된 것은 원고의 세무대리인의 착오로 인한 것이다. 그런데 당시 원고의 세무대리인은 위와 같이 착오로 신고한 과다한 매입금액에 부가가치율을 적용하여 매출금액 또한 착오로 과다하게 신고하였는바， 이를 고려하지 아니한 피고의 이 사건 처분은 위법 하다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령의 기재와 같다.

다. 판단

일반적으로 세금부과처분 취소소송에서 과세요건사실에 관한 증명책임은 과세권자 에게 있다 할 것이나， 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀지면 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상 적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한， 당해 과세처분이 과세요건을 충족시키지 못한 위법 한 처분이라고 단정할 수 없다(대법원 2009. 9. 24. 선고 2009두6568 판결 참조).

원고가 이 사건 쟁점 세금계산서상 공급가액을 매입처별 세금계산서 합계표에 중 복하여 기재한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다. 따라서 이를 이유로 피고가 이 사건 쟁점 세금계산서상 공급가액에 대한 매입세액을 불공제하여， 이 사건 처분을 한 것 은 일응 정당한 것으로 판단된다. 이에 대해 원고는 당시 원고의 세무대리인이 위와 같이 착오로 신고한 과다한 매 입금액에 부가가치율을 적용하여 매출금액 또한 착오로 과다하게 신고하였다는 취지의 주장을 하고 있으나， 이를 입증할만한 증거를 전혀 제출하지 못하고 있을 뿐만 아니라， 오히려 갑 제1호증， 을 제2호증의 1， 2의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정 즉，① 2003년 제1기부터 2006년 제1기까지의 부가가치세 과세기간 중 원고의 부가가치세 신고 내역상， 부가가치율이 1.39% - 8.69%로 일정하지 않음을 알 수 있으므로， 이 사건 2006년 제1기 매출금액에 대하여 부가가치율을 적용하여 신고하였다는 원고의 위 주장을 쉽게 믿기 어려운 점，② 매출금액은 매입금액 과는 별도의 장부 및 증빙에 의하여 산정하여야 하는 것인 점 등에 비추어 보면， 이 사건 부가가치세 신고시 부가가치율을 적용하여 매출금액을 과다하게 신고한 것으로는 보이지 아니한다. 따라서 이와 다른 전제에서 한 원고의 위 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.