청구법인은 경기도 OO시 분당구 OO동 OOOO에 사업장을 두고 OO시장 주식회사라는 상호로 부동산업을 영위하고 있으며, 동 사업장의 대지 2,126.1㎡ 및 건물 9,964.73㎡(지하 3층, 지상 4층의 판매 및 근린생활시설임) 중 대지 1,529.3㎡와 건물 7,175.22㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 1999사업연도 중에 분양대금 7,150,803,624원(부가가치세 포함)에 분양하고, 건물분양가액은 총 분양대금에서 청구법인이 OO감정평가사사무소에 의뢰하여 평가한 토지가액을 차감한 금액으로 하여 부가가치세를 신고하였다.

처분청은 쟁점부동산의 건물분양가액은 총 분양가액을 토지 및 건물의 장부가액 비율에 따라 안분계산하여야 한다는 중부지방국세청장의 감사결과에 따라 2001.2.1 청구법인에게 1999년 제1기분 부가가치세 95,853,420원 및 제2기분 부가가치세 117,184,600원을 경정고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2001.4.4 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 이사회에서 쟁점부동산을 분양하여 금융기관 차입금 및 건축비 미지급금을 반제하기로 하고 감정평가사무소에서 감정한 층별 감정가액을 기준으로 분양가액(안)을 작성하고, 주주총회의 승인을 얻어 주주들에게 분양하였으며, 쟁점부동산을 분양받은 주주들은 모두 일반과세자로 사업자등록을 하여 부가가치세를 환급받았다.

따라서 개인 감정평가사가 감정평가한 분양가액이라 하더라도 조세의 부담을 부당하게 감소시킬 의도가 없었고, 부동산매매계약서상 구분기재된 토지 및 건물의 가액은 층별 효용가치가 반영된 가액임에도 처분청이 동 감정가액을 부인하고 장부가액을 기준으로 하여 건물의 부가가치세 과세표준을 안분계산한 것은 부당하므로 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

청구법인과 처분청간에 쟁점부동산의 총분양가에 있어서는 다툼이 없고, 청구법인은 쟁점부동산의 매매계약서상 토지와 건물의 가액이 구분 표시되어 있다고 주장하나 당초 처분청이 확인한 소유권이전등기신청시의 검인계약서에는 매매대금에 대한 토지와 건물의 가액이 전혀 구분되어 있지 아니하므로 청구법인이 심판청구시 제출한 매매계약서를 진실한 것으로 인정할 수 없는 반면, 청구법인이 법인세 신고시 제출한 재무제표상에는 토지와 건물의 장부가액이 구분되어 있다.

따라서 실지거래가액으로 과세함에 있어서 토지와 건물의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 부가가치세법시행령 제48조의 2에 의하여 구분하는 것이므로 처분청이 제2호를 적용하여 장부가액을 감정평가액보다 우선 적용한 것은 정당하다.

3. 쟁점 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 쟁점부동산을 양도하면서 매매계약서에 토지가액과 건물가액을 구분표시하지 아니하였다 하여 장부가액을 기준으로 건물의 부가가치세 과세표준을 안분계산하여 과세한 것이 정당한지를 가리는데 있다.

나. 관련법령

(1) 부가가치세법 제13조【과세표준】제1항은 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 공급가액 이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가

(2호 및 4호 생략).

3. 부당하게 낮은 대가를 받거나 대가를 받지 아니하는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가라고 규정하고 있다.

(2) 부가가치세법시행령 제48조의 2【과세표준의 안분계산】 제4항은 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 기타 구축물을 함께 공급하는 경우에 그 건물 및 기타 구축물의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 및 기타 구축물의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 공급계약일 현재의 지방세법에 의한 시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다고 규정하고 있으며,

제5항은 제4항 본문의 규정을 적용함에 있어서 다음 각 호의 경우에는 그 가액을 건물 및 기타 구축물의 실지거래가액으로 본다. 이 경우 적용순서는 다음 각 호의 순에 의한다.

1. 주택건설촉진법에 의하여 국가 또는 지방자치단제로부터 사업계획의 승인을 얻어 공급하는 주택의 경우에는 그 승인된 사업계획상의 분양가액

2. 토지와 건물 및 기타 구축물의 장부가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한 가액. 이 경우 장부가액이 없는 때에는 취득가액을 기준으로 한다.

3. 지가공시및토지등의평가에관한법률에 의한 감정평가법인이 감정평가한 가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한 가액이라고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 부가가치세법시행령 제48조의 2 제4항 및 제5항을 종합하여 보면 「사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 기타 구축물을 함께 공급하는 경우에 그 건물 및 기타 구축물의 공급가액은 실지거래가액에 의하되, 장부가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한 가액을 실지거래가액으로 보며, 동 실지거래가액은 지가공시및토지등의평가에관한법률에 의한 감정평가법인이 감정평가한 가액에 비례하여 안분계산한 가액보다 우선한다」고 되어 있으나,

당해 부동산매매계약서에 기재된 금액이 실지거래가액임이 확인되고, 법 소정의 공인된 감정평가기관의 토지와 건물의 감정가액을 신뢰할 수 있는 반면, 취득가액을 반영하고 있는 장부가액이 보유기간의 경과 등으로 실지거래가액을 적절하게 반영하지 못하고 있는 것이 인정되면 부적정한 장부가액에 의하여 실지거래가액을 안분계산할 것이 아니라 감정가액에 의하여 안분계산한 건물분 가액을 건물의 실지거래가액으로 보아 과세하는 것이 타당하다고 할 것이다.(국심 97서115, 1997.7.21외 다수가 같은 뜻임)

(2) 그러나 쟁점부동산의 감정가액은 지가공시및토지등의평가에관한법률에 의한 감정평가법인이 아닌 개인감정평가사인 OO감정평가사사무소가 작성한 것이어서 전시 부가가치세법시행령 제48조의 2 제5항 제3호에 해당하지 아니할 뿐더러 청구법인이 제시하고 있는 부동산매매계약서도 처분청의 의견과 같이 부동산매매 검인계약서상에는 토지 및 건물의 가액이 구분되어 있지 아니함에 비추어 보아 진실한 것으로 보기 어렵다고 판단된다.

그러하다면 쟁점부동산의 실지양도가액 총액에 있어서는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없고, 청구법인의 사업개시일이 1994.4.7로서 1998사업연도에 청구법인이 기장한 쟁점부동산의 장부가액이 잘못되었다고 볼 만한 사유도 없는 것으로 보이는 바, 처분청이 쟁점부동산의 건물 및 토지의 양도가액을 장부가액을 기준으로 안분계산하여 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

라. 따라서 이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.