청구법인은 의료업을 영위하는 법인으로 국가유공자 등 보훈대상자를 진료하는 OOOO복지공단(OOOO)과 위탁진료계약을 맺고 보훈대상 환자들을 진료한 후 진료비는 OOOO으로부터 수령하면서 계산서는 보훈대상자를 공급받는 자로 하여 작성·교부하였다.

처분청은 청구법인이 진료비를 수령한 OOOO에게 계산서를 교부하여야 함에도 이를 이행하지 아니하였다 하여 2005.6.10. 청구법인에게 2000～2003사업년도 법인세(계산서 미교부 가산세) 3,367,050원 (2000사업연도 658,970원, 2001사업연도 936,760원, 2002사업연도 815,590원, 2003사업연도 955,730원)을 경정고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2005.8.31. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

OOOO은 보훈대상자가 부담한 진료비 중 OOOO 지급기준을 충족하는 범위안의 금액만을 지급하는 것이어서 진료비에 대한 일정한 보상금을 지급하는 보상금 지급의무만을 부담할 뿐, 진료용역을 제공받는 직접 당사자가 아니므로 위탁진료기관(청구법인)은 보훈대상자를 공급받는 자로 하여 계산서를 교부하여야 하며, 청구법인은 이를 정당하게 이행하여 왔으므로 이 건 가산세 부과는 잘못이다.

나. 처분청 의견

청구법인이 2000～2003사업연도 까지 OOOO에게 계산서를

교부하지 않은 사실에 대해 이미 시인한 바 있고, 서울지방국세청장의 이 건 세무조사 이후 2004사업연도부터는 OOOO으로부터 위탁받은 진료행위에 대해서는 계산서를 교부하고 있으며, 2004.2기 부가가치세 예정신고시에는 매출계산서합계표를 제출한 사실도 확인되는 등 정상적으로 계산서 교부의무를 이행하고 있는 바, 이 건의 경우 청구법인이 위탁진료기관으로서 수익사업에 대한 진료의 대가를 OOOO으로부터 지급받은 것이므로 계산서의 작성·교부대상으로 보아야 한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구법인이 OOOO복지의료공단(OOOO)으로부터 보훈대상자의 위탁진료와 관련하여 수취한 진료비 상당액이 계산서 교부대상거래에 해당하는지 여부

나. 관련법령

(1) 법인세법 제76조 【가산세】⑨ 납세지 관할세무서장은 법인(대통령령이 정하는 법인을 제외한다)이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 공급가액의 100분의 1에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 이 경우 산출세액이 없는 경우에도 가산세는 징수하고, 제2호의 규정이 적용되는 부분에 대하여는 제1호의 규정을 적용하지 아니하며, 부가가치세법 제22조 제2항 내지 제4항의 규정에 의하여 가산세가 부과되는 부분을 제외한다.

1. 제121조 제1항 또는 제2항의 규정에 의하여 계산서를 교부하지 아니한 경우 또는 교부한 분에 대한 계산서에 대통령령이 정하는 기재하여야 할 사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우

2. 제121조 제5항의 규정에 의하여 매출 매입처별계산서합계표를 동조에 규정된 기한내에 제출하지 아니하거나 제출한 경우로서 그 합계표에 대통령령이 정하는 기재하여야 할 사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우

(2) 법인세법제121조 【계산서의 작성 교부 등】 ① 법인이 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산서 또는 영수증(이하 계산서등 이라 한다)을 작성하여 공급받는 자에게 교부하여야 한다. ② 부가가치세법 제12조 제1항 제1호의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 농산물 축산물 수산물과 임산물의 위탁판매 또는 대리인에 의한 판매의 경우에는 수탁자 또는 대리인이 재화를 공급한 것으로 보아 계산서등을 작성하여 당해 재화를 공급받는 자에게 교부하여야 한다. 다만, 제1항의 규정에 의하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산서등을 교부하는 경우에는 그러하지 아니하다. ⑤ 법인은 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 교부하였거나, 교부받은 계산서의 매출 매입처별합계표(이하 매출 매입처별계산서합계표 라 한다)를 대통령령이 정하는 기한내에 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. ⑥ 부가가치세법에 의하여 세금계산서 또는 영수증을 작성 교부하였거나 매출 매입처별세금계산서합계표를 제출한 분에 대하여는 제1항 내지 제3항 및 제5항의 규정에 의하여 계산서 등을 작성 교부하였거나 매출 매입처별계산서합계표를 제출한 것으로 본다. ⑦ 계산서 등의 작성 교부 및 매출 매입처별계산서합계표의 제출에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(3) 법인세법 시행령제120조 【가산세의 적용】 ② 법 제76조 제5항 및 제9항에서 대통령령이 정하는 법인 이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 법인을 말한다.

1. 국가 및 지방자치단체

2. 비영리법인(제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업과 관련 된 부분은 제외한다)

(4) 법인세법 시행령 제164조 【계산서의 작성 교부 등】 ① 소득세법시행령 제211조 내지 제212조의 2의 규정은 법 제121조의 규정에 의한 계산서 등의 작성 교부에 관하여 이를 준용한다. ② 법 제121조 제2항 단서에서 대통령령이 정하는 바에 따라 계산서 등을 교부하는 경우 라 함은 위탁자 또는 본인의 명의로 소득세법시행령 제212조 제2항의 규정에 의하여 계산서 등을 교부하는 경우를 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 OOOO과의 위탁진료계약에 의해 보훈대상자에게 진료용역을 제공하고 이들에게 계산서를 작성·교부한 것에 대하여 처분청은 보훈대상자의 진료비를 지급하여 준 OOOO에게 계산서를 작성·교부하지 아니하였다 하여 이 건 계산서 미교부가산세를 부과하였다.

(2) 청구법인과 OOOO간에 이루어진 위탁진료비의 수수행위가 계산서 교부대상거래에 해당하는지를 살펴본다.

(가) 보훈대상자에 대한 진료비 지급의 근거를 보면, 국가유공자 등예우및지원에관한법률 등에서 애국지사 등 국가유공자에 대하여 의료보호를 실시하는 것으로 되어 있으며( 동법 제41조), 국가는 이들에 대한 진료를 국가 또는 지방자치단체외의 의료시설(OOOO 등)에 위탁하여 행할 수 있고 진료에 소요되는 비용은 국가가 부담하는 것으로 되어 있다 ( 동법 제42조).

(나) 국가유공자 위탁진료계약서를 보면 국가유공자등 예우및 지원에관한 법률 제42조의 규정에 의한 가료대상자 등을 위탁진료대상자로 하고, 동 위탁대상진료자의 주소지를 관할하는 보훈청장 또는 보훈지청장이 가료를 의뢰한 자에 대하여 진료를 하도록 OOOO과 청구법인간에 약정한 사실이 확인된다.

(다) OOOO복지공단(OOOO)은 위 법률등의 규정에 의해 국가로부터 진료비(재원: 국가보훈처 일반예산)를 수령하여 청구법인과 같은 민간의료기관과 위탁진료계약을 체결한 후, 위탁진료기관이 보훈대상자에게 제공한 진료용역에 대한 대가를 지급하였음이 국가유공자 위탁진료계약서 등 관련서류에 의해 확인된다.

이와같이 청구법인은 보훈대상자에게 진료용역을 제공하고 그 대가는 관련법령에 의해 국가가 부담하는 보훈대상자의 진료비를 OOOO을 통하여 단순히 지급받는 것 뿐이고, 청구법인이 OOOO에게 어떤 재화나 용역의 공급은 없는 것으로 나타나고 있다.

(라) OOOO의 위와 같은 위탁진료비 지급업무는 국가의 진료비 지급업무를 단순히 대행하는 업무로서 이를 비수익사업으로 보고 (국세종합상담센터 서면 2팀-2297,2004.11.11), 처분청은 OOOO이 보훈대상자의 진료비를 청구법인에게 지급하고 청구법인으로부터 계산서를 수취하지 아니한 것에 대하여 법인세법 제76조 제9항 및 법인세법시행령 제120조 제2항 제2호(비영리법인의 비수익사업에 대한 계산서 미수취 가산세 제외 규정)의 규정에 의해 가산세 적용을 하지 아니하였다.

처분청이 OOOO에게는 이 건 계산서 미수취가산세를 적용하지 않으면서 청구법인에게는 OOOO에게 계산서의 작성·교부의무가 있다고 보아 가산세를 적용한 것은 동일한 거래에 대하여 법령의 해석·적용을 달리한 것으로 보인다.

(마) 한편, OOOO의 청구법인에 대한 위탁진료비 지급등의 방법 및 절차는 의료급여법에 근거하고 있는 바, 이 것과 유사한 지급체계를 가진 국민건강보험(국민건강보험법)의 경우를 보면, 진료용역을 환자에게 공급하는 병원이 진료비의 일부를 지급하는 국민건강보험공단에 대하여는 계산서의 작성·교부의무가 없는 것으로 보고 있다.

(바) 계산서의 작성·교부제도는 재화 또는 용역을 공급하는 경우에 거래사실을 확인하는 과세자료로 활용하여 거래의 정상화 및 과세표준의 양성화를 기하고 그에 따른 탈세의 원천적 예방으로 성실납세 풍토조성 및 근거과세 구현을 위한 제도로 계산서 교부가 사실상 어려운 경우 등은 교부를 면제하거나 영수증을 교부할 수 있도록 하였는 바, 이와 같은 계산서 등의 교부 및 제출의무는 납세의무에 관한 것이 아니고 그 거래상대방의 과세근거가 되는 과세자료를 얻기 위한 것으로서 조세행정상 협력의무라 할 것이다.

앞에서 살펴본 바와 같이, 이 건의 경우 청구법인이 OOOO에게 재화나 용역을 공급한 사실이 없고, OOOO은 국가가 부담하는 보훈대상자의 진료비를 비수익사업으로서 단순히 지급대행만 하는 것으로 되어 있으며, OOOO에 대하여는 계산서 미수취 가산세의 적용을 하지 않는 점과 이러한 거래과정에서 조세의 탈루 또는 회피의 가능성도 없는 점 등으로 미루어 볼 때, 청구법인이 OOOO을 통하여 보훈대상자의 진료비를 받은 것이 계산서의 작성·교부대상 거래에 해당한다고 보기 어렵다.

(3) 따라서, 처분청이 청구법인에게 이 건 계산서 미교부가산세를 부과한 것은 잘못이므로 이를 취소함이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2005년 12월 15일

주심국세심판관 김 창 환

배석국세심판관 채 수 열

곽 태 철

박 정 우