가. 청구인은 2003.10.22. OOO OOOO OOO OOO OOOO아파트 OOOO OOOO호(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 양도하고 2003.12.22. 양도가액 및 취득가액을 기준시가로 계산하여 양도소득세를 예정신고·납부 하였다.

나. 처분청은 청구인이 쟁점주택 양도당시 1세대 3주택자이므로 실지거래가액 과세대상자에 해당한다고 판단하여 실지거래가액에 의하여 2005.8.1 청구인에게 2003년 귀속 양도소득세 35,189,350원을 결정고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2005.8.22. 이의신청을 거쳐 2005.10.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 소득세법 제100조의 규정에 따라 양도가액을 실지거래가액에 의하는 때에는 취득가액을 실지거래가액에 의하여야 하는 것으로, 쟁점주택은 주택재개발조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 취득한 주택이므로 쟁점주택의 실지취득가액은 관리처분인가계획에 따라 기존 건물과 그 부수토지의 감정평가액 및 납부한 청산금의 합계액을 실지취득가액으로 하여야 한다.

(2) 쟁점주택에 대한 장기보유특별공제율 적용시 30%을 공제율을 적용하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 소득세법 제100조 및 같은 법 시행령 제166조 등에 근거하여 계산한 종전 토지 및 건물의 환산취득가액과 청산금 납부액을 합한 금액을 실지취득가액으로 하여 결정한 것으로 당초 처분은 정당하다.

(2) 쟁점주택의 양도차익을 2단계로 나누어 계산하였으므로 장기보유특별공제시 2단계로 나누어 보유기간을 계산하는 것이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 재개발아파트인 쟁점주택 양도시 실거래가액으로 과세하는 경우 취득가액 계산방법

(2) 쟁점주택의 장기보유특별공제율 적용시 보유기간을 2단계로 나누어 계산하는 것인지 여부

나. 쟁점(1)에 대하여 살펴본다.

(1) 관련 법령

(가) 소득세법 제96조(2003.12.30 법률 제7006호로 개정되기 전의 것)

① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 "실지거래가액"이라 한다)에 의한다

1. ～ 6. (생 략)

7. 기타 당해 자산의 종류·보유기간·보유수(수)·거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우

(나) 소득세법 제97조 (양도소득의 필요경비계산)

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

가. 제94조제1항제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가. 다만, 당해 자산이 제96조제1항 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다.

나. 제94조제1항제3호 및 제4호의 자산의 경우에는 당해 자산의 취득에 소요된 실지거래가액

다. 가목 단서 또는 나목의 경우에 있어서 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것

3. 삭제

4. 양도비 등으로서 대통령령이 정하는 것

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 양도소득의 필요경비의 계산은 다음 각호에 의한다.

1. 취득가액을 제1항제1호 가목 단서 또는 동호 나목의 규정에 의하는 경우의 필요경비는 제1항제1호 가목 단서 또는 동호 나목의 금액(괄호 생략)에 동항 제2호 내지 제4호의 금액을 가산한 금액

2. 제1호외의 경우의 필요경비는 제1항제1호 가목 본문, 동호 다목, 제7항 또는 제114조제5항의 금액에 자산별로 대통령령이 정하는 금액을 가산한 금액

(다) 소득세법 제100조 (양도차익의 산정)

① 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다)에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다.

(라) 소득세법 제114조 (양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지)

② 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 한 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 한 자의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

④ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조 및 제97조의 규정에 의한 가액에 의하여야 한다. 다만, 거주자가 제96조제1항제6호 및 제97조제1항제1호 가목 단서의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 당해 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 때에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

⑤ 제4항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우로서 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 당해 자산의 양도당시 또는 취득당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액·매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

(마) 소득세법 시행령 제162조의2 (양도가액)

⑤ 법 제96조 제1항 제7호에서 "대통령령이 정하는 경우"라 함은 3주택 이상을 소유한 1세대가 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)을 양도하는 경우를 말한다.

(바) 소득세법 시행령 제163조 (양도자산의 필요경비)

③ 법 제97조제1항제2호에서 "자본적지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.

1. 제67조제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액

2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용·화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액

3. 양도자산의 용도변경·개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용

4. 제1호 내지 제3호에 준하는 비용으로서 재정경제부령이 정하는 것

⑥ 법 제97조제3항제2호에서 "대통령령이 정하는 금액"이라 함은 다음 각호의 금액을 말한다.

1. 토지

취득당시의 법 제99조제1항제1호 가목의 규정에 의한 개별공시지가×3／100(법 제104조제3항에 규정된 미등기양도자산의 경우에는 3／1000)

2. 건물

가. 법 제99조제1항제1호 다목에 규정된 건물(그 부수토지를 포함한다)

취득당시의 법 제99조제1항제1호 다목의 가액×3／100(법 제104조제3항에 규정된 미등기양도자산의 경우에는 3／1000)

나. 가목외의 건물

취득당시의 법 제99조제1항제1호 나목의 가액×3／100(법 제104조제3항에 규정된 미등기양도자산의 경우에는 3／1000)

3. 법 제94조제1항제2호 나목 및 다목의 규정에 의한 자산(법 제104조제3항에 규정된 미등기 양도자산을 제외한다)

취득당시의 기준시가×7／100

4. 제1호 내지 제3호외의 자산

취득당시의 기준시가×1／100

(사) 소득세법 시행령 제166조 (양도차익의 산정 등)

① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각호의 산식에 의하여 계산한다.

1. 청산금을 납부한 경우

[양도가액 － (기존건물과 그 부수토지의 평가액 ＋ 납부한 청산금) - 법 제97조제1항제2호 및 제4호의 규정에 의한 필요경비] ＋ [(기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 기존건물과 그 부수토지의 취득가액) － 법 제97조제1항제2호 및 제4호 또는 제163조제6항의 규정에 의한 필요경비]

2. 청산금을 지급받은 경우 (생 략)

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 기존건물과 그 부수토지의 취득가액을 확인할 수 없는 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액에 의한다.

기존건물과 그 부수토지의 평가액 ×(취득일 현재 기존 건물과 그 부수토지의 법제99조제1항제1호의 규정에 의한 기준시가 / 관리처분계획인가일 또는 사업계획승인일 현재 기존건물과 그 부수토지의 법 제99조제1항제1호의 규정에 의한 기준시가)

③ 제1항제1호·제2호 및 제2항에서 기존건물과 그 부수토지의 평가액이라 함은 도시및주거환경정비법에 의한 관리처분계획에 의하여 정하여진 가격에 의한다. 이 경우 그 가격이 변경되는 때에는 변경된 가격에 의한다.

⑤ 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축건물 및 그 부수토지를 양도하는 경우 기준시가에 의한 양도차익은 다음 각호의 구분에 따라 계산한 양도차익의 합계액(청산금을 수령한 경우에는 이에 상당하는 양도차익을 차감한다)으로 한다.

1. 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 관리처분계획인가일 또는 사업계획승인일(이하 이 항에서 "관리처분계획인가일등"이라 한다) 전일까지의 양도차익 : 관리처분계획인가일등 전일 현재의 기존건물과 그 부수토지의 기준시가(법 제99조제1항제1호의 규정에 의한 것을 말한다. 이하 이 항에서 같다) － 기존건물과 그 부수토지의 취득일 현재의 기존건물과 그 부수토지의 기준시가 － 기존건물과 그 부수토지의 필요경비(제163조제6항의 규정에 의한 것을 말한다. 이하 이 항에서 같다)

2. 관리처분계획인가일등부터 신축건물의 준공일(제162조제1항제4호의 규정에 의한 취득일을 말한다) 전일까지의 양도차익 : 신축건물의 준공일 전일 현재의 기존건물의 부수토지의 기준시가 － 관리처분계획인가일등 현재의 기존건물의 부수토지의 기준시가

3. 신축건물의 준공일부터 신축건물의 양도일까지의 양도차익 : 신축건물의 양도일 현재의 신축건물과 그 부수토지의 기준시가 － 신축건물의 준공일 현재의 신축건물과 그 부수토지의 기준시가(신축주택의 양도일 현재 법 제99조제1항제1호 다목의 규정에 의한 기준시가가 있는 경우에는 제164조제6항의 규정을 준용하여 계산한 기준시가) － 신축건물과 그 부수토지(기존건물의 부수토지보다 증가된 부분에 한한다)의 필요경비

(아) 소득세법 시행령 제176조의2 (추계결정 및 경정)

① 법 제114조제5항에서 "대통령령이 정하는 사유"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

② 법 제114조제5항에서 "대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액"이라 함은 다음 각호의 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다.

2. 법 제96조제1항제1호 내지 제7호(제6호의 규정은 제4항의 규정에 의한 의제취득일 전에 취득한 자산에 한하여 적용한다)의 규정에 의한 토지·건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액

양도당시의 실지거래가액, 제3항제1호의 매매사례가액 또는 동항제2호의 감정가액 ×(취득당시의 기준시가 / 양도당시의 기준시가(제164조제7항의 규정에 해당하는 경우에는 동항의 규정에 의한 양도당시의 기준시가))

③ 법 제114조제5항의 규정에 의하여 양도가액 또는 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 다음 각호의 방법을 순차로 적용하여 산정한 가액에 의한다. 다만, 제1호의 규정에 의한 매매사례가액 또는 제2호의 규정에 의한 감정가액이 제98조제1항의 규정에 의한 특수관계 있는 자와의 거래에 따른 가액 등으로서 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우에는 이를 적용하지 아니한다.

1. 양도일 또는 취득일 전후 각 3월이내에 당해 자산(주권상장법인 또는 협회등록법인의 주식등을 제외한다)과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액

2. 양도일 또는 취득일 전후 각 3월이내에 당해 자산(주식등을 제외한다)에 대하여 2이상의 감정평가법인이 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내인 것에 한한다)이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액

3. 제2항의 규정에 의하여 환산한 취득가액

4. 기준시가

(2) 사실관계

(가) 청구인은 1987.11.30 OOO OOOO OOO OOOOOO번지 주택(토지 83㎡, 건물 39.97㎡, 이하 “종전주택”이라 한다)을 취득하여 보유하던 중 종전주택의 재개발(관리처분 인가일 1997.12.1)로 OOO OO아파트 OOOO OOOO호 84.98㎡(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 청산금 61,191,670원을 납부하고 취득(사용승인일 2000.5.13)하였고, 쟁점주택을 2003.8.22 양도하고 쟁점주택에 대한 양도차익 계산시 양도가액과 취득가액을 기준시가로 계산하여 양도소득세를 예정신고·납부한 사실이 처분청 결정결의서 및 청구인 양도소득세 신고서에 의하여 확인된다.

(나) 처분청은 청구인이 1세대 3주택자로서 실지거래가액과세대상이므로 쟁점주택의 실지 양도가액은 확인된 가액인 300,000,000원으로, 취득가액은 정비사업조합원이 입주권을 양도한 경우의 양도차익 계산방식인 소득세법 시행령 제166조 제1항 제1호의 규정에 의한 계산방법을 준용하여 결정하였음이 확인된다.

(3) 판단

살피건대, 쟁점주택의 취득가액을 청구인이 주장하는 계산방법인 관리처분인가계획 당시의 종전주택과 그 부수토지의 평가액과 납부한 청산금의 합계액으로 하는 경우에는 종전주택의 취득일부터 관리처분인가일까지의 양도차익에 대하여는 과세를 못하게 되는 문제점이 있고, 감정평가액을 취득가액으로 하는 경우 종전주택 취득일 당시의 감정평가액을 취득가액으로 하는 것이므로 이는 청구인이 법리를 오해한 측면이 있다고 보여지며, 소득세법 제114조 제5항 및 같은 법 시행령 제176조의2 제2항의 규정에 의하여 취득가액을 환산하는 경우는 종전주택과 쟁점주택(양도주택)이 동일한 건물인 경우에 적용하는 것이고 이 경우 청구인이 납부한 청산금을 필요경비로 공제하지 못하는 문제점이 있다 할 것이므로, 이 건 경우와 같이 종전주택의 재개발로 인하여 취득한 주택을 양도한 경우 양도차익 계산방법이 법령에 구체적으로 규정되어 있지 않더라도 처분청이 정비사업조합의 조합원이 입주권을 양도한 경우의 계산방식을 준용하여 쟁점주택의 양도차익을 계산한 것이 타당한 측면이 있다고 판단된다.

나. 쟁점(2)에 대하여 살펴본다.

(1) 관련 법령

ㅇ 소득세법 제95조 (양도소득금액)

① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유특별공제액"이라 함은 제94조제1항제1호에 규정하는 자산(제104조제3항에 규정하는 미등기양도자산을 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 다음 각호의 구분에 따라 계산한 금액을 말한다.

1. 당해 자산의 보유기간이 3년 이상 5년 미만인 것

양도차익의 100분의 10

2. 당해 자산의 보유기간이 5년 이상 10년 미만인 것

양도차익의 100분의 15[제89조제3호의 규정에 의하여 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)으로서 대통령령이 정하는 면적기준 미만인 주택(이하 이 항에서 "기준면적 미만 고가주택"이라 한다)에 해당하는 경우에는 100분의 25]

3. 당해 자산의 보유기간이 10년 이상인 것

양도차익의 100분의 30(기준면적 미만 고가주택에 해당하는 경우에는 100분의 50)

④ 제2항에 규정하는 자산의 보유기간은 당해 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조제4항의 경우에는 증여한 배우자가 당해 자산을 취득한 날부터 기산한다.

(2) 사실관계

(가) 청구인의 종전주택 보유기간은 10년이상이고, 쟁점주택 보유기간은 3년이상 5년미만임이 처분청 및 청구인이 제출한 심리자료에 의하여 나타난다.

- 종전주택

· 취득일 : 1987.11.30 · 관리처분인가일 : 1997.12.1

- 쟁점주택

· 사용승인일 : 2000.5.13 · 양도일 : 2003.8.22

(나) 청구인은 당초 양도소득세 예정신고시 쟁점주택을 3년이상 5년미만 보유한 것으로 하여 10%의 장기보유특별공제액을 계상하였고, 처분청은 보유기간을 2단계로 나누어 사용승인일(2000.5.13)과 쟁점주택 양도일(2003.8.22)까지 양도차익에 대하여는 10%, 종전주택 취득일(1987.11.30)부터 관리처분인가일(1997.12.1)까지 양도차익에 대하여는 30%의 장기보유특별공제율을 각각 적용하였음이 처분청 및 청구인이 제출한 심리자료에 의하여 나타난다.

(3) 판단

청구인이 쟁점주택을 일반분양에 의하여 취득한 것이 아니라 종전주택의 재개발로 인하여 쟁점주택을 취득하고 이를 양도한 것이므로, 쟁점(1)의 양도차익 전체에 대하여 종전주택의 보유기간과 쟁점주택의 양도일까지의 보유기간을 합산하여 계산한 기간을 보유기간으로 하여 장기보유특별공제율을 적용하는 것이 타당하다 하겠다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2006년 6월 26일

주심국세심판관 이 광 호

배석국세심판관 이 영 우

허 병 우

이 상 기