가. 청구인은 1997.4.1. 개업하여 OOOOO OOO OOO OOOOOOOO OOOOOO이라는 상호로 제조업(섬유코팅)을 영위하고 있고, 또한 2006.4.21. 개업하여 OOOOO OOO OOO OOOOOOOO 부동산임대업을 영위하고 있는 사업자로서, 2008년 귀속 종합소득세 신고시제조업 사업장과 관련하여「 조세특례제한법」제7조의 중소기업에 대한 특별세액감면을 신청하였고, 2008.3.31.까지 위 제조업 사업장에 대하여는 사업용계좌를 개설하고 신고를 하였으나, 부동산임대업 사업장에 대하여는 그러하지 아니하다가 2009.4.9. 개설하여 신고하였다.

나. 처분청은 2008년 과세기간에 복식부기의무자인 청구인이 2008.3. 31.까지 제조업 사업장 외에 부동산임대업 사업장에 대하여도 사업용계좌를 개설하여야 함에도 이를 이행하지 아니하였다 하여,「조세특례 제한법」제128조 제4항에 따라 같은 법 제7조의 중소기업에 대한 특별세액감면규정의 적용을 배제하고, 2010.8.4. 청구인에게 2008년 귀속 종합소득세 8,692,610원(중소기업에 대한 특별세액감면 배제 7,707,584원, 납부불성실가산세 985,029원)을경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2010.8.16 이의신청을 거쳐 2010.11.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 2개의 사업장을 운영하고 있고 사업용계좌의 신고는사업장별로 세무서장에게 하여야 하는데, 부동산임대업 사업장에 대한사업용계좌의 개설과 신고를 지연하였다 하여 적법하게 신고한 제조업사업장에 대하여 제조업 관련 중소기업에 대한 특별세액감면의 적용을 배제하고 종합소득세를 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

다수 사업장을 가지고 있는 복식부기의무자에 해당하는 거주자가 일부의 사업장에 대하여 지정한 기한 내에 사업용계좌의 개설 및신고의무를 이행하지 아니한 경우에는「조세특례 제한법」제128조 제4항에 의하여 해당 과세기간에는 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용할 수 없으므로 이를 배제하고 종합소득세를 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

복수의 사업장을 운영하고 있는 복식부기의무자인 청구인이 지정된 기한 이내인2008.3.31.까지 부동산임대업 사업장에 대하여 사업용계좌를 개설하여 신고하지 아니하였다고 하여 당해 기한 내에 적법하게 사업용계좌를 개설하여 신고한 제조업 사업장에 대하여 중소기업에 대한 특별세액감면규정의 적용을 배제하고 종합소득세를 과세한 처분의 당부

가. 관련법령

(1) 소득세법제160조의5【사업용계좌의 개설ㆍ사용의무 등】① 복식부기의무자는 사업과 관련하여 재화 또는 용역을 공급받거나 공급하는 거래의 경우 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때에는 대통령령이 정하는 사업용계좌(이하 “사업용계좌”라 한다)를 사용하여야 한다.

1. 거래의 대금을 금융기관을 통하여 결제하거나 결제받는 때

2. 인건비 및 임차료를 지급하거나 지급받는 때. 다만, 인건비를 지급하거나 지급받는 거래 중에서 거래상대방의 사정으로 사업용계좌를 사용하기 어려운 것으로서 대통령령으로 정하는 거래는 제외한다.

③복식부기의무자는 복식부기의무자에 해당하는 과세기간의 개시일(사업개시와 동시에 복식부기의무자에 해당되는 경우에는 사업자등록증 교부일)부터 3개월 이내에 사업용계좌를 개설하고 해당 사업자의 사업장관할세무서장에게 신고하여야 한다. 다만, 사업용계좌가 이미 개설ㆍ신고되어 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

(2) 소득세법 시행령제208조의5【사업용계좌의 개설 등】

① 법 제160조의5 제1항에서 “대통령령이 정하는 사업용계좌”란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것을 말한다.

1.「금융실명거래 및 비밀보장에 관한 법률」제2조 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 금융기관(이하 이 조에서 “금융기관”이라 한다)에 개설한 계좌일 것

2. 사업에 관련되지 아니한 용도로 사용되지 아니할 것

② 사업용계좌는 사업장별로 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 한다. 이 경우 1개의 계좌를 2 이상의 사업장에 대한 사업용계좌로 신고할 수 있다.

③ 사업용계좌는 사업장별로 2 이상 개설할 수 있다.

(3) 조세특례제한법제7조【중소기업에 대한 특별세액감면】① 중소기업 중 다음 제1호의 감면업종을 영위하는 기업에 대하여는 2008년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 당해 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면비율을 적용하여 산출한 세액 상당액을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권 안에 소재하는 경우에는 모든 사업장이 수도권 안에 소재하는 것으로 보아 제2호에서 규정하는 감면비율을 적용한다.

1. 감면업종

가. 제조업

2. 감면비율

가. 대통령령이 정하는 소기업(이하 이 조에서 “소기업”이라 한다)이 도매업, 소매업, 의료업, 자동차정비업 및 관광산업(이하 이 조에서 “도매업등”이라 한다)을 영위하는 사업장 : 100분의 10

나. 소기업이 수도권안에서 제1호의 규정에 의한 감면업종중 도매업등을 제외한 업종을 영위하는 사업장 : 100분의 20

다. 소기업이 수도권외의 지역에서 제1호의 규정에 의한 감면업종중 도매업등을 제외한 업종을 영위하는 사업장 : 100분의 30

라. 소기업을 제외한 중소기업(이하 이 조에서 "중기업" 이라 한다)이 수도권외의 지역에서 도매업등을 영위하는 사업장 : 100분의 5

마. 중기업의 사업장으로서 수도권안에서 대통령령이 정하는 지식기반산업을 영위하는 사업장 : 100분의 10

바. 중기업이 수도권외의 지역에서 제1호의 규정에 의한 감면업종중 도매업등을 제외한 업종을 영위하는 사업장 : 100분의 15

제128조【추계과세시 등의 감면배제】

④ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 과세기간에 대하여 제6조, 제7조, 제12조의 2，제31조 제4항ㆍ제5항, 제33조의 2, 제63조, 제63조의 2 제2항, 제64조，제66조 내지 제68조, 제102조, 제121조의 8, 제121조의9 제2항, 제121조의17 제2항을 적용하지 아니한다. 다만, 사업자가 제1호 또는 제2호의 의무를 불이행한 것에 대하여 정당한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 「소득세법」제160조의5 제3항의 규정에 따라 사업용계좌를 개설하여야 할 사업자가 이를 이행하지 아니한 경우

(4) 국세기본법제18조【세법해석의 기준, 소급과세의 금지】① 세법의 해석ㆍ적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인의 사업용계좌 조회서에 의하면, 제조업 사업장인 OOOO은 2007.6.1. 개설한 OOOOOO OOOO(OOOOOOOOOOOOOOOOO)O OOOOO OOOOO OOO OOOO OOOO(OOOOOOOOOOOOOOO)O 신고되어있으며, 부동산임대업 사업장인 OOOO OOOOO OOOOOO OOOO(OOOOOOOOOOOOOOOOO)O 2009.4.8. 개설되어 신고되어 있다.

(2) 처분청은 복수의 사업장을 운영하고 있는 청구인이 부동산임대업에 대한 사업용계좌의 개설을 법정신고기한인 2008.12.31.까지 신고하지 아니하고 지연하였다 하여 2010.2.10. 청구인에게 사업용계좌 미개설신고가산세 93,590원을 고지한 뒤에, 제조업 사업장에 대하여 중소기업에 대한 특별세액감면을 배제하고 이 건 종합소득세를 부과하였다.

(3) 살피건대,「 조세특례제한법」제7조 제1항에 의하면 중소기업 중에 제조업 등 감면업종을 영위하는 기업에 대하여는 2008.12.31. 이전에 종료하는 과세연도까지 당해 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 일정한 감면비율을 적용하여 산출하는 세액 상당액을 감면한다고 규정되어 있고, 같은 법 제128조 제4항 제1호에는 「소득세법」제160조의5 제3항의 규정에 따라 사업용계좌를 개설하여야 할 사업자가 이를 이행하지 아니하는 경우 해당 과세기간에 대하여 위「 조세특례제한법」제7조(중소기업에 대한 특별세액감면)를 적용하지 아니한다고 규정되어 있는바, 중소기업에 대한 특별세액감면규정은 국민경제의 기반이라 할 수 있는 중소기업의 육성 및 발전에 그 입법취지가 있는 것인 만큼, 복수 사업장을 운영하는 사업자가 중소기업에 대한 특별세액감면을 신청한 당해 사업장에 대하여 사업용계좌를 미개설한 경우에만 중소기업에 대한 특별세액감면이 배제되는 것으로 보는 것이 입법취지 및 헌법상 비례의 원칙 등에 부합되는 합리적인 해석이라 하겠다(조심 2010구2880, 2010.11.23. 같은 뜻임).

그렇다면, 이 건과 같이 사업용계좌를 개설신고하고 중소기업에 대한 특별세액감면을 신청한 제조업 사업장 외에 부동산임대업 사업장에 대하여도 기한 내에 사업용계좌를 개설하고 신고하여야 함에도 그러하지 아니하였다고 하여 처분청이 제조업 사업장에 대하여 중소기업에 대한 특별세액감면신청을 배제하고 납부불성실가산세를 가산하여 종합소득세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.