청 구 취 지주문과 같다.

가. 원고는 2007. 10. 15.부터 서울 OO구 OOO동 O가 OO에서 OOO병원(이하 '이 사건 병원'이라 한다)을 운영하다가, 2012. 2. 27.부터 서울 OO구 OO동14-10으로 사업장을 이전하여 BBB병원으로 상호를 변경하였으며, 2009년부터 2011년까지 다음과 같이 종합소득세 신고를 마쳤다. 나. 피고는 2013. 7. ~ 8.에 걸쳐 원고에 대한 세무조사를 실시하여 보험급여 수급액 중 손해보험사 및 버스・택시 지역공제조합 등의 원천세 신고내용과 원고의 종합소득세 신고내용을 비교한 결과 원고가 수입금액을 누락(2009년 귀속분 252,019,313원, 2010년 귀속분 153,026,335원, 2011년 귀속분 92,540,908원)한 것으로 판단하여 2013. 10. 2. 다음과 같이 원고에게 종합소득세 2009년 귀속분 OOO원, 2010년 귀속분 OOO원, 2011년 귀속분 OOO원을 각 경정・고지하였다(이하 포괄하여 '이 사건 처분'이라 한다).

다. 원고는 이에 불복하여 2013. 11. 6. 조세심판원에 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 2014. 7. 4. "원고에 대한 보험급여 수입금액과 원고의 신고수입금액을 토대로 누락수입금액을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다"는 취지의 결정을 하였다.

라. 피고는 위 결정에 따라 재조사를 실시한 다음, 2014. 8. 22. 원고에 대하여 이 사건 처분과 동일한 과세표준 및 세액을 내용으로 하는 재조사 결과를 통지하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 13, 18, 19호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

원고의 보험급여 수급액 중 가장 큰 비중을 차지하는 국민건강보험공단으로부터의 수입금액만을 계산하더라도 원고의 과다신고액(2009년 귀속분 438,175,238원, 2010년 귀속분 379,286,810원, 2011년 귀속분 160,741,750원)이 피고가 산정한 각 과소신고액 (2009년 귀속분 252,019,313원, 2010년 귀속분 153,026,335원, 2011년 귀속분 92,540,908원)을 초과하는바, 피고는 먼저 위 과다신고액과 과소신고액을 상계한 후 원고의 수입금 총액을 다시 산정하여야 하므로, 위 각 과소신고액만을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.

3. 관계 법령

별지와 같다.

4. 판단

1) 과세표준과 세액을 증액하는 증액경정처분은 당초 납세의무자가 신고하거나 과세관청이 결정한 과세표준과 세액을 그대로 둔 채 탈루된 부분만을 추가로 확정하는 처분이 아니라 당초신고나 결정에서 확정된 과세표준과 세액을 포함하여 전체로서 하나의 과세표준과 세액을 다시 결정하는 것이므로, 당초신고나 결정에 대한 불복기간의 경과 여부 등에 관계 없이 오직 증액경정처분만이 항고소송의 심판대상이 되는 점, 증액경정처분의 취소를 구하는 항고소송에서 증액경정처분의 위법 여부는 그 세액이 정당한 세액을 초과하는지 여부에 의하여 판단하여야 하고 당초신고에 관한 과다신고사 유나 과세관청의 증액경정사유는 증액경정처분의 위법성을 뒷받침하는 개개의 위법사유에 불과한 점, 경정청구나 부과처분에 대한 항고소송은 모두 정당한 과세표준과 세액의 존부를 정하고자 하는 동일한 목적을 가진 불복수단으로서 납세의무자로 하여금 과다신고사유에 대하여는 경정청구로써, 과세관청의 증액경정사유에 대하여는 항고소 송으로써 각각 다투게 하는 것은 납세의무자의 권익보호나 소송경제에도 부합하지 않는 점 등에 비추어 보면, 납세의무자는 증액경정처분의 취소를 구하는 항고소송에서 과세관청의 증액경정사유뿐만 아니라 당초신고에 관한 과다신고사유도 함께 주장하여 다툴 수 있다(대법원 2013. 4. 18. 선고 2010두11733 전원합의체 판결 등 참조). 2) 한편, 종합소득세와 같은 신고납세방식의 조세에 있어 납세의무자가 스스로 신고한 과세표준이 잘못되었음을 주장하는 경우 납세의무자에 의하여 행하여진 당초의 과세표준의 신고가 잘못된 것임을 입증할 책임은 납세의무자에게 있다고 할 것인바, 원고가 당초 신고한 과세표준이 과다한 것인가에 관하여 본다.

갑 제1호증의 3, 갑 제5호증의 3, 갑 제9호증의 3, 갑 제14호증의 1 내지 3의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 2009년 귀속 종합소득세 과세표준확정신 고시 첨부한 손익계산서상 국민건강보험공단(이하 '건보공단'이라 한다)으로부터의 보험급여액을 합계 3,093,897,308원(= 의료보험수입 2,843,368,248원 + 의료보호수입 160,812,460원 + 건강검진 89,716,600원)으로, 2010년 귀속 종합소득세 신고시에는 위 보험급여액을 합계 3,252,078,200원(= 의료보험수입 2,994,685,354원 + 의료보호수입 148,564,900원 + 건강검진 108,827,946원)으로, 2011년 귀속 종합소득세 신고시에는 위 보험급여액을 합계 2,392,031,930원(= 의료보험수입 2,166,354,360원 + 의료보호수입 114,692,760원 + 건강검진 110,984,810원)으로 각 신고한 사실, 건보공단이 이 사건 병원에 지급한 보험급여비용은 2009년도에 합계 2,660,722,070원[= 건강보험(요양급여 비용) 2,067,780,040원 + 건강검진 438,994,930원 + 보호(의료급여비용) 153,947,100 원], 2010년도에 합계 2,872,791,390원[= 건강보험(요양급여비용) 1,915,061,330원 + 건강검진 840,125,960원 + 보호(의료급여비용) 117,604,100원], 2011년도에 합계 2,231,290,180원[= 건강보험(요양급여비용) 1,557,762,300원 + 건강검진 550,941,540원 + 보호(의료급여비용) 122,586,340원]인 사실이 인정되고, 위 증명원상 건강보험(요양 급여비용), 건강검진, 보호(의료급여비용) 항목은 위 손익계산서상 의료보험수입, 건강검진, 의료보호수입 계정에 각각 대응하는 것으로 판단된다. 이에 의하면, 원고는 건보 공단으로부터의 보험급여에 관하여 2009년도에 438,175,238원(= 3,093,897,308원 - 2,660,722,070원), 2010년도에 379,286,810원(= 3,252,078,200원 - 2,872,791,390원), 2011년도에 160,741,750원(= 2,392,031,930원 - 2,231,290,180원)을 각 과다신고한 것으로 보인다. 따라서 피고는 원고가 신고한 종합소득세의 총수입금액에서 위 과다신고액을 공제하고 누락된 수입금액을 가산하여 정당한 세액을 산출하여야 할 것인바, 위 각 과다신고액이 이 사건 처분의 기초가 된 수입금액 누락분(2009년 귀속분 252,019,313원, 2010년 귀속분 153,026,335원, 2011년 귀속분 92,540,908원)을 각 초과하고, 이외에 당사자들이 제출한 주장 및 자료만으로는 원고의 과다신고액과 누락수입 금액을 모두 반영하여 적법하게 부과될 정당한 종합소득세액을 산출할 수 없으므로, 이 사건 처분은 전부 취소되어야 한다.

5. 결론

원고의 청구는 이유 있으므로 인용하고, 소송비용은 패소자인 피고가 부담하게 하여 주문과 같이 판결한다.