청구인은 2003.6.27 서울특별시 도봉구 방학동 689번지 외 3필지 대지 3,744.2292㎡(689번지 959.5296㎡, 690-50번지 664.0㎡, 690-53번지 1,937.925㎡, 690-91번지 182.775㎡로 이하 “쟁점토지”라 한다)를 청구외 (주)더피앤디(이하 “매수인”이라 한다)에게 양도하고, 취득·양도당시의 기준시가에 의하여 양도차익 예정신고를 하면서 2003.6.25 멸실등기한 쟁점토지상의 건물 2,326.75㎡(이하 “쟁점건물”이라 한다)의 취득당시 기준시가 653,086,494원과 필요경비 개산공제액 19,592,593원 합계 672,679,087원을 필요경비에 산입하여 양도소득세 566,074,430원을 신고납부하였는 바, 처분청은 쟁점토지는 양도당시 나대지상태였고, 양도당시 쟁점토지의 기준시가에는 쟁점건물 철거에 따른 토지가액 증가분이 반영되어 있지 아니하였다 하여 이를 부인하고, 2003.12.1 청구인에게 2003년 귀속 양도소득세 169,515,130원을 결정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 2004.1.19 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 쟁점토지와 쟁점건물을 함께 소유하다가, 아파트 신축판매업을 영위하는 매수인에게 쟁점토지를 양도하면서, 매수인의 요구에 따라 쟁점건물을 철거하여 양도하게 된 것으로, 쟁점건물은 쟁점토지의 이용편의를 위하여 철거된 것이므로 청구인이 쟁점토지의 양도차익을 기준시가에 의하여 산정함에 있어, 소득세법 제97조 및 이와 관련된 법령·예규 등에 따라, 철거한 쟁점건물의 취득당시 기준시가와 필요경비 개산공제액을 필요경비에 산입한 것은 정당하므로 이 건 양도소득세 부과처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

청구인은 매수자의 편의를 위하여 지상건물을 멸실한 후 토지만 양도한 것으로 지상건물이 토지의 이용편의를 위하여 철거되었다고 볼 수 있는지 의문이고, 기준시가에 의한 양도차익에는 철거한 건물의 원가가 반영되어 있지 아니하므로, 쟁점토지의 양도차익을 기준시가에 의하여 산정하면서 원가를 구성하지도 아니한 쟁점건물의 취득당시의 기준시가와 필요경비 개산공제액을 필요경비에 산입한 것은 부당하다고 판단되므로 이를 부인하고 이 건 양도소득세를 과세한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지의 양도차익을 기준시가에 의하여 산정함에 있어서 양도직전에 철거한 지상건물의 취득당시 기준시가와 필요경비 개산공제액을 필요경비로 공제할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

(1) 소득세법(2003.7.30 법률 제6958호로 개정되기 이전의 것)

제97조 【양도소득의 필요경비계산】 ① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

가. 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가. 다만, 당해 자산이 제96조 제1항 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다.

나.～다. (생략)

2. 자본적 지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 양도소득의 필요경비의 계산은 다음 각호에 의한다.

2. 제1호 이외의 경우의 필요경비는 제1항 제1호 가목 본문, 동호 다목, 제7항 또는 제114조 제5항의 금액에 자산별로 대통령령이 정하는 금액을 가산한 금액

(2) 소득세법시행령(2003.11.29 대통령령 제18146호로 개정되기 이전의 것)

제163조 【양도자산의 필요경비】 ③ 법 제97조 제1항 제2호에서 "자본적 지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.

1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액

2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용 화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액

3. 양도자산의 용도변경 개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용

4. 제1호 내지 제3호에 준하는 비용으로서 재정경제부령이 정하는 것

⑥ 법 제97조 제3항 제2호에서 "대통령령이 정하는 금액"이라 함은 다음 각호의 금액을 말한다.

1. 토지

취득당시의 법 제99조 제1항 제1호 가목의 규정에 의한 개별공시지가×3／100(법 제104조 제3항에 규정된 미등기 양도자산의 경우에는 3／1000)

2. 건물

가. 법 제99조 제1항 제1호 다목에 규정된 건물(그 부수토지를 포함한다)

취득당시의 법 제99조 제1항 제1호 다목의 가액×3／100(법 제104조 제3항에 규정된 미등기양도자산의 경우에는 3／1000)

(3) 소득세법시행규칙(2003.12.15 재정경제부령 제382호로 개정되기 이전의 것)

제79조 【양도자산의 필요경비계산등】 ① 영 제163조 제3항 제4호에서 "재정경제부령이 정하는 것"이라 함은 다음 각호의 비용을 말한다.

1. (생략)

2. 토지이용의 편의를 위하여 지출한 장애철거비용

3.～5. (생략)

6. 제1호 내지 제5호의 비용과 유사한 비용

(4) 소득세법기본통칙(1997.4.8 전문개정된 것)

97-10 【철거되는 건물의 필요경비산입】 토지와 건물을 함께 취득한 후 토지의 이용편의를 위하여 당해 건물을 철거하고 토지만을 양도하는 경우로서 그 양도차익을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우 철거된 건물의 취득가액과 철거비용의 합계액에서 철거된 잔설처분가액을 차감한 잔액을 양도자산의 필요경비로 산입한다. 다만, 그 양도차익을 기준시가로 산정하는 경우에는 철거된 건물의 취득당시의 기준시가에 영 제163조 제6항 제1호의 금액을 가산한 금액을 양도자산의 필요경비로 산입한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 모 배을순 및 형제자매 3인(이하 “청구인등”이라 한다)은 공동으로 소유하고 있던 서울특별시 도봉구 방학동 689번지 일대 대지 13,964.2㎡(구 국도자동차운전학원 부지로 이하 “양도토지”라 한다)를 삼능건설주식회사(대표이사 이광제)와 주식회사 더 피앤디(대표이사 김병석)에게 양도하기 위하여 2002.12.18 양도계약을 체결(매수인 중 삼능건설주식회사는 2002.12.28 계약자 명의를 ‘주식회사 더 디앤시’로 변경)하였다.(<별지1> 기재의 양도토지 및 지상건물 내역 참조)

(2) 위 양도계약 체결당시 청구인등은 공동으로 위 양도토지에서 자동차 운전학원을 운영 중에 있었으며, 동 양도토지상에는 청구인등이 양도토지와 함께 취득하였거나, 양도토지 취득 후 신축하여 자동차 운전학원 용도로 사용하거나 근린생활시설 등의 용도로 제3자에게 임대하던 지상건물 9,195.508㎡가 존재하였는 바(<별지1> 기재의 양도토지 및 지상건물 내역 참조), 청구인등과 매수인간의 위 부동산 매매계약서, 매수인의 법인등기부등본, 양도토지의 등기부등본 등에 의하면, 매수인은 부동산개발 및 분양사업을 영위하는 사업자로 양도토지상에 주택을 신축·분양하기 위하여 양도토지를 매수한 것으로 확인되며, 청구인등과 매수자는 양도토지의 이용편의를 위하여 지상건물은 양도자의 비용으로 철거하여 멸실등기 후 토지만을 양도하기로 하였으며, 지상건물 철거시 민원인과 합의한 합의서, 철거시 폐기물 반출 합의서 등을 매수인에게 이전하여 건물 입주자들과의 분쟁이 발생하지 아니하도록 하였음이 확인되고,

이에 따라, 청구인등은 자신의 비용으로 지상건물을 철거(철거비용으로 194백만원이 소요된 것으로 확인됨)하여, 2003.6.25 지상건물에 대한 말소등기를 이행(자동차 운전학원도 동일자로 폐업신고)한 다음, 2003.6.27 매수인의 명의로 양도토지에 대한 소유권 이전등기를 접수하였으며, 매수인은 양도토지에 주택을 신축하기 위하여 2003.6.27 케이비부동산투자신탁주식회사에게 양도토지에 대한 신탁등기를 접수하였고, 처분청 조사자료에 의하면, 매수인은 처분청 조사일 현재 양도토지에 아파트를 신축하기 위하여 “지구단위계획 승인”을 신청중인 것으로 확인되고 있다.

(3) 살피건대, 토지와 건물을 함께 취득한 후, 토지의 이용편의를 위하여 지상건물을 철거하고 토지만을 양도하는 경우로서 그 양도차익을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우에는 철거된 건물의 취득가액은 물론 철거비용까지 토지의 취득원가로 필요경비에 산입할 수 있는 것이나, 그 양도차익을 기준시가에 의하여 산정하는 경우에는 철거비용등 실제로 소요된 필요경비가 있더라도 이를 필요경비로 공제하지 아니하는 것이 원칙이며, 이 경우 양도한 토지의 취득당시 기준시가와 소득세법시행령 제163조 소정의 필요경비 개산공제액을 양도소득금액(양도토지의 양도당시 기준시가)에 대응되는 필요경비로 공제함이 원칙이라 하겠다.

그런데, 1997.4.8 소득세법기본통칙 개정당시 신설된 소득세법기본통칙 97-10은 “토지와 건물을 함께 취득한 후, 토지의 이용편의를 위하여 지상건물을 철거하고 토지만 양도한 경우로서 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하는 경우에도, 철거한 건물의 취득당시 기준시가와 필요경비 개산공제액을 양도자산의 필요경비에 산입”하도록 하였는 바, 이는 토지만을 이용하기 위하여 불가피하게 지상건물을 철거하게 되는 경우에 종래에 예규로 인정하던 필요경비 인정기준을 통칙으로 정한 것으로 보인다(국세청 예규 재산01254-2032, 1986.6.25, 서일46014-10362, 2001.10.25 같은 뜻).

이 건의 경우, 청구인등은 부동산개발 및 분양사업을 영위하는 매수인에게 아파트 신축 용도로 쟁점토지를 양도하기로 하면서, 건물 입주자와의 분쟁이 발생하지 않도록 하기 위하여 지상건물은 양도자의 비용과 책임하에 철거하여 토지만을 양도하기로 하였고, 이에 따라 청구인등은 자신의 비용과 책임하에 지상건물을 철거한 후, 2003.6.25 지상건물에 대한 멸실등기를 이행하고, 2003.6.27 쟁점토지를 매수인에게 양도하였으며, 매수인 역시 쟁점토지 양수 즉시 2003.6.27 쟁점토지에 대한 신탁등기를 하는등 단시일내에 아파트 신축에 착수한 점 등으로 보아 지상건물은 토지의 이용편의를 위하여 철거한 것으로 보여진다.

사정이 이러하다면, 쟁점토지의 양도차익을 기준시가에 의하여 산정함에 있어서 쟁점토지의 이용편의를 위하여 철거한 쟁점건물의 취득당시 기준시가와 필요경비 개산공제액을 양도자산의 필요경비로 산입함이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2004 년 4월 19일

주심국세심판관 김 도 형

배석국세심판관 허 병 우

강 인 애

<별지1> 양도토지 및 지상건물 내역

1. 양도토지 내역

2. 지상건물 내역