가. 청구인 최OOO 외 10명(이하 “청구인들”이라 한다)은 OOO에서 농사를 짓던 농민들로, 청구인들이 1988.9.5. 이전에 취득하여 소유하던 농지 소재지가 OOO의 1996.9.23.자 OOO 토지정리사업조합 설립 및 사업시행 인가에 따라 사업부지에 편입된 이후, 토지조성공사 등이 시행 중인 상태에서 2011년부터 2014년까지의 기간 중 <별지>와 같이 각자의 농지(이하 “쟁점토지”라 한다)를 양도하고, 관련 양도소득세를 신고·납부하였다가, 쟁점토지가 청구인들이 8년 이상 자경한 농지로서 양도소득세 감면대상에 해당한다고 보아 2014.6.2. 처분청에 기납부한 양도소득세의 환급을 구하는 내용의 경정청구를 하였다.

나. 처분청은 쟁점토지는 환지예정지 지정일(2005.7.9.)로부터 3년이 지나 양도된 토지이므로 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면대상이 아닌 것으로 보아 2014.7.1. 청구인들의 경정청구를 거부하였다.

다. 청구인들은 이에 불복하여 2014.9.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

가. 청구인들 주장

「토지구획정리사업법」제56조의 규정에 따른 환지예정지 지정은 사업시행자가 하는 것으로, 처분청은 OOO가 2005.7.13. OOO토지구획정리조합(이하 “쟁점조합”이라 한다)에게 통보한 환지계획 인가내용을 근거로 쟁점조합이 2005.7.19. 조합원들에게 환지계획 인가내용을 통보한 것을 환지예정지의 지정통보로 오인하였으나, 쟁점토지 소재지 일대는 청구인들이 쟁점토지를 양도할 때까지 「토지구획정리사업법」제56조의 규정에 의한 환지예정지 지정이 없었고, 청구인들이 쟁점토지를 환지처분 공고일 이전에 양도하였음에도, 쟁점토지를 환지예정지 지정일(2005.7.19.)로부터 3년이 지난 후에 양도된 토지로 보아 양도소득세 감면을 배제하고 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

특히, 청구인 배OOO의 경우 진입도로가 정비되고 새로 환지받을 쟁점토지의 개별위치를 알 수 있었던 2010년 봄부터 파, 마늘, 배추 등을 식재하여 양도일까지 계속 경작하였는바, 양도일 현재에도 농지에 해당한다 할 것이어서 환지예정지 지정 유무에 불구하고 8년 이상 자경농지에 대한 감면대상에 해당하는 것으로 보아야 한다.

나. 처분청 의견

OOO의 환지계획인가서(OOO-5149호, 2005.7.13.), 쟁점조합이 조합원들에게 발송한 공문(OOO 제05-27호 2005.7.19.) 등에 의하면, 쟁점토지는 2005.7.19.자로 구 「토지구획정리사업법」제56조에 의한 환지예정지로 지정된 사실이 나타나고, 청구인들은 쟁점토지를 환지예정지 지정일로부터 3년이 지난 후에 양도한 사실이 나타나 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면요건을 충족하지 못하므로 감면을 배제하고 경정청구를 거부한 처분은 정당하다. 설사, 쟁점토지가 환지예정지로 지정된 사실이 없다 하더라도 쟁점토지는 토지구획정리사업으로 인하여 양도일 현재 농지에 해당되지 아니하므로 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정을 적용할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점토지가 환지예정지 지정일로부터 3년을 경과한 후에 양도되었다 하여 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 배제하고 경정청구를 거부한 처분의 당부

나. 관련 법령 등

(1) 조세특례제한법 제69조 [자경농지에 대한 양도소득세의 감면] ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2015년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등"이라 한다)에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

(2) 조세특례제한법 시행령 제66조 [자경농지에 대한 양도소득세의 감면] ④ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

2. 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 이전에 농지 외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지. 다만, 환지처분에 따라 교부받는 환지청산금에 해당하는 부분은 제외한다.

⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 「소득세법 시행령」 제162조의 규정에 의한 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 따른다.

2. 환지처분 전에 해당 농지가 농지 외의 토지로 환지예정지 지정이 되고 그 환지예정지 지정일부터 3년이 경과하기 전의 토지로서 환지예정지 지정 후 토지조성공사의 시행으로 경작을 못하게 된 경우 : 토지조성공사 착수일 현재의 농지 기준

⑪ 제4항의 규정에 따른 경작한 기간을 계산할 때 상속인이 상속받은 농지를 1년 이상 계속하여 경작하는 경우(제1항 각 호의 어느 하나에 따른 지역에 거주하면서 경작하는 경우를 말한다. 이하 이 항 및 제12항에서 같다) 다음 각 호의 기간은 상속인이 이를 경작한 기간으로 본다.

1. 피상속인이 취득하여 경작한 기간(직전 피상속인의 경작기간으로 한정한다)

2. 피상속인이 배우자로부터 상속받아 경작한 사실이 있는 경우에는 피상속인의 배우자가 취득하여 경작한 기간

(3) 조세특례제한법 시행규칙 제27조【농지의 범위등】① 영 제66조 제4항 및 제67조 제3항의 규정에 의한 농지는 전·답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실지로 경작에 사용되는 토지로 하며, 농지경영에 직접 필요한 농막·퇴비사·양수장·지소·농도·수로 등을 포함하는 것으로 한다.

(4) 토지구획정리사업법 제46조【환지계획】① 시행자는 시행지구내의 토지에 관한 환지처분을 행하기 위하여 환지계획을 정하여야 한다.

제47조【환지계획의 인가등】① 시행자가 제46조 제1항의 규정에 의하여 환지계획을 정하고자 할 때에는 특별시장·광역시장 또는 도지사의 인가를 받아야 한다.

제48조【환지계획의 기준】환지계획은 종전의 토지 및 환지의 위치·지목·면적·토질·수리·이용상황·환경 기타의 사항을 종합적으로 고려하여 합리적으로 정하여야 한다.

제56조【환지예정지의 지정】① 시행자는 구획정리사업을 시행하기 위하여 필요한 때에는 시행지구안의 토지에 대하여 환지예정지를 지정할 수 있다. 이 경우에 종전의 토지에 관한 임차권 등이 있을 때에는 그 환지 예정지에 대하여 당해 권리의 목적인 토지 또는 그 부분을 아울러 지정하여야 한다.

③제1항의 규정에 의한 지정을 하고자 할 때에는 시행자는 관계토지소유자및 임차권자등에 대하여 환지예정지의 위치·면적과 환지예정지지정의 효력발생시기를 통지하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인들과 처분청이 제출한 항변자료 및 심리자료에는 다음과 같은 사실들이 나타난다.

(가) 처분청은 다음 <표1>와 같은 사유로 경정청구를 거부하였다.

<표1>

(나) 쟁점토지는 OOO 토지구획정리사업지구에 포함되어 있으며, OOO 토지구획정리사업 진행 및 경과는 다음과 같다.

① 1995.2.6.사업계획 결정(OOO 고시 제1995-12호)

② 1996.9.23.사업시행 인가(OOO 고시 제1996-201호)

③ 2002년 5월환지계획 용역계약 체결(OOO)

④ 2005.1.5.사업시행변경 인가 및 환지예정지 계획 공람 통지 (쟁점조합 OOO 제05-03호)

⑤ 2005.1.17.조합원 공람(2005.2.3.까지)

(2005.1.12. OOO 공고)

⑥ 2005.5.9.OOO 토지구획정리사업 환지계획예정지 지정인가 신청

(쟁점조합OOO 제05-19호)

⑦ 2005.7.13.OOO 토지구획정리사업 환지계획 인가

(OOO-5149호)

⑧ 2005.7.19.환지계획예정지 지정 통보

(쟁점조합 금포 제05-27호)

(다) OOO의 공문(OOO-5149호, 2005.7.13.) 및 쟁점조합의 공문(OOO 제05-27호 2005.7.19.)의 주요내용은 다음 <표2>와 같다.

<표2>

(라) OOO 담당공무원이 쟁점조합에환지계획예정지 지정 통보(OOO 제05-27호 2005.7.19.)관련 공문 내용에 대하여 문의한 바, 쟁점조합측은 OOO지구는 「토지구획정리사업법」제56조에 따라 환지예정지로 지정되어 현재 20여명이 사용신청을 하여 건물을 신축(3층∼5층)중이라고 답변한 것으로 나타난다.

(2) 청구인들은 쟁점토지가 2005.7.19.에 「토지구획정리사업법」제56조의 규정에 따른 환지예정지로 지정된 것이 아니라고 주장하면서 그 이유를 다음과 같이 설명하고 있다.

(가) OOO 토지구획정리사업 환지계획 인가 공문(OOO-5149호 2005.7.13.)은 환지계획(토지소유자에게 종전토지 대신 환지받을 새로운 토지의 위치 면적을 정해주는 것)과 관련된 것으로 환지예정지 지정과는 아무런 상관이 없으며, 다만, 용어선택에서 환지계획 인가를 환지예정지 지정으로 잘못 표현한 것이다.

(나) OOO의 질의회신 공문(OOO-9157호 2012.9.21.)에도 다음과 같은 내용이 나타난다.

(다) 환지계획예정지 지정 통보(쟁점조합OOO 제05-27호2005.7.19.)는 그 실질이 환지예정지 지정이 아니라, OOO으로부터 통보(2005.7.13.)받은 환지계획 인가 사항을 조합원에게 통보한 것에 불과한 것이다.

(라)쟁점조합의조합장 이OOO의 확인서에도 다음과 같은 내용이 나타난다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 쟁점조합이 OOO에 제출한 환지계획(예정지)지정 인가신청 공문(OOO 제05-19호, 2005.5.9.)에 따르면, 쟁점조합은 쟁점토지에 대한 환지예정지조서를 작성하여 OOO에 환지계획 인가신청을 한 것으로 나타나고, OOO는 이 인가신청에 대하여 환지계획인가(OOO-5149호, 2005.7.13.)를 하였으며, 이에 따라 쟁점조합은 청구인들에게 「토지구획정리사업법」제56조에 의거 쟁점토지에 대한 환지계획 예정지 지정통보(OOO 제05-27호 2005.7.19.)를 한 것으로 나타나고, 청구인들이 작성한 쟁점토지에 대한 매매계약서에서도 쟁점토지의 지번과 함께 환지예정지가 함께 기재되어 있어 최소한 2005.7.19.까지는 쟁점토지에 대한 환지예정지 지정이 있었다고 볼 수 있으므로 처분청이 쟁점토지가 환지예정지 지정일(2005.7.19.)로부터 3년이 지난 후 양도되었다 하여 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 배제하고 이 건 경정청구를 거부한 처분에는 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

한편, 청구인 배OOO의 경우 새로 환지받을 토지의 개별위치를 알 수 있었던 시기부터 해당 토지를 경작하였으므로 8년 이상 자경농지에 대한 감면대상에 해당한다고 주장하나, 앞에서 살펴본 바와 같이 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 후 양도된 이상 그와 같은 사유로 감면대상 농지에 해당한다고 보기 어렵다 하겠다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.