2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 2002. 3. 26. 서울 동대문구 (주소 1 생략)(이하 ‘이 사건 아파트’라 한다)를 취득하였다가, 2007. 8. 29. 서울 광진구 (주소 2 생략)(이하 ‘자양동 아파트’라 한다)를 취득한 후 2007. 12. 20. 이 사건 아파트를 565,000,000원에 양도하였다.

나. 원고는 2006. 9. 8. 서울 노원구 (주소 3 생략)를 취득한 것을 비롯하여 2006. 11. 10.까지 5채의 아파트(이하 ‘이 사건 임대아파트들’이라 한다)를 취득하여 2006. 11. 20. 임대주택법에 따른 임대사업자등록 및 소득세법에 따른 사업자등록을 하였다.

다. 원고는 이 사건 아파트의 양도에 대하여 2008. 2. 15. 1세대 1주택 비과세를 주장하면서 2007년 귀속 양도소득세 예정신고를 하였다가, 2008. 6. 9. 일반세율을 적용하여 2007년 귀속 양도소득세를 71,822,388원으로 수정신고하였다.

라. 피고는 원고가 이 사건 임대아파트들 외에도 2주택 보유자이고, 보유한 임대아파트들도 모두 수도권에 소재하고 있어 이 사건 아파트가 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택이라고 보아 60%의 세율을 적용하여, 2009. 5. 8. 원고에게 2007년 귀속 양도소득세를 165,829,081원으로 경정하고, 94,006,693원을 추가로 고지하였다(이하 위 경정처분을 ‘이 사건 처분’이라 한다).

마. 원고는 이 사건 처분에 대하여 2009. 7. 31. 조세심판원에 심판청구를 하였는데, 조세심판원에서는 원고가 2009. 5. 1. 이 사건 처분에 대한 납세고지서를 전자송달받았으므로 심판청구기간을 도과하였다는 이유로 2009. 9. 23. 원고의 심판청구를 각하하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7호증(가지번호 포함), 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 본안전 항변에 대한 판단

피고는 원고의 심판청구가 각하되었으므로 이 사건 소송은 적법한 전심절차를 거치지 않은 것으로서 각하되어야 한다고 항변한다.

살피건대, 갑 제8, 9호증의 각 기재에 의하면, 이 사건 처분의 결정일이 2009. 5. 8.이고, 납세고지서가 2009. 5. 9. 전자송달되어 원고가 2009. 5. 10. 열람한 사실을 인정할 수 있는 반면에, 2009. 5. 1. 이전에 이 사건 처분이 이루어지고 원고가 처분이 있음을 알았다고 볼 아무런 증거가 없다.

따라서 원고의 심판청구는 적법하고, 이 사건 소송은 적법한 전심절차를 거쳤다고 할 것이므로, 피고의 본안전 항변은 이유 없다.

3. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 임대주택의 사업자등록과 사업자신고를 하고 임대주택사업을 하고 있으면서 이 사건 임대아파트들 이외에 이 사건 아파트만을 보유하고 있다가 자양동 아파트를 취득한 1년 이내에 이 사건 아파트를 처분하였던바, 구 소득세법 시행령(2008. 2. 29. 대통령령 제20720호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘시행령’이라고만 한다) 제167조의3 제1항 제10호 가 임대주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 당해 주택은 1세대 3주택에 해당하지 않는다고 규정하고 있고, 시행령 제155조 제1항 이 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 다른 주택을 취득한 날부터 1년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우에는 이를 1세대 1주택으로 보고 있는 점에 비추어 보면, 이 사건 아파트는 1세대 3주택 이상의 주택에 해당되지 않음은 물론이고, 오히려 1세대 1주택에 해당되어 비과세되어야 한다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 먼저, 이 사건 아파트가 시행령 제155조 제1항 의 1세대 1주택의 특례에 해당되는지 여부에 관하여 살피건대, 원고가 이 사건 아파트의 양도 당시 자양동 아파트 이외에도 이 사건 임대아파트들을 소유하고 있었던 것은 앞서 본 바와 같고, 이 사건 임대아파트들을 주택수의 계산에 있어 제외할 아무런 법적 근거가 없으며( 시행령 제167조의3 제1항 에서는 위 항 제1호 의 주택은 주택의 수를 계산함에 있어 산입하지 아니한다고 규정하고 있어 위 항 제2호 에 해당하는 이 사건 임대아파트들에는 해당이 없다), 시행령 제155조 에서 1세대 1주택으로 보는 경우들을 열거하고 있으면서도 장기임대주택에 대하여는 아무런 규정이 없는 점에 비추어 보면, 이 사건 아파트는 시행령 제155조 제1항 의 1세대 1주택의 특례에 해당하지 않는다고 판단된다.

(2) 다음으로, 이 사건 아파트가 시행령 제167조의3 제1항 제10호 에 의하여 1세대 3주택의 예외사유에 해당하는지 여부에 관하여 살펴보면, 이 사건 아파트의 처분 당시 원고가 이 사건 임대아파트들을 제외하고도 이 사건 아파트 및 자양동 아파트를 소유하고 있었던 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 이 사건 아파트는 시행령 제167조의3 제1항 제10호 의 ‘당해 주택’에 해당하지 않는다고 할 것이고, 자양동 아파트의 취득 후 1년 이내에 이 사건 아파트를 처분한 경우라 하더라도 달리 볼 법적인 근거가 없다.

(3) 따라서 이 사건 아파트를 1세대 3주택 이상에 해당한다고 보아 양도소득세를 부과한 이 사건 처분은 적법하다.

4. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

[별지 관계 법령 생략]

판사 조민석

심급 사건

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