2. 피고 서울지방국세청장이 2006. 8. 1. 원고에 대하여 한 2004년 귀속 151,301,700원의 소득금액변동통지, 2005년 귀속 118,847,300원의 소득금액변동통지를 모두 취소

한다.

3. 소송비용은 피고들이 부담한다.

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑제1호증의 1 내지 6, 갑제2호증의 1, 2, 갑제3호증, 을제1 내지 8호증의 각 1, 2, 을제9 내지 12, 16호증의 각 기재와 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다.

가. 원고는 석유화학제품 도매업 등을 영위하는 회사이다.

나. 피고 서울지방국세청장은 부산지방국세청장으로부터 주식회사 □□캠(이하 '□□캠'이라 한다)에 대한 세무조사 과정에서 원고가 □□캠으로부터 용제류를 매입하여 주식회사 △△화학(이하 '△△화학'이라 한다) 등에게 판매하였음에도 세금계산서를 발행 교부하지 아니하고 □□캠이 직접 △△화학 등에게 세금계산서를 발행 교부함으로써 매출 매입을 누락하였다는 과세자료 통보를 받은 후, 2006. 3. 14.부터 2006. 6. 7.까지 원고에 대하여 조사대상기간을 2004. 1. 1.부터 2005. 12. 31.까지로 하여 세무조사를 실시하였다.

다. 피고 서울지방국세청장은 위 세무조사 과정에서 원고 및 당시 원고 대표이사 김AA 등에 대한 금융계좌 추적 등을 실시한 결과, 솔벤트 등 용제 판매대금 97억 5,695만 원 상당이 △△화학 등 거래처로부터 김AA 개인통장 등으로 입금되고 그 중 55억 4,352만 원 상당이 □□캠 등 5개 거래처로 송금되었으며(매입거래처로 송금된 금원 중 □□캠으로 송금된 금원은 다음과 같다), 주식회사 ▲▲산업에 대한 매출 3억 7,299만 원 상당이 위장매출임을 확인하고, 위 97억 5,695만 원 상당에서 3억 7,299만 원을 차감한 93억 8,396만 원 상당이 매출누락 되고 동시에 55억 4,352만 원 상당이 매출원가에 미계상된 것으로 결론을 내라고, 피고 영등포세무서장에게 이에 관한 과세자료 통보를 하였다.

라. 피고 영등포세무서장은 위 과세자료 통보에 따라 매출누락금액 93억 8,396만 원 상당을 각 사업연도 소득금액 익금에 산업하고 매입누락금액 55억 4,352만 원 상당을 그 대응원가로 손금에 산입하는 한편 매출누락금액 93억 8,396만 원 상당을 부가가치 세 과세표준에 산입하여, 2006. 8. 1. 원고에게 다음 표 기재와 같이 각 법인세 및 부가가치세를 결정 ・ 고지하였으며, 또한 피고 서울지방국세청장은 원고가 신고누락한 매출분 공급대가(공급가액에 부가가치세를 더한 금액)의 귀속이 불분명하다는 이유로 그 금액(10,323,457,100)을 원고의 대표이사인 김AA에 대하여 상여로 소득처분하여 같은 날 원고에게 다음 표 기재와 같이 각 소득금액변동통지를 하였다(그 구체적인 과세표준 및 세액 경정 내용은 별지 표와 같다).

마. 원고는 위 법인세, 부가가치세 부과처분 및 소득금액변동통지에 불복하여 2006. 10. 27. 이의신청을 하였고, 이의신청심의위원회가 2007. 5. 28. 재조사 결정을 함에 따라 피고 서울지방국세청장은 2007. 6. 12.부터 2007. 9. 5.까지 원고에 대하여 재조사를 실시하였다.

바. 피고 서울지방국세청장은 재조사 결과, 추가로 원고가 주식회사 ○○, ▽▽역에 대한 16억 5,105만 원 상당을 매입누락하는 한편, 휘런산업 등에 대한 매출 20억 3,011만 원 상당이 위장매출임을 확인하였으며, 추가 확인된 위 위장매출액에 대한 공급대가(공급가액에 부가가치세를 더한 금액) 22억 3,313만 원 상당을 소득금액변동통지 금액에서 차감하고, 매출누락 대응원가인 매입누락 금액 71억 9,457만 원 상당을 유보 처분하기로 하였다.

사. 그에 따라 피고 영등포세무서장은 2007. 10. 16. 원고에게 다음 표 기재와 같이 각 법인세 및 부가가치세를 재경정하여 결정 고지하였으며, 또한 피고 서울지방국세청장은 당초 김AA에 대하여 상여로 소득처분한 금액에서 차감 및 유보처분하기로 한 금액 1,053,308,100원을 차감하기로 하여 같은 날 원고에게 다음 표 기재와 같이 각 소득금액변동통지를 하였다(그 구체적인 과세표준 및 세액 경정 내용은 별지 표와 같다. 이하 위와 같은 재경정을 거쳐 최종적으로 결정된 원고에 대한 법인세, 부가가치세 부과처분 및 소득금액변동통지 중 2004년 제1기 부가가치세 부과처분을 제외한 나머지 각 부과처분 및 소득금액변동통지만을 통틀어 '이 사건 각 처분'이라 한다).

아. 원고는 이 사건 각 처분에 대하여 2008. 1. 8. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2008. 10. 31. 기각되었다.

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

피고들은 이 사건 솔벤트 거래에서 △△화학 등 실거래처에 솔벤트를 공급한 자를 □□캠이 아닌 원고로 보고 이 사건 각 처분을 하였으나, 이 사건 솔벤트 거래의 공급자는 원고가 아닌 □□캠이고, 당시 원고 대표이사 김AA이 위 거래의 중개 주체라 할 것이므로, 김AA이 □□캠으로부터 중개수수료 명목으로 받은 금액만을 김AA에 대한 부가가치세 과세대상으로 삼아야 할 것이고, 위 중개수수료는 원고에 대한 법인세가 아닌 김AA 개인에 대한 종합소득세로 과세되어야 할 것이다(원고는 □□캠과 관련된 부분에 대해서만 이 사건 각 처분의 위법을 주장하고 있다).

따라서 이와 다른 전체에서 이루어진 이 사건 각 처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

앞서 든 각 증거와 갑제4호증, 갑제5호증의 1, 을제13호증의 1, 2, 을제14호증의 1, 을제15호증의 3, 4, 5의 각 기재 및 증인 박BB의 증언을 종합하면, 다음 각 사실을 인정할 수 있다.

(1) 원고는 2004. 10. 22. 석유 및 대체연료사업법(이하 '석유사업법'이라 한다) 개정 전에는 ■■스 용제류 판매대리점인 □□캠으로부터 탱크로리(Bulk) 상태로 솔벤트를 매입하여 거래처에 직접 판매하는 영업을 하였다(원고 운송수단을 통하여 □□캠으로부터 솔벤트를 공급받아 직접 거래처에 공급하였던 것으로 보인다).

(2) □□캠은 2004. 10. 22. 석유사업법이 개정되면서 2차 대리점에서는 탱크로리 판매가 금지되고 소분판매만이 허용되어 종전과 같은 방식으로 원고에게 솔벤트를 판매하는 것이 불가능해지자, 원고가 솔벤트를 공급하던 △△화학 등 기존 거래처를 통하여 계속해서 매출을 올리기 위하여 2004. 10.경 당시 원고 대표이사 김AA과 구두로 □□캠은 김AA으로 하여금 영업이사 직책을 가지고 □□캠과 원고 기존 거래처 사이에서 솔벤트 매매를 중개하도록 하며 그 대가로 솔벤트 매매대금의 0.3% 상당을 김AA에게 지급하기로 합의하였다.

(3) 그 후 위 합의에 따라 2005년 말까지 이루어진 솔벤트 거래에서, 대금 지급방식 은 일반적으로 솔벤트 거래처가 김AA을 통해 □□캠에 솔벤트를 주문하고 김AA의 개인계좌로 솔벤트 대금을 입금하며, 김AA은 거래처로부터 지급받은 대금에서 0.3% 상당의 금원을 공제한 나머지를 다시 □□캠 법인계좌로 해당 거래처를 표시하여 입금하였다. 김AA은 □□캠에게 거래처별 구매주문 내역을 전달하고, □□캠은 김AA으로부터 전달받은 주문대로 거래처가 요구하는 장소로 솔벤트를 운송하여 주었으며, 거래처에 솔벤트 판매대금을 공급가액, 당해 거래처를 공급받는 자로 하는 세금계산서를 발행 ・ 교부하였다.

라. 판단

살피건대, 이 사건 각 처분 대상 중 □□캠이 2004년 석유사업법 개정 이후 2005년 말까지 원고 대표이사 김AA을 통하여 솔벤트를 판매함에 있어 원고 주장과 같이 김AA이 △△화학 등 거래처에 □□캠을 대리하여 솔벤트를 공급하거나 또는 □□캠과 거래처 사이의 솔벤트 거래를 중개하였다고 볼 수 있는지 여부에 관하여 살피건대, 앞서 본 바에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 □□캠은 유류 운반차량을 이용하여 □□캠 저유소로부터 솔벤트를 반출한 후 △△화학 등 거래처에 직접 공급한 것으로 보이는 점, 김AA은 □□캠과 합의된 가격으로 거래처에 솔벤트를 판매하였고, 비록 △△화학 등 거래처로부터 곧바로 □□캠에 대금이 지급되지는 않았지만, 김AA은 자신의 개인계좌로 거래처로부터 솔벤트 대금을 입금 받은 뒤 □□캠 법인계좌로 0.3% 상당액을 공제한 나머지 전액을 각 거래처별 명의로 입금한 점, 김AA은 거래처에 솔벤트를 판매함에 있어 서면화된 계약서를 작성하지는 않았지만 자신의 □□캠 명함을 보여주는 등 매도주체자 □□캠임을 표시하였던 것으로 보 이는 점, 김AA은 자신의 명의와 계산 하에 솔벤트를 구입하여 재판매함으로써 매매 차익을 도모하거나 손해를 감수한 것이 아니라, □□캠으로부터 수수료(보수)를 받았으며"□□캠과 거래처 중간에서 솔벤트 소유권 이전에 따른 위험(상품의 가격 등락 에 따른 손익, 멸실 훼손 등의 위험)을 전혀 부담하지 않은 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 각 처분의 대상 중 □□캠 관련 부분은 □□캠으로부터 공급된 솔벤트가 □□캠, 원고, △△화학 등 거래처에게 순차로 공급되었다기보다는, 김AA이 □□캠을 대리하였거나 또는 □□캠과 △△화학 등 거래처 사이의 거래를 중개한 것으로 봄이 상당하다 할 것이고, 원고 전 대표이사 김AA이 세무조사 과정에서 원고가 □□캠 관련 거래를 포함하여 모두 △△화학 등에 분산하여 실제 매출하였다는 내용의 확인서(을제11호증)에 날인하였다 할지라도 확인서상 '매출'이 부가가치세법상 의미의 '매출'로만 한정하여 해석되지 않는다 할 것이어서 그러한 사정만으로 위 인정을 뒤집기에 부족하다.

따라서 원고가 □□캠으로부터 솔벤트를 공급받은 다음 거래처에 직접 솔벤트를 공급한 것으로 보아 이루어진 이 사건 각 처분 중 □□캠 관련 부분은 위법하다.

라. 취소범위

과세처분취소소송에 있어서 세액의 산출과정에 잘못이 있어 과세처분이 위법한 것으로 판단되는 경우라도 제출된 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 법원은 과세처분 전부를 위법한 것으로 취소할 것이 아니라 과세처분 중 정당한 산출세액을 초과하는 부분만을 위법한 것으로 보아 그 위법한 부분만을 취소하여야 하는 것이지만, 당사자가 제출한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액을 산출할 수 없는 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없으며, 이와 같은 경우에 법원이 직권에 의하여 적극적으로 정당한 부과세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니다.

이 사건의 경우, 원 ・ 피고가 제출한 증거나 법원의 증거조사에 의하여 나타난 모든 증거자료에 의하더라도, □□캠 관련 부분 중 매입누락 부분은 특정할 수 있으나, 그에 대응하는 매출누락 부분을 특정할 수 없다 할 것이어서(을제16호증 참조), □□캠 관련 부분을 제외하고 원고에 대한 각 정당한 법인세액, 부가가치세액 및 소득금액변동통지액을 산출할 수 없으므로, 이 법원으로서는 이 사건 각 처분 전부를 취소할 수밖에 없다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.