1. 원심판결 이유에 의하면, 원심은 거시 증거를 종합하여 원고와 소외 1, 소외 2(이하, 원고 등이라 한다)가 1987.9.20. 소외 3과 사이에 원고 등이 가지고 있는 도림시장주식회사 주식을 위 소외 3에게 양도하고, 원고는 그 소유의 서울 영등포구 (주소 1 생략) 대 282 ㎡(이하, 이 사건 부동산이라 한다)를, 위 소외 1은 그의 소유인 서울 영등포구 (주소 2 생략) 대 294 ㎡를 위 소외 3 앞으로 각 소유권이전등기하여 주기로 하며, 그와 동시에 위 소외 3은 그의 소유인 서울 영등포구 (주소 3 생략) 대 677 ㎡ 중 3분의 1 지분과 그 지상건물(이하, 주소 3 부동산이라 한다)을 원고 등의 선택에 따라 원고 등 앞으로 지분소유권이전등기를 하여 주거나 원고 등 명의로 가등기를 한 후 원고 등이 지정하는 제3자 앞으로 소유권이전등기를 하고, 원고 등이 도림시장을 경영하면서 지게 된 상호신용금고 등에 대한 채무를 인수하기로 하는 것을 주된 내용으로 하는 약정을 체결한 사실, 그런데 원고 등과 위 소외 3 사이에 위 약정내용대로 원만히 이행이 되지 아니하여 1988.4.15.에는 위 소외 3이 원고를 상대로 하여 이 사건 부동산에 관한 소유권이전등기청구소송을 제기하는 등 위 약정 당사자 사이에 다툼이 생기자 원고와 위 소외 1 및 소외 3은 같은 해 6.7. 위 소외 3이 위 주소 3 부동산에 관하여 원고와 위 소외 1 앞으로 지분소유권이전등기를 하여 주는 대신 원고는 이 사건 부동산에 관하여, 위 소외 1은 위 (주소 2 생략) 대지에 관하여 각 소유권이전등기를 하여 주기로 하는 등 이미 1987.9.20.에 하였던 약정내용과 중복되는 내용의 약정을 하고, 이에 추가하여 위 소외 3 소유이던 주소 3 부동산의 임대보증금 52,000,000원은 위 소외 3과 원고 및 위 소외 1의 지분비율로 공동부담하기로 하는 등 새로운 교환약정을 체결한 사실, 그 후 위 소외 3은 1988.6.11. 자기 소유인 위 주소 3 부동산에 관하여 같은 해 6.10. 매매를 원인으로 원고와 위 소외 1 앞으로 소유권이전등기를 넘겨주었으나, 원고는 그 즉시 위 소외 3 앞으로 이 사건 부동산에 관한 소유권이전등기를 넘겨주지 아니하다가 위 소외 3과 상의한 끝에 위 소외 3이 같은 해 8.18. 원고를 상대로 한 소유권이전등기청구의 소를 취하한 후인 같은 해 11.22. 당초 교환약정내용과는 달리 이 사건 부동산에 관하여 위 소외 3과 소외 2 앞으로 1987.9.12. 매매를 원인으로 하여 각 지분소유권이전등기를 경료한 사실을 각 인정하고 있는바, 관계 증거와 기록을 살펴보면 원심의 사실인정은 정당하고 거기에 아무런 위법이 없다.

2. 원심은, 위 인정사실을 근거로, 원고가 1987.9.20. 위 소외 3으로부터 그 소유의 주소 3 부동산 중 일부 지분을 넘겨받고, 위 소외 3에게 도림시장주식회사에 대한 자신의 주식을 양도하면서 이 사건 부동산에 관하여 소유권이전등기를 하여 주기로 약정한 바 있다 하더라도 당사자들 사이에 그 약정에 따른 조건들이 제대로 이행되지 아니하여 위 소외 3이 원고를 상대로 소송을 제기하는 등 당사자 사이에 다툼이 있어 1988.6.7. 다시 이 사건 부동산의 양도 등의 약정을 하게 되었고, 그 약정에 따른 이 사건 부동산에 관한 소유권이전등기가 같은 해 11.22.에 이르러서야 경료된 점 등으로 보거나 원고 자신도 1989.5.25. 이 사건 부동산에 대한 양도소득세 등의 자진신고를 함에 있어 양도일을 1988.6.7.이라고 하였다가 이 사건 소송에서는 1987.9.20.이라고 주장하고, 이 사건 부동산에 관하여 위 소외 3 등 앞으로 소유권이전등기를 경료함에 있어서는 그 등기원인일을 1987.9.12.이라고 하는 등 양도시기가 분명하지 아니함을 스스로 인정하고 있는 것으로 보이는 점에 비추어 이 사건 부동산의 양도로 인한 대금청산이 1987.9.20.이나 새로운 약정일인 1988.6.7.에 이루어졌다고는 인정할 수 없고, 오히려 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에 해당한다고 할 것이고, 따라서, 대금을 청산한 날이나 계약서상의 대금청산일이 분명하지 아니한 이 사건에 있어서 이 사건 부동산의 양도일은 소득세법시행령 제53조 제1항에 의하여 등기부상의 소유권이전등기접수일로 보아야 할 것이므로, 피고가 이 사건 부동산의 양도시기를 그 등기접수일인 1988.11.22.로 보고 그때의 기준시가로 양도차익을 산정하여 양도소득세 등을 부과한 이 사건 과세처분은 적법하다고 판단하였다.

3. 그러나 원심이 적법히 확정한 사실과 기록에 의하면, 위 1987.9.20.자 제1차 교환약정은 교환당사자 사이의 분쟁 끝에 1988.6.7.자 교환약정으로 변경된 사정 등에 비추어 대금청산일로 볼 수는 없을 것이나, 그 후에 체결된 위 1988.6.7.자 제2차 교환약정을 보면 그 약정에는 위에 본대로 원고 등이 인수하는 주소 3 부동산에 관한 임대보증금 반환채무의 인수 등의 약정이 있었지만, 이는 등가교환 계약상의 법률관계를 명확히 하는 것으로 보일 뿐이고 이것이 추가적 또는 보충적인 계약이행조건으로 보이지는 아니하며, 그로부터 4일 후인 같은 달 11.에는 이 사건 부동산소유권의 이전과 대가 관계에 있는 위 주소 3 부동산지분에 관한 소유권이전등기가 원고 앞으로 경료되고 교환계약의 상대방이 원고에게 더 이상 지급할 대금 등이 남아 있지 않은 상태로 보이는바, 사정이 이와 같다면, 그당시에 이 사건 부동산의 대금이 청산되었다고 봄이 상당할 것이다.

결국 이 사건 부동산의 대금청산일이 불분명하다고는 볼 수 없다고 할 것이고, 이는 원고가 여러차례에 걸쳐 양도시기를 다르게 주장하였다 해서 달리 볼 것은 아니라고 할 것이다.

4. 따라서, 위에서 본 바와는 달리 이 사건 부동산의 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에 해당한다고 하여 이 사건 부동산의 양도시기를 그 등기접수일인 1988.11. 22.로 보고 그때의 기준시가로 양도차익을 산정하여 양도소득세 등을 부과한 이 사건 과세처분이 적법하다고 판단한 원심은 양도시기에 관한 법리를 오해하고 심리를 다하지 아니함으로써 판결에 영향을 미친 위법을 범하였다고 할 것이다.

그러므로 다른 상고이유에 대한 판단을 생략하고, 원심판결을 파기하고 이 사건을 원심법원에 환송하기로 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.