1. 청구법인이 2005년 1기～2기 중 주식회사 OOOOO 등 3개 업체로부터 수취한 공급가액 5,413,000,000원(2005년 1기 3,100,000,000원, 2005년 2기 2,313,000,000원) 상당의 세금계산서상의 매입세액을 매출세액에서 공제하여 그 세액을 경정하고

2. 나머지 청구는 이를 기각합니다.

가. 청구법인은 1979.12.24. 개업하여 ‘TV용 유리밸브 제조업’을 영위하고 있는 법인으로 청구법인이 100% 출자한 OO 현지법인인 OOOOOOOOOOOOO(이하 “OO현지법인”이라 한다)의 설비증설공사와 관련하여 2005.3.7. OO현지법인과 「CRT GLASS 설비수입 및 기술이전계약(이하 “원도급계약”이라 한다)」을 체결하는 한편, 국내의 설비공사업체들(주식회사 OOOOO등 3개 업체이며, 이하 “쟁점매입처”라 한다)과 별도 계약을 체결하여 쟁점매입처가 OO현지법인에게 직접 용역을 제공하게 하고, 쟁점매입처로부터 공급가액 5,413백만원(2005년 1기 3,100백만원, 2005년 2기 2,313백만원) 상당의 세금계산서 14매(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하여 관련매입세액을 공제받았고, 영세율 매출로 신고한 구매확인서 발급분 중 매출일이 속하는 달의 다음달 10일을 경과하여 2005.7.12. 구매확인서가 발급된 공급가액 618,773,187원(이하 “쟁점매출액①”이라 한다)에 대하여 2005.6.25. 및 2005.6.28.을 발행일자로 하여 영세율 세금계산서를 매출처에 교부하고, 지점인 제2공장의 매출 중 2005.3.9.자로 구매확인서가 발급되었으나 수량변경 등으로 2005.4.11.자로 수정된 구매확인서가 발급된 공급가액 385,670,776원(이하 “쟁점매출액②”라 한다)에 대하여 2005.3.31.을 발행일자로 하여 영세율 세금계산서를 매출처에 교부한 사실이 있다.

나. 처분청은 2006.3.13.～2006.3.24. 기간 중 청구법인에 대한 부가가치세 환급 현지확인조사를 실시하고, 청구법인이 영세율이 적용되는 용역을 공급받은 것임에도 일반매입으로 쟁점세금계산서를 수취한 것으로 보아 쟁점세금계산서상의 매입세액을 불공제하였으며, 매출일이 속하는 달의 다음달 10일을 경과하여 구매확인서가 사후 발급된 매출에 대하여는 매출일이 속하는 달에 일반세율에 의한 세금계산서를 교부하고, 구매확인서가 발급되면 감액수정세금계산서 교부 및 영세율 세금계산서 재교부 등의 조치를 하여야 함에도 청구법인이 위와 같이 하지 아니하였다 하여 쟁점매출액①,②에 대하여 세금계산서미교부가산세를 적용하는등 청구법인의 매입세액 및 가산세를 재계산하여 2006.7.6. 청구법인에게 2005년 1기분 부가가치세 OOO,OOO,OOO원(본점), 2005년 1기분 부가가치세 O,OOO,OOO원(지점), 2005년 2기분 부가가치세 OOO,OOO,OOO원(본점)을 경정고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2006.9.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 OO현지법인과의 원도급계약인 「CRT GLASS 설비수입 및 기술이전계약」에 의하여 관련설비를 국내법인에서 납품받아 청구법인의 명의로 직수출한 다음 대금은 설비통관후 60일내 T/T송금방식으로 받았고, 설비공사 및 운전테스트 용역은 국내의 설비공사업체인 쟁점매입처와의 별도 계약(이하 “하도급계약”이라 한다)에 의하여 쟁점매입처가 OO현지법인에 직접 제공하게 하고, 대금은 원화로 결제하였는 바, 청구법인이 쟁점매입처로부터 공급받은 용역이 국외에서 제공된 용역으로 영세율 적용대상임은 인정하나, 청구법인과 쟁점매입처가 영세율 적용여부에 대한 해석상의 어려움으로 조세지원 수혜를 포기하고 부가가치세를 성실하게 신고납부하였으므로 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 공제하지 아니한 것은 부당하다.

(2) 청구법인은 대부분의 구매확인서가 매출일이 속하는 달의 다음 달 10일 이전에 발급되는 관계로 익월 10일이 경과하여 구매확인서가 발급된 쟁점매출액①,②에 대하여 당초 일반세금계산서의 교부를 생략하였으나, 이는 고객사와 청구법인의 담당자들의 단순한 업무착오이며, 이로 인하여 부가가치세 신고에 있어 금액변동이나 사실과 다른 내용은 없었으므로 이에 대하여 세금계산서미교부가산세를 과세한 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점세금계산서와 관련하여 청구법인이 쟁점매입처로부터 공급받은 용역은 국외에서 제공한 용역으로 설비제작에 부수된 용역이 아니므로 부가가치세법 제11조 제1항 제2호의 규정에 의하여 영세율 적용대상이며, 청구법인은 청구법인과 쟁점매입처가 영세율 적용여부에 대한 해석상의 어려움으로 조세지원 수혜를 포기하고 부가가치세를 성실하게 신고납부하였으므로 쟁점세금계산서상의 매입세액을 공제하여야 한다고 주장하나, 사업자가 영세율이 적용되는 재화 또는 용역을 공급받고 영세율이 적용되지 아니하는 세금계산서를 교부받은 경우에 당해 매입세액은 자기의 매출세액에서 공제되지 아니하는 것이므로(국세청 OO OOOOOO, 2006.4.6. 참조) 당초 처분은 정당하다.

(2) 청구법인은 고정거래처에 대하여 공급일자별 및 월합계 세금계산서를 교부하고 있으므로 공급일이 속하는 달의 다음달 10일까지 구매승인서가 발급되지 아니하는 매출액에 대하여는 부가가치세법시행령 제54조의 규정에 의한 세금계산서 교부특례에 의하여 일반세율에 의한 세금계산서를 교부하고 구매확인서가 발급된 이후, 감액수정세금계산서와 영세율 세금계산서를 재교부하여야 하나, 청구법인은 이와 같이 하지 아니하였으므로 쟁점매출액①,②에 대하여 세금계산서미교부가산세를 과세한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 영세율이 적용되는 공사용역을 제공받고 일반세율에 의한 세금계산서를 수취한 경우, 그 세금계산서상의 매입세액을 매출세액에서 공제받을 수 있는지 여부

② 재화의 공급일이 속하는 날의 다음달 10일을 경과하여 구매확인서가 발급된 영세율 매출에 대하여 당초 공급일에 일반세율에 의한 세금계산서를 교부하지 아니하였다 하여 세금계산서미교부가산세를 과세한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 부가가치세법(2006.3.24. 법률 제7876호로 개정되기 전의 것) 제11조 【영세율 적용】 ① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 영의 세율을 적용한다.

1. 수출하는 재화

2. 국외에서 제공하는 용역

제16조 【세금계산서】 ① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.(이하 생략)

제17조 【납부세액】 ② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1의2. 제16조제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

제22조 【가산세】 ② 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 공급가액에 대하여 100분의 1에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

1. 제16조 제1항의 규정에 의한 세금계산서를 교부하지 아니한 때 또는 교부한 분에 대한 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다른 때

(2) 부가가치세법시행령(2005.12.30. 대통령령 제19215호로 개정되기 전의 것) 제24조 【수출의 범위】 ② 법 제11조 제1항 제1호에 규정된 수출하는 재화에는 다음 각호의 재화가 포함되는 것으로 한다.

1. 사업자가 재정경제부령이 정하는 내국신용장 또는 구매확인서에 의하여 공급하는 재화. 다만, 구매확인서에 의하여 공급하는 금지금을 제외한다.

제54조 【세금계산서 교부특례】 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 법 제16조 제1항 단서의 규정에 의하여 재화 또는 용역의 공급일이 속하는 달의 다음달 10일까지 세금계산서를 교부할 수 있다.

3. 관계증빙서류등에 의하여 실제거래사실이 확인되는 경우로서 당해 거래일자를 발행일자로 하여 세금계산서를 교부하는 경우

제59조 【수정세금계산서】 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오 또는 정정사유가 발생한 경우에는 법 제21조의 규정에 의하여 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 국세청장이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다. 다만, 당초의 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 그 발생한 때에 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다.

제60조 【매입세액의 범위】 ② 법 제17조 제2항 제1호의2 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

2. 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

(3) 부가가치세법시행규칙(2001.4.3. 재정경제부령 제193호로 개정된 것으로 2006.3.17. 재정경제부령 제499호로 개정되기 전의 것) 제9조의2 【내국신용장등의 범위】 ② 영 제24조 제2항 제1호 및 영 제26조 제1항 제2호의2에서 규정하는 구매확인서라 함은 「대외무역법시행령」 제38조의2 및 제116조 제14항의 규정에 의하여 외국환은행의 장이 제1항의 내국신용장에 준하여 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간 종료후 20일 이내에 발급하는 확인서로서 수출용 재화 또는 용역에 관한 수출신용장 등 근거서류 및 그 번호와 선적기일 등이 기재된 것을 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인은 2005.3.7. 청구법인이 100% 출자한 OO현지법인과 원도급계약인 「CRT GLASS 설비수입 및 기술이전계약」을 체결하였는 바, 동 계약의 주요내용은 청구법인이 OO현지법인에게 OOOOO,OOO,OOO 상당의 CRT GLASS 생산설비 및 소모품 일체를 공급하고, 청구법인이 소유 사용하고 있는 계약제품의 생산·판매에 이용되는 제품설계·생산공정·검사방법 등에 관한 기술을 이전하는 대가로 청구법인이 OO현지법인으로부터 기술이전비 OOOOO,OOO,OOO를 포함하여 총 OOOOO,OOO,OOO를 받기로 한 것이며, 대금은 통관후 60일 이내에 T/T 송금방식으로 지급하기로 하였음이 원도급 계약서 등에 의하여 확인된다.

(나) 청구법인은 위 계약내용을 이행하기 위하여 국내의 설비공사업체인 쟁점매입처와 별도의 「공사도급계약」을 체결하였는 바, 그 주요내용은 아래 <표1>과 같다.

OOOOOOOOOO OOOOO OOOOOOO 「OOOOOO」 OOOO

O (O)OOOOOOOO OO (O)OOOOOO OOOO

(다) 청구법인이 위 (나)호의 공사와 관련하여 쟁점매입처로부터 수취한 쟁점세금계산서의 내역은 아래 <표2>와 같다.

OOOOOOOOOO OOOOOOOO OO

(라) 처분청 조사자료에 의하면, 쟁점매입처들은 사업자등록상 업종인 배관·난방 및 방지시설 전문건설업체로서 각 공사와 관련하여 쟁점매입처 소속의 설비기술자가 OO 현지에 장기간 체류하면서, 장비·설비 및 원재료 등을 국내에서 반출하고, OO 현지의 인부를 고용하여 공사를 직접 시공하였으며, 수출업을 영위하지 않는 관계로 설비등 반출시 청구법인의 명의로 수출신고를 한 것으로 확인되며, 청구법인은 위 공사대금을 국내에서 원화로 지급하고, 쟁점매입처로부터 쟁점세금계산서를 수취하여 관련매입세액을 공제받았으며, 쟁점매입처는 쟁점세금계산서상의 공급가액에 대하여 관련 부가가치세(매출세액)를 신고·납부한 것으로 확인된다.

(마) 위 사실에 기초하여 처분청은 이 건 용역이 외국에서 제공되었으므로 그 대가는 영세율 적용대상이라고 보는 한편, 사업자가 영세율이 적용되는 재화 또는 용역을 공급받고 영세율이 적용되지 아니하는 세금계산서를 교부받은 경우에 당해 매입세액은 자기의 매출세액에서 공제되지 아니한다는 국세청의 질의회신(OOOOOO, 2006.4.6. 참조)에 근거하여 쟁점세금계산서상의 매입세액을 불공제하였다.

(바) 살피건대, 부가가치세법 제17조 제2항 제1의2호의 규정에 의하여 매입세액 공제가 배제되는 ‘사실과 다른 세금계산서’라 함은 부가가치세법 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항, 즉 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭·공급받는 자의 등록번호·공급가액과 부가가치세액·작성년월일·공급품목이나 단가·수량·거래시기 등이 실제와 다르게 기재되어 있는 세금계산서를 의미한다고 할 것이나, 쟁점세금계산서의 경우 이러한 기재사항들이 사실과 다르게 기재되어 있는 점을 달리 발견할 수가 없으며, ‘사실과 다른 세금계산서’에 대하여 매입세액 공제를 배제하는 취지가 부가가치세의 사전징수기능 및 과세자료로서의 기능을 확보하기 위하여 납세자로 하여금 세금계산서의 정확한 교부를 유도하는데 있다고 보여지는 점을 감안할 때, 위와 같은 기재사항들이 사실대로 기재되어 있고, 거래상대방이 동 거래에 대한 부가가치세를 징수하여 신고·납부한 사실도 확인되며, 세금계산서의 본질적 기능을 침해할 만한 사실과 다른 내용이 기재되어 있는 것이 아님에도 단지 부가가치세가 기재되어 있다는 사실만으로 쟁점세금계산서를 ‘사실과 다른 세금계산서’로 보기는 어렵다 할 것이다.

더구나, 국외에서 제공하는 용역에 대하여 영세율을 적용토록 하는 제도의 취지가 외화를 획득하는 사업자의 자금부담을 줄이도록 하여 외화획득을 촉진시키는데 있는 점을 감안할 때, 영세율을 적용받아야 할 청구법인이 영세율 적용여부에 대한 해석상의 어려움으로 조세지원 수혜를 포기하고 일반세율에 의한 세금계산서를 교부받아 신고하였고 거래상대방도 부가가치세를 신고·납부한 이 건에 있어서처분청이 쟁점세금계산서를 ‘사실과 다른 세금계산서’로 보아 매입세액공제를 배제한 처분은 영세율 제도의 취지 및 관련법령을 잘못 이해한 부당한 처분이라고 판단된다(OO OOOOOOO, 1999.11.18. 같은 뜻).

따라서, 쟁점세금계산서상의 매입세액은 청구법인의 매출세액에서 공제하는 것이 타당하다고 할 것이다.

(2) 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인은 2005년 6월에 공급되고, 2005.7.12.자로 구매확인서가 발급된 쟁점매출액①에 대하여 재화의 공급시기가 속하는 과세기간내인 2005.6.25. 및 2005.6.28.을 발행일자로 하여 영세율 세금계산서를 매출처에 교부하였고, 2005년 3월에 공급되고 2005.3.9.자로 구매확인서가 발급되었으나 수량변경 등으로 2005.4.11.자로 수정된 구매확인서가 발급된 쟁점매출액②에 대하여 재화의 공급시기가 속하는 과세기간내인 2005.3.31.을 발행일자로 하여 영세율 세금계산서를 매출처에 교부하였다.

(나) 처분청은 재화의 매출일이 속하는 달의 다음달 10일을 경과하여 구매확인서가 사후 발급된 매출에 대하여는 매출일이 속하는 달에 일반세율에 의한 세금계산서를 발행하고, 구매확인서가 발급되면 감액수정세금계산서 발행 및 영세율 세금계산서 재발행 등의 조치를 하여야 함에도 청구법인이 이와 같이 하지 아니하였다 하여 쟁점매출액①,②에 대하여 세금계산서미교부가산세를 과세하였다.

(다) 세금계산서 발행 관련 부가가치세법령의 규정을 모두어 살펴보면, 세금계산서는 재화 또는 용역의 공급시기에 교부하는 것이 원칙이고(법 제16조), 다만 시행령 제54조 각호의 1에 해당하는 경우에는 재화 또는 용역의 공급일이 속하는 달의 다음달 10일까지 세금계산서를 교부할 수 있으며, 세금계산서를 교부한 후에 기재사항에 대하여 착오 또는 정정사유가 발생한 경우에는 시행령 제59조의 규정에 의하여 수정세금계산서를 교부할 수 있는 것으로 판단된다. 또한, 2001.4.3. 개정된 부가가치세법시행규칙 제9조의2에 의하여 과세기간 종료후 20일 이내에 발급된 구매확인서에 대하여도 영세율을 적용할 수 있게 된 것은 사실이나, 동 규정은 ‘과세기간 종료후 20일 이내에 구매확인서가 발급된 경우에도 영세율을 적용해 주겠다’는 의미이지, ‘재화나 용역의 공급당시 구매확인서가 발부되어 있지 아니하여도 과세기간 종료일로부터 20일 이내에 구매확인서가 발급될 것을 전제로 영세율 세금계산서를 미리 발행하거나, 구매확인서가 발급된 이후에 재화나 용역의 공급시기로 소급하여 세금계산서를 발행할 수 있다’는 의미는 아니라고 해석된다.

따라서, 이 건과 같이 재화의 공급시기에 구매확인서가 발급되지 아니한 경우에는 재화의 공급시기에 일반세율에 의한 세금계산서를 먼저 교부하고, 재화의 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일로부터 20일 이내에 구매확인서가 발급되면 영세율 세금계산서로 수정 교부하는 것이 타당한데도 청구법인은 이와 같이 하지 아니하였으므로 당초 재화의 공급시기에 일반세율에 의한 세금계산서를 교부하지 아니한데 대하여 세금계산서미교부가산세를 과세한 것은 적법한 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.