가. 청구법인은 1998.10.13. 설립되어 조경식재공사를 주된 사업으로 영위하고 있는 법인으로, 2015.10.31. 대표이사 OOO에게 근속연수 17년(근속기간 : 1998.10.31.～2015.10.31.)을 적용하여 중간정산퇴직금 OOO원(이하 “2차 중간정산퇴직금”이라 한다)을 지급하고 2015년 법인세 신고 시 이를 손금에 산입하여 법인세를 신고․납부하였다.

나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2017.6.29.부터 2017.9.5.까지의 기간 동안 청구법인에 대한 법인세 통합조사를 실시하여, 청구법인이 대표이사 OOO에게 2011.9.1. 중간정산퇴직금 OOO원(근속기간 : 1998.10.9.～2010.10.31., 이하 “1차 중간정산퇴직금”이라 한다)을 지급한 사실을 확인하고 2차 중간정산퇴직금(OOO원) 중 2011년 1차 중간정산퇴직금과의 중복기간(1998.10.9.～2010.12.31.) 중의 지급금액 OOO원을 퇴직금 한도초과액(근속기간 중복계산분은 부당행위 또는 과다인건비)으로 보아 손금불산입하도록 처분청에 과세자료를 통보하자, 처분청은 이에 따라 동 지급금액(한도초과액) OOO원 중 근로소득으로 기 신고한 금액(OOO원)을 제외한 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 손금부인하고 소득금액변동통지(대표이사 OOO에 대한 상여처분, 이하 “이 건 처분”이라 한다)하였다.

다. 청구법인인은 이에 불복하여 2018.8.27. 이의신청을 거쳐 2019.2.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 2011년 1차 중간정산퇴직금은 가지급금에 대한 인정이자를 회수하기 위해 퇴직금지급 명목으로 처리한 것이므로 퇴직금이 아니다.

(가) 2011년 1차 중간정산 시 퇴직소득으로 원천징수하였다는 사실만으로 현실적인 퇴직으로 보는 것은 부당하고 퇴직연금 납입자명부에 대표이사 OOO의 중간정산액이 기재되었고, 향후 지급할 총 퇴직금에서 중간정산액을 차감하고 있으므로 1차 중간정산퇴직금은 선가불금 개념이 분명하다.

(나) 2011년 1차 중간정산퇴직금을 세법상 중간정산으로 보지 않기 때문에 ‘임원퇴직금규정’ 부칙에서 제정 전 재임기간에도 적용한다고 규정된 것이고, 2011년 1차 중간정산 시 지급 후 퇴직금 청구권을 박탈하는 합의서나 규정이 없으며, 2011년 정산금 지급시점(2011.9.1.)의 규정상 중간정산금은 OOO원이나

OOO원을 대표자의 개인통장에 송금하였고, 대표자는 동 금액을 가지급금 반제로 청구법인 계좌에 이체하였으며, 퇴직연금 납입자 명부 및 2014사업연도 퇴직급여 추계액에 2011년 대표이사의 중간정산이 기재된 점으로 보아 청구법인은 대표이사의 퇴직금 중간정산 사실을 충분히 인지하고 있었다.

(2) 대표이사 OOO의 퇴직금 지급배율을 7배수로 규정한 정관 또는 임원퇴직금 지급규정은 아래와 같은 사유로 그 당시 실제로 규정된 것인지가 불분명하고, OOO 부장의 중간정산퇴직금이 실지 지급되었는지 불분명하다.

(가) 청구법인은 2011년 세 차례에 걸쳐 정관 또는 임원퇴직금 지급규정을 신설(개정)하였지만 퇴직연금 또는 퇴직금 추계액에 전혀 반영한 바 없다.

(나) 2010년 말 이익잉여금누적액 OOO원에 비해 임원(OOO) 1인의 퇴직금 추계액은 OOO원(7배수)으로 당시 청구법인의 신고상황으로 보면 과다하다.

(다) 2011년 다른 사안에 대한 주주총회는 공증을 받은 것과는 달리 임원퇴직금지급규정과 관련해서 공증이 없었고 2011.5.30. 정관개정을 위한 주주총회도 확인되지 않는다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

퇴직금 중간정산 이후 연봉제 전환으로 퇴직할 경우 당초 중간정산기간을 근속연수에 포함하여 쟁점퇴직금을 계산한 것이 타당한지 여부

나. 관련 법령

(1) 법인세법

제26조 (과다경비등의 손금불산입) 다음 각 호의 손비 중 대통령령이 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정되는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

1. 인건비

6. 제1호 내지 제5호외에 법인의 업무와 직접 관련이 적다고 인정되는 경비로서 대통령령이 정하는 것

제67조 (소득처분) 제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여ㆍ배당ㆍ기타 사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

제52조 (부당행위계산부인) ① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 "특수관계자"라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.

(2) 법인세법 시행령

제44조 (퇴직급여의 손금불산입) (2015.2.3. 대통령령 제26068호로 개정 전의 것) ① 법인이 임원 또는 사용인에게 지급하는 퇴직급여( 「근로자퇴직급여 보장법」제2조 제5호의 규정에 따른 급여를 말한다. 이하 같다)는 임원 또는 사용인이 현실적으로 퇴직(이하 이 조에서 "현실적인 퇴직"이라 한다)하는 경우에 지급하는 것에 한하여 이를 손금에 산입한다.

② 현실적인 퇴직은 법인이 퇴직급여를 실제로 지급한 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 포함하는 것으로 한다.

1. 법인의 사용인이 당해 법인의 임원으로 취임한 때

2. 법인의 임원 또는 사용인이 그 법인의 조직변경ㆍ합병ㆍ분할 또는 사업양도에 의하여 퇴직한 때

3. 「근로자퇴직급여 보장법」제8조 제2항에 따라 퇴직급여를 중간정산하여 지급한 때(중간정산시점부터 새로 근무연수를 기산하여 퇴직급여를 계산하는 경우에 한정한다)

4. 법인의 임원에 대한 급여를 연봉제로 전환함에 따라 향후 퇴직급여를 지급하지 아니하는 조건으로 그 때까지의 퇴직급여를 정산하여 지급한 때

④ 법인이 임원에게 지급한 퇴직급여 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액을 초과하는 금액은 손금에 산입하지 아니한다.

1. 정관에 퇴직급여(퇴직위로금 등을 포함한다)로 지급할 금액이 정하여진 경우에는 정관에 정하여진 금액

2. 제1호 외의 경우에는 그 임원이 퇴직하는 날부터 소급하여 1년 동안 해당 임원에게 지급한 총급여액의 10분의 1에 상당하는 금액에 기획재정부령으로 정하는 방법에 의하여 계산한 근속연수를 곱한 금액. 이 경우 해당 임원이 사용인에서 임원으로 된 때에 퇴직금을 지급하지 아니한 경우에는 사용인으로 근무한 기간을 근속연수에 합산할 수 있다.

⑤ 제4항 제1호는 정관에 임원의 퇴직급여를 계산할 수 있는 기준이 기재된 경우를 포함하며, 정관에서 위임된 퇴직급여지급규정이 따로 있는 경우에는 해당 규정에 의한 금액에 의한다.

제106조 (소득처분) ① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. (단서 생략)

(3) 법인세법 시행규칙

제22조 (현실적인 퇴직의 범위 등) ② 영 제44조 제1항의 규정을 적용함에 있어서 현실적으로 퇴직하지 아니한 임원 또는 사용인에게 지급한 퇴직급여는 당해 임원 또는 사용인이 현실적으로 퇴직할 때까지 이를 영 제53조 제1항의 규정에 해당하는 것으로 본다.

(4)소득세법

제22조 (퇴직소득) (2012.1.1 신설) 임원의 퇴직소득금액이 다음 계산식에 따라 계산한 금액을 초과하는 경우에는 제1항에도 불구하고 그 초과하는 금액은 근로소득으로 본다.