가. 청구법인은 1984.2.1.「군인공제회법」(이하 “공제회법”이라 한다)에 의하여 군인 및 군무원에 대한 효율적인 공제(共濟) 제도를 확립함으로써 군인 및 군무원의 생활안정과 복지증진을 도모하고 국군의 전력(戰力) 향상에 이바지함을 목적으로 설립된 비영리법인으로, 2012사업연도 법인세 신고시 목돈수탁저축사업 및 퇴직급여사업의 부담금(회원들이 납부한 원금성격의 금원으로 이하 “부담금”이라 한다)과 부가금(청구법인이 부담금에 더하여 회원들에게 지급하는 금원으로 이하 “부가금”이라 하고, 이중 퇴직급여사업의 부담금에 더하여 지급하는 부가금을 “쟁점부가금”이라 한다)을 자본금으로 처리하고 장래에 지급할 이자는 고유목적사업준비금으로 손금으로 계상하고 손금산입 한도를 초과하는 OOO손금불산입하였다.

나. 청구법인은 2018.3.29. 회원에게 지급하는 쟁점부가금은 부담금 납부에 대한 대가로 회원들에게 지급되는 것으로 차입금의 이자와 마찬가지로 자금조달비용의 성격을 갖는 것으로 이를 손금불산입한 OOO손금에 산입하여 줄 것을 청구하였으나, 처분청은 2018.6.4. 쟁점부가금 지급은 고유목적사업에 해당하여 수익사업의 손금산입은 불가한 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.8.28. 이의신청을 거쳐, 2019.2.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

쟁점부가금은 수익사업의 손금에 해당하므로 이를 손금에 산입함이 타당하다.

(1) 퇴직급여사업을 통하여 발생한 매출은 수익사업으로 과세되므로 이에 대응하는 수익사업의 비용으로 손금산입되어야 한다.

(가) 청구법인은 목적사업을 수행하기 위하여 회원이 납부한 부담금(회원퇴직급여, 목돈수탁저축) 등을 재원으로 하여 사업을 영위하고 있고, 해당 사업 매출액은 「법인세법」제3조 제3항의 ‘이자, 배당, 양도소득, 기타소득 등’에 해당하여 수익사업으로 과세되고 있다. 이러한 상황에서 청구법인의 쟁점부가금은 부담금 납부에 대한 대가로 차입금에 대한 이자와 유사한 형태(부담금, 납입기간, 약정이율에 따라 산출)로 회원들에게 지급되고 있으므로 수익사업에 대응하는 비용으로 수익사업의 손금으로 분류되어야 한다.

(나) 만약 쟁점부가금이 손금으로 인정받지 못한다면, 공제회의 매출 전액이 수익사업으로 과세됨에도 불구하고(비수익사업으로 처리되는 매출액이 전혀 없음) 당해 매출을 위하여 소요되는 비용인 부가금은 전액 비수익사업으로 처리되는 불합리한 결과가 도출된다.

(2) 회원이 수취하는 부가금이 이자소득에 해당한다면 이에 대응되는 청구법인의 비용은 당연 이자비용으로써 손금 인정되어야 한다.

회원이 부가금을 초과하여 지급받은 부가금은 ‘직장공제회 초과반환금’으로 「소득세법」제16조 제1항 제10호에 따른 이자소득에 해당한다. 회원이 지급받는 부가금이 이자소득에 해당한다면 이를 지급하는 청구법인은 이자비용을 지출한 것으로 보는 것이 세법상 체계에 부합한다고 보여진다.

(3) OOO경우 청구법인과 동일한 성격의 부가금을 행정소송 1심과 2심에서 수익사업의 손금으로 인정받은 바 있다.

청구법인과 유사한 OOO경우 청구법인과 동일한 성격을 지닌 부가금에 대하여 세무상 관례에 따라 비수익사업의 비용으로 처리하던 것을 수익사업의 손금으로 인정해 달라는 소송을 제기한 바 있다. 법원은 1심과 2심 모두 OOO주장을 수용하여 쟁점부가금을 손금으로 인정하였고, 현재는 3심에 계류 중이다.

나. 처분청 의견

쟁점부가금은 고유목적사업의 지출로 봄이 타당하므로 이를「법인세법」상 손금으로 인정하여 달라는 청구주장은 타당하지 않다.

(1) 청구법인의 퇴직급여사업은 노후 또는 퇴직 후의 소득보장을 위하여 가입회원 전체를 수혜대상으로 하는 기금조성 및 급여사업으로서 「법인세법 시행령」제2조 제5호 나목에 의거 비영리법인의 수익사업에서 제외된다.

(가) 일반적으로 ‘공제제도’란 특정 목적으로 조직된 단체의 소속구성원간의 상호부조를 위해 운영되는 제도를 의미한다(시사경제용어사전, 기획재정부, 2010.11.).

(나) 한국표준산업분류표상 ‘공제업’은 노후나 퇴직 후에 소득보장을 목적으로 공제기금을 갹출하고 이를 관리 및 급여하는 산업활동을 말한다(한국표준산업분류, 통계청, 1991).

(2) 청구법인의 퇴직급여사업은 일정 목적을 위해 기금을 조성하여 이를 운영한 후 일정한 금원을 지급한다는 점에서 영리법인의 연금보험업과 기본구조가 동일하다.

그러나 공제업 중 기금조성 및 급여사업을 비수익사업으로 규정한 취지는 공제사업 수행을 위한 자금유입액 중 회원부담금 수취시 익금으로 과세하지 않고 이에 대응하는 회원에 대한 급여금을 손금에 산입하지 않기 위한 것으로 보인다.

(3) 고유목적사업으로서 공제업은 회원으로부터 납입받은 부담금을 익금에서 제외하는 동시에 지급하는 급여금도 손금에서 제외함으로써「법인세법」상 혜택을 부여한 것이다.

동시에 회원이 부담금을 초과하여 지급받은 부가금은 ‘직장공제회 초과반환금’으로 과세하여「소득세법」상 혜택을 주고 있으므로 「법인세법」상 비수익사업에서 지출한 비용을 수익사업의 손금으로 처리할 수는 없다.

(4) 청구법인은 회원에게 퇴직급여(부담금+부가금)를 지급하는 것을 그 주된 목적사업으로 하고 있으므로 쟁점부가금은 청구법인의 고유목적사업비로 보는 것이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 퇴직급여사업을 통하여 공제회 회원들에게 지급하는 쟁점부가금이 고유목적사업의 지출이 아닌 수익사업의 손금에 해당하는지 여부

나. 관련 법령

(1) 법인세법

제3조(과세소득의 범위) ③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

1. 제조업, 건설업, 도매업·소매업, 소비자용품수리업, 부동산·임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

2. 「소득세법」 제16조 제1항에 따른 이자소득

3. 「소득세법」 제17조 제1항에 따른 배당소득

4. 주식·신주인수권(新株引受權) 또는 출자지분(出資持分)의 양도로 인하여 생기는 수입

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

6. 「소득세법」 제94조제1항제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인하여 생기는 수입

7. 제1호부터 제6호까지의 규정 외에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령으로 정하는 것

제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제29조(고유목적사업준비금의 손금산입) ① 비영리내국법인(法人으로 보는 단체의 경우에는 대통령령이 정하는 단체에 한한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금(이하 이 條에서 "固有目的事業등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.

1. 소득세법 제16조 제1항 제1호 내지 제11호의 규정에 의한 이자소득금액

2. 소득세법 제17조 제1항 제5호의 규정에 의한 증권투자신탁수익의 분배금

3. 특별법에 의하여 설립된 비영리내국법인이 당해 법률에 의한 복지사업으로서 그 회원 또는 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액

4. 제1호 내지 제3호외의 수익사업에서 발생한 소득에 대통령령이 정하는 율을 곱하여 산출한 금액

⑥ 제1항의 규정에 의한 고유목적사업의 범위, 수익사업에서 발생한 소득의 계산등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제113조(구분경리) ① 비영리법인이 수익사업을 영위하는 경우에는 자산·부채 및 손익을 당해 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 한다.

(2) 법인세법 시행령

제2조(수익사업의 범위) ①「법인세법」(이하 “법”이라 한다) 제3조 제3항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 "한국표준산업분류"라 한다)에 의한 각 사업중 수익이 발생하는 것을 말한다. 다만, 다음 각 호의 사업을 제외한다.

5. 연금 및 공제업중 다음 각목의 사업

가. 「국민연금법」에 의한 국민연금사업

나. 특별법에 의하거나 정부로부터 인가 또는 허가를 받아 설립된 단체가 영위하는 사업(기금조성 및 급여사업에 한한다)

제19조(손비의 범위) 법 제19조 제1항에 따른 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

7. 차입금이자

제56조(고유목적사업준비금의 손금산입) ① 법 제29조 제1항 각 호 외의 부분 본문에서 “대통령령으로 정하는 단체”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 단체를 말한다.

1. 제36조 제1항 제1호에 해당하는 단체

3. 법령에 의하여 설치된 기금

③ 법 제29조 제1항 제4호에서 “수익사업에서 발생한 소득”이란 해당 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액(고유목적사업준비금과 법 제24조 제2항에 따른 기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 말한다)에서 법 제29조 제1항 제1호부터 제3호까지의 규정에 따른 금액 및 법 제13조 제1호에 따른 결손금과 법 제24조 제2항에 따른 기부금을 뺀 금액을 말한다.

⑤ 법 제29조 제1항에서 “고유목적사업”이라 함은 당해 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업외의 사업을 말한다.

⑥ 법 제29조 제1항부터 제4항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다.

2. 특별법에 의하여 설립된 법인(당해 법인에 설치되어 운영되는 기금중 「국세기본법」 제13조의 규정에 의하여 법인으로 보는 단체를 포함한다)으로서 건강보험·연금관리·공제사업 및 제2조 제1항 제8호에서 규정된 사업을 영위하는 비영리내국법인이 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 법령에 의하여 기금 또는 준비금으로 적립한 금액

제156조(구분경리) ① 법 제113조 제1항부터 제5항까지의 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산·부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 구분경리하여야 한다.

(3) 군인공제회법

제1조(목적) 이 법은 군인공제회를 설립하여 군인 및 군무원에 대한 효율적인 공제(共濟) 제도를 확립함으로써 군인 및 군무원의 생활안정과 복지증진을 도모하고 국군의 전력(戰力) 향상에 이바지함을 목적으로 한다.

7조(회원의 자격 및 권리ㆍ의무) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사람은 공제회의 회원이 될 수 있다.

1. 「군인사법」에 따른 하사 이상의 군인

2. 「군무원인사법」에 따른 군무원

3. 그 밖에 정관으로 정하는 사람

② 회원은 정관으로 정하는 바에 따라 부담금을 납부하고 공제회의 운영에 협조할 의무를 진다.

③ 회원은 정관으로 정하는 바에 따라 급여를 받고, 공제회의 운영에 참여하며 복지시설을 이용할 권리 등을 가진다.

④ 회원이 그 자격을 상실하거나 그의 의사에 따라 공제회를 탈퇴한 경우에는 본인이 납부한 부담금의 반환을 청구할 권리를 가진다.

제14조(사업) ① 공제회는 그 목적을 달성하기 위하여 다음 각 호의 사업을 한다.

1. 회원에 대한 급여의 지급

2. 회원을 위한 복지ㆍ후생 시설의 운영

3. 그 밖에 회원을 위한 복지ㆍ후생 사업

② 공제회는 그 목적을 달성하기 위하여 필요한 범위에서 수익사업을 할 수 있다.

제15조(자본금) ① 공제회의 자본금은 회원의 부담금과 정부보조금으로 한다.

② 제1항의 정부보조금은 공제회의 보호ㆍ육성을 위하여 필요한 경우에만 지급할 수 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 쟁점부가금과 관련하여 2012사업연도에 설정한 고유목적사업준비금 설정내역은 다음 ＜표1＞과 같다.

＜표1＞ 청구법인의 쟁점부가금 관련 고유목적사업준비금 내역

(단위 : 백만원)

(2) 청구법인은 2018.3.29. 쟁점부가금이 「법인세법」상 수익사업의 손금에 해당함에도 동 부가금을 수익사업부문의 손금으로 산입하지 아니하였다는 사유로 처분청에 2012사업연도 법인세 OOO의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였고, 당시 제출한 2012사업연도 과세표준 및 세액의 경정청구 현황은 아래 ＜표2＞과 같다.

＜표2＞ 청구법인의 경정청구 현황

(단위 : 백만원)

(3) 처분청은 2018.4.26. 청구법인의 다른 사건의 법원판결(대법원 2018.4.12. 선고 2017두75798 판결)에 따른 이월결손금 변경으로 2012사업연도 법인세 OOO백만원을 환급결정하여 경정청구세액은 OOO백만원에서 OOO백만원으로 변경되었다.

(4) 청구법인 정관의 주요내용은 다음과 같다.