2. 소송비용은 피고가 부담한다.

다음의 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑1, 2, 3, 6호증, 을1, 2호증, 을4호증의 1 내지 4, 을7호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다.

가. 주식회사 ○○로직(이하 '소외 회사'라고 한다)은 1998. 4. 2. 반도체칩 및 관련제품 설계, 제작 및 판매업 등을 영위할 목적으로 설립된 법인이다.

나. 소외 회사의 대표이사이자 최대주주인 황○수는 2002. 11. 1. 자신이 보유하고 있는 주식 중 30,000주(액면가 5,000원, 이하 '이 사건 주식'이라고 한다)를 소외 회사의 부사장으로 재직 중이던 원고에게 1주당 1,000원에 양도하였는데, 소외 회사의 주식은 2004. 1. 21. 1주당 액면가 5,000에서 1주당 500원씩 10주로 분할되었고 2004. 8. 13. 한국증권업협회에 등록되었다.

다. 피고는 소외 회사의 주식이 등록된 날부터 3월이 되는 날인 2004. 11. 13.을 기준으로 이 사건 주식의 가액에서 당초의 취득가액과 기업가치의 실질적인 증가로 인한 이익의 합계액을 공제한 차액이 당초 취득가액보다 30% 이상 상승하였다는 이유로 원고가 상속세 및 증여세법(2002. 12. 18. 법률 제6780호로 개정되기 전의 것, 이하 '상속세및증여세법'이라고 한다) 제41조의3 제1항의 규정에 따라 위 주식의 등록에 따른 이익을 증여받은 것으로 보고, 2006. 8. 1. 원고에게 아래와 같이 산출한 2004년 귀속 증여세 5,542,338,930원을 경정ㆍ고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라고 한다).

라. 원고는 이에 불복하여 2006. 11. 6. 국세심판원에 심판청구를 하였으나, 2007. 7. 30. 기각되었다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 아래와 같은 이유로 이 사건 처분이 위법하다고 주장한다.

(1) 상속세및증여세법 제41조의3의 조항은 고액재산가의 변칙적인 부의 세습을 방지하고자 하는 목적이나 변칙적인 부의 세습과는 아무런 관련 없이 회사의 최대주주와 임원과의 주식거래에 대해서까지 특수관계인간의 거래로 규정함으로써 본질상 증여를 목적으로하는 거래라고 할 수 없는 주식매매거래에 대하여서도 일률적으로 증여세를 과세하도록 규정하여 헌법상 과잉금지의 원칙을 위배하여 국민의 재산권을 침해하는 것이고, 상속세및증여세법 제41조의3의 위임을 받은 같은 법 시행령(2002. 12. 5. 대통령령 제17791호로 개정되기 전의 것) 제31조의6 제5항은 취득한 주식이 비상장주식인 경우에 기업가치의 실질적인 증가로 인한 이익을 산정함에 있어서 일률적으로 순손익액을 기초로 한 금액만으로 계산하도록 규정하고 있고, 이로써 주식회사 ○○창업투자(2004. 4. 30. 상호가 'KB창업투자'로 변경되었다. 이하 '○○창투'라고 한다)와 같은 전문성을 가진 투자회사의 매매거래사례에 의하여 확인될 수 있는 기업가치의 실질적인 증가로 인한 이익계산 방식을 배제하는 규정형식을 취하고 있는바, 이는 실질에 부합되지 않는 비합리적인 계산방식이라고 할 것이다.

(2) 원고는 내부정부를 이용하여 등록에 따른 시세차익을 얻을 목적으로 이 사건 주식을 취득한 것이 아니고(당시 소외 회사의 사정에 비추어 볼 때 황○수는 이 사건 주식 양도 당시 상속세및증여세법 제41조의3 제1항의 규정에 정한 '기업의 경영 등에 관하여 공개되지 아니한 정보를 이용할 수 있는 지위에 있다고 인정되는 최대주주 등'에 해당하지 아니한다), 이 사건 주식을 취득한 후 원고를 포함한 소외 회사의 임ㆍ직원들이 노력한 결과 소외 회사의 주식이 등록됨으로써 이 사건 주식의 가치가 증가한 것이므로 이러한 경우에도 상속세및증여세법 제41조의3의 규정을 적용하여 이에 대해 증여세를 부과하는 것은 부당하다.

(3) 원고는 2003. 3. 31. 이 사건 주식 중 1,000주를 ○○창투에 양도하고 등록시에는 이를 보유하고 있지 아니하여 이에 대하여는 등록으로 이익을 얻은 바 없으므로, 이 부분에 대한 증여세 상당액은 부당하게 부과한 것이다.

(4) 원고는 황○수로부터 이 사건 주식을 취득하는 조건으로 이미 부여받았던 주식매수선택권 5,750주 중 5,500주를 포기하였으므로 등록이익을 산정함에 있어서는 30,000주에서 위 5,500주를 제외하여야 할 것임에도 불구하고 이 사건 주식 전체를 기준으로 등록이익을 산정하였다.

나. 관계법령

상속세 및 증여세법 제22조 (금융재산 상속공제)

상속세 및 증여세법 제41조의3 (주식 또는 출자지분의 상장등에 따른 이익의 증여의제)

상속세 및 증여세법 제63조 (유가증권등의 평가)

상속세 및 증여세법 시행령 제19조 (금융재산 상속공제)

상속세 및 증여세법 시행령 제31조의6 (주식 또는 출자지분의 상장등에 따른 이익의 증여의제)

상속세 및 증여세법 시행령 제56조 (1주당 최근 3년간의 순손익액의 계산방법)

다. 인정사실

다음의 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑3호증, 갑5호증의 1 내지 8, 갑6 내지 11호증, 갑20, 21, 22, 25, 26호증, 갑30호증의 1, 2, 갑34호증의 1 내지 22, 갑35호증의 1 내지 9, 을2, 3호증, 을4호증의 1 내지 4, 을5호증의 1, 2, 3, 을7호증의 각 기재와 증인 황○수의 일부 증언에 변론 전체의 취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다.

(1) 소외 회사는 1998. 4. 2. 반도체칩 및 관련제품 설계, 제작 및 판매업 등을 영위할 목적으로 2억 원의 자본금으로 설립되어 몇 차례의 증자를 거쳐 2002.말을 기준으로 자본금이 22억 9천만 원에 달하였으나, 2001. 약 8억 1천 9백만 원, 2001. 약 15억 6천만 원의 당기순손실이 발생하는 등 거듭된 손실로 누적결손금이 27억 6천 8백만원에 이르는 등 어려운 상황에 처하였다.

(2) 소외 회사의 대표이사이자 최대주주인 황○수는 임ㆍ직원들의 근로의욕과 등기를 고취하기 위하여 2002. 11. 1. 원고를 비롯한 임ㆍ직원 12명에게 자신이 보유하고 있던 소외 회사의 주식 68,300주를 1주당 1,000원에 양도하였는데, 당시 추가적인 공로가 인정되는 임ㆍ직원이나 장래 입사하게 될 임ㆍ직원들에게 배분해 줄 주식매수선택권 분량을 확보해두기 위하여 위 주식을 양도받는 임ㆍ직원들에게 이미 부여받았던 주식매수선택권을 포기할 것을 요구하여 위 양도 당시 그들로부터 그와 같은 내용의 확인서를 작성하여 제출받았다.

(3) 이에 따라 원고도 황○수로부터 2002. 11. 1. 이 사건 주식을 1주당 1,000원에 양수하였는데, 원고가 2000. 12. 29.자 주주총회에서 소외 회사로부터 이미 부여받은 주식매수선택권 5,750주 중 5,500주를 포기하는 내용의 확인서를 작성하여 소외 회사에게 제출하였다.

(4) 한편, 원고와 소외 회사 사이에 2000. 12. 29. 체결된 주식매수선택권 부여계약서의 내용은 다음과 같다.

제4조 (주식매수선택권 행사내용

주식매수선택권의 행사내용은 다음 각 호와 같이 한다.

1) 대상주식 : 소외 회사의 기명식 보통주식

2) 부여수량 : 5,750주

3) 부여방법 : 주식매수선택권 행사시 신주교부, 자기주식 교부, 주식매수선택권의 행사가격과 시가와의 차액을 현금 또는 자기주식으로 지급하는 방법 중 회사의 사정에 따라 이사회에서 결정한다.

4) 행사가격 : 액면가 5,000원을 기준으로 하여 7,500원으로 한다.

5) 행사기간 및 행사수량에 대하여는 다음 각 목과 같이 한다.

① 의무보유기간은 2000. 12. 29.부터 2003. 12. 28.까지 3년간으로 한다.

② 행사기간은 2003. 12. 29.부터 2008. 12. 28.까지 5년으로 하며, 행사수량의 경우 행사기간의 1차년도, 2차년도, 3차년도에 각각 전체 부여수량의 20%, 30%, 50%의 스톡옵션을 행사할 수 있으며, 3차년도 이후 행사기간 종료시점 내에 미행사 잔여분을 행사할 수 있다.

③ 전목의 행사에 있어 3년이 경과한 후에 퇴직하는 경우에는 퇴직일로부터 3월 이내에 권하는 행사하여야 한다.

6) 권리의 소멸

제2목 및 제3목의 권한행사에 있어 행사기간 종료 후가지 행사되지 않은 주식매수선택권은 소멸하는 것으로 한다.

(5) 한편, 원고는 200. 1. 1. 당시 소외 회사의 주식 6,720주를 보유하고 있었고, 2002. 1. 31. 황○수로부터 소외 회사의 주식 4,000주를 양수하였으며, 2003. 3. 31. ○○창투에게 소외 회사의 주식 1,000주를 1주당 40,000원에 양도하였다(○○창투는 2003.경 위와 같이 원고로부터 위 주식을 양수하는 것을 비롯하여 소외 회사의 임ㆍ직원으로부터 소외 회사의 주식 20,000주를 1주당 40,000원의 가격으로 양수하였다).

(6) 그런데, 원고가 2003. 3. 31. 주식 1,000주를 양도함에 있어 2003. 4. 18. 피고에게 '소외 회사의 주식 1,000주를 1999. 12. 15. 1주당 1,000원에 양수하여 2003. 3. 31. 1주당 40,000원에 양도한다'는 취지로 양도소득세 신고서를 제출한 후 3,285,000원의 양도소득세를 신고ㆍ납부하였다.

(7) 서울지방국세청은 2006. 3. 20부터 2006. 5. 31.까지 소외 회사에 대하여 법인주식변동에 대한 세무조사를 실시한 결과, 황○수가 소외 회사의 주식을 한국증권업협회에 등록하기 전 3년 내인 2002. 11. 1. 원고에게 이 사건 주식을 1,000원에 양도한 사실을 밝혀내어 이를 피고에게 과세자료로 통보하였다.

(8) 피고는 원고의 이 삭너 주식의 등록이익에 대한 증여세를 산정함에 있어, 정산기준일(등록 후 3원, 2004. 11. 13) 현재 1주당 평가가액은 상속세및증여세법 제63조에 따라 평가기준일 이전ㆍ이후 각 2월의 한국증권업협회 기준가격인 35,431원으로 산정하였고, 1주당 기업가치 실질증가분은 상속세및증여세법 시행령 제36조의6 제5항, 제56조 제3항에 따라 소외 회사가 제출한 2002년 내지 2004년 법인세 신고서, 재무제표 및 세무조정계산서 등에 의해 계산한 소외 회사의 순손익액을 근거로 5,000원으로 산정하였다.

라. 판단

(1) 첫 번째 주장에 관한 판단

(가) 상속세및증여세법 제41조의3의 조항은 기업의 내부정부를 이용하여 한국증권거래소 상장 또는 한국증권업협회 등록에 따른 거액의 시세차익을 얻게 할 목적으로 최대주주 등이 자녀 등 특수관계자에게 비상장주식을 증여하거나 유상으로 양도함으로써 변칙적인 부의 세습을 가능하게 하거나 또는 수증자 내지 취득자가 이를 양도하지 아니하고 계속 보유하면서 사실상 세금부담 없이 계열사를 지배하는 문제를 해결하기 위해 그 차익에 대하여 적정 과세하는 취지로서 마련되었는바, 이 경우 향후 예상되는 상장 또는 등록이익의 크기는 비상장주식의 증여시점에는 제대로 평가할 수 없고 상장 또는 등록 후에나 가능하게 되므로 그 이익에 대한 평가를 유보하였다가 실제로 상장 또는 등록된 후 정확이 평가하여 당초의 비상장주식 증여가액을 상장주식평가액으로 수정하여 과세하는 제도라고 할 것이다.

(나) 따라서, 위 조항은 위와 같은 이법취지에 발맞추어 그 증여자의 범위로 기업의 경영 등에 관하여 공개되지 아니한 정보를 이용할 수 있는 최대주주 등이 증여하거나 양도하는 경우로 한정하고 있는바, 최대주주 등과 임원 사이에도 상장 내지 등록전에 비상장주식을 증여하거나 염가에 양도하는 방식으로 세금부담 없이 계열사 지배를 공고히 함으로써 건전한 기업경영을 저해할 위험이 적지 아니하므로 이러한 주식거래 후 나중에 이루어진 상장 내지 등록의 평가차익에 대해서 증여의제하여 과세하는 것이 그 입법목적의 정당성 및 수단의 적정성을 침해하여 헌법상 비례의 원칙을 위배하는 입법이라고는 볼 수 없다.

(다) 또한, 상장 내지 등록이익을 계산함에 있어서는 청산기준일 현재 해당주식의 평가액에서 비상장주식의 증여세의 과세가액 또는 취득가액을 차감하는 방식으로 하여야 할 것이나, 비상장주식의 증여 또는 취득으로부터 상장 또는 등록까지 상당한 시일이 소요되는 경우 그 기간 중에 주식발행법인의 경영성과 향상 등으로 인한 기업가치의 실질적인 증가이익이 포함될 수 있으므로, 이러한 기업가치의 실질적인 증가로 인한 이익을 차감하는 것이 필요하다.

그런데, 이러한 기업가치의 실질적인 증가로 인한 이익을 산정함에 있어 상속세및증여세법 제31조의6 제5항은 원칙적으로 해당 기업의 순손익액을 기준으로 산출하도록 규정하고 있는바, 이는 해당 기업의 경영성과를 반영하는 재무제표 등 자료를 바탕으로 하는 수치로서 비교적 공정하고 객관적으로 기업가치를 평가할 수 있다고 보이므로, 위 시행령 조항에 정한 이익 산정방식이 실질에 부합되지 않는 비합리적인 계산방식이라고도 볼 수 없다.

따라서, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(2) 두 번째 주장에 관한 판단

상속세및증여세법 제41조의3 제1항에 규정된 '기업의 경영 등에 관하여 공개되지 아니한 정보를 이용할 수 있는 지위에 있다고 인정되는 자'라 함은 그 사람의 직위와 업무, 주주현황, 회사의 지배구조 등에 비추어 기업의 경영 등에 관한 기업내부의 정보를 지득하여 이를 이용할 수 있는 지위에 있었음을 요할 뿐, 실제로 당시 기업내부에 그러한 정보가 있었는지, 특히 기업공개와 관련한 구체적인 계획이나 정보가 있었는지, 또는 실제 그 사람이 그러한 정보를 실제로 지득하여 이용하였는지 등을 요구하는 것은 아니다.

이와 달리 원고의 주장과 같이 위 조항 소정의 증여자의 의미를 해석함에 있어 상장내지 등록계획 등 기업공개나 회사 주식 가치의 변동을 일으킬만한 중대한 정보를 지득한 사람으로 해석할 특별한 이유를 찾아볼 수 없을 뿐만 아니라, 이러한 해석은 세법상의 엄격해석의 원칙에도 반하는 것이다.

따라서 당시 황○수가 원고에 이 사건 주식을 양도할 당시 소외 회사의 최대주주이자 대표이사로서 회사의 경영에 직접 관여하여 그 누구보다 소외 회사의 내부의 정보를 쉽게 지득하여 이용할 수 있었던 지위에 있었다고 인정되는 이상, 원고의 주장대로 당시 소외 회사의 경영실적이 악화되어 최대주주인 황○수로는 소외 회사의 주식 등록을 쉽게 예상할 수 없는 상황이었다고 하더라도 황○수가 상속세및증여세법 제41조의3 제1항의 규정에 정한 '기업의 경영 등에 관하여 공개되지 아니한 정보를 이용할 수 있는 지위에 있다고 인정되는 최대주주 등'에 해당하지 아니한다고 볼 수 없다.

따라서, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

(3) 세 번째 주장에 관한 판단

일반적으로 세금부과처분취소소송에 있어서 과세요건사실에 관한 입증책임은 과세권자에게 있다 할 것이나, 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀지면, 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한, 당해 과세처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다(대법원 1998. 7. 10. 선고 97누13894 판결).

그런데, 위 인정사실에 의하면 원고는 2003. 3. 31. 주식 1,000주를 양도함에 있어 2003. 4. 18. 피고에게 '소외 회사의 주식 1,000주를 1999. 12. 15. 1주당 1,000원에 양수하여 2003. 3. 31. 1주당 40,000원에 양도한다'는 취지로 양도소득세 신고를 제출한 사실을 인정할 수 있는 반면, 원고로서는 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 되지 못하는 사정을 충분히 입증하지 못하고 있으므로 결국 이 사건 주식 중에서 1,000주를 제외하지 아니하고 이 사건 주식 등록에 따른 이익을 산정한 것은 적법하다.

따라서, 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

(4) 네 번째 주장에 관한 판단

(가) 위 인정사실에 의하면 원고가 소외 회사에 대하여 주식매수선택권 5,500주를 포기하는 것을 조건으로 황○수로부터 이 사건 주식을 취득하였다고 봄이 상당하나, 원고와 황○수 사이에 합의된 위 주식매수선태권의 포기는 이 사건 주식을 당시의 거래가격보다 저렴하게 양수하는 것에 대한 대가였을 뿐(원고가 주식매수선택권을 포기한 것이 비록 소외 회사에 대한 관계에서이기는 하나, 이는 황○수의 요구에 의한 것으로서 이 사건 주식 양수와 경제적 합리성에 기한 대가관계에 있다고 할 것이다), 이 사건 주식의 등록 내지 상장을 염두에 두고 그 평가차익에 대한 대가로서 이루어진 것이라고는 보이지 아니한다.

따라서, 피고가 이 사건 주식의 등록이익을 산정함에 있어 '주식매수선택권 포기 조건없이 이 사건 주식을 취득한 경우의 등록이익과 주식매수선택권을 포기하여 이 사건 주식을 취득한 경우의 등록이익의 차액'을 등록이익에서 차감하여야 한다는 원고의 이 부분 주장(결국 이는 위 5,500주를 이 사건 주식의 등록이익을 산정함에 있어 제외하여야 한다는 주장과 같다)은 이유 없다고 할 것이다.

(나) 그러나, 상속세및증여세법 시행령 제31조의6 제3항은 정산기준일 현재 1주당 평가가액에서 취득일 현재의 1주당 취득가액을 공제하는 방식을 취하고 있는바, 앞서 본 바와 같이 원고는 이 사건 주식을 양수하기 위해 1주당 1,000원의 금액을 지급한 외에도 재산적 가치 있는 무형의 재산권인 위 주식매수선택권을 함께 포기하였고, 위 포기는 이 사건 주식의 취득과 실질적으로 대가관계에 있으므로 이 역시 원고가 지급한 취득대금과 함께 상속세및증여세법 시행령 제31조의6 제3항에 정한 '취득가액'에 포함되어야 할 것이다(권리확정주의를 취하고 있는 현행 소득세법제에 있어서는 주식매수선택권을 행사하여 주식을 취득함으로써 비로소 해당주식의 시가와 주식매수선택권 행사가액의 차액에 상당하는 경제적 이익이 확정 내지 현실화된다고 할 것이고 위 행사 시점에 그로 인한 소득이 발생한 것으로 보아야 할 것이나, 이는 과세의무자의 자의에 의하여 과세연도의 소득이 좌우되는 것을 방지함으로써 과세공평을 기함과 함께 징세기술상 소득을 획일적으로 파악하여 징수를 확보하려는 요청에 따른 것일 뿐이므로, 이로써 권리만 있고 주식을 사야 할 의무는 따르지 않는 일방적인 권리인 주식매수선택권 자체가 반드시 일정한 재산적 가치를 가진다는 사실을 부인할 수 없을 뿐만 아니라, 위와 같은 소득세법의 입법취지와는 달리 경제적 실질에 따라 정당하게 산정된 상장 내지 등록시세차익에 대하여 과세하는 것을 목적으로 하는 상속세및증여세법 제41조의3의 입법 취지에 비추어 볼 때도, 주식매수선택권의 공정시장가치를 취득가액에 반영하여 이를 근거로 그 평가차익을 산정하는 것이 타당하다).

따라서, 피고로서는 원고가 포기한 위 주식매수선택권의 공정시장가치를 이 사건 주식의 양수 당시를 기준으로 적절히 산출한 후 이를 이 사건 주식의 등록이익 산정을 위한 요소인 취득가액에 반영하여 이 사건 주식의 등록이익을 산정하여야 하였음에도 불구하고 이와 달리 보고 한 피고의 이 사건 처분은 위법하다(과세처분취소소송에 있어 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것으로서, 당사자는 사실심 변론종결시까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 하나, 이 사건에서는 이 사건 주식의 양도 당시 위 주식매수선택권의 공정시장가치를 산정할 수 있는 별다른 자료가 제출되어 있지 아니하여 정당한 세액을 산출할 수 없으므로 이 사건 처분 전부를 취소할 수밖에 없다).

3. 결 론

그러므로, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.