가. 청구법인은 2012.1.5. 창고업 등을 목적사업으로 하여 설립된 회사로, 2012.2.15. OOO를 매매로 취득한 후 「조세특례제한법」(2014.12.23. 법률 제12853호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제120조 제3항에 따라 창업중소기업이 해당사업을 하기 위하여 창업일로부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산에 해당하는 것으로 하여 취득세를 면제받았고, 이 건 토지 위에 창고용 건축물 16,060.85㎡(이하 “이 건 건축물”이라 하고 이 건 토지를 포함하여 “이 건 부동산”이라 한다)를 신축(사용승인일 : 2013.1.31.)한 후 같은 규정에 따라 취득세 등을 면제받았다.

나. 처분청은 청구법인이 이 건 건축물을 2015.1.9. 매각한 사실을 확인하고, 「조세특례제한법」제120조 제3항 단서의 ‘정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 해당 사업에 직접 사용하지 아니하고 처분하는 경우’에 해당하는 것으로 보아 취득세OOO을 2015.3.26. 부과·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2015.6.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 이 건 건축물의 최초 사용일은 2013.1.18.이 아닌 2012.11.23.인 사실이 OOO 직원 근태현황자료 등에 의하여 확인되므로, 청구법인이 이 건 건축물을 2년간 해당 사업에 직접 사용하지 아니하고 처분한 경우에 해당하는 것으로 보아 이 건 취득세 등을 과세한 것은 부당하다.

(2) 처분청은 청구법인 대표이사 OOO가 처분청 주택과에 제출한 자인서 등을 근거로 하여 이 건 건축물의 최초 사용일을 2013.1.18.로 보았으나,

해당 자인서 등은 당시 환경관련 기자가 이 건 부동산 중 창고 부분의 사용승인이 나지 않은 상황에서 이를 사용한다고 경찰서에 고발한 것에 대하여 형사책임 문제를 해결하기 위하여 작성하였던 것으로, 다른 증거자료에 의하여 이 건 건축물의 최초 사용일이 2012.11.23.인 사실이 확인됨에도 불구하고, 다른 사유로 작성한 자인서 내용으로 이 건 과세처분의 적법 여부를 판단하는 것은 적절하지 아니하다 할 것이다.

나. 처분청 의견

청구법인은 이 건 건축물의 최초 사용일은 처분청이 제시하는 최초 사용일인 2013.1.18.이 아니라 2012.11.23.이고, 이 건 건축물 등을 최초 사용일부터 2년 이상 사용한 후에 매각하였으므로 추징대상에 해당하지 아니하다고 주장하나,

창업중소기업의 사업용 재산으로 취득한 토지와 그 지상 건축물에 대한 취득세의 감면규정을 적용함에 있어서는 특별한 사정이 없는 한, 그 신축한 건축물에 대하여 사용승인을 받은 시점에 해당 사업에 직접 사용하는 것으로 봄이 상당하다 할 것이나, 그 신축 건축물에 대한 사용승인서 교부일 이전에 사실상 사용된 사실이 객관적 증빙에 의해 확인되어 신축 건축물의 취득시기를 사실상 사용일로 볼 수 있는 등의 특별한 사정이 존재하는 경우에는 「지방세특례제한법」제120조 제2항 단서 규정상 ‘사용일’을 사용승인일이 아닌 ‘사실상 사용일’로 보는 것이 관련 법령 해석상 타당하다 할 것(조심 2010지406, 2010.9.14. 같은 뜻임)이나,

청구법인이 주장하는 실제 최초 사용일이 2013.1.18.(2013.1.25.자 자인서), 2012년 12월말(2013.1.14.자 자인서), 2012.11.15.(2015.3.12.자 소명서), 2012.11.23.(심판청구 이유서) 등으로 상이한 점, 경비계약서 및 물류거래내역서 등으로 이 건 건축물의 실제 사용일이 명확히 인정된다 하기 어려운 점, 전력사용량의 경우 처분청에서 주장하는 최초 사용일 이후의 자료가 없어 청구법인이 주장하는 사전입주 기간과 사용량을 비교할 수 없는 점 등 청구법인이 제출한 자료만으로는 이 건 부동산을 2년 이상 사용하고 매각하였다고 인정하기는 어렵다고 할 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

이 건 건축물의 최초 사용일을 언제로 볼 것인지 여부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2014.12.23. 법률 제12853호로 개정되기 전의 것) 제6조 [창업중소기업 등에 대한 세액감면] ① 2015년 12월 31일 이전에 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 중소기업(이하 "창업중소기업"이라 한다)과 「중소기업창업 지원법」제6조 제1항에 따라 창업보육센터사업자로 지정받은 내국인에 대해서는 해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

③ 창업중소기업과 창업벤처중소기업의 범위는 다음 각 호의 업종을 경영하는 중소기업으로 한다.

18. 대통령령으로 정하는 물류산업(이하 "물류산업"이라 한다)

제120조 [취득세의 면제 등] ③ 2014년 12월 31일까지 창업하는 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 해당 사업을 하기 위하여 창업일부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 취득일부터 2년 이내에 그 재산을 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용·처분(임대를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)하는 경우 또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 해당 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다.

(2) 지방세법 시행령(2013.1.1. 대통령령 제24296호로 일부개정되기 전의 것) 제20조 [취득의 시기 등] ⑥ 건축물을 건축하여 취득하는 경우에는 사용승인서를 내주는 날(사용승인서를 내주기 전에 임시사용승인을 받은 경우에는 그 임시사용승인일을 말한다)과 사실상의 사용일 중 빠른 날을 취득일로 본다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실들이 나타난다.

(가) 청구법인은 2012.1.5. 법인을 설립하고, 2012.2.15. 이 건 토지를 취득한 후 2012.4.17. 이 건 건축물의 건축허가를 받았으며, 2012.5.30.을 착공예정일자로 하여 2012.6.4. 착공신고필증을 교부받은 사실이 확인된다.

(나) 청구법인은 2013.1.31. 이 건 건축물의 사용승인을 받은 후 2013.2.12. 취득세 신고를 하면서 「조세특례제한법」제120조 제3항에 따라 감면을 적용받았다.

(다) 청구법인은 2015.1.9. 이 건 부동산을 OOO 주식회사에 처분한 사실이 등기사항전부증명서에 나타난다.

(라) 청구법인의 대표이사는 이 건 건축물의 사용승인일 전에 사전입주한 사실과 관련하여 “청구법인은 OOO 주식회사와 계약된 물량을 2013.1.18.부터 입주시키고 있다”(2013.1.25. 작성)는 내용의 자인서를 작성하였고, 처분청 건축과 직원은 “청구법인이 사용승인 전인 2013.1.18.부터 사전 입주하여 건축법을 위반하였기에 고발하였다”는 내용의 진술서를 작성한 사실이 확인된다.

(마) 청구법인의 대표이사는 처분청의 과세예고통지에 대하여 OOO 주식회사와 2012.11.5. 체결한 물류대행계약서 등의 자료를 첨부하여 “이 건 건축물의 실제 사용일이 2012.11.15.”이라고 소명한 사실이 있다.

(바) 청구법인은 이 건 건축물의 최초 사용일이 2012.11.23.임을 주장하며 다음과 같은 증빙을 제출하였다

1) 청구법인은OOO로부터 발급받은 전자세금계산서 및 거래처원장을 제출하였다.

2) 청구법인은 OOO의 제품 및 상품을 갑이 지정하는 거래처에 원활하게 공급하기 위하여 갑은 을(청구법인)에게 업무를 위탁하고 을은 이를 수탁받아서 신의와 성실로 의무를 다하며 갑은 을에게 약정된 물류수수료를 지급한다”는 내용의 물류대행계약을 201211.5. 체결하였고, “계약기간은 갑의 입주기준일로부터 60개월, 입주기준일은 2012.11.15., 입주기준일은 갑의 상품이 이주되는 일을 기준으로 한다”는 내용이 물류대행계약서에 나타난다.

3) 청구법인은OOO는 내용의 게시물 및 오픈행사와 관련된 사진을 제출하였다.

4) 청구법인이 2012.11.22. OOO 이용계약서’에 나타난다.

5) 청구법인은 OOO에게 발급한 거래명세서를 제출하였다.

6) 청구법인은 냉장·냉동창고를 오픈일인 2012.11.23.부터 가동하기 위하여 온도를 낮추는 작업을 미리 하였다고 주장하며, 2012.11.6.～2012.11.17.(사용일)의 전기요금 내역 및 2012년 11월부터 2013년 12월까지 매월 전기사용량이 표시된 OOO의 전산화면을 제출하였다.

7) OOO 입주하여 새롭게 업무를 시작하였다”는 내용으로 작성한 사실확인서를 제출하였다.

8) 청구법인은 주식회사OOO를 제출하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인의 대표이사가 이 건 건축물에 대한 건축법 위반과 관련된 조사에서 이 건 건축물의 최초 사용일을 2013.1.18.이라고 자인하였고, 청구법인이 이 건 건축물의 사용승인일인 2013.1.31.을 취득일로 하여 취득세 신고를 하였던 점 등에 비추어 이 건 건축물의 실제 사용일이 불분명하다는 의견이나,

청구법인과 OOO 주식회사는 이 건 건축물에서 2012.11.23. 물류센터 오픈행사를 한 후 2012.11.23., 2012.11.24. OOO와 이 건 건축물에 대한 경비계약을 체결한 점, 이 건 건축물의 사용승인일(2013.1.31.) 전인 2012.11.6.부터 전기사용이 시작되었고, 이날부터 2012.11.17.까지의 전기사용량이 5,219kwh였다가, 2012.12월에는 58,479kwh로, 2013년 1월부터 12월까지의 사용량이 51,459～87,243kwh였던 점으로 보아 처분청이 이 건 건축물의 실제 사용일로 본 2013.1.18. 이전에 이미 이 건 건축물의 냉장·냉동보관시설이 가동중이었던 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 2012.11.23. 이 건 건축물을 최초로 사용한 것으로 보는 것이 타당하다 할 것이다.

따라서, 청구법인이 이 건 부동산을 최초 사용일부터 2년간 해당 사업에 직접 사용하지 아니하고 처분한 것으로 보아 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제123조 제4항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.