청구인은 2003.7.1. OO건설(주)(이하 “OO건설”이라 한다)와 OO택지개발조성공사 지하차도 구조물공사(이하 “쟁점공사”라 한다)의 하도급계약을 체결하고 지급받은 2003년 2기 공급가액 1,740,906천원(이하 “쟁점공사수입”이라 한다)의 공사비에 대하여 관련 부가가치세 등을 신고하지 아니하였다.

OO지방국세청장은 OO건설에 대한 법인세 통합조사를 실시하여 청구인이 쟁점공사수입의 매출과 관련한 부가가치세 등을 신고하지 아니한 사실을 확인하고 처분청에 과세자료를 통보하였다.

처분청은 위 과세자료에 따라 청구인을 사업자로 보아 부가가치세를 과세한 후, 쟁점공사수입을 사업소득으로보아 기준경비율에 의한 추계결정방법으로 소득금액을 계산하여 2008.5.6. 청구인에게 2003년 귀속 종합소득세 113,027,560원을 결정고지하였다.

처분청은 청구인이 2008.8.4. 제기한 이의신청에 대하여 재조사결정을 하였고, 재조사한 결과 추계에 의하여 결정한 당초 처분이 정당하다고 통보하는 한편, 추계결정당시 경비율 적용에 착오가 있음이 확인되어2008.12.3. 직권으로 67,394,250원으로 감액경정하였다.

청구인은 이에 불복하여 2009.2.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인의 수입금액은 OO건설과 청구인이 공사원가를 구체적으로 정산하여 계상한 계약정산합의서상 금액(1,914,996천원에서 부가가치세를 차감한 1,740,906천원)이고, OO건설에서 OO건설인력관리센타(OOOOOOOOOOOO)에게 직접 지급하고 교부받은 계산서상 노무비 142,308천원과 외국인 노동자에 대한 인건비가 전혀 산입되어 있지 아니하여 소득금액을 추계조사결정하여 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구인이 지급한 총공사비 중 70.8%를 차지하는 노무비의 증빙이 제대로 갖추어져 있지 아니하고 기타비용에 대한 증빙 또한미비한 이 건은 소득세법시행령 제143조 제1항 제1호에서 규정한 과세표준을 계산함에있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비한 경우인 만큼 추계결정 사유에 해당하며, 설사 청구인이 주장하는 공사원가를 인정한다 하더라도 필요경비 부인대상인 일부 미비한 증빙서류까지도 인정하여 준다 하더라도 부인되는 금액이 268,647천원으로 추계로 산정한 소득금액인 114,899천원을 초과하여 불리하게 되므로 청구인 주장을 받아들이지 아니하고 기준경비율에 의하여 추계로 소득금액을 산정하여 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점공사수입을 청구인의 사업소득으로 보아 기준경비율에 의하여 추계로 소득금액을 결정하고 종합소득세를 과세한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 부가가치세법

제2조【납세의무자】① 영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 재화(제1조에 규정하는 재화를 말한다. 이하 같다) 또는 용역(제1조에 규정하는 용역을 말한다. 이하 같다)을 공급하는 자(이하“사업자”라 한다)는 이 법에 의하여 부가가치세를 납부할 의무가 있다.

(2) 소득세법

제24조【총수입금액의 계산】① 거주자의 각 소득에 대한 총수입금액의 계산은 당해연도에 수입하였거나 수입할 금액의 합계액에 의한다.

② 제1항의 경우 금전 외의 것을 수입하는 때에는 그 수입금액을 그 거래 당시의 가액에 의하여 계산한다.

제27조【필요경비의 계산】① 부동산임대소득금액ㆍ사업소득금액ㆍ일시재산소득금액ㆍ기타소득금액 또는 산림소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입할 금액은 당해연도의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다.

② 당해연도전의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 당해연도에 확정된 것에 대하여는 당해연도 전에 필요경비로 계상하지 아니한 것에 한하여 당해연도의 필요경비로 본다.

제80조【결정과 경정】① 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제70조 내지 제72조 또는 제74조의 규정에 의하여 과세표준확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 때에는 당해 거주자의 당해연도의 과세표준과 세액을 결정한다.

③ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 당해연도의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 소득금액을 추계조사결정할 수 있다.

(3) 소득세법 시행령

제143조【추계결정 및 경정】① 법 제80조 제3항 단서에서 “대통령령이 정하는 사유”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우

2. 기장의 내용이 시설규모ㆍ종업원수ㆍ원자재ㆍ상품 또는 제품의 시가ㆍ각종 요금 등에 비추어 허위임이 명백한 경우

3. 기장의 내용이 원자재사용량ㆍ전력사용량 기타 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 경우

제145조【기준경비율 및 단순경비율】① 제143조 제3항의 규정에 의한 기준경비율ㆍ단순경비율 및 배율은 국세청장이 규모와 업황에 있어서 평균적인 기업에 대하여 업종과 기업의 특성에 따라 조사한 평균적인 경비비율을 참작하여 기준경비율심의회의 심의를 거쳐 결정한 경비율 및 배율로 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1)청구인이 2003.7.1. OO건설과 쟁점공사의 하도급계약을 체결하고지급받은 쟁점공사수입금액에 대하여 부가가치세 등을 신고하지 아니한 것에 대하여, 처분청은청구인을 사업자로 보아 부가가치세를과세한 후, 쟁점공사수입을 사업소득금으로보아 기준경비율에 의하여 추계로 소득금액을 계산하여 종합소득세 113,027,560원을 결정고지하였으나,이의신청에 따라 재조사한 결과 추계로 과세한 당초 처분이 정당하다고 통보하면서 추계결정당시 기준경비율 적용의 착오가 확인되어직권으로 고지세액을67,394,250원으로 감액경정한 사실이 과세관련자료에 나타난다.

(2) 처분청은 쟁점공사수입 중 70.8%를 차지하는 노무비 및 기타 비용의 지급에 대한 증빙이 아래와 같이 미비하여 추계결정방법으로 과세한 사실이 조사복명서 등에 나타난다.

(가)청구인이 제시한 장부에 의한 총수입금액은 1,979,072천원이나금융거래자료 등에 의하여 확인한 금액은 1,953,895천원이므로 25,177천원의 차이가 발생한다.

(나) 청구인의 총수입금액에 대응하는 경비 중 일용근로자 노무비 비중이 70.8%(1,401,873천원)로 대부분을 차지하고 있고, 청구인은 하도급자가 아니라 OO건설을 대신하여 공사비를 집행한 것이라는 주장에 대하여 청구인의 경우 부가가치세 사업자가 아니라는 주장에 대한 사실과 처분청이 사업자로 보아 이 건 부가가치세를 과세한 처분에 대하여는 논외로 하여야 하고, 처분청이 과세사업자로 보아 부가가치세를 과세한 쟁점 “OO택지개발공사현장”에 대한 OO건설에서 보관하고 있는 서류인 노무자들의 작업일수를기록한 출력일보, 이를 근거로 편지용지에작성한 월별비용 총투입내역서, 노무자별 인건비 내역서 및 OO건설이 작성한 노무비 명세서를 제시하고 있으나, 출력일보는 노무자 성명 및 작업일수만 기재되어 있고, 노무자별 인건비내역서는 노무자 성명, 근무일수, 단가, 금액만 기재되어 있어 인적사항을 확인할 수 없으며, 또한 노무비 지급을 입증할 만한 다른 증빙서류도 없어 청구인이 주장한 노무비를 인정하기 어렵고, 설사, OO건설이 작성한 노무비 명세서를 인정한다 하더라도 청구인이 작성하여 제출한 노무자별 인건비 내역서에는 노무자 중 OO건설이 작성한 노무비 명세서에는 없는 노무자 83명에게 지급한 199,152천원이나 추가되어 있어 그 만큼의 차이가 발생한다.

(다) 청구인은 처분청의 재조사 결과 제시한 OO건설에서 계상한 식대를 제외한 장비비와 철물 등의 기타 비용으로 452,054천원을 계상하였으나 세금계산서 발행분은 OO건설 명의로 세금계산서를 수수한 273,306천원에 불과하고, 지급 명목을 확인할 수 없어 경비로 인정하기 어려운 무통장입금액이 82,687천원으로 무통장입금액까지 인정한다 하여도 382,559천원으로 69,495천원의 차이가 발생한다.

(3) 청구인은 쟁점공사수입은 1,740,906천원(부가가치세 174,090천원 제외)이고, OO건설이 OOOO인력관리센타에 직접 지급한 인건비 142,308천원이 반영되어 있지 아니하므로 이를 필요경비에 추가로 산입하여야 한다고 주장하므로 이에 대하여 본다.

(가) 청구인과 OO건설이 2003.7.1. 체결한 쟁점공사 하도급계약서에는 공사명은 화성택지개발공사 구조물공사(지하차도)이고 공사기간은 2003.7.1.부터 2003.12.31.까지이며 공사대금은 1,960,526,770원(공급가액)이며 부가가치세는 없다고 약정되어 있다.

(나)청구인과 OO건설이 2004.6.24. 체결한 계약정산합의서를 보면, 당해 정산합의서는2003.7.1.자로 계약체결한 OO택지개발공사 구조물공사(지하차도)에 대한 정산합의서로서당초 계약금액은 1,960,526,770원이지만 정산금액은 1,914,996,749원이며, 청구인은 사업자등록이 되어 있지 아니하여 OO건설로부터 정산금액 1,914,996,749원을 청구하여 지급받았다는 내용이 약정되어 있다.

(다)OO건설 전직·현직 대표이사인 윤OO, 신OO이 2006.6.8. 연명하여 작성한 확인서를 보면,OO지방국세청 조사3과-434(2006.5.25.) 문서(대금지급 관련 서류 제출요구)와 관련한 내용으로 OO건설은 청구인에게 공사대금으로 2003년 457,000천원, 2004년 369,826천원, 2005년 21,436천원 합계 848,262천원을 지급하였다는 내용이 기재되어 있고, 당해 공사대금이 OO건설의 회계장부에 계상된 사실이 확인되고 있으며, 또한 OO건설 대표이사 신OO이 2006년 6월 작성한 확인서를 보면, OO건설은 청구인과 공사기간은 2003.7.1.부터 2003.12.31.까지, 공사금액은 1,914,996,749원으로 하는 OO택지개발조성공사 지하차도 구조물공사 하도급계약을 체결하고 공사대금을 지급한 사실이 있다는 내용이 기재되어 있다.

(라) 처분청의 조사확인내용에 의하면, 청구인은 OO건설로부터 2003년 9월부터 2004년 7월까지 32회에 걸쳐 쟁점공사수입 상당액인 2,076,043천원을 송금받아 대부분 당일 또는 다음날 인출한 사실이 확인되고, 이 중 368,247천원은 OO건설 명의로 거래처에 입금한 사실이 무통장입금증 등 금융거래자료에 나타난다고 조사되어 있다.

(마) 청구인이 제출한 출력일보, 월별비용 총투입내역서 및 노무자별 인건비 내역서를 보면, 출력일보는 청구인이 매일 쟁점공사현장에서 노무자들의 작업일수를 기록한 것으로 노무자 성명 및 작업일수만 기재되어 있고, 월별비용 총투입내역서 및 노무자별 인건비 내역서는 청구인이 출력일보를 근거로 편지용지에 작성한 것으로 월별비용 총투입내역서에는 인건비, 철물, 장비비, 경유, 크레인, 식대 등 항목별 비용내역이 기재되어 있으며, 노무자별 인건비 내역서에는 노무자 성명, 근무일수, 단가, 금액이 기재되어 있는 사실이 확인되는 바, 월별비용 총투입내역서 및 노무자별 인건비 내역서에 기재된 비용과 인건비 지급현황은 아래와 같다.

(OO O OOO)

(바) OO건설의 노무비 명세서는 OO건설이 쟁점공사현장을 포함한 현장별로 작성한 노무비 명세서로 노무자별로 작업일수, 노임, 식대, 소득세, 주민세, 외주비 항목으로 기재되어 있는 바, 처분청은 위 노무비 명세서와 청구인이 작성하여 OO건설에게 보고한 노무자별 인건비 내역서를 비교한 결과, 노무자 83명에게 지급한 금액 199,152천원 만큼의 차이가 발생하므로 객관적 증빙으로 인정할 수 없다는 의견(청구인이 작성한 노무자별 인건비 내역서에 83명의 노무자가 더 기재)인 반면, 청구인은 쟁점공사현장에서 외국인 노동자가 상당수 근무하였는데 이에 대하여 OO건설이 당해 외국인 노동자에게 지급한 인건비를 노무비대장에 어떻게 반영하였는지 확인할 수 없다고 주장하고 있어, 조세심판원에서2009.3.16. 당시 OO건설의 관리부장으로 재직한 조OO(OOO OOOOOOOOOOOO)에게 전화로 확인한 바, 쟁점공사현장에서 불법 체류자인 외국인 노동자가 상당수 일하고 있었지만 국내 거주자가 아니기 때문에 주민등록번호 등의 인적사항을 파악할 수 없었다는 취지로 진술하였다.

(사) OO건설은 쟁점공사와 관련하여 2003.12.18.부터 2004.10.31.까지 인력파견업체인 OOOO인력관리센타(OOO OOO OOO OOO OOOO)에 노무자 인건비로 142,308천원을 직접 지급하고 그에 대한 계산서(24매)를 교부받은 사실이 계산서에 나타나는 바, 처분청은 이 건 조사당시 당해 계산서 발행분 노무비인 142,308천원을 청구인의 필요경비에 반영하지 아니한 사실이 확인된다.

(4) 그렇다면, 처분청이 쟁점공사와 관련하여 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비하다 하여 추계결정방법으로 소득금액을 산정하여 과세한 처분은 잘못이 있고, 청구인의 수입금액은 쟁점공사 계약정산합의서상 공사대금 1,914,996,749원에서 부가가치세를 제외한 1,740,906,135원으로 보이고, 또한 OO건설이 OOOO인력관리센타에게 직접 노무자 인건비로 142,308천원을 지급한 것으로 보이므로 청구인의 소득금액 및 청구인이 지급한 노무자 인건비 등을 실지조사하여과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리한 결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.