2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 2002년 제2기 과세기간 동안 ∇∇시 ∇∇면 ∇∇리 산 66에 있는 주식회사 ☆☆☆☆☆☆(사업자등록번호 ○○○-81-○○095) 발행의 전기판넬 등 전기관련제품의 공급가액 합계 금 180,000,000원의 매입세금계산서(이하 '이 사건 각 세금계산서'라고 한다) 6매를 수취하여, 2000년 제2기분 부가가치세를 신고하면서 위 각 세금계산서의 부가가치세액을 매입세액으로 하여 매출세액에서 공제받았고, 또 2000 사업연도 법인세 과세표준을 확정신고하면서 위 각 세금계산서의 공급가액을 손금에 산입하였다.

나. 2005. 12. ∇∇세무서장이 위 주식회사 ☆☆☆☆☆☆를 자료상으로 고발하고 피고에게 그 과세자료를 통보하자, 피고는 이 사건 각 세금계산서를 실물거래 없는 가공의 세금계산서로 보아 가공세금계산서의 매입세액 공제를 부인하고, 그 공급가액을 손금불산입하여 과세표준을 경정한 후, 원고에게 2006. 8. 1. 2000 사업연도 법인세 금 109,248,700원을, 같은 달 17. 2000년 제2기분 부가가치세 금 41,517,000원을 각 추가로 부과하는 이 사건 각 처분을 하였다.

인정근거 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증의 각 1, 2, 갑 제3호증의 1 내지 6, 을 제1 내지 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 원고가 주식회사 ☆☆☆☆☆☆ 명의의 이 사건 각 세금계산서를 수취한 것은 사실이나, 이는 원고가 ※※전기 및 ★★전자로부터 전기관련제품을 매입하고 수취한 것이거나 또는 원고가 참여한 ●●지하철 공사의 노무비를 비용으로 처리하기 위하여 수취한 것으로 그 금액에 상응한 실물거래가 있으므로, 위 각 세금계산서 상당의 금액은 매입세액으로 공제되고, 손금 산입되어야 한다.

(2) 피고가 2006년에 이르러서 2000년도 제2기분 부가가치세 및 2000 사업연도의 법인세를 부과한 것은 국세부과의 제척기간 5년이 이미 경과한 후의 처분으로서 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에 있어 처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 관하여는 원칙적으로 과세관청인 피고가 그 입증책임을 부담하나, 납세의무자가 신고한 어느 비용 중의 일부금액이 실지비용이냐 아니냐가 다투어지고 과세관청인 피고에 의해 원고 측이 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 입증되었고, 원고가 그 신고내역대로의 비용지출은 아님을 시인하면서 같은 금액만큼의 다른 무엇인가의 비용 소요사실이 있었다고 주장하는 이상, 그 신고비용과 다른 비용의 존재와 액수에 관하여는 그 구체적 비용지출 사실에 관한 장부기장과 증빙 등 일체의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자 측에서 이를 입증할 필요가 있다(대법원 1997. 9. 26. 선고 96누8192 판결 등 참조). 그런데, 원고는 부가가치세 및 법인세 신고 시 주식회사 ☆☆☆☆☆☆로부터 수취한 세금계산서를 전기관련제품 매입금액의 증빙으로 제출하였다가 위 회사가 자료상으로 판명되자, 실물거래가 없었음에도 위 회사가 공급자로 되어 있는 사실과 다른 세금계산서를 수취한 사실은 인정하면서도 ※※전기 및 ★★전자로부터 전기관련제품을 매입하고 수취한 것이거나 또는 원고가 참여한 ●●지하철 공사의 노무비라고 주장만할 뿐 이를 객관적으로 인정할 만한 금융자료 등 아무런 증거도 제출하고 있지 아니하므로, 결국 이 사건 각 세금계산서는 실물거래 없는 가공의 세금계산서라고 볼 수밖에 없어, 이 점을 다투는 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

(2) 한편, 원고가 자료상으로부터 수취한 가공세금계산서를 부가가치세 및 법인세 신고 시에 매입세액 및 손금으로 산입한 것은 국세기본법(2006. 12. 30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 제1항 제1호의 '사기 기타 부정한 행위로서 국세를 포탈하거나 환급받는 경우'에 해당하므로(대법원 2006. 4. 13. 선고 2004도769 판결 등 참조) 원고에 대한 2000년 제2기분 부가가치세 및 2000 사업연도 법인세 부과의 제척기간은 그 각 신고기한 다음날인 2001. 4. 1부터 기산하여 각 10년이 되고, 이 사건 각 처분이 그로부터 10년이 경과하지 아니한 2006. 8. 1.과 같은 달 17.에 부과된 사실은 앞에서 본 바와 같으므로, 이에 대하여 제척기간 도과의 위법이 있다는 원고의 주장은 받아들이지 아니한다.

(3) 따라서, 이 사건 각 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

나. 관계 법령

부가가치세세법

○ 제17조 납부세액

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

○ 제21조 결정 및 경정

① 사업장 관할세무서장 · 사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 재출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때

법인세법(2007. 12. 31. 법률 제8831호로 개정되기 전의 것)

○ 제60조 과세표준 등의 신고

① 납세의무 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일부터 3월이내에 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

○ 제66조 결정 및 경정

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다름 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

국세기본법(2006. 12. 30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것)

○ 제26조의2 국세부과의 제척기간

① 국세는 다음 각 호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세방지를 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)의 규정에 의하여 상호합의절차가 진행 중인 경우에는 국제조세조정에 관한 법률 제25조에서 정하는 바에 따른다.

1. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급 · 공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간

2. 납세자가 법정신고기한내에 과세표준 신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

④ 제1항 각호의 규정에 의한 국세를 부과할 수 있는 날은 대통령령으로 정한다.

국세기본법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19893호로 개정되기 전의 것)

○ 제12조의3 국세부과제척기간의 기산일

① 법 제26조의2 제4항의 규정에 의한 국세를 부과할 수 있는 날은 다음 각 호의 날로 한다.

1. 과세표준과 세액을 신고하는 국세에 있어서는 당해 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한(이하 "과세표준 신고기한"이라 한다)의 다음날. 이 경우 중간예납 · 예정신고 및 수정신고기한은 과세표준 신고기한에 포함되지 아니한다. 끝.