2. 항소비용 중 보조참가로 인한 비용은 피고보조참가인이, 나머지 부분은 피고가 각 부담한다.

피고가 2009. 6. 9. 원고에게 한 농지보전부담금 104,985,900원의 부과처분을 취소한다.

2. 항소취지

제1심 판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다.

이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는, 제1심 판결 이유를 아래 2.항과 같이 고치는 외에는 제1심 판결문 해당 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항 , 민사소송법 제420조 에 의하여 이를 그대로 인용한다.

2. 고치는 부분

가. 제2면 제14행의 ‘농업협동조합법(이하, ’농협법‘이라 한다)’를 ‘농업협동조합법(2009. 6. 9. 법률 제9761호로 일부 개정되기 전의 것, 이하 ’농협법‘이라 한다)’로 고친다.

나. 제4면 제11행부터 제12행까지를 다음과 같이 고친다.

【 법률이 상호 모순 저촉되는지 여부는 각 법률의 입법목적, 규정사항 및 그 적용범위 등을 종합적으로 검토하여 합리적으로 판단하여야 하여야 할 것인바, 앞서 살펴 본 농협법 제8조 의 입법취지와 농지법 제34조 제1항 제1호 , 제38조 제1항 제1호 의 규정형식 등을 종합하여 보면, 농지법에 농업협동조합법 제8조 의 적용을 배제하는 법률적용 우선순위 등에 관한 특별한 규정이 없는 이상, 부과금 면제에 관한 특별법인 농협법 제8조 에 의하여 원고에 대하여는 부과금의 일종인 농지전용부담금을 부과할 수 없다고 할 것이다( 대법원 1995. 2. 3. 선고 94누 2985 판결 참조, 원고는 이 사건 토지 지상에 제1종 근린생활시설에 대한 건축허가를 받아 농지법 제34조 제1항 제1호 소정의 전용허가를 받은 것으로 의제되고, 농수산물 유통·가공 시설에 해당하는 위 시설은 같은 법 제38조 제5항 제3호 와 농지법 시행령 제52조 및 [별표 2] 제20호 소정의 ‘ 법 제35조 제1항 에 따라 농지전용신고를 한 시설’로서 농지보전부담금이 전액 감면되는 경우에 해당한다).

또한, 농협법이 앞서 살펴본 바와 같은 입법취지로 2000. 1. 28. 법률 제6256호로 새로이 제정되어 2000. 7. 1.부터 시행되고 있는 이상 신법 우선의 원칙에 따라 신법인 농협법 제8조 가 농지법 주1) 제38조 의 규정보다 우선하여 적용된다고 해석해야 할 것이다( 대법원 2008. 4. 24. 선고 2006두13473 판결 참조).

따라서, 이 사건 토지에 대한 농지보전부담금은 농협법 제8조 에 따라 면제되어야 할 것이므로, 이 사건 처분은 위법하다.】

3. 결 론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용한 제1심 판결은 정당하므로 피고의 항소를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

[별지 관계 법령 생략]

주1) 1949년 제정된 농지개혁법이 시행된 이후, ① 농지의 절대량 확보를 위하여 농지의보전및이용에관한법률(1975. 12. 31. 제정되어, 1976. 1. 31. 시행된 것)에서 농지전용시에 대체농지조성비를 징수할 수 있게 하였으나(제4조 제4항), ② 그것만으로는 농지의 절대량을 확보할 수 없게 되자, 농어촌발전 특별조치법(1991. 11. 22. 법률 제4400호로 일부 개정되어 1992. 1. 1. 시행된 것, 2009. 5. 27. 법률 제9717호로 폐지되었다)에 전용부담금을 신설하였고(제45조의2), ③ 농지법(1994. 12. 22. 법률 제4817호로 제정되어, 1996. 1. 1. 시행된 것)에 농지전용허가를 받는 자 등은 전용하고자 하는 농지에 상당하는 농지의 조성에 소요되는 비용(농지조성비)을 농지관리기금을 운용·관리하는 자에게 납입하도록 규정하였다가(제40조), 2005. 7. 21. 법률 제7604호로 농지법이 일부 개정되면서 농지조성비 제도가 농지보전부담금으로 개편되었으며{부담금관리 기본법(2005. 7. 21. 법률 제7604호로 개정된 것) 제3조, 별표 제24호 참조}, 2007. 4. 11. 법률 제8352호로 농지법이 전부 개정되면서 농지법 제38조로 조문이 변경되었고{부담금관리 기본법(2007. 4. 11. 법률 제8368호로 개정된 것) 제3조 별표 24호 참조}, ④ 농지법상의 농지조성비와 부과목적을 달리하는 농업·농촌기본법상의 농지전용부담금 제도는 2001. 12. 31. 법률 제6589호 부담금관리 기본법 부칙 8조 제3항에 의하여 삭제되었는바, 위와 같은 농지 보전을 위한 법적 규제의 변천과정을 살펴보면 농지법상의 농지조성비는 농지보전부담금과 동일한 부과 목적을 달성하기 위하여 마련된 제도라고 봄이 상당하고, 그렇다면 농지전용부담금 제도는 1996. 1. 1.부터 줄곧 시행되어 온 것이어서, 농협법이 신법에 해당한다.