가. 청구법인은 대OOOO OOO OOO OOOOO에서 철강제품 도·소매업을 영위하는 법인으로서 2005년 제2기～2006년 제1기 부가가치세확정신고시 조세특례제한법 제122조의 2에 따라 2005년 제2기 67,503,689원, 2006년 제1기 26,730,300원을 성실신고사업자에 대한 부가가치세 세액공제로 신고하였다.

나. 처분청은 청구법인이 2004년 제2기분 세금계산서 교부분에 대한 매출신고누락분을 부가가치세 수정신고한 후 무납부하여 경정고지된 사실을 확인하고 위 성실신고사업자에 대한 부가가치세 세액공제 적용을 배제하여 2006.10.11. 청구법인에게 부가가치세 2005년 제1기분 79,473,690원, 2006년 제1기분 30,351,500원을 경정고지 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2006.12.7. 이의신청을 거쳐 2007.3.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

처분청이 과세근거로 제시한 예규(OOOOOOO, OOOOOOOOO)에서 감면받은 부가가치세를 추징하도록 하는 대상은 ″부가가치세액을 감면 받은 후 성실신고 과세기간 이전 과세기간에 대한 매출세금계산서 누락이 발견되어 수정신고 하는 경우″이나 청구법인은 2005.2.28. 수정신고 후 2005년 제2기 및 2006년 제1기의 성실신고세액공제 감면을 받았으므로 이는 사실관계의 전후가 바뀐 경우의 질의회신으로 과세근거로 적용할 수 없는 것이며,

청구법인이 2004년 제2기분 부가가치세를 수정신고 후 무납부함에 따라 처분청이 부가가치세를 경정고지한 것은 단순히 확정된 납세의무에 대하여 무납부에 따른 과세관청의 조세채권에 대한 징수권을 행사한 것으로 이는 부가가치세법 제21조의 결정 및 경정이 아니므로 조세특례제한법 제122조의2 제1항 제4호에서 규정한 “당해 과세연도 등의 개시일부터 소급하여 1년이내에 세금계산서 미교부 등 대통령령이 정하는 사유로 인하여 부가가치세·소득세 또는 법인세를 결정 또는 경정받은 사실이 없을 것”의 성실신고사업자의 요건에 청구법인이 결격사유가 없음에도 당해 법조항에 근거하여 이 건 과세처분한 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1)청구법인은 2005.2.28. 수정신고 이후에도 2005년 제1기 예정분 및 2005년 제1기 확정분에 대하여 2005.8.10.부터 2006.2.27. 기간 중 2차례의 수정신고 및 경정청구를 하였고 경정청구 부분에 대하여는 처분청으로부터 2006.4.6.자에 과세표준과 세액을 경정결정 받아 세액을 환급받은 사실이 있는 바, 이와 같이 청구법인은 세금계산서교부(수취)분에 대하여 매출누락, 매출과다, 매입과소, 매입과다 등의 사유로 여러 차례에 걸쳐 수정신고 및 경정청구를 한 사실이 있으며 신고시에 본인이 스스로 세금계산서부분에 대한 세금계산서합계표불성실 가산세를 적용하여 신고하였다.

성실신고사업자에 대한 부가가치세 감면은 중소상공인의 거래의 투명성을 높이고, 성실신고·기장을 함에 따라 수입금액이 증가하는 경우 증가되는 수입금액에 대하여 조세지원특례를 적용함으로써 성실납세환경 조성을 목적으로 하고 있으며, 수정신고에 대한 무납부 고지의 경우에도 당초 수정신고 납부세액에 추가로 무납부 가산세가 부과되는 것이고 무납부한 부가가치세에는 세금계산서합계표불성실가산세 등이 포함되어 경정되는 것인바 이는 사업자의 신고에 의하여 확정된 부가가치세의 납부를 명하는 징수처분과 그 가산세의 부과 및 징수처분이 혼합된 처분(OOO OOOOOOOOOO OO OOO OOOOO OO)에 해당하는 것이므로 당해과세연도의 개시일부터 소급하여 1년이내에 부가가치세를 경정받은 청구법인에 대해 성실신고 사업자에 대한 세액공제를 적용 배제함은 정당한 것이다.

(2) 또한, 청구법인은 사업장을 이전한 사업자로 사업장 면적이 2004.6.17. 개업당시 36.61㎡에서 2005.06.12. 사업장이전시 180.0㎡로서 491.7%증가하였고 2006.6.14. 사업장이전시 578.85㎡로 1,581.1%증가하여 사업장의 면적이 직전 과세연도 또는 부가가치세법 제3조의 규정에 의한 과세기간보다 100분의 30이상 증가하였으므로 당초부터 성실신고 사업자의 과세특례 적용 제외대상에 해당한다.

뿐만 아니라, 청구법인은 2005사업연도 수입금액이 9,165,530천원으로업종별 기준 수입금액 6억원을 초과하여 2006연도에는 경감대상사업자에 해당하지 아니함에도 2006년 1기 부가가치세 확정신고시 성실신고사업자에 대한 세액공제 신청을 하였는바 적법한 세액공제 신청이 아닌 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

조세특례제한법 제122조의 2의 성실신고사업자 세액공제 적용대상 여부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법 제122조의 2【성실신고 사업자에 대한 소득세 등의 과세특례】① 다음 각호의 요건을 갖춘 사업자(당해 과세연도에 신규로 사업을 개시한 사업자의 경우에는 제1호ㆍ제4호 가목 및 제5호의 요건을 갖춘 사업자를 말한다)가 2007년 12월 31일이 속하는 과세연도 또는 부가가치세법 제3조의 규정에 의한 과세기간(이하 이 조에서 “과세연도 등”이라 한다)까지 발생한 소득세ㆍ법인세의 과세표준신고 또는 부가가치세의 확정신고를 하는 경우에는 제2항 내지 제8항의 규정에 따라 과세특례를 적용받을 수 있다. 이 경우 부가가치세에 대하여는 제3호 및 제5호를 적용하지 아니한다.

1.직전 과세연도(신규로 사업을 개시한 사업자의 경우에는 당해 과세연도)업종별 수입금액( 법인세법 제43조의 규정에 의한 기업회계기준에 의하여 계산한 매출액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이대통령령이 정하는 금액 미만일 것

2. 당해 과세연도등의 수입금액 또는 부가가치세법 제13조 및 동법 제26조의 규정에 의한 과세표준(이하 이 조에서 “과세표준”이라 한다)을 직전 과세연도등의 수입금액 또는 과세표준보다 100분의 30을 초과하여 신고할 것.다만, 사업장의 이전 또는 업종의 변경 등 대통령령이 정하는 사유에 의하여 수입금액 또는 과세표준이 증가하는 경우를 제외한다.

4. 수입금액 또는 과세표준을 신고함에 있어서 다음 각목의 1에 해당할 것

가. 업종과 규모를 고려하여 대통령령이 정하는 사업자의 경우에는 당해 과세연도 등의 신용카드 및 그밖에 대통령령으로 정한 방식에 의한 수입금액합계액 또는 과세표준 합계액(이하 이 목에서 “수입금액 등 합계액”이라 한다)의 직전과세연도 등의 수입금액 등 합계액에 대한 증가율이 업종별 특성을 고려하여 국세청장이 정하여 고시하는 증가율을 초과할 것

나. 가목외의 사업자의 경우에는 당해 과세연도등의 수입금액 또는 과세표준 중 세금계산서 또는 계산서 교부분이 직전 과세연도 등의 교부분 보다 증가하고,당해 과세연도 등의 개시일부터 소급하여 1년 이내에 세금계산서 미교부 등 대통령령이 정하는 사유로 인하여 부가가치세ㆍ소득세 또는 법인세를결정 또는 경정받은 사실이 없을 것

③제1항의 규정에 따른 요건을 갖춘 사업자는 다음 산식에 따라 계산한 금액을 부가가치세 확정신고시 과세기간의 부가가치세 납부세액에서 공제한다. 이 경우 경감대상과세표준은 직전 과세기간의 과세표준에 100분의 120을 곱하여 계산한 금액을 해당 과세기간에 신고한 과세표준에서 차감한 금액으로 한다. 다만, 각 과세기간의 공제세액이 해당 공제세액을 차감하기 전 각 과세기간의 납부할 세액[이 법 ㆍ국세기본법 및 부가가치세법에 따라 공제 또는 가산할 세액( 국세기본법 제47조의 2 내지 제47조의 5 및 부가가치세법 제22조의 규정에 따른 가산세를 제외한다)을 공제하거나 가산하여 계산한 세액을 말한다]을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분은 이를 없는 것으로 본다.

세액공제금액 ＝ 해당 과세기간의 경감대상과세표준 × 대통령령이 정하는 업종별 부가가치율(도매업 : 18%, 소매업 15%)×1/10 × 과세기간별 경감률(해당 과세기간을 포함하여 최초 2 과세기간 동안 100분의 100)

(2) 조세특례제한법시행령 제117조의 2【성실신고 사업자에 대한 소득세 등의 과세특례】① 법 제122조의 2 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 금액”이라 함은 소득세법시행령 제131조의 규정에 의하여 세무사가 작성한 조정계산서를 첨부하는 사업자에 대하여 국세청장이 정하여 고시하는 업종별 기준수입금액을 말한다.

② 법 제122조의 2 제1항 제2호 단서에서“대통령령이 정하는 사유”라 함은 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 사업장의 면적이 직전 과세연도 또는 부가가치세법 제3조의 규정에 의한 과세기간보다 100분의 50(사업장을 이전하는 경우에는 100분의 30) 이상 증가하는 경우

다. 사실관계 및 판단

청구법인은 성실신고사업자에 해당한다고 주장하므로 이를 살펴본다.

(1) 처분청의 관련 기록에 의하면,청구법인은 2004.6.17. OOOOO OOO OOO OOOOO OOOOOO OOOOO에서 철강제품 도소매업으로 개업한 후 2005.6.12. OOOOO OOO OOO OOOO로 사업장을 이전하였다가 2006.6.14. 현 사업장인 대OOOO OOO OOO OOOOO로 이전하였으며, 부가가치세확정신고시 성실신고사업자 세액공제액을2005년 제2기 67,503,689원, 2006년 제1기 26,730,300원으로 신고하였다.

(2) 또한, 청구법인의 부가가치세 수정신고 및 경정청구 내역은 2005.2.28. 2004년 제2기 확정신고분에 대한 매출누락 15,231,580원(처분청은 2005.4.5. 무납부 고지함), 2005.12.2. 2005년 제1기 예정분에 대한 과다매입66,353,970원, 2005.8.10. 2005년 제1기 확정분에 대한 과다매입 23,394,390원을 수정신고하였고, 2006.2.27. 2005년 제1기 확정분에 대한 과다매출 82,765,345원, 과소매입 38,187,800원의 경정청구를 제기하여 2006.4.6. 이에 대한 관련 세액을 환급을 받았다.

(3) 조세특례제한법 제122조의 2 제1항에 의하면, 성실신고 사업자에 대한 소득세 등의 과세특례를 적용 받기 위하여는 먼저, 당해 사업자는 직전 과세연도 업종별 수입금액 요건 및 사업장 요건에 적합하여야 하는데 동항 제1호에 의하여, 수입금액은 같은 법 시행령 제117조의 2 제1항 및 국세청장이 정한 기준수입금액(도소매업의 경우 6억원) 미만이어야 하고, 동항 제2호에서는당해 과세연도 등의 수입금액 또는 부가가치세법 제13조 및 동법 제26조의 규정에 의한 과세표준을 직전 과세연도 등의 수입금액 또는 과세표준보다 100분의 30을 초과하여 신고하되사업장의 이전 또는 업종의 변경 등 대통령령이 정하는 사유에 의하여 수입금액 또는 과세표준이 증가하는 경우를 제외한다고 규정하면서, 같은 법 시행령 제117조의 2 제2항에서는 사업장의 면적이 직전 과세기간보다 100분의 50(사업장을 이전하는 경우에는 100분의 30) 이상 증가하는 경우는 성실신고 사업자에 대한 과세특례 적용 제외대상으로 규정하고 있다.

(4) 처분청이 조사한 기록에 의한청구법인의 사업장이전 내역을 살펴보면, 2004.6.17. 개업당시 OOOOO OOO OOO OOOOO OOOOOO OOOOO(면적 : 36.61㎡)에서 2005.6.12. OOOOO OOO OOO OOOO(면적 : 180.0㎡)로 사업장을 이전하였다가 2006.6.14.현재의 사업장인 대OOOO OOO OOO OOOOO(면적 : 578.85㎡)로 사업장을 이전하여 사업장 면적이 개업당시 보다 현재 1,581.1% 증가하였다.

(5) 한편,청구법인은 2004.6.2.자 임대차계약서를 제시하면서 OO OOO OOO OOO OOOOO OOOOOO OOOOOO의 설립 당시 본점과 별도로 OOOOO OOO OOO OOOO번지의 705.5㎡를2004.6.2.부터 임차하여 창고로 사용하였으므로 2005.6.12. 사업장이전으로 인해 사업장 면적이 30% 이상 증가하지 아니하였다고 주장한다.

그러나 처분청이 청구법인의 위 항변사항에 대해 사실조사를 실시한 바, 처분청에 제출된 2005.6.24. 청구법인의 사업자등록정정신고서에 첨부된 임대차계약서(2005.4.19.)에는 위 대지 705.5㎡ 및 조립식키스톤 플레이트 지붕 단층 건물 180.0㎡를 2005.5.7.부터 2007.5.6.까지 보증금 20,000천원에 월세 1,540천원에 임차하였고 이 대지와 건물의 임차에 따라 2005.6.12.자로 법인등기부에 본점 소재지를 이전등기하였으며 등기완료 후 동 부동산임대차계약서를 첨부하여 2005.6.24. 처분청에 사업자등록정정신고서를 제출하고 그 정정된 사업자등록증을 교부받아 사업을 영위하였으며, 특약사항에 당시 세입자인 석OO이 2005.4.25.까지 공장안에 있는 모든 기물을 반환하거나 콘테이너는 임차인의 책임하에 두는 조건 등으로 약정되어 있고, 석OO은 국세청 전산자료를 조회한 바 비철도소매사업자로 확인되어 그 도 위 사업장이 필요한 사업자인 점 등에 비추어 청구법인이 제시한 2004.6.2.자 임대차계약서는2005.6.12.사업장 이전으로 인해 임대차계약을 체결하여 본점을 이전 한 후 소급하여 작성 제출한 것으로 그 진정성을 인정하기 어렵다.

따라서, 청구법인은 사업장면적이설립시 36.61㎡이었다가 사업장 이전으로 그 면적이 180.0㎡로서 491.7%가 증가하여 조세특례제한법 제122조의2 제1항 제2호 및 동법시행령 제117조의2 제2항 제1호에 따라 우선 성실신고사업자의 선결요건인 사업장요건에 적합하지 아니하므로 성실신고사업자의 세액공제적용배제 처분이 부당하다는 청구법인의 주장은 받아들일 수 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2007년 7월 16일

주심국세심판관

이 광 호

배석국세심판관

박 동 식

김 완 석

이 상 기