1. 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제105조 제2항 은 부동산의 취득에 관하여 민법 등 관계 법령의 규정에 의한 등기 등을 이행하지 아니한 경우라도 사실상으로 취득한 때에는 취득한 것으로 본다고 규정하고 있고, 여기서 ‘사실상 취득’이란 일반적으로 등기와 같은 소유권 취득의 형식적 요건을 갖추지는 못하였으나 대금의 지급과 같은 소유권 취득의 실질적 요건을 갖춘 경우를 말한다( 대법원 2001. 2. 9. 선고 99두5955 판결 등 참조). 한편 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 토지거래계약허가구역 내의 토지에 관하여 장차 허가를 받을 것을 전제로 매매계약을 체결하여 그 대금을 지급한 경우, 비록 그 매매계약이 허가를 받을 때까지는 법률상 미완성의 법률행위로서 효력이 발생하지 아니하지만, 그 후 허가를 받거나 그 토지가 토지거래계약허가구역에서 해제되었다면 그 매매계약은 소급하여 유효한 계약이 되므로, 취득세 부과에 있어서의 토지의 취득시기는 잔금지급일로 보아야 할 것이다.

2. 원심은, 주식회사 꾸메도시는 용인 중동 도시개발사업을 추진하기 위하여 토지거래계약허가구역 내에 있는 용인시 기흥구 (주소 생략) 일대 토지 196,360.9㎡(이하 ‘이 사건 토지’)를 매수하는 내용의 매매계약을 체결하고, 2006. 12. 29.부터 2007. 4. 19.까지 매도인에게 잔금 총 177,107,748,105원을 지급한 사실, 원고는 주식회사 꾸메도시의 발행주식 74,000주 중 37,740주를 취득하여 51%의 지분을 소유한 대주주였는데, 2007. 10. 9. 추가로 22,260주를 취득하여 총 60,000주, 지분으로는 81.08%를 소유하게 된 사실, 주식회사 꾸메도시는 이 사건 토지 중 일부에 대하여는 2009. 1. 8.과 2009. 1. 30.에 토지거래계약허가를 받았고, 그 나머지 부분은 2009. 1. 30. 토지거래계약허가구역에서 해제된 사실을 인정하였다.

원심은, 위 인정 사실에 터 잡아 피고가 구 지방세법 제105조 제6항 등에 따라 주식회사 꾸메도시의 과점주주인 원고가 2007. 10. 7. 주식 22,260주를 추가로 취득함으로써 당시 주식회사 꾸메도시가 잔금 지급을 완료해 놓은 이 사건 토지 중 증가된 주식의 비율 30.08% 만큼을 취득한 것으로 간주된다고 보고 원고에 대해 취득세 등을 부과·고지한 이 사건 처분에 대하여, 그 판시와 같은 이유를 들어 주식회사 꾸메도시는 원고가 주식을 추가로 취득한 2007. 10. 9. 이후로서 토지거래계약허가 또는 토지거래계약허가구역 해제 무렵인 2009. 1.경 이 사건 토지를 취득하였다고 보아야 하고, 따라서 이 사건 토지의 취득에 대하여는 구 지방세법 제105조 제6항 이 적용되지 않는다고 판단하였다.

3. 그러나 원심이 인정한 위와 같은 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 보면, 주식회사 꾸메도시가 이 사건 토지를 취득함에 따른 취득세 부과에 있어서는 그 취득시기는 주식회사 꾸메도시가 그 매매 잔대금을 지급한 날로 보아야 하므로, 주식회사 꾸메도시의 과점주주인 원고가 주식회사 꾸메도시의 발행주식 중 22,260주를 추가로 취득한 2007. 10. 7. 당시에는 이미 주식회사 꾸메도시가 이 사건 토지를 취득한 상태에 있었다고 보아야 할 것이다.

그럼에도 불구하고 원심은 과점주주인 원고가 주식회사 꾸메도시의 발행주식을 추가로 취득한 이후에 주식회사 꾸메도시가 이 사건 토지를 취득하였다고 보아야 한다는 이유로 이 사건 토지의 취득에는 구 지방세법 제105조 제6항 이 적용되지 않는다고 판단하였으니, 원심판결에는 토지거래계약허가구역 내의 토지 취득에 따른 취득세에 있어서 그 취득시기에 관한 법리를 오해한 위법이 있고, 이러한 위법은 판결에 영향을 미쳤음이 분명하다. 이를 지적하는 취지의 상고이유 주장은 이유 있으므로, 나머지 상고이유 주장에 대하여 나아가 판단을 할 필요 없이 원심판결은 파기를 면할 수 없다.

4. 이에 원심판결을 파기하고 사건을 다시 심리·판단하도록 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.