청구인은 90.8.17 일반과세 사업자로서 사업자등록을 한 후 91.2.28 경기도 광명시 OO동 OOOOO 소재 지하1층, 지상4층 건물(483.5평, 이하 “쟁점건물”이라 한다)을 신축 준공하였으며, 91.3.6부터 임대 개시하였고, 91.1기(91.3.6～91.6.30)중 공급대가는 5,983,998원이며 임대 개시이전에 건물신축에 따른 환급세액은 485,000,000원이었다.

처분청은 부가가치세법 제30조 제3항에 의하여 신규사업자는 사업이 개시한 날이 속하는 1역년의 공급대가의 합계액이 기준금액에 미달될 것으로 예상되는 때에는 과세기간 개시일 10일전 까지 과세특례포기서를 제출하여야 하나 청구인이 이를 제출하지 아니 하였고 91년 제1기 과세기간중 공급대가가 5,983,998원으로서 1역년의 환산 공급대가가 36,000,000원에 미달하므로 부가가치세법 시행령 제74조 제2항 및 제3항에 의하여 일반과세자에서 과세특례자로 전환되었다 하여 청구인이 환급받은 부가가치세에 대하여 “재고납부세액”을 계산을 하여 93.6.16 청구인에게 92년 제1기 부가가치세 39,316,570원을 고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 93.8.14 심사청구를 거쳐, 93.12.8 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

(1) 쟁점건물은 지하 107.6평, 지상 375.9평 합계 483.5평으로 처분청의 부가가치세 관리상 과세특례 적용이 배제되는 규모이다.

(2) 청구인은 일반과세사업자로 등록을 하고 부가가치세신고 및 납부를 하였는데도 사업자등록번호의 정정이나 과세특례자의 유형전환 통지도 없이 재고매입세액 납부처분은 부당하며, 소규모사업자를 보호하는 취지인 이 제도를 청구인에게 적용함은 부당하다.

(3) 청구인이 92.1.31 처분청으로부터 일반과세자 사업자등록증의 검열을 받았으므로 92.1.1부터 과세특례자의 적용을 받는다면 사업자등록증을 정정발급하여 주어야 하는데 그러하지 아니하였으므로 사업의 계속성과 과세유형이 정당한 것임을 인정하고 있는 것이다.

나. 국세청장 의견

(1) 청구인의 최초과세기간중 공급가액이 5,983,998원으로서 12개월로 환산하면 36,000,000원에 미달되므로 처분청이 재고납부세액을 과세한 처분은 타당하다.

(2) 일반사업자에서 과세특례자로 과세유형전환시 과세특례자로 유형전환의 통지가 없다 하더라도 과세특례자로 적용함은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

이 건은 당초 일반과세자인 청구인에게 91.1기 1과세기간의 공급대가가 5,983,998원으로서 1역년의 환산가액이 36,000,000원에 미달하여 통지없이 과세특례자로 유형 전환하고 재고납부세액을 부과고지한 처분이 타당한지 여부에 다툼이 있다.

부가가치세법 제25조(과세특례) 제1항에 『직전 1역년의 재화와 용역의 공급에 대한 부가가치세가 포함된 대가(이하 “공급대가”라 한다)가 대통령령이 정하는 금액에 미달하는 개인사업자(이하 “과세특례자”라 한다)에 대하여는 과세특례 규정을 적용한다』고 규정하고, 같은법시행령 제74조(과세특례의 범위) 제1항 제1호에 『대리ㆍ중개ㆍ주선ㆍ위탁매매 및 도급 이외의 경우에는 당해공급대가의 합계액이 36,000,000원에 미달하는 때』를 규정하고, 그 제4항에 『신규로 사업을 개시하는 개인사업자가 법 제30조 제3항의 규정에 의한 신고를 한 경우에 당해사업자의 사업장 소재지역, 사업의 종류ㆍ규모 등을 감안하여 국세청장이 정하는 기준에 해당하는 때에는 과세특례를 적용하지 아니한다』고 규정하고 있으며,

같은법 제30조(과세특례의 포기) 제1항 및 제2항에 일반과세에 관한 규정을 적용받고자 하는 과세특례자는 과세기간개시 10일전에 정부에 신고하여야 한다고 규정하고 있고,

같은법시행령 제74조의2(과세특례 및 일반과세의 적용시기) 제1항에 『과세특례의 규정이 적용되거나 적용되지 아니하게 되는 기간은 1역년의 공급대가가 제74조 제1항 각호의 금액에 미달되거나 그 이상이 되는 다음해의 제2과세기간으로부터 그 다음해의 제1과세기간까지로 한다. 다만, 신규로 사업을 개시한 경우에는 최초의 과세기간에 대한 확정신고후 개시하는 과세기간부터 기산한다』고 규정하고, 그 제2항에 『제1항의 경우에 당해사업자의 소관세무서장은 법 제25조의 규정이 적용되거나 적용되지 아니하게 되는 과세기간개시 20일전까지 그 사실을 통지하여야 하며, 사업자등록증을 정정하여 과세기간개시 전일까지 교부하여야 한다』규정하고, 그 제3항에 『제1항에 규정한 시기에 법제25조의 규정이 적용되는 사업자에 대하여는 제2항의 규정에 의한 통지에 관계없이 제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정을 적용하며, 제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정이 적용되지 아니하는 사업자에 대하여는 제1항의 규정에 불구하고 제2항의 규정에 의한 통지를 받은 날이 속하는 과세기간까지는 법제25조의 규정을 적용한다』고 규정하고 있다.

위 법령에 의하여 청구인의 91년 1기 과세기간중 공급대가를 1역년으로 환산한 금액이 36,000,000원에 미달하여 과세특례자로 유형전환함에 있어서 유형전환의 통지없이 재고납부세액을 계산하여 전시세액을 고지한 처분에 대하여 살펴보면

(1) 89.12.13 국세청고시 제89-101호에 의한 과세특례적용 배제기준은 전시 부가가치세법시행령 제74조 제4항의 규정에 의거 신규로 사업을 개시하는 사업자에 한하여 과세특례적용을 배제하기 위한 것이므로 청구인의 경우와 같이 사업개시후 1역년의 공급대가가 36,000,000원에 미달하여 과세특례자로 유형전환되는 것과는 별개의 규정이라 하겠고,

(2) 납세자가 일반과세자로 사업자등록을 한 후 일반과세자로서의 부가가치세법상 제반의무를 이행하기만 하면 1역년의 공급대가가 36,000,000원에 미달하더라도 계속하여 일반과세자로 취급하고, 과세특례자로 간주하지 아니하는 것이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 국세행정의 관행이라고는 볼 수 없으며(대법원 판례 90누3782, 90.8.24 도 같은뜻임),

(3) 일반과세자로 사업자등록을 하였으나 전시 부가가치세법 제25조에서 규정한 과세특례의 기준에 해당되는 개인사업자가 된 경우에 일반과세자로 적용받기를 원하는 때에는 같은법 제30조 제2항 및 같은법시행령 제78조 제1항의 규정에 의한 과세특례포기신고서를 소관세무서장에게 제출하여야 하며, 만약 청구인이 일반과세자로 부가가치세 과세표준신고를 하였다거나, 사업자등록증을 일반과세자로 검열받은 사실이 있다 하더라도 위 포기신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당연히 과세특례규정을 적용받는 사업자로 과세유형이 전환된다고 보아야 할 것이다(대법원 89누1469, 89.8.8 및 국심 86서1931, 87.1.26, 국심 91서2187, 92.1.23 등도 같은 뜻임).

따라서 청구인은 처분청의 별도 처분없이 92년 제1기부터 당연히 과세특례자로 전환된 것으로 보아야 하고, 처분청의 유형전환통지에 관계없이 재고품 및 감가상각자산을 신고한 후 재고납부세액을 가산하여 납부하였어야 함에도 그러하지 아니하였으므로 이는 부가가치세법 제21조에 의거 부가가치세 경정사유에 해당한다 할 것이며, 처분청이 재고납부세액을 계산하여 고지한 처분은 타당하다 할 것이다.

위에서 살펴본 내용을 종합하여 볼 때, 청구인의 91년 제1기분의 공급대가를 12월로 환산한 1역년의 공급대가가 36,000,000원에 미달하고, 전시 부가가치세법 제30조 제2항 및 같은법시행령 제78조 제1항에 규정한 과세특례 포기신고서를 제출하지 아니한 사실에 다툼이 없는 이 건에 있어서 처분청이 이미 공제받은 매입세액에 대한 재고납부세액을 계산하여 청구인에게 전시 부가가치세를 과세한 것은 적법하다고 판단된다.

따라서, 이 건 심판청구는 청구인의 주장이 이유없어 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.