가. 청구인을 포함한 OOO·OOO·OOO는 1991.3.21. OOOOO OOO OOO OOOOO OO 482.0㎡ 및 상가 1,106.14㎡를공유로 취득하고(각 4분의 1지분), 1997.5.12. 증축한 주택 135.61㎡(상가와 합하여 이하 “쟁점부동산”이라 한다)에 대하여 1997.8.19. OOO의 어머니 OOO에게 증여하였다가, 2006.7.14. 쟁점부동산을 52억5,000천만원에 양도한 후 토지 및 상가의 청구인지분에 대하여 상가와 주택을 별도로 구분 작성한 매매계약서를 첨부하여 실지거래가액으로 양도차익을 산정하여 양도소득과세표준예정신고를 하였다.

나. 처분청은 청구인이 쟁점부동산의 양도가액을 임의 구분한 것으로 보아 감정가액을 기준으로 안분계산하고, 기준시가로 환산한 취득가액으로 양도차익을 재계산하여 2009.1.16. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 148,475,510원을 결정고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2009.2.27. 이의신청을 거쳐 2009.6.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 쟁점부동산의 양도가액 52억5천만원은 상가와 주택으로 별도 구분하여 매매계약을 체결한 것으로, 1991.3.21. 지상 4층의 근린생활시설을 취득하여 부동산임대사업을 영위하면서 기장하였고, 1997.8.19. 5층에 주택을 증축하고 이를 증여받은 OOO가 양도당시까지 거주하였으며, 상가와 주택을 구분하여 양도한 가액이 정당함에도 토지와 건물의 가액이 불분명한 일괄 양도로 보아 감정가액으로 안분계산하는 것은 부당하다.

(2) 쟁점부동산의 취득시점인 1991년도의 개별공시지가에 대한실가반영율(40%～60%)을 감안하여 환산한 평가액은 25억8,300만원이고, 감정평가법인의 감정가액도 22억5,000만원으로 나타나며, 취득당시 관여한 OOO의 인우보증서상 취득가액이 25억원으로 되어 있으므로 청구인이 신고한 취득가액을 인정하여야 하고, OOOOO OOOO에 제출한 증·개축도면 및 공사감리확인자의 의견서 등에 의한 공사비 10억원의 자본적지출이 인정되는데도 청구인이 신고한 취득가액을 부인하고 기준시가에 의한 환산취득가액을 적용하는 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 토지지분이 없는 주택의 양도가액을 7억원으로 신고하였으나 감정평가법인의 평가액 4,600만원과 현저한 차이가 발생하고, 쟁점부동산의 양수인이 양도가액의 총액에 관심이 있었을 뿐 각각의 금액에는 의미를 두지 아니하였다고 진술한 점으로 보아 토지와 상가의 양도가액을 합리적 이유없이 임의 구분한 것이므로, 양도직후의 감정가액으로 안분계산하는 것은 정당하다.

(2) 쟁점부동산의 전소유자가 취득가액(25억원)에 대하여 구체적인 기억이 없다고 진술하였고, 쌍방합의 매매계약서의 진위여부에 대한 언급을 회피하였을 뿐만 아니라 매매계약서상 대출에 관한 약정내용이 없거나 주소지가 불분명하여 진실한 계약서로 보기 어려우며, 자본적 지출액과 관련한 증빙자료의 거래내용 등이 불분명하고 엘리베이터공사비는 미시공한 것이며, 공사감리자의 의견서 등만으로 공사비 10억원을 인정할 수 없으므로, 양도가액을 기준시가로 환산한 취득가액을 적용하여 과세한 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점부동산의 상가와 주택에 대한 양도가액을 임의 구분하여 신고한 것으로 보아 토지 및 상가에 대한 양도가액을 감정가액에 의하여 안분계산하고, 기준시가로 환산한 취득가액으로 하여 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법 제100조【양도차익의 산정】① 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항의 규정에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항의 규정에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액 등을 포함한다)에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

③ 양도차익을 산정함에 있어서 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제114조【양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지】② 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 한 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 한 자의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

④ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조 및 제97조의 규정에 의한 가액에 의하여야 한다. 다만, 거주자가 제96조 제1항, 제96조 제2항 제6호 및 제97조 제1항 제1호 가목 본문의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 당해 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 때에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

⑤ 제4항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우로서 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 당해 자산의 양도당시 또는 취득당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액ㆍ매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

(2) 소득세법 시행령 제166조【양도차익의 산정 등】④ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 「부가가치세법 시행령」제48조의 2 제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산한다.

(3) 부가가치세법 시행령 제48조의2【과세표준의 안분계산】④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그밖의 구축물 등(이하 이 조에서 “건물 등”이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다.

1. 토지와 건물 등에 대한 「소득세법」제99조의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액[제21조에 규정된 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.

(4) 소득세법 제97조【양도소득의 필요경비계산】① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

가. 제94조 제1항 각 호의 자산의 취득에 소요된 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 본문에 해당하는 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가

나. 가목 본문의 경우에 있어서 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적 지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것

(5) 소득세법 시행령 제163조【양도자산의 필요경비】③ 법 제97조 제1항 제2호에서 “자본적지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액

2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액

3. 양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용

⑫ 법 제97조 제1항 제1호 나목에서 “대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액”이라 함은 제176조의 2 제2항 내지 제4항의 규정에 의한 가액을 말한다.

제67조【즉시상각의 의제】② 제1항에서 “자본적 지출”이라 함은 사업자가 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 수선비를 말하며, 다음 각호의 1에 규정하는 것에 대한 지출을 포함하는 것으로 한다.

1. 본래의 용도를 변경하기 위한 개조

2. 엘리베이터 또는 냉난방장치의 설치

3. 빌딩 등의 피난시설 등의 설치

4. 재해 등으로 인하여 건물ㆍ기계ㆍ설비 등이 멸실 또는 훼손되어 당해 자산의 본래 용도로의 이용가치가 없는 것의 복구

5. 기타 개량ㆍ확장ㆍ증설 등 제1호 내지 제4호와 유사한 성질의 것

제176조의2【추계결정 및 경정】② 법 제114조 제5항에서 “대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액”이라 함은 다음 각호의 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다.

2. 법 제96조 제1항 및 동조 제2항 제1호 내지 제9호(제6호의 규정은 제4항의 규정에 의한 의제취득일 전에 취득한 자산에 한하여 적용한다)의 규정에 의한 토지ㆍ건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액

양도당시의 실지거래가액, 제3항 제1호의 매매사례가액 또는 동항 제2호의 감정가액×〔취득당시의 기준시가/양도당시의 기준시가(제164조 제8항에 해당하는 경우에는 동항의 규정에 의한 양도당시의 기준시가〕

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 양도소득세 결정결의서 등에 의하면, 청구인을 포함한 OOO·OOO·OOO 등 4인은 1991.3.21. 공동으로 취득(각 4분의 1지분)한 OOOOO OOO OOO OOOOO 토지 482.0㎡및 상가 1,106.14㎡(지하1층, 지상 4층)를 부동산임대사업에 공하면서 1997.5.12. 건물 5층에 증축한 주택 135.61㎡(상가와 합하여 쟁점부동산)을 OOO에게 증여하였다가, 2006.7.14. 쟁점부동산을 52억5,000만원에 양도하고 2006.9.30. 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하면서 토지 및 상가의 양도가액은 45억5,000만원, 주택의 양도가액은 7억원으로 별도 구분한 매매계약서를 첨부하여 양도소득과세표준예정신고를 하였고,

처분청은 청구인이 쟁점부동산의 토지 및 상가에 대한 양도가액을 임의 구분하여 신고한 것으로 보아 양도직후 양수자의 금융기관 대출을 위한 2006.5.24.자 주식회사 중앙감정평가법인의 감정평가가액에 비례하여 안분계산한 양도가액으로 하고, 쟁점부동산의 취득당시 실지거래가액 및 자본적지출액 등이 확인되지 아니한다 하여 기준시가로 환산한 취득가액으로 하여 양도차익을 아래 표와 같이 산정하고 이 건 양도소득세를 경정·고지한 사실이 확인된다.

〈양도소득세 신고 및 경정내역〉

(단위 : 원)

* 주택은 1세대1주택 비과세로 제외, 청구인은 4분의 1지분

(2) 청구인은 쟁점부동산의 양도가액 52억5,000만원은 상가와 주택의 소유자가 달라 그 가액을 구분하여 별도로 매매계약을 체결하고 신고한 것인데도 이를 일괄 양도하여 그 가액의 구분이 불분명한 것으로 보아 감정가액으로 안분계산하는 것은 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.

(가) 처분청이 이 건 신고양도가액의 가액 구분이 불분명한 것으로 보아 감정평가법인의 감정가액에 비례하여 안분계산한 양도가액은 아래 표와 같다.

〈양도가액 신고 및 안분계산내역〉

(단위 : 천원)

(나) 청구인은 쟁점부동산의 5층에 주택을 증축하면서 OOO가 5억원을 투자한 것이고 그 후 물가상승율을 반영하여 주택가액을 7억원에 양도한 것이라고 주장하나, 증축비의 자금조달이나 지출사실 등을 확인할 수 있는 증빙의 제시가 없을 뿐만 아니라 OOO가 1997.8.19. 주택을 증여받은 후 증여세를 무신고하여 증여재산가액을 22,782,000원으로 결정한 사실이 국세통합전산망조회자료에 의하여 확인된다.

(다) 쟁점부동산 중 주택의 감정평가액은 46,239,600원인데 반하여 청구인의 주장금액은 700,000,000원으로 감정평가액의 15배에 달하고, 이 건 조사자료를 보면 양수자가 세무조사과정에서 쟁점부동산의 총액에 관심이 있었을 뿐 양도가액의 구분에 의미가 없었고 청구인 스스로가 구분하였다고 진술한 것으로 나타난다.

(라) 위 사실을 종합하여 볼 때, 청구인이 쟁점부동산의 상가와 주택을 구분하여 신고한 양도가액이 신빙성이 없어 보이므로 그 가액의 구분이 불분명한 경우에 해당한다 할 것이고, 따라서 처분청이 「소득세법 시행령」제166조 및 「부가가치세법 시행령」제48조의2 규정에 의거 감정평가가액에 비례하여 안분계산한 가액을 토지 및 상가에 대한 양도가액으로 하여 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(3) 청구인은 쟁점부동산을 25억원에 취득하고 자본적 지출액은 10억원이므로 신고가액 3,123,323,944원을 양도가액에서 공제되는 필요경비로 인정하여야 한다고 주장하면서, 그 입증자료로 취득계약서, 개보수공사계약서, 소급감정평가서, 인우보증서 등을 제시하므로 이에 대하여 살펴본다.

(가) 청구인이 쟁점부동산의 취득가액에 대한 근거로 제시한 2005년말 재무제표를 보면, 토지가액은 1,080,032,400원이고 건물가액은 2,043,291,544원(취득가액 24억원에서 감가상각누계액 356,708,456원을 차감)으로 나타나나, 매매계약서상의 가액 25억원과 일치하지 아니할 뿐만 아니라 2004년말 계상액 1,370,065,179원(토지가액 780,032,400원, 건물가액은 취득가액 875,859,509원에서 감가상각누계액 288,825,730원을 차감한 587,0032,779원)과도 상이한 것으로 나타난다.

(나) 청구인이 쟁점부동산의 취득당시 실지거래가액(25억원)에 대한 입증자료로 제시한 재산관리인 OOO의 자금운용내역을 보면 취득가액 25억원에서 보증금 3억7,000만원을 차감한 실지급액은 21억3,000만원으로 되어 있으나, 매매계약서(원본을 분실하여 전소유자의 확인을 거쳐 재작성하였다는 주장임)를 보면 거래대금 25억원 중 잔금 12억원에서 보증금 3억8,000만원을 공제하고 지급한다고 되어 있어 보증금이 상이하고, 대금수수와 관련한 증빙자료의 제시가 없어 실지취득가액을 확인하기 어렵다.

(다) 또한, 쟁점부동산의 자본적 지출액 10억원과 관련한 개보수공사계약서를 보면, 계약금액은 1,524,141,491원(건물외벽공사 516,200,000원·내부공사 275,600,000원·전기공사 240,400,000원·엘리베이터교체공사 158,900,000원·조경공사 120,000,000원· 방수공사 85,900,000원·공과잡비 127,141,491원)으로 나타나고(청구인은 자금사정으로 엘리베이터를 설치하지 아니하여 10억원의 공사비를 지출하였다는 주장임), 1995.1.25. 착공하여 1995.7.31. 준공예정으로 되어 있는데도 그 작성일은 사용승인 이후인 1997.1.25.로 되어 있으며, 공사수급자 주식회사 호산건설은 1994.10.1. 폐업한 사업자임이 이 건 조사자료에 의하여 알 수 있어 청구인과의 거래사실이 불분명할 뿐만 아니라 공사비의 실제지출사실을 확인할 수 있는 대금증빙 등의 제시가 없다.

(라) 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정함에 있어「소 득세법 시행령」제163조 제3항에서 규정하는 자본적 지출액과 양도자산의 용도변경 개량 및 이용편의를 위하여 지출한 비용으로서 증빙서류에 의하여 실제로 지출된 사실이 확인되는 경우 당해 비용은 양도자산의 필요경비로 공제하는 것이나, 청구인이 주장하는 자본적 지출액이 확인되지 아니하고 동 지출액도 쟁점부동산의 내용연수를 연장시키거나 가치를 현실적으로 증가시키기 위한 비용인지도 알기 어렵다.

(마) 이상의 사실관계 등을 종합하여 살피건대, 처분청이 쟁점부동산의 취득당시 실지거래가액이 확인되지 아니하고 청구주장의 자본적지출액에 대한 실제지출사실도 불분명한 것으로 보아 기준시가에 의한 환산취득가액으로 하여 이 건 양도차익을 산정하고 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.