가. 청구인은 1978.5.6. OOO 대 181.2㎡(이하 “종전토지”라 한다)를 취득하여 보유하다가, 2002.7.2. 위 토지 지상에 다세대주택을 신축·취득한 후, 이 중 401호(이하 “신축주택”이라 한다)를 2008.3.10. 최OOO 외 1인에게 양도하고, 2008.3.21. 양도소득세 예정신고를 하면서 종전토지 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액을 감면대상 양도소득금액으로 하여 신고하였다.

나. 처분청은「조세특례제한법」(2008.3.28. 법률 제8986호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제99조의3을 적용함에 있어 종전토지의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액에 상당하는 양도소득세는 감면대상이 아닌 것으로 보고 감면금액을 재산정하여 2013.4.24. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2013.7.17. 이의신청을 거쳐 2013.10.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

「조세특례제한법 시행령」(2008.4.30. 대통령령 제20774호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제40조에서 규정하고 있는 산식(이하 “쟁점산식”이라 한다)에서 분자, 분모에 동일하게 규정된 ‘취득당시의 기준시가’를 적용함에 있어 분자의 경우에는「조세특례제한법」에서 규정하고 있는 ‘신축주택 취득당시의 기준시가’를 적용하고, 분모의 경우「소득세법」상 취득당시 기준시가인 ‘종전토지 취득당시의 기준시가’를 적용하는 등 분모와 분자를 달리 적용하는 것은「조세특례제한법」이 예정하였던 양도소득금액 감면에 대한 입법취지를 무색하게 만들었을 뿐만 아니라, 어떠한 법률적 근거나 합리적 근거가 전혀 없는 자의적 해석이다.

또한, 처분청의 이러한 자의적인 해석에 따라 결국 전체양도차액을 의미하는 분모의 취득당시 기준시가에 종전토지의 취득당시 기준시가만 반영되고, 신축주택 취득을 위해 추가로 지출한 건축비 등의 기준시가는 반영되지 아니하였는바, 이는 부당하므로 양도소득세 부과처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면은 그 취지가 신축주택에 대한 것이므로 재개발 이전 종전토지 취득일부터 신축주택 취득일 전까지 발생한 양도소득금액은 감면대상이 될 수 없고, 신축주택의 감면대상 소득금액 계산시 전체 양도소득금액에 대하여 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 비율을 기준시가를 기준으로 하여 계산하도록 규정한 점에서 분자의 취득당시 기준시가는 신축주택, 분모의 취득당시 기준시가는 종전토지의 것을 적용하여 계산하는 것이 타당하다. 또한, 주택재건축사업 또는 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득한 경우, 청산금을 납부한 신축주택은 「조세특례제한법 시행령」제40조 제1항에 따라 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 계산함에 있어 산식의 양도소득금액은 「소득세법 시행령」제166조 제2항 제1호에 따른 양도차익으로 계산한 양도소득금액을 적용하는 것이며, 분모의 취득당시 기준시가는 종전토지 취득당시 기준시가를 적용하는 것(부동산거래관리과-123, 2011.2.10. 등)으로 분모의 취득당시의 기준시가에도 건축비에 대한 기준시가를 가산해서 계산하여야 합리적이라는 청구주장을 뒷받침할 법적인 근거는 없다.

따라서, 종전토지 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액 상당액을 양도소득세 과세특례 적용대상에서 배제하여 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례( 「조세특례제한법」제99조의3) 규정에서 종전토지 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액이 감면대상 양도소득금액에 해당하는지 여부

나. 사실관계 및 판단

(1) 「조세특례제한법」제99조의3 제1항, 같은 법 시행령 제40조 제1항 및 제99조의3 제2항에 의하면 ‘신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 {양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}로 계산한 금액’이라고 규정되어 있다.

(2) 살피건대, 「조세특례제한법」제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 양도소득세의 감면대상이 되는 신축주택의 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득이란 신축주택의 취득일로부터 양도시까지 발생하는 소득을 의미한다고 보아야 할 것이고(조심 2012서4568, 2012.11.26. 외 다수 같은 뜻임), 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 그 감면대상 양도소득금액은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액으로 규정하고 있어 명문상 종전토지의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 「조세특례제한법」제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니한 점,신축주택 취득일부터5년 경과후 양도한 이 건의 경우 감면을 소득금액 차감 방식으로산정한 점 등으로 볼 때, 쟁점산식의 분모와 분자를 달리 적용하는 것이「조세특례제한법」이 예정하였던 양도소득금액 감면에 대한 입법취지를 무색하게 만들었을 뿐만 아니라 어떠한 법률적 근거나 합리적 근거가 전혀 없는 자의적 해석이므로 부당하다는 청구주장은 받아들이기 어려워 보인다(조심 2012서2839, 2012.8.27., 조심 2012서3124, 2012.9.18., 조심 2012서4675, 2012.12.18. 참조).

또한, 청구인은 쟁점산식 분모의 취득당시 기준시가에 종전토지의 취득당시 기준시가만 반영되고 신축주택 취득을 위해 추가로 지출한 건축비 등의 기준시가는 반영되지 아니하여 부당하다고 주장하나, 「조세특례제한법」제99조의3에 따른 감면소득을 계산하는 경우 종전토지 부분을 제외하고 신축주택 부분만을 단순 분리하여 감면금액을 계산하기는 어렵고(조심 2012서3124, 2012.9.18. 참조), 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 따른 감면소득금액 계산에 관하여는 「조세특례제한법 시행령」제99조의3 제1항에서 같은 법 시행령 제40조 제1항을 준용하도록 규정하고 있어 처분청이 관련 법령에서 규정한 방법으로 감면소득금액을 산정한 것으로 나타나는바, 추가건축비를 분모의 기준시가에 합산하여 감면소득금액을 산정하여야 한다는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다(조심 2012서4640, 2013.1.7. 참조).

따라서, 처분청이 종전토지의 취득일로부터 쟁점주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 「조세특례제한법」제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 보아 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.