가. OOO지방국세청(이하 “조사청”이라 한다)은 청구법인에 대하여 2015∼2017사업연도 법인통합조사를, 2014‧2018년 인건비와 연구·인력개발비 세액공제에 대하여 법인부분조사를 실시하여 근무사실 없는 직원에 대한 인건비, 유상사급 재료 재고자산 상당액 수입금액 감액분, 수익사업에 사용된 재료비와 겸직 직원에 대한 인건비에 대한 연구·인력개발비 세액공제를 부인하고 연구개발준비금을 재계산하여 처분청에 과세자료를 통보하였다.

나. 이에 따라 처분청은 2019.8.14. 청구법인에게 2014〜2018사업연도 법인세 합계 OOO각 경정‧고지(이하 “당초처분”이라 한다)하였고, 청구법인은 당초처분이 부당하다고 주장하면서 2019.11.26. 심판청구를 제기하여 현재 불복 진행 중(이하 “1차 심판청구”라 한다)에 있다.

다. 한편, 처분청은 청구법인이 위 불복이유서에서 주장한 연구개발 전담부서 직원의 ‘확정기여형 퇴직연금납입액’을 연구개발비로 인정하고, 연구인력개발준비금 이자상당액을 법인세로 납부할 세액에 가산하지 아니하고 익금산입했던 오류를 바로잡고자 연구인력개발준비금 이자상당액(이하 “쟁점이자상당액”이라 한다)에 대한 익금산입액을 차감하면서 납부하여야 할 법인세 상당액에 가산하여 2019.12.12. 청구법인에게 법인세 2015사업연도 OOO및 2016사업연도 OOO각 경정‧고지(이하 “쟁점부과처분”이라 한다)하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2020.3.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 조사청의 쟁점부과처분은 재조사에 해당하고, 이는 재조사 예외에 해당하지 않으므로 부당하다.

(가) 대법원(2017.12.13. 선고 2016두55421 판결)은 “중복조사는 그 자체로 위법하고, 과세관청이 그러한 재조사로 얻은 과세자료를 과세처분의 근거로 삼지 않았다거나 이를 배제하고서도 동일한 과세처분이 가능한 경우라고 하여 달리 볼 것은 아니다”라고 판시하여 쟁점부과처분과 같이 쟁점이자상당액을 기초로 별도의 과세자료를 근거로 삼지 않았어도 이는 재조사에 해당한다.

(나) 쟁점부과처분은 재조사에 해당되는 것으로 쟁점부과처분을 하기 위해서는 재조사 예외 사유에 해당하여야 하는 바, 이는 「국세기본법」제81조의4 제2항 각 호 및 같은 법 시행령 제63조의2 각 호에 규정하는 재조사 예외에 해당하지 않는다.

(2) 쟁점부과처분은 청구법인의 1차 심판청구에 따라 인용될 것으로 예상하여 조사청이 직권 경정한 것으로 이에 따라 추가로 부과한 것은 사실상 불이익변경금지원칙 위배 또는 종전 처분을 되풀이 한 것에 불과하므로 이는 위법하다.

(가) 처분청의 쟁점부과처분은 처분청이 자체적으로 오류를 인지하여 경정한 것이 아니라, 당초처분에 대하여 청구법인이 제기한 심판청구의 불복사유서를 보고나서야 비로소 이를 인지하여 증액경정처분한 것이며(당초처분과 관련된 심판청구는 아직 심리가 진행 중임), 이에 따라 추가로 한 쟁점부과처분은 사실상 「국세기본법」제79조 제2항의 “불이익변경금지원칙”에 위배되는 것으로 이는 부당하다.

불이익변경금지의 원칙은 심판원의 재조사결정 및 그에 따른 조사청의 재조사처분을 포함하는 것이므로(대법원 2010.6.25. 선고 2007두12514 판결) 심판청구가 계류 중인 사항에 대하여는 원천적으로 증액경정처분을 할 수 없는 것이다.

처분청이 내세우고 있는 사례들은 불복청구된 사유 외에 추가로 드러나 별개의 사유에 대하여 과세하였던 것으로서 본 사건과 같이 심판청구가 제기된 쟁점사항과 직접 관련된 사건에 대하여는 적용할 수 없는 것이다.

(나) 또한 쟁점이자상당액을 익금산입에서 제외하고, 이를 법인세 추가납부세액으로 하여 부과처분한 것은 결국 종전 처분을 되풀이 한 것에 불과하므로 이 또한 위법하다.

(다) 한편, 대법원(2004.12.9. 선고 2003두278 판결)은 “법인세부과처분의 취소심판에서 국세심판원이 내린 결정에 따른 결과 과세표준이 증가하게 된 경우, 그 결정은 불이익변경금지원칙에 위배되어 당연무효이다”라고 하여 청구법인이 주장하는 “사실상 불이익변경금지원칙 위배”라는 사실을 뒷받침하고 있고(대법원 2016.9.28. 선고 2016두39382 판결, 대법원 2014.7.14. 선고 2011두14227 판결), 유사 판례(대법원 2014.7.14. 선고 2011두14227 판결)에서도 “이의신청에서 당초 부과처분을 직권으로 취소하였음에도 종전 처분을 되풀이한 것은 위법할 뿐만 아니라 그 하자가 중대하고 명백하여 무효이다”라고 하여 청구법인과 그 뜻을 같이 하고 있다.

(라) 따라서 청구법인이 1차 심판청구에서 쟁점이자상당액 익금산입의 위법함을 주장하자, 1차 심판청구에 따라 동 내용이 인용될 것으로 예상하고 그때서야 조사청이 직권 경정한 후 추가로 쟁점부과처분한 것은 사실상 불이익변경금지원칙 위배 또는 종전 처분을 되풀이 한 것으로 이는 명백히 위법하다.

(3) 쟁점부과처분은 단순히 당초 과세처분의 오류를 경정한 것에 불과한 처분이 아닌 새로운 재조사에 의한 부과처분으로 위법하다.

(가) 한편, 단순히 당초 과세처분의 오류를 경정한 것에 불과한 부과처분은 위법하지 않다는 판례도 있으나, 쟁점부과처분은 청구법인이 1차 심판청구에서 쟁점이자상당액의 익금산입이 부당함을 주장하자, 그때서야 조사청은 2019년 11월 심판청구 대리인에게 전화로 ① 연구개발전담부서 직원의 확정기여형 퇴직연금납입액 금액 합계 OOO연구개발비로 인정하고, ② 연구개발준비금의 조기 익금과 관련한 법인세 이자상당액 OOO익금 취소하여 추가로 법인세를 부과처분하였으므로 이는 새로운 재조사에 해당하며, 이는 재조사로 얻은 과세자료를 과세처분의 근거로 삼지 않았다거나 이를 배제하고서도 동일한 과세처분이 가능한 경우에도 재조사로서 명백히 위법하다(대법원 2017.12.13. 선고 2016두55421 판결).

(나) 한편, 조사청은 ① 연구개발전담부서 직원의 확정기여형 퇴직연금납입액 금액 합계 OOO연구개발비로 인정하고, ② 연구개발준비금 조기 익금과 관련한 법인세 이자상당액 OOO익금 취소한 후, 법인세 추가납부세액을 재계산한 후 이에 대하여 부과처분하였으므로 이는 종전의 과세표준을 경정하고, 가산세 및 결정세액을 재계산 것이므로 이는 “단순히 당초 과세처분의 오류를 경정한 것”이 아닌 새로운 재조사에 의한 부과처분이므로 처분청의 쟁점부과처분은 위법하다.

(다) 또한 쟁점부과처분은 소득에 가산할 것인지 아니면 납부세액에 가산할 것인지와 관련된 것으로 이는 법인세의 전체적인 체계와 관련된 것이어서 단순오류와는 차원을 달리하는 것이다(더구나 세율 20%를 감안하면 그 납부할 세액의 차이는 전자와 후자간의 차이가 5배에 달하고 있는 바, 이는 단순오류라고 치부할 것이 아니다).

나. 처분청 의견

(1) 조사청은 연구개발준비금 조기 익금산입과 관련한 이자상당액 가산 규정이 법인세액과 관련한 규정임에도 불구하고 이자상당액에 대하여 익금산입하는 오류를 범하여 오히려 해당연도 법인세가 과소 고지되는 결과가 초래됨에 따라 조사청은 청구법인의 확정기여형 퇴직연금 납입액을 반영한 후 연구개발준비금 조기 익금산입과 관련한 이자상당액을 재계산하여 법인세액 가산으로 직권시정하여 경정한 것이다.

(가) 이는 세무조사결과 이후 청구법인에 추가 납부할 법인세를 고지하는 결과를 초래하지만, 단순 세액계산 오류를 바로 잡은 것으로 1차 심판청구와 관련하여 불리한 처분을 한 것이 아니다.

(나) 대법원은 “과세관청은 국세심사 결정의 이유에서 드러난 사유로 인하여 과세표준과 세액에 관련된 탈루 또는 오류가 발견된 때에는 과세권이 시효로 소멸하지 아니하는 한 이를 경정할 수 있다고 판단한 것은 정당”하다고 판시하고 있고(대법원 2007.11.16. 선고 2005두10675), 행정법원은 “그 밖의 사유로 과세표준과 세액에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 때에는 과세권이 소멸시효에 걸리지 않는 한 과세관청은 언제든지 이를 경정 결정할 수 있다 할 것”이라고 판시하였다(서울행정법원 2009.6.5. 선고 2007구단569 판결).

(다) 조사청의 쟁점부과처분 또한 당초 과세표준과 세액에 관련된 탈루 또는 오류가 발견되었고, 과세권의 시효 또한 소멸되지 아니하여 세액계산 오류를 경정한 것이기에 정당하다 할 것이다.

(2) 청구법인은 쟁점부과처분이 재조사에 해당되고, 재조사 예외사유에 해당하지도 않아 부당하다고 주장하고 있으나, 조사청은 청구법인에게 질문조사권을 행사하여 질문을 하거나 해당 장부·서류 또는 그 밖의 물건을 검사·조사하는 등 조사로 볼만한 일체의 행위를 한 적이 없을 뿐 아니라, 당초 조사 당시 밝혀지지 않았던 새로운 사실관계에 대한 부과처분에 해당하지도 않으므로 쟁점부과처분이 재조사에 해당한다는 청구주장은 타당하지 않다.

(3) 청구법인은 쟁점부과처분에 불이익변경금지의 원칙이 적용되므로 취소되어야 한다고 주장하나, 불이익변경금지의 원칙은 조세심판결정에 있어 당초 과세관청의 처분보다 청구인에게 불리한 결정을 할 수 없다는 것으로, 쟁점부과처분은 조세심판결정이 아닌 단순 세액계산상 오류를 직권 경정한 것으로 불이익변경금지의 원칙이 적용될 여지가 없다.

(4) 청구인은 당초 통합조사에 따른 심판청구 당시 연구인력개발준비금에 대한 이자상당액을 익금산입이 아닌 법인세 상당액에 가산하는 방법으로 과세해야 한다고 주장하여 조사청은 이를 수용하고, 「법인세법」제66조에 따라 법인세계산 오류를 바로잡은 것으로 청구인이 주장하는 재조사나 불이익변경금지 원칙과는 무관하다.

또한 당초 통합조사 당시 조사청에서 법인세 계산착오로 과소하게 과세되었음에도 청구인은 추가 쟁점으로 불복을 제기한 것은 추후 조사청이 동 내용의 오류를 발견하여도 경정할 수 없도록 하기 위해 주장하는 것에 불과할 뿐이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점부과처분이 재조사 또는 불이익변경금지원칙에 위배되는 처분에 해당하는지 여부

나. 관련 법령

(1) 법인세법

제66조[결정 및 경정] ④ 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 오류나 누락이 있는 것을 발견한 경우에는 즉시 이를 다시 경정한다.

(2) 국세기본법

제79조[불고불리, 불이익변경금지] ② 조세심판관회의 또는 조세심판관합동회의는 제81조에서 준용하는 제65조에 따른 결정을 할 때 심판청구를 한 처분보다 청구인에게 불리한 결정을 하지 못한다.

제81조의4[세무조사권 남용 금지] ② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.

1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우

3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우

4. 제65조 제1항 제3호 단서(제66조 제6항과 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의15 제4항 제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우(결정서 주문에 기재된 범위의 조사에 한정한다)

5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우

6. 제81조의11 제3항에 따른 부분조사를 실시한 후 해당 조사에 포함되지 아니한 부분에 대하여 조사하는 경우

7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

(3) 국세기본법 시행령

제63조의2[세무조사를 다시 할 수 있는 경우] 법 제81조의4 제2항 제7호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 부동산투기, 매점매석, 무자료거래 등 경제질서 교란 등을 통한 세금탈루 혐의가 있는 자에 대하여 일제조사를 하는 경우

2. 과세관청 외의 기관이 직무상 목적을 위해 작성하거나 취득해 과세관청에 제공한 자료의 처리를 위해 조사하는 경우

3. 국세환급금의 결정을 위한 확인조사를 하는 경우

4. 「조세범 처벌절차법」 제2조 제1호에 따른 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우. 다만, 해당 자료에 대하여 「조세범 처벌절차법」 제5조 제1항 제1호에 따라 조세범칙조사심의위원회가 조세범칙조사의 실시에 관한 심의를 한 결과 조세범칙행위의 혐의가 없다고 의결한 경우에는 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료로 인정하지 아니한다.

(4) 조세특례제한법

제9조[연구·인력개발준비금의 손금산입] ① 내국인이 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 연구개발 및 인력개발(이하 "연구·인력개발"이라 한다)에 필요한 비용에 충당하기 위하여 연구·인력개발준비금을 적립한 경우에는 해당 과세연도의 수입금액( 「법인세법」 제43조의 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 제10조에서 같다)에 100분의 3을 곱하여 산출한 금액의 범위에서 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 해당 금액을 손금에 산입한다.

② 제1항에 따라 손금에 산입한 연구·인력개발준비금은 다음 각 호에 따라 익금에 산입한다.

1. 해당 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 끝나는 날까지 연구·인력개발에 필요한 비용(새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다) 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 "연구·인력개발비"라 한다)에 사용한 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 해당 과세연도의 개월 수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다.

2. 손금에 산입한 준비금이 제1호에 따라 익금에 산입할 금액을 초과하면 그 초과하는 부분에 상당하는 준비금은 그 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다. 다만, 준비금을 손금에 산입한 후 사업계획 등이 변경되어 연구·인력개발에 사용하지 아니하게 된 금액은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도 전에 익금에 산입할 수 있다.

④ 제2항 제2호 또는 제3항에 따라 연구·인력개발준비금을 익금에 산입하는 경우 해당 준비금 중 연구·인력개발에 사용하지 아니한 금액에 상당하는 준비금에 대해서는 해당 과세연도 과세표준신고를 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 하며 해당 세액은 「소득세법」 제76조 또는 「법인세법」 제64조에 따라 납부하여야 할 세액으로 본다.

(5) 조세특례제한법 시행령

제8조[연구 및 인력개발준비금의 범위 등] ③ 법 제9조 제4항에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액"이란 제1호의 금액에 제2호의 기간과 제3호의 율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

1. 연구·인력개발준비금을 손금에 산입한 과세연도에 그 준비금을 손금에 산입하지 아니하고 계산한 소득세액 또는 법인세액에서 그 준비금을 손금에 산입하여 계산한 소득세액 또는 법인세액을 뺀 금액

2. 손금에 산입한 과세연도의 다음 과세연도의 개시일부터 익금에 산입한 과세연도의 종료일까지의 기간

3. 1일 1만분의 3

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점부과처분의 세부 내역은 다음과 같다.

(가) 청구법인은 연구인력개발준비금 2012년 OOO2013년 OOO대하여 손금산입하고, 아래 ＜표1＞과 같이 익금산입하여 환입하였다.

＜표1＞ (단위 : 원)

(나) 조사청은 청구법인의 연구인력개발세액공제 검토 과정에서 일부 재료비ㆍ인건비가 세액공제 요건을 충족하지 못함에 따라 2012년과 2013년에 손금산입한 연구인력개발준비금 OOO중 미사용액 OOO일시환입하였고, 아래 ＜표2＞와 같이 연구개발비 사용액 OOO3년간 균등환입하였다

＜표2＞ (단위 : 원)

(다) 당초처분과 관련하여 청구법인은 조사청의 부과처분 금액 외에 아래 ＜표3＞의 연구개발전담부서 직원의 확정기여형 퇴직연금납입액을 추가로 연구개발비로 인정해 줄 것을 청구하였다.

＜표3＞ 확정기여형 퇴직연금납입액 (단위 : 원)

(라) 처분청은 위 ＜표3＞의 퇴직연금납입액을 연구개발비로 인정하고, 당초 익금에 산입함에 따라 과소부과된 세액을 바로잡고자 위 ＜표2＞의 연구인력개발준비금 이자상당액을 익금 취소하면서 납부할 법인세에 가산하여 쟁점부과처분을 하였다.

(2) 청구법인이 제출한 자료는 다음과 같다.

(가) 쟁점부과처분에 대한 ‘과세예고 통지서’(2019.11.28.)

(나) 1차 심판청구에 대한 조사청의 답변서 내용 중 쟁점부과처분 관련 내용 발췌

(다) 기타 당초처분 및 쟁점부과처분에 대한 납세고지서, 조기결정신청서, 법인등기부등본 등을 제출하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「국세기본법」제79조 제2항에서 과세처분에 불복하는 심판청구에 대한 결정을 함에 있어서 심판청구를 한 처분보다 청구인에게 불리한 결정을 하지 못한다고 규정하고 있고, 이러한 불이익변경금지는 심판결정의 주문 내용이 심판청구 대상인 과세처분보다 청구인에게 불이익한 경우에 적용되는 것인바, 쟁점부과처분은 심판결정에 의한 것이 아니라 당초처분에 대한 법인세액 계산시 오류를 단순히 경정한 것으로 보이는 점, 「법인세법」제66조 제4항에 따라 과세관청은 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 오류나 누락이 있는 것을 발견한 경우에는 즉시 이를 다시 경정할 수 있는 점, 세무조사는 세무공무원이 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문검사권 내지 질문조사권을 행사하여 납세의무자 등에게 질문을 하거나 해당 장부·서류 또는 그 밖의 물건을 검사·조사하거나 그 제출을 명하는 행위를 의미하는 것이나, 처분청은 쟁점부과처분시 청구법인에 대해 질문조사권을 행사하거나 해당 장부·서류 또는 그 밖의 물건을 검사·조사하는 등 조사로 볼만한 일체의 행위를 한 적이 없는 점 등에 비추어 쟁점부과처분은 청구법인이 주장하는 불이익변경금지 또는 재조사와는 무관해 보이므로 청구법인에게 법인세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.