가. 청구인은 1996.4.8. OOO으로부터 OOO 토지 1,487㎡(지목이 답에서 전으로 변경되었으며, 이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하고, 이를 2016.12.21. OOO에게 양도한 다음, 2017.2.28. 사업용 토지로 하여 양도소득세를 신고하였다(양도가액 OOO원, 취득가액 OOO원, 필요경비 OOO원, 장기보유특별공제 OOO원 등).

나. 처분청은 2017.5.24.～2017.6.12. 기간에 양도소득세 조사를 실시한 결과, 쟁점토지는 ① 비사업용 토지에 해당하고, ② 그 취득가액도 불분명하다고 보아 장기보유특별공제를 부인하고 취득가액을 환산가액OOO으로 경정하여 2017.8.21. 청구인에게 2016년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2017.11.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 쟁점토지에서 계속하여 농사(벼농사, 나물 및 채소농사, 유실수 및 관상수 재배 등)를 지었는바, 쟁점토지는 8년 이상 자경농지에 해당하므로 8년 자경농지 세액감면 및 장기보유특별공제가 적용되어야 한다.

(2) 청구인은 쟁점토지를 계약금 OOO원(1995.6.28.), 중도금 OOO원(1995.7.11.), 잔금 OOO원(1995.8.16.) 합계 OOO원에 취득하였는바, 동 사실은 <표1> 청구인 계좌의 인출내역을 통해서도 알 수 있다. 따라서 동 금액은 실지취득가액으로 인정되어야 한다.

<표1> 청구인 계좌의 인출내역

또한, 청구인은 쟁점토지에 구조물(관리사)을 설치하는 데 상당한 비용을 지출하였는바, <표2> 관리사 설치비용 지출내역과 같이 금융증빙(거래명세표 포함)으로 확인되는 자본적 지출액만 OOO원이다. 따라서 동 금액도 필요경비로 인정되어야 한다.

<표2> 관리사 설치비용 지출내역

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 당초 쟁점토지를 8년 자경농지가 아닌 사업용 토지로 하여 양도소득세를 신고하였는바, 이는 쟁점토지가 8년 자경농지에 해당되지 않음을 알고 그렇게 한 것으로 볼 수 있다. 인터넷 포털사이트 OOO의 지도검색 결과, 청구인의 거주지인 OOO에서 쟁점토지까지는 직선거리 36.41㎞(차량 최단거리 46.4㎞)로 확인되므로 청구인은 8년 자경 감면요건 중 하나인 재촌요건을 충족하지 못한다.

(2) 청구인이 양도소득세 신고시 제출한 취득 관련 매매계약서는 가짜 계약서로 확인되므로 동 계약서상 거래가액OOO을 신뢰할 수 없고, 청구인이 제출한 금융증빙만으로는 출금한 금액이 실제 전소유자에게 귀속되었는지 확인되지 아니하므로 쟁점토지의 취득가액이 불분명하다고 보아 환산가액으로 경정한 것은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 쟁점토지를 8년 이상 자경농지로 볼 수 있는지 여부

② 쟁점토지의 취득가액이 불분명하다고 보아 환산가액으로 경정하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법 제97조【양도소득의 필요경비계산】 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 부분에 해당하는 경우에는 그 자산 취득 당시의 기준시가

나. 가목 본문의 경우로서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

제100조【양도차익의 산정】 ① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

제104조의 3【비사업용 토지의 범위】 ① 제104조 제1항 제8호에서 "비사업용 토지"란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 농지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

가. 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지. 다만, 「농지법」이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다

나. 특별시·광역시(광역시에 있는 군은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)·특별자치시(특별자치시에 있는 읍·면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)·특별자치도(「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조 제2항에 따라 설치된 행정시의 읍·면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 및 시지역( 「지방자치법」 제3조 제4항에 따른 도농 복합형태인 시의 읍·면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시지역(대통령령으로 정하는 지역은 제외한다. 이하 이 호에서 같다)에 있는 농지. 다만, 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하며 스스로 경작하던 농지로서 특별시·광역시·특별자치시·특별자치도 및 시지역의 도시지역에 편입된 날부터 대통령령으로 정하는 기간이 지나지 아니한 농지는 제외한다.

제114조【양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지】 ⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액·매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

(2) 소득세법 시행령 제168조의8【농지의 범위】 ② 법 제104조의3 제1항 제1호 가목 본문에서 "소유자가 농지소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지"란 농지의 소재지와 동일한 시(특별자치시와 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조 제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 조에서 같다), 연접한 시ㆍ군ㆍ구 또는 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내에 있는 지역에 사실상 거주(이하 "재촌"이라 한다)하는 자가 「조세특례제한법 시행령」 제66조 제13항에 따른 직접 경작(이하 "자경"이라 한다)을 하는 농지를 제외한 농지를 말한다. 이 경우 자경한 기간의 판정에 관하여는 「조세특례제한법 시행령」 제66조 제14항을 준용한다.

제176조의2【추계결정 및 경정】 ① 법 제114조 제7항에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

2. 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인(이하 이 조에서 "감정평가법인"이라 한다)이 평가한 감정가액 등에 비추어 허위임이 명백한 경우

② 법 제114조 제7항에서 "대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액"이란 다음 각 호의 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다.

2. 법 제96조 제1항 및 동조 제2항 제1호 내지 제9호(제6호의 규정은 제4항의 규정에 의한 의제취득일 전에 취득한 자산에 한하여 적용한다)의 규정에 의한 토지ㆍ건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액

양도당시의 실지거래가액, 제3항 제1호의 매매사례가액 또는 동항 제2호의 감정가액 × 취득당시의 기준시가 ÷ 양도당시의 기준시가

(3) 조세특례제한법 제69조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】 ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2018년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

(4) 조세특례제한법 시행령 제66조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】 ① 법 제69조 제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 「소득세법」 제1조의2 제1항 제1호에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역

④ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

1. 양도일 현재 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시{ 「지방자치법」 제3조제4항에 따라 설치된 도농(都農) 복합형태의 시의 읍ㆍ면 지역 및 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조제2항에 따라 설치된 행정시의 읍ㆍ면 지역은 제외한다}에 있는 농지중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다

가. 사업시행지역 안의 토지소유자가 1천명 이상이거나 사업시행면적이 기획재정부령으로 정하는 규모 이상인 개발사업(이하 이 호에서 "대규모개발사업"이라 한다)지역(사업인정고시일이 같은 하나의 사업시행지역을 말한다) 안에서 대규모개발사업의 시행으로 인하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우

나. 사업시행자가 국가, 지방자치단체, 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 공공기관인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당하는 경우

다. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역에 편입된 농지로서 편입된 후 3년 이내에 대규모개발사업이 시행되고, 대규모개발사업 시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우(대규모개발사업지역 안에 있는 경우로 한정한다)

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 양도소득세 조사결과, 쟁점토지는 ① 청구인이 재촌요건을 충족하지 못하므로 비사업용 토지에 해당하고, ② 그 취득가액도 불분명하다고 보아 장기보유특별공제를 부인하고 환산취득가액으로 경정하여 이 건 양도소득세를 과세하였는바, 조사내용은 다음과 같다.

(가) 사업용 토지 여부 : 농지가 사업용 토지에 해당하기 위해서는 그 소유자가 재촌자경하여야 하는바 청구인의 거주지OOO는 쟁점토지OOO로부터 약 45km의 거리에 위치하고 있으므로 재촌요건을 충족하지 못한다.

(나) 취득가액 : 청구인은 쟁점토지의 취득 증빙으로 거래가액이 OOO원으로 되어 있는 매매계약서를 제출하였는바, 전 소유자OOO의 날인이 없어서 계약서 원본과 대금증빙을 요청하였으나 제출하지 못하였고, 문서 감정결과 위 계약서는 가짜 계약서로 확인되었으며, 청구인도 동 계약서를 양도소득세 신고시 작성하였음을 인정하였다.

(2) 청구인은 다음과 같은 이유에서 이 건 처분은 부당하다고 주장한다.

(가) 8년 자경 : 청구인이 쟁점토지를 8년 자경농지로 하여 양도소득세를 신고하지 않은 것은 세무대리인 측에서 “청구인의 거주지와 쟁점토지가 직선거리로 30km를 초과하므로 8년 자경농지로 인정받기 어렵고, 8년 자경농지로 신고하였다가 부인되면 가산세만 많이 나온다”고 해서 그렇게 할 수밖에 없었다. 처음에는 법규정에 그렇게 되어 있다고 해서 수용했지만, 요즘처럼 교통이 발달한 시대에 법규정을 글자 그대로 적용하는 것은 너무 불합리하다.

(나) 취득가액 : 청구인은 쟁점토지의 취득 매매계약서를 분실하였고, 이에 세무대리인 측에서 “당시 매도인을 찾아 계약서가 있으면 그것을 복사해서 제출하고, 없으면 사실관계를 확인받으면 된다”고 하면서 미리 작성한 계약서를 제시하길래, 그 계약서에 서명날인했지만, 그 계약서가 매도인 날인 없이 관할 세무서에 제출된 사실은 몰랐다. 하지만 쟁점토지를 동 계약서상 거래금액인 OOO원에 매입한 것은 사실이다.

(3) 청구인은 쟁점토지의 취득가액에 대한 증빙으로 앞서 본 금융기관 인출내역 외에 폐쇄등기부 증명서, OOO의 확인서 등을 제출하였는바, 그 내용은 다음과 같다.

(가) 폐쇄등기부 증명서에 의하면, 청구인이 1997.4.18. 쟁점토지를 담보로 OOO으로부터 OOO원(채권최고액 기준)을 대출받은 것으로 확인된다.

(나) OOO의 확인서(2017.2.24.)에는 “OOO 토지 3,008㎡ 중 1,521㎡OOO는 자신이, 1,487㎡OOO는 청구인이 각각 매입하였는데, 청구인이 위 토지의 매입대금으로 OOO원을 지급한 사실을 알고 있다”라고 되어 있다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점토지를 8년 이상 직접 경작하였으므로 쟁점토지의 양도소득에 대하여 8년 자경 감면세액 및 장기보유특별공제가 적용되어야 한다고 주장하나, 농지가 8년 자경농지 및 사업용 토지에 해당하기 위해서는 그 소유자가 일정한 기간 농지 소재지에 거주(재촌)하면서 그 농지를 직접 경작(자경)하여야 하는바, 청구인은 농지소재지에 거주하지 아니하여 재촌요건을 충족하지 못하므로 위 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(4) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점토지의 취득가액이 불분명하므로 환산가액을 적용함이 타당하다는 의견이나, 금융증빙에 의하면 청구인이 주장하는 쟁점토지의 취득가액OOO 중 일부 금액OOO이 청구인의 계좌에서 인출된 사실이 나타나고, 폐쇄등기부 증명서상 근저당 설정내역(채권최고액 OOO원)을 보면 쟁점토지의 당시 시세가 위 범위 내에 있었던 것으로 보이며(일반적으로 금융권에서 토지를 담보로 대출을 하는 경우 그 한도는 70～80%이고 채권최고액은 120～130%인 점을 감안한 것임), 위 금액과 처분청이 기준시가에 의하여 산출한 환산가액OOO 간에는 지나치게 차이가 있는 점 등을 감안할 때 청구주장 취득가액 중 일정 금액OOO을 쟁점토지의 취득가액으로 인정함이 합리적이라 하겠고, 또한 거래명세표 및 금융증빙 등에 의하면 청구인이 쟁점토지상에 시설물을 설치하고 그 대가를 지급한 것으로 확인되므로 해당 금액OOO을 필요경비(자본적 지출액)로 봄이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.