가.청구법인은 1978.4.20. 설립되어 건설업 및 운동설비 운영업 등을 영위하는 법인으로, 복합여객자동차터미널 건설 사업을 영위하기 위해 2005.5.6. OOO로부터 OOO 대지 2,970.8㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 OOO에 취득한 후 2014.8.19. OOO에 양도하였다.

나.처분청은 2020.3.9. 쟁점토지 양도를 비사업용 토지 양도로 보아 「법인세법」제55조의2에 따라 청구법인에 2014사업연도 법인세 OOO을 경정‧고지하였다.

다.청구법인은 이에 불복하여 2020.4.13. 심판청구를 제기하였다.

2.청구법인 주장 및 처분청 의견

가.청구법인 주장

(1)청구법인은 2013.10.24. 채권은행인 OOO으로부터 부실징후기업으로 경영정상화 가능성이 있는 기업으로 확정됨에 따라 경영정상화 방안 제출을 요청받고, 2013.10.30. 경영정상화 유예요청 및 경영정상화 방안을 제출하였으며, 2013.11.1. OOO으로부터 「채권은행협의회 운영협약」제11조에 의거 채권은행 공동관리추진 유예 및 자산매각 이행 통보를 받았다.

청구법인은 2013.12.12. 다시 자산 매각 진행 현황을 제출하였고, 2014.1.29. 채권은행 공동관리 유예 연장 및 경영정상화 방안 이행 촉구 통보를 추가로 받는 등 OOO과 몇 차례 공문을 주고받았다.

(2) 「법인세법」제55조의2 제3항, 같은 법 시행령 제92조의11 제3항 제5호 및 같은 법 시행규칙 제46조의2 제3항 제2호에 따르면, “채권은행 간 거래기업의 신용위험평가 및 기업구조조정방안 등에 대한 협의와 거래기업에 대한 채권은행 공동관리절차를 규정한 「채권은행협의회 운영협약」에 따른 관리대상기업과 채권은행자율협의회가 같은 협약 제19조에 따라 해당 관리대상기업의 경영정상화계획 이행을 위한 특별약정을 체결하고 그 관리대상기업이 해당 약정에 따라 양도하는 토지”는 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있는바,

청구법인은 OOO으로부터 채권은행 공동관리 절차 개시 전 자체적인 경영정상화 방안 제출을 요구받았고, 경영정상화 유예요청과 채권상환 계획서 등을 포함한 경영정상화 방안을 제출하여 공동관리 유예를 받았다. 이러한 유예기간 중 자산매각을 통한 경영정상화 방안이 제대로 이행되지 않는 경우 즉시 유예가 종료되어 채권은행 공동관리절차가 진행되는 것이다.

청구법인이 양도한 쟁점토지가 비록 「채권은행협의회 운영협약」에 따른 공동관리절차상 체결한 특별약정에 따라 양도하는 토지는 아니나, 청구법인이 공동관리절차를 피하고자 자체적인 경영개선을 위한 노력의 일환으로서 공동관리 유예기간 중 OOO에 제출한 경영정상화 방안에 따라 양도하기로 한 토지이고, 쟁점토지 매각대금으로 대출금을 상환하지 않았다면 OOO이 통보한 것과 같이 워크아웃추진 및 사후관리가 진행되어 결과적으로 특별약정 체결에 따라 쟁점토지가 양도되었을 것이 분명하다.

결국 청구법인은 대출금 상환을 위해 쟁점토지를 양도할 수밖에 없었고, 스스로 경영위기 극복을 위한 자구책의 일환으로 공동관리 유예기간 중 채권은행에 제출한 경영정상화 방안에 따라 쟁점토지를 양도한 것일 뿐이므로 쟁점토지는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지에 해당한다.

나.처분청 의견

(1)쟁점토지는「지방세법」에 따라 재산세가 종합합산과세되는 토지로 「법인세법」제55조의2 제2항 제4호에 따라 비사업용 토지에 해당한다. 다만, 「법인세법」제55조의2 제3항, 같은 법 시행령 제92조의11 제3항 제5호 및 같은 법 시행규칙 제46조의2 제3항 각 호에서 열거한 사유에 해당되는 토지의 경우 예외적으로 비사업용 토지로 보지 아니하는바,

청구법인은 쟁점토지를 「법인세법 시행규칙」제46조의2 제3항 제2호의 부득이한 사유에 해당하는 토지와 달리 볼 이유가 없다고 주장하나, 청구법인은 채권은행자율협의회와「채권은행협의회 운영협약」제19조에 따라 경영정상화계획 이행을 위한 특별약정을 체결하고 해당 약정에 따라 쟁점토지를 양도한 것이 아니므로 쟁점토지는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지에 해당하지 않는다.

(2)비사업용 토지 제외 관련규정들은 본인의 귀책사유가 아닌 부득이한 사유로 처분이나 사용이 불가능한 토지를 비사업용에서 제외시키고자 하는 데에 입법취지가 있고, 그 취지가 몰각되지 않도록 법령에 그 적용요건을 구체적이고 제한적으로 정하고 있다.

구체적으로 「법인세법 시행규칙」제46조의2 제3항의 각 호를 살펴보면, 제1호에서 “채권금융기관협의회와의 약정에 따라 양도하는 토지”, 제2호에서 “채권은행협의회 운영협약의 특별약정에 따라 양도하는 토지”, 제3호에서 “금융위원회의 시정조치를 받고 그 이행계획에 따라 양도하는 토지”, 제4호에서 “금융위원회로부터 경영개선상태의 개선을 위한 조치를 이행하도록 명령받고 그 명령에 따라 양도하는 토지”등과 같이, 권한 있는 기관과의 약정에 따라 양도할 수밖에 없는 토지에 대해서만 예외적으로 비사업용 토지에서 제외하도록 규정하고 있다.

이 사건으로 돌아와서 살피건대, ① 쟁점토지는 법령상 비사업용토지에서 제외되는 토지에 해당하지 않음이 명백한 점, ② 청구법인이 제출한 OOO의 공문 등을 살펴보면 청구법인은 약정에 따라서가 아닌 채권은행 공동관리 추진 전 OOO에 대한 대출금 상환을 목적으로 스스로의 의사결정에 의하여 쟁점토지를 매각한 것으로 보이는 점, ③ 청구법인은 쟁점토지를 사업용으로 계속 사용하려고 하였다는 노력도 확인되지 않는 점 등을 고려하면 이 건 처분은 아무런 위법함이 없는, 세법에 근거한 적법한 처분에 해당한다.

3.심리 및 판단

가.쟁점

①쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 과세한 처분의 당부

②처분청이 이 건 부과처분시 산정한 쟁점토지 장부가액의 적정 여부

나.관련 법령

(1)법인세법(2014.12.23. 법률 제12850호로 개정되기 전의 것)

제55조의2(토지등 양도소득에 대한 과세특례) ① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 “토지등”이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

② 제1항제3호에서 “비사업용 토지”란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지

가. 「지방세법」이나 관계 법률에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지

나. 「지방세법」 제106조제1항제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지

다. 토지의 이용상황, 관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것

③ 제1항 제3호를 적용할 때 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

⑥ 토지등 양도소득은 토지등의 양도금액에서 양도 당시의 장부가액을 뺀 금액으로 한다.

(2)법인세법 시행령(2015.2.3. 대통령령 제26068호로 개정되기 전의 것)

제72조(자산의 취득가액 등) ② 법 제41조 제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산 : 매입가액에 취득세, 등록면허세, 그 밖의 부대비용을 가산한 금액[법인이 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 호에서 "건물등"이라 한다)을 함께 취득하여 토지의 가액과 건물등의 가액의 구분이 불분명한 경우 법 제52조제2항에 따른 시가에 비례하여 안분계산한다]

제92조의11(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등) ③ 법 제55조의2 제3항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 비사업용 토지로 보지 아니한다.

5. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황ㆍ취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지

(3)법인세법 시행규칙(2015.3.13. 기획재정부령 제480호로 개정되기 전의 것)

제46조의2(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등) ③ 영 제92조의11 제3항 제5호에서 “기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 「기업구조조정 촉진법」에 따른 부실징후기업과 채권금융기관협의회가 같은 법 제10조에 따라 해당 부실징후기업의 경영정상화계획 이행을 위한 약정을 체결하고 그 부실징후기업이 해당 약정에 따라 양도하는 토지(2008년 12월 31일 이전에 취득한 것에 한정한다. 이하 이 항에서 같다)

2. 채권은행 간 거래기업의 신용위험평가 및 기업구조조정방안 등에 대한 협의와 거래기업에 대한 채권은행 공동관리절차를 규정한 「채권은행협의회 운영협약」에 따른 관리대상기업과 채권은행자율협의회가 같은 협약 제19조에 따라 해당 관리대상기업의 경영정상화계획 이행을 위한 특별약정을 체결하고 그 관리대상기업이 해당 약정에 따라 양도하는 토지

(4)기업구조조정 촉진법(2014.10.15. 법률 제12835호로 개정되기 전의 것)

제8조(경영정상화계획의 이행을 위한 약정) ① 협의회는 제5조에 따른 공동관리절차가 개시된 부실징후기업과 제6조의 채권행사 유예기간 내에 의결을 거쳐 해당 기업의 경영을 정상화하기 위한 계획(이하 “경영정상화계획”이라 한다)의 이행을 위한 약정(이하 “약정”이라 한다)을 체결하여야 한다.

다.사실관계 및 판단

(1)청구법인이 제출한 쟁점토지 권리의무승계계약서, 용지매매계약 등에 따르면, 청구법인은 쟁점토지를 최초 분양받은 OOO 및 쟁점토지 공급자 OOO와 2003.5.7. 쟁점토지에 대한 매매계약상의 권리의무승계계약을 체결함으로써 OOO와 OOO 간의 매매계약(2002.5.8.자)을 승계하였음이 확인된다.

(2)쟁점토지의 등기사항전부증명서에 따르면, 청구법인은 2005.5.6. OOO로부터 쟁점토지를 취득하였고, 2014.8.19. 주식회사 OOO에 쟁점토지를 OOO에 양도하였음이 확인된다.

＜표1＞ 쟁점토지의 소유권에 관한 사항

(3)청구법인은 경영정상화 과정의 부득이한 사유로 쟁점토지를 양도하였다는 사실을 입증하기 위하여 OOO과 주고받은 문서를 다음과 같이 제출하였다.

(가)OOO이 2013.10.24. 청구법인에 보낸 “경영정상화 방안 제출 요청” 문서에 따르면, OOO의 신용위험평가 결과 청구법인이 “부실징후기업에 해당하며 경영정상화 가능성이 있는 기업”으로 확정되어 경영정상화 방안을 제출 요청받았음이 확인된다.

＜표2＞ “경영정상화 방안 제출 요청” 주요 내용

(나)청구법인은 2013.10.30. OOO에 제출한 “경영정상화 유예요청 건” 문서에 따르면, 청구법인은 자체적인 경영정상화를 위해 쟁점토지 등 자산을 매각하여 대출금을 상환할 예정인 것으로 확인된다.

＜표3＞ “경영정상화 유예요청의 건” 주요 내용

(다)OOO이 2013.11.1. 청구법인에 보낸 “채권은행 공동관리 추진 유예 통보의 건” 문서에 따르면, OOO은 청구법인에 대한 채권은행 공동관리를 유예하였음이 확인된다.

＜표4＞ “채권은행 공동관리 추진 유예 통보의 건” 주요 내용

(라)청구법인이 2013.12.12. OOO에 제출한 “경영정상화를 위한 자산 매각 진행 현황 제출” 문서에 따르면, 청구법인은 경영정상화를 위하여 쟁점토지의 매각을 진행 중인 사실이 확인된다.

(마)OOO이 2014.1.29. 청구법인에 보낸 “채권은행 공동관리 유예 연장 통보의 건” 문서에 따르면, OOO은 청구법인에 대한 채권은행 공동관리 유예를 연장하고, 유예기한 중 경영정상화 방안 이행을 촉구하였음이 확인된다.

＜표5＞ “채권은행 공동관리 유예 연장 통보의 건” 주요 내용

(4)채권은행이 기업신용위험 상시평가를 통하여 부실징후기업 해당 여부를 평가하고, 기업구조조정방안 등에 대한 협의를 위하여 채권은행협의회를 설치․운영하고 거래기업에 대한 채권은행 공동관리절차를 규정함으로써 거래기업의 경영정상화를 도모하고 채권은행이 보유한 자산의 건전성을 제고함을 목적으로 제정된 「채권은행협의회 운영협약」 주요 내용은 아래 ＜참고＞와 같다.

＜참고＞ 「채권은행협의회 운영협약」(2011.4.20. 11차 개정)

(5)처분청이 제출한 심리자료에 따르면, 처분청은 아래 ＜표6＞과 같이 쟁점토지 양도소득을 계산하여 청구법인에 법인세를 경정하였는바, 쟁점토지의 장부가액을 OOO으로 산정하였음이 확인된다.

＜표6＞ 토지 등 양도소득에 대한 법인세 경정내용

(6)OOO이 처분청의 거래내역 확인 요청에 대해 회신한 문서(2019.11.14.자)에 따르면, 청구법인은 2005.5.6. OOO로부터 할부조건으로 쟁점토지를 취득하였고, 그 대가로 총 OOO을 지급하였음이 확인된다.

(7)처분청은 쟁점토지 양도소득 계산 시 쟁점토지의 장부가액을 매매대금 중 할부원금에 해당하는 OOO으로 산정하였으나, 청구법인이 제출한 장부 등 증빙서류에 따르면, 청구법인은 쟁점토지 매매대금 중 할부원금, 취득세, 지방교육세 및 국민주택채권할인액을 합한 OOO을 쟁점토지의 취득가액으로 장부에 계상하였음이 확인된다.

＜표7＞ 쟁점토지 매매대금 및 지방세 납부내역 등

(8)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 채권은행으로부터「채권은행협의회 운영협약」에 따른 공동관리절차 개시 전에 자체적인 경영정상화 방안 제출을 요구받았고, 경영정상화 유예요청과 채권상환 계획서 등을 포함한 경영정상화 방안을 제출하여 공동관리 유예를 받은 후 유예기간 중 경영정상화 방안에 따라 쟁점토지를 양도하였는바, 만약 채권은행에 제출한 경영정상화 방안이 제대로 이행되지 않을 경우 즉시 유예가 종료되고 「채권은행협의회 운영협약」에 따른 공동관리절차가 개시되어 특별약정에 따라 쟁점토지를 양도할 수밖에 없었을 것이므로 쟁점토지를 비사업용 토지에서 제외되는 토지로 보아야 한다고 주장하나, 「 법인세법」 제55조의2 제3항, 같은 법 시행령 제92조의11 제3항 및 같은 법 시행규칙 제46조의2 제3항 제2호에 따르면, “「채권은행협의회 운영협약」에 따른 관리대상기업과 채권은행자율협의회가 같은 협약 제19조에 따라 해당 관리대상기업의 경영정상화계획 이행을 위한 특별약정을 체결하고 그 관리대상기업이 해당 약정에 따라 양도하는 토지”를 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에서 제외되는 토지의 하나로 규정하고 있는데, 이와 같이 비사업용 토지에서 제외되는 토지를 정한 예외규정은 조세법률주의의 이념에서 비롯된 엄격해석의 원칙에 따라 법문대로 해석하여야 할 것인바, 청구법인은 채권은행과 「채권은행협의회 운영협약」에 의해 체결한 특별약정에 따라 쟁점토지를 양도한 것이 아니므로 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(9)다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점토지의 양도소득 계산시 청구법인이 쟁점토지를 취득하면서 지급한 매매대금 중 할부원금 OOO만을 쟁점토지의 장부가액으로 하였으나, 토지 등 양도소득은 양도금액에서 양도 당시 장부가액을 차감하여 계산하고, 여기서 장부가액은 세무회계에 따라 수정된 장부상 평가가액으로, 세법상 취득가액(타인으로부터 매입한 자산의 경우 매입가액에 취득세, 등록면허세, 그 밖의 부대비용을 가산한 금액)에서 자본적 지출·자산평가증 등을 가산하고 감가상각·평가손실 등을 차감한 장부상 대차잔액을 뜻하는바, 청구법인이 제출한 장부 등 증빙서류에 의해 쟁점토지의 취득가액 및 장부가액으로 확인되는 OOO을 쟁점토지 양도 당시 장부가액으로 하여 법인세 과세표준 및 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.